BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg923786
Length=2512
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G52620.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superf... 3866 0.0
> AT1G52620.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily
protein | chr1:19603811-19606287 FORWARD LENGTH=2477
Length=2477
Score = 3866 bits (2093), Expect = 0.0
Identities = 2348/2473 (95%), Gaps = 10/2473 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 6 TCACCGTCGTCTGTAATGTCTAAAACCCTTCTCTCTCGCATCAAACCTCTCACCAATCCT 65
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3 TCACCGTCGTCTGTAATGTCTAAAACCCTTCTCTCTCGCATCAAACCTCTCTCCAATCCT 62
Query 66 CCTCCATCTAATTCCTTCCGATCTCATTTTCCGATCACTCCCCGTATCAAGAAACTAGTC 125
| | ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 63 CATGCATCTAATTCCTTCCGATCTCATCTTCCGATTACTCCCCGTATCAAGAAACTAGTC 122
Query 126 AGCGACACTGTTTCCATCCTCAAAACCCAACAAAACTGGTCTCAAATTCTCGACGATTGC 185
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 123 AGCGACACTGTATCCATCCTCAAAACCCAACAAAACTGGTCTCAAATTCTCGACGATTGC 182
Query 186 TTCGCTGATGAAGAAGTACGCTTCGTCGACATTTCCCCTTTCGTATTCGATCGAATCCAG 245
||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 183 TTCGCTGATGAAGAAGTCCGCTTTGTCGACATTTCACCTTTCGTATTCGATCGAATCCAG 242
Query 246 GACGTCGAAATTGGCGTTAAACTGTTTGATTGGCTTTCGAGTGAGAAGAAAGATGAGTTC 305
|| || ||||| |||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 243 GATGTTGAAATCGGCGTTAAGCTTTTTGATTGGCTATCGAGTGAGAAGAAAGATGAGTTC 302
Query 306 TTTTCAAATGGGTTTGCTTGTTCTTCGTTTCTGAAGCTTTTAGCGAGGCATAGGATCTTC 365
||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||
Sbjct 303 TTTTCTAATGGGTTCGCTTGTTCTTCGTTTCTGAAGCTCTTAGCGAGGTATAGGATCTTC 362
Query 366 AATGAGATTGAAGATGTGCTGGGTAATCTCAGAAACGAAAATGTGAAGCTTACACATGAA 425
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 363 AATGAGATTGAAGATGTGTTGGGTAATCTCAGAAACGAAAATGTGAAGCTTACACATGAA 422
Query 426 GCGTTGAGTCATGTTCTTCACGCTTATGCTGAATCAGGGTTTTTAAGTAAAGCAGTGGAG 485
|| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 423 GCATTGAGTCATGTTCTTCACGCTTATGCTGAATCTGGAAGTTTAAGTAAAGCAGTGGAG 482
Query 486 ATTTATGATTATGTTGTTGAGTTATATAATTCTGTGCCTGATGTTATTGCTTGTAACTCG 545
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 483 ATTTATGATTATGTTGTTGAGTTATATGATTCTGTGCCTGATGTTATTGCTTGTAACTCG 542
Query 546 TTGTTGAGTTTAGTAGTGAAAAGTAGGAGACTTGAAGATGCACGGAAGGTGTATGACGAA 605
|||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 543 TTGTTGAGTTTATTGGTGAAAAGTAGGAGACTTGGAGATGCACGGAAGGTGTATGACGAA 602
Query 606 ATGTGTGAGAGAGGTGGCT-GTGTTGATAATTACAGTACTTGTATATTGGTCAAGGGTAT 664
|||||||| |||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 603 ATGTGTGATAGAGGT-GATAGTGTTGATAATTACAGTACTTGTATATTGGTCAAGGGTAT 661
Query 665 GTGTAGTGAAGGTAAGGTAGAAGAAGGTAGAAAGTTGATTGAAGATCGATGGGGTAAAGG 724
||||| |||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 662 GTGTAATGAAGGAAAGGTAGAAGTAGGTAGAAAGCTGATTGAAGGTCGATGGGGTAAAGG 721
Query 725 TTGTGTTCCGAATATTGTGTTTTACAACACAATTATTGGTGGATACTGCAAGCTGGGCGA 784
|||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 722 TTGTATTCCGAATATTGTGTTCTACAACACAATCATTGGTGGATACTGCAAGCTGGGCGA 781
Query 785 TATCGAAAATGCGAAACTAGTTTTTAAGGAGTTGAAGTTGAAGGGATTTATGCCGACTTT 844
||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 782 TATCGAAAATGCGTATTTAGTTTTCAAGGAGTTGAAGTTGAAGGGATTTATGCCTACTTT 841
Query 845 GGAAACTTTTGGTACAATGATTAACGGGTTCTGCAAGAAAGGGGATTTCGTGGCGAGTGA 904
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||
Sbjct 842 GGAAACTTTTGGTACAATGATTAACGGGTTCTGCAAGGAAGGGGATTTTGTGGCGAGTGA 901
Query 905 TCGACTTTTGAAG-GAAGTGAAAGAAAGGGGTTTAAGGGTTTGTGTTTGGTTCCTTAATA 963
|||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 902 TCGACTTTTG-AGTGAAGTGAAAGAAAGGGGTTTAAGGGTTAGTGTTTGGTTCCTTAATA 960
Query 964 ACATCATTGATGCTAAGTATAGGCACGGTTTTAAGGTTGACCCAGCTGAAAGCATACGAT 1023
| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||| || ||| |||
Sbjct 961 ATATCATTGATGCTAAGTATAGGCACGGTTATAAGGTTGATCCTGCTGAGAGTATAGGAT 1020
Query 1024 GGATAGTAGCTAATGATTGCAAGCCGGATATAGCAACATATAACATTTTGATTAATCGTT 1083
||||| |||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1021 GGATAATAGCTAATGACTGCAAGCCTGATGTAGCAACATATAACATTTTGATTAATCGCT 1080
Query 1084 TGTGTAGAGAAGGGAAAAAGGAAGAT-GCTGCTGGGCTTTTGGATGAAGCATCGAAGAAA 1142
|||||| |||||||||||||| || | |||| |||| |||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1081 TGTGTAAAGAAGGGAAAAAGG-AGGTCGCTGTTGGGTTTTTGGATGAAGCATCAAAGAAA 1139
Query 1143 GGGTTGATTCCGAGCAATTTAAGCTATGCCCCTCTAATACTAGCCTATTGCAAAAGTAAA 1202
||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1140 GGGTTGATTCCAAACAATTTAAGCTATGCCCCTCTGATACAAGCCTATTGCAAAAGTAAA 1199
Query 1203 GAGTATGATATTGCATCTAAGTTGCTTCTACAGATGGCTGAAAGAGGATGCAAACCAGAT 1262
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 GAGTATGATATTGCTTCTAAGTTGCTTCTACAGATGGCTGAAAGAGGATGCAAACCAGAT 1259
Query 1263 ATAGTTACATATGGAATTCTTATCCATGGTCTTGTTGTTTCAGGCCATATGGATGATGCA 1322
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 ATAGTTACGTATGGAATTCTTATCCATGGTCTTGTTGTTTCAGGCCATATGGATGATGCA 1319
Query 1323 GTTAATATGAAAGTTAAATTGATAGATAGAGGAGTTTCACCGGATGCCGCCATCTACAAT 1382
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 GTTAATATGAAAGTTAAATTGATAGATAGAGGAGTTTCACCGGATGCCGCCATCTACAAT 1379
Query 1383 ATGTTGATGAGTGGATTGTGCAAGACCGGTAGGTTTTTACCTGCCAAACTCCTCTTCTCG 1442
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 ATGTTGATGAGTGGATTGTGCAAGACCGGTAGGTTTTTACCTGCCAAACTCCTCTTCTCG 1439
Query 1443 GAGATGCTAGACCGGAATATCTTACCAGATGCTTATGTGTATGCCACGCTCATTGATGGA 1502
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 1440 GAGATGCTTGACCGGAATATCTTACCAGATGCTTATGTTTATGCCACGCTCATAGATGGA 1499
Query 1503 TTCATCAGAAGTGGTGATTTTGATGAGGCACGGAAAGTTTTCACTCTCTCAGTTGAAAAG 1562
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||
Sbjct 1500 TTCATCAGAAGTGGTGATTTTGATGAGGCAAGGAAAGTTTTCAGTCTCTCAGTCGAAAAG 1559
Query 1563 GGTGTCAAGGTTGATGTCGTGCACCACAATGCTATGATAAAGGGGTTTTGCAGATCTGGA 1622
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1560 GGTGTGAAGGTTGATGTCGTGCACCACAATGCTATGATAAAAGGGTTTTGCAGATCTGGA 1619
Query 1623 ATGTTGGATGAGGCATTGGCGTGCATGAACAGGATGAATGAAGAACACCTTGTACCCGAC 1682
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1620 ATGTTGGATGAGGCATTGGCGTGCATGAATAGGATGAATGAAGAACACCTTGTACCCGAT 1679
Query 1683 AAGTTTACTTATTCCACAATCATCGACGGATATGTAAAACAACAGGATATGGCTACTGCC 1742
|||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1680 AAGTTTACTTATTCCACAATTATTGACGGATATGTAAAGCAACAGGATATGGCTACTGCC 1739
Query 1743 ATTAAGATTTTTCGAGACATGGAGAAGAATAAATGTAAGCCAAACGTCGTAACATACACT 1802
|| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1740 ATAAAGATTTTTCGATACATGGAGAAGAATAAATGTAAGCCAAACGTTGTAACATACACA 1799
Query 1803 TCACTTATCAATGGTTTTTGTTGCCAAGGGGACTTCAGTTTGGCTGAAGAGACTTTCAAA 1862
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1800 TCACTTATCAATGGTTTTTGTTGCCAAGGAGACTTCAAAATGGCTGAAGAGACTTTCAAA 1859
Query 1863 GAGATGCAATCGCGTGACCTTGTGCCTAACGTTGTCACCTACACAACACTTATACGGAGT 1922
|||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 1860 GAGATGCAATTGCGGGACCTTGTGCCTAACGTTGTCACCTACACAACACTTATTCGAAGT 1919
Query 1923 TTTGCTAAAGAGAGTAGTACCCTTGAAAAAGCAGTTTACTATTGGGAGCTAATGATGACA 1982
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1920 CTTGCTAAAGAGAGTAGTACCCTTGAAAAAGCAGTTTACTATTGGGAGCTAATGATGACA 1979
Query 1983 AACAAATGTGTTCCTAATGAAGTTACCTTCAATTGTTTACTTCAGGGATTTGTGaaaaaa 2042
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1980 AACAAATGTGTTCCTAATGAAGTTACCTTCAATTGTCTACTTCAGGGATTTGTGAAGAAA 2039
Query 2043 aCATCTGGAAGATTTCTTGGTGAACCGGATGGTTTTAATCATGGACAAAGttttctgttt 2102
|||||||||| | |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2040 ACATCTGGAAAAGTTCTTGCTGAACCGGATGGTTCTAATCATGGACAAAGTTCTCTGTTT 2099
Query 2103 tttgagtttttCCATAGAATGAAATCAGATGGGTGGTCGGACCACGCTGCTGCTTACAAT 2162
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2100 TCTGAGTTTTTCCATAGAATGAAATCAGATGGGTGGTCGGACCACGCTGCTGCTTACAAT 2159
Query 2163 TCTGTCCTTGTTTGTCTCTGTGTACATGGAATGGTGAAGACCGCATGCATGTTTCAGGAT 2222
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2160 TCTGCCCTTGTTTGTCTCTGTGTACATGGAATGGTGAAGACCGCATGCATGTTTCAGGAT 2219
Query 2223 AGGATGATGAAGAAAGGCTTCTCTCCTGATCCTGTTTCATTTGCTGCTATTTTACATGGT 2282
| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2220 AAGATGGTGAAGAAAGGCTTCTCTCCTGATCCTGTTTCATTTGCTGCTATTTTACATGGT 2279
Query 2283 TTTTGTGTGGTTGGGAACTCAAAGCAATGGAGAAACATGGACTT-TCGTAATCTGGATGA 2341
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | | ||||||| |||
Sbjct 2280 TTTTGTGTGGTTGGGAACTCAAAGCAATGGAGGAACATGGACTTCT-GCAATCTGGGTGA 2338
Query 2342 AAAGGGTCTTGAGGTAGCTGTTAGGTATTCGCGGGTTTTAGAGCAACACTTACCTAAAGC 2401
||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 2339 GAAGGGTCTTGAAGTAGCTGTTAGGTATTCGCAGGTTTTAGAGCAACACTTACCTCAACC 2398
Query 2402 AGTGATATGCGAGGCTTCAACTATTTTGCATGCAATGGTTGAAAAAGCTGACACCAAAGA 2461
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2399 AGTGATATGCGAGGCTTCAACTATTTTGCATGCAATGGTTGAAAAAGCTGACACCAAAGA 2458
Query 2462 ACCGG-AGA-TCT 2472
||||| ||| |||
Sbjct 2459 ACCGGTAGAATCT 2471
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 124664853355
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5