BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg924211
Length=2154
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G54570.1 | Symbols: | Esterase/lipase/thioesterase family p... 3541 0.0
> AT1G54570.1 | Symbols: | Esterase/lipase/thioesterase family
protein | chr1:20380478-20385125 REVERSE LENGTH=2458
Length=2458
Score = 3541 bits (1917), Expect = 0.0
Identities = 2074/2151 (96%), Gaps = 5/2151 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GGACTGCCTGAATCAAAAGGCAATGGCAACATGTTCTTCAAGCTTATTGGTGTTACCAAT 60
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 151 GGACTGCCTGAATCAAAAGACAATGGCAACATGTTCTTCAAGCTTATTGGTGTTACCAAA 210
Query 61 TTTGAGATGGAGTTCTAACCAAAGACGCAATTTCAAGGTAAGAGCTCAAATCTCTGGTGA 120
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 211 TTTGAGATTGAGTTCTAACCAAAGACGCAATTTCAAGGTAAGAGCTCAAATCTCTGGTGA 270
Query 121 AAACAAGAAGACGACATCTTTGGAACCAGTGAACAACAACGGTTCGGTCTCTGTGTCTA- 179
|||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 271 AAACAAGAAGGCGACATCATTGGAACCAGTGAACAACAACGGTTCGGTCTCTTTGTCTAC 330
Query 180 T--TGTCCAAAACCAAAAAGGGGCAAATGAAGTGAATGGGAAAGTAAAATCCCAGAAAAA 237
| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||
Sbjct 331 TACTGTTCAAAACCAAAAAGGGGCAAATGAAGTGAATGGGAAAGGGAAATCCAAGAGAAA 390
Query 238 GATAGTGAGTGATGAAATTGAGTTGTTATGGGATGATGGGTATGGCTCTAAATCTGTTAA 297
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 391 GATAGTGAGTGATGAAATTGAGTTGTTATGGGATGATGGGTATGGCTCCAAATCTGTTAA 450
Query 298 AGATTACTTTGCGGCGGCTAGAGAGATCTTGAAACCTGACGGTGGTCCTCCACGGTGGTT 357
|||||||||||| ||||||| |||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 451 AGATTACTTTGCTGCGGCTAAAGAGATTTTGAAGGCTGATGGