BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg923889
Length=3408
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G53390.1 | Symbols: | P-loop containing nucleoside triphosp... 5299 0.0
> AT1G53390.1 | Symbols: | P-loop containing nucleoside triphosphate
hydrolases superfamily protein | chr1:19918047-19923807
FORWARD LENGTH=3708
Length=3708
Score = 5299 bits (2869), Expect = 0.0
Identities = 3168/3313 (96%), Gaps = 17/3313 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 99 TCACGATGAGTGTGAACCGGCGAAATTGGCACAAACATGGATGTAATCTCAGATTGGTGA 158
||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 191 TCAAGATGAGTGTGGACCGGCGAAATTGGCTTAAACATGGATGTAATCTCAGATTGGTTA 250
Query 159 TCTTAATTATGTGGTTGGTTTGTTATGTTGGTAATGGTCAAACTATTGCGGACACCAGTG 218
||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 251 TCTTAGTTCTGTGGTTGGTTTGTTATGTTAGTAATGGTCAAACTATTGGGGACACCAGTG 310
Query 219 AGTTCAACAATCCAGCTGTTCTTCCGCTCGTTACACAGATGGTTTACCGCAGTCTTTCTA 278
| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 311 ACTTCAACAATCCAGCTGTTCTTCCGCTCGTTACTCAGATGGTTTACCGCAGTCTTTCTA 370
Query 279 ATAGCACCGCTGCTCTCAATCGTGAGCTCGGTACCAGGGCAAAGTTTTGCGTCAAAGACC 338
||||||| |||||||| ||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 371 ATAGCACTGCTGCTCTTAATCGCGAGCTCGGTATCAGAGCAAAGTTTTGCGTCAAAGACC 430
Query 339 CGGATGCTGATTGGAATAGAGCTTTTAATTTCTCATCCAACTTGAAATTCCTATCTTCTT 398
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||
Sbjct 431 CGGATGCTGATTGGAATAGAGCTTTTAATTTCTCCTCCAACTTGAATTTCTTATCTTCTT 490
Query 399 GCATTCAGAAAACCCAAGGTGA-TATTGGTAGGCGTATCTGTACAGCAGCAGAGATGAAG 457
||||| |||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 491 GCATTAAGAAAACCCAAGGT-AGTATTGGTAAGCGTATCTGTACAGCAGCAGAGATGAAG 549
Query 458 TTCTATTTTAATGCTTTCTTCAATAAAACGAATAACCCGGGCTACTTGCGACCAAATGTT 517
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 550 TTCTATTTTAATGGTTTCTTCAATAAAACGAATAACCCGGGCTACTTGAAACCAAATGTA 609
Query 518 AATTGCAACTTGACTTCATGGGTCTCTGGTTGTGAACCTGGATGGGGCTGTAGTGTTGAT 577
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 610 AACTGCAACTTGACTTCATGGGTCTCTGGTTGTGAACCTGGATGGGGCTGTAGTGTTGAT 669
Query 578 TCAACCGAACAAGTCGACCTGCAAAACTCCAAAGATTTTCCTGAAAGAAGAAG-AACTTG 636
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||
Sbjct 670 CCAACCGAACAAGTCGATCTGCAAAACTCCAAAGATTTTCCTGAAAGAAGAAGAAAC-TG 728
Query 637 TATGTCTTGCTGCGAAGGTTTTTTCTGCCCCCGTGGCCTCACTTGTATGATACCTTGCCC 696
|||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 729 TATGCCTTGCTGCGAAGGGTTTTTCTGCCCCCGTGGCCTCACTTGTATGATACCTTGCCC 788
Query 697 CCTTGGTGCTCATTGCCCTTTAGCTACCCTTAATAAAACTACAAGCTTATGTGAACCGTA 756
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 789 CCTTGGTGCTCATTGCCCCTTAGCTACCCTTAATAAAACTACAAGCTTATGTGAACCGTA 848
Query 757 TACTTATCAATTACCATCAGGACGACCAAACCACACTTGTGGAGGTGCAAATGTATGGGC 816
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 849 TACTTATCAATTACCATCAGGACGACCAAACCACACTTGTGGAGGTGCAAATGTATGGGC 908
Query 817 CGACGTCCGATCCAGCGGTGAAGTATTCTGTTCCGCGGGATCATATTGTCCAACCACAAC 876
||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 909 CGATATCAGATCCAGCGGTGAAGTATTCTGTTCCGCAGGATCATATTGTCCAACCACAAC 968
Query 877 CCAAAAAGTACCTTGTGATAGTGGGCACTACTGCAGGATGGGGTCTACATCTGAGAAACC 936
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 969 CCAAAAAGTACCTTGTGATAGTGGGCACTACTGCAGGATGGGGTCTACTTCTGAGAAACC 1028
Query 937 CTGCTTTAAGTTGACGTCCTGCAATCCCAACACAGCAAATCAGAACATGCAGGCATTTGG 996
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1029 CTGCTTTAAGTTGACGTCCTGCAATCCTAACACAGCAAATCAGAACATGCATGCATTTGG 1088
Query 997 GGTTATGGTTATTGCTGCAGTGAGTACTATGCTACTCATTATCTACAATTGTTCCGATCA 1056
| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1089 GATTATGGTTATCGCTGCAGTGAGTACTATTCTACTCATTATCTACAATTGTTCCGATCA 1148
Query 1057 AATCCTAACAACAAGGGAAAGGAGACAGGCTAAGTCAAGGGAAGCAGCGGTGAAGAAAGC 1116
|||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1149 AATCCTAACAACTAGGGAAAGGAGGCAGGCAAAATCAAGGGAAGCAGCGGTGAAGAAAGC 1208
Query 1117 GAAAGCTCATCAGAGATGGAAAGCTGCTAGAGAGGCTGCTAAAAAGCATGTGAGTGAGAT 1176
|| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1209 GAGAGCTCATCATAGATGGAAAGCTGCTAGAGAGGCTGCTAAAAAGCATGTGAGTGGGAT 1268
Query 1177 CCGTGCGCAAATAACTCGGACATTTTCAGGCAAAAAACCCAATCATGATGGGGATACCCA 1236
|||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||| |||||||||||| |
Sbjct 1269 CCGTGCGCAAATAACTCGGACATTTTCAGGTAAAAGAGCCAATCAAGATGGGGATACCAA 1328
Query 1237 CAAGATGTTGGGTCGTGGGGACTCTTCAGAGGTAGATGAAGATATAGACATGTCCAAATA 1296
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 1329 CAAGATGTTGGGTCGTGGGGACTCTTCAGAAATAGATGAAGCTATAGACATGTCCACATG 1388
Query 1297 TTCAAGTCCTGCGAGTTCCTCTGCTGCACAATCTAGTTATGAGAATGAGGATGATGCCGC 1356
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||
Sbjct 1389 TTCAAGTCCTGCGAGTTCCTCTGCTGCACAATCTAGTTATGAGAATGAGGATCATGCAGC 1448
Query 1357 CGCTGGGAGTAATGGAAGAGCAAGTCTTGACATAGAAGGAAAGAGAGTAAAAGGACAGAC 1416
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1449 CGCTGGGAGTAATGGAAGAGCAAGTCTTGGCATAGAAGGAAAGAGAGTAAAAGGACAGAC 1508
Query 1417 TTTGGCCAAAACTAAGAAAACACGTAGCCAAATCTTCAAGTATGCGTATGATCGGATTGA 1476
||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1509 TTTGGCCAAAATTAAGAAAACACAAAGCCAAATCTTCAAGTATGCTTATGATCGGATTGA 1568
Query 1477 GAAGGAGAAAGCCATGGAGCAAGAGAATAAAAATCTCACCTTTTCAGGAATAGTTAAAAT 1536
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 1569 AAAGGAGAAAGCCATGGAGCAAGAGAATAAAAATCTCACATTTTCAGGAATAGTCAAAAT 1628
Query 1537 GGCTACTAATTCTGAGACGAGAAAGAGGCCTCTCATGGAGCTTTCTTTCAAAGATTTAAC 1596
|||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629 GGCTACCAATTCTGAGACGAGAAAGAGGCATCTCATGGAGCTTTCTTTCAAAGATTTAAC 1688
Query 1597 TCTTACCTTGAAATCCAATGGTAAGCAAGTGTTGAGATGTGTCACAGGAAGTATGAAACC 1656
|||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1689 TCTTACATTGAAATCCAATGGTAAGCAAGTGTTAAGATGTGTCACAGGAAGTATGAAACC 1748
Query 1657 AGGTCGGATCACAGCTGTGATGGGTCCATCAGGAACAGGAAAGACGAGTCTTCTTTCTGC 1716
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1749 AGGTCGGATCACAGCTGTGATGGGTCCATCAGGAGCAGGAAAGACAAGTCTTCTTTCTGC 1808
Query 1717 TTTGGCTGGGAAAGCTGTGGGGTGCAAATTGAGTGGTTTGATTCTTATAAACGGGAAGCA 1776
|||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1809 TTTGGCTGGGAAAGCTGTCGGATGCAAATTAAGTGGTTTGATTCTTATAAATGGGAAGCA 1868
Query 1777 GGAATCAATCCATTCATATaaaaaaaTTATTGGTTTTGTGCCTCAAGATGACGTTGTTCA 1836
|||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1869 GGAATCAATCCACTCATATAAAAAAATTATTGGCTTTGTGCCACAAGATGACGTTGTTCA 1928
Query 1837 TGGAAACTTAACAGTAGAGGAAAATCTTTGGTTCCATGCTAAATGCAGATTACCTGCGGG 1896
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1929 TGGAAACTTAACAGTAGAGGAAAATCTTTGGTTCCATGCTAAATGCAGATTACCTGCGGA 1988
Query 1897 TCTATCGAAAGCAGACAAAGTTCTTGTGGTTGAAAGAATCATCGACTCTTTGGGGCTACA 1956
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 1989 TCTATCCAAAGCAGACAAAGTTCTTGTGGTTGAAAGAATCATTGACTCCTTGGGGCTACA 2048
Query 1957 AGCTGTGAGGAGTTCTTTAGTTGGTACGGTAGAGAAGCGGGGAATCTCAGGAGGGCAGAG 2016
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2049 AGCTGTGAGGAGTTCTTTAGTTGGTACTGTAGAGAAGCGGGGAATCTCAGGAGGGCAGAG 2108
Query 2017 GAAACGAGTGAATGTGGGTTTAGAGATGGTAATGGAGCCTTCAGTTCTATTCTTGGATGA 2076
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||
Sbjct 2109 GAAACGAGTGAATGTGGGTTTAGAGATGGTAATGGAGCCTTCGGTTTTATTCTTGGATGA 2168
Query 2077 ACCTACTTCTGGCTTGGATAGTGCCTCATCACAGCTTCTTCTTAGAGCACTTCGGCATGA 2136
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2169 ACCTACTTCTGGCTTGGATAGTGCCTCATCACAGCTTCTTCTTAGAGCACTTCGGCATGA 2228
Query 2137 AGCCCTCGAGGGAGTCAATATTTGCATGGTTGTTCACCAACCAAGTTATACTTTGTTCAA 2196
||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2229 AGCTCTCGAGGGAGTAAATATTTGCATGGTTGTTCACCAACCAAGTTATACTTTGTTCAA 2288
Query 2197 AACGTTCAATGATCTAGTACTTCTCGCAAAAGGTGGCCTTACCGTTTACCACGGATCAGT 2256
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2289 AACGTTCAATGATCTAGTACTTCTCGCGAAAGGTGGCCTTACTGTTTACCACGGATCAGT 2348
Query 2257 CAACAAAGTCGAGGAATACTTCTCGGGTTTGGGAATAGATGTTCCAGACCGTATCAACCC 2316
||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2349 CAACAAAGTTGAGGAATACTTCTCGGGTCTGGGGATACATGTTCCAGACCGTATCAACCC 2408
Query 2317 TCCCGACTATTACATTGATGTTCTGGAAGGAGTAGTGATTTCAATTGGG-AATTCTGGTG 2375
||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||
Sbjct 2409 TCCTGACTATTACATCGATGTTCTGGAAGGAGTAGTGATTTCAA-TGGGAAATTCTGGTA 2467
Query 2376 TTGGTTACAAAGAGCTTCCTCAAAGGTGGATGCTTCACAAAGGCTACTCGGTTCCATTAG 2435
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2468 TTGGTTACAAAGAGCTTCCTCAAAGGTGGATGCTTCACAAAGGGTACTCGGTTCCATTAG 2527
Query 2436 ATATGCGG---AATAGTGCTGCTGGACTTGAAACGAATCCAGACACT-GGTAATAATTCA 2491
|||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||
Sbjct 2528 ATATGCGGAACAACAGTGCTGCTGGACTTGAAACGAATCCAGAC-TTAGGTACTAATTCA 2586
Query 2492 -CATGATAATGCAGAACAAACATTTGCCG-GAGAGCTGTGGCGAGATGTGAAGAGTAATT 2549
|| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2587 CCA-GATAATGCAGAACAAACATTTG-CGAGAGAGCTGTGGCGGGATGTGAAGAGTAATT 2644
Query 2550 TCAGGTTGCGTCGTGATAAAATACGGCATAACTTCTTAAAGTCTAGAGATTTATCCCACA 2609
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2645 TCAGGTTGCGTCGTGATAAAATACGGCATAACTTCTTAAAGTCTAGAGATTTATCCCACA 2704
Query 2610 GAAGAACCCCTACTACGTGGCTGCAATACAAATATTTCCTTGGAAGGATAGCTAAGCAGC 2669
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2705 GAAGAACCCCTAGTACGTGGCTGCAATACAAATATTTCCTTGGAAGGATAGCGAAGCAGC 2764
Query 2670 GAATGAGAGAAGCTCAATTACAAGCCACAGACTATTTGATCTTGTTGCTTGCTGGAGCTT 2729
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2765 GAATGAGAGAAGCTCAATTACAAGCCACAGACTATTTGATATTGTTGCTTGCTGGAGCTT 2824
Query 2730 GTTTAGGATCACTCG-TTAAAGCAAGTGATGAGAGCTTTGGAGCTCCTGGTTATACCTAT 2788
||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2825 GTTTAGGATCACT-GATTAAAGCAAGTGATGAGAGCTTTGGAGCTCCTGGTTATATTTAT 2883
Query 2789 ACTATTATCGCAGTCTCTCTTCTTTGCAAAATAGCAGCTTTAAGATCATTCTCACTAGAC 2848
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2884 ACTATTATCGCAGTCTCTCTTCTTTGCAAAATAGCAGCTTTAAGATCATTCTCACTAGAC 2943
Query 2849 AAGTTACATTACTGGAGAGAAAGTGCTTCAGGGATGAGTAGCTCGGCCTGCTTCCTTGCC 2908
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2944 AAGTTACATTACTGGAGAGAAAGTGCTTCAGGGATGAGTAGTTCGGCCTGCTTCCTTGCC 3003
Query 2909 AAAGATACAATAGACTTTTTCAATATACTTGTCAAGCCATTGGTCTATCTCTCCATGTTC 2968
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3004 AAAGATACAATAGACATTTTCAATATACTTGTCAAGCCATTGGTCTATCTCTCCATGTTC 3063
Query 2969 TATTTCTTCACGAACCCAAGATCCACATTTTTCGATAACTATATTGTTTTGGTCTGTCTC 3028
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3064 TATTTCTTCACGAACCCAAGATCCACATTTTTCGATAACTATATTGTTTTGGTCTGTCTC 3123
Query 3029 GTATATTGTGTGACCGGTATTGCATATGCGTTGGCTATCTTTCTCCAACCAAGCACAGCC 3088
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3124 GTATATTGTGTGACCGGTATTGCATATGCGTTGGCTATCTTTCTCCAACCGAGCACAGCC 3183
Query 3089 CAGCTGTTTTCTGTTCTTCTTCCAGTTGTTTTAACACTTGTTGCAACCCAACCGAAGAAT 3148
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3184 CAGCTGTTTTCTGTTCTTCTTCCAGTCGTTTTAACACTTGTTGCAACCCAACCGAAGAAT 3243
Query 3149 AGTGAAGTTATTAAGATCATAGCTGATTTAAGTTATCCAAAGTGGGCTTTGGAAGCATTT 3208
|||||| |||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3244 AGTGAACTTATCAGGATCATAGCTGATTTGAGTTATCCAAAGTGGGCTTTGGAAGCATTT 3303
Query 3209 GTGATAGGAAATGCTCAAAGGTACTATGGAGTATGGATGATTACTCGATGTGGATCGCTT 3268
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3304 GTGATAGGAAATGCTCAAAAGTACTATGGAGTATGGATGATTACTCGATGTGGATCGCTT 3363
Query 3269 ATGAAGAGTGGCTACGACATTAATGAATGGAATTTATGTATAATGATATTGCTTCTCATA 3328
|||||||||||||||||||||||| |||||| | | ||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3364 ATGAAGAGTGGCTACGACATTAATAAATGGAGTCTGTGTATAATGATATTGCTTCTCGTA 3423
Query 3329 GGTGTGGCCACTCGTGGAATTGCCTTTGTGGGGATGGTCATACTTCAAAAGAAGTGAAGA 3388
||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3424 GGTTTGACCACTCGTGGAGTTGCCTTTGTGGGGATGCTCATACTTCAAAAGAAGTGAAGA 3483
Query 3389 AAGATATTTCCTT 3401
||||| |||||||
Sbjct 3484 AAGATCTTTCCTT 3496
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 169614434283
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5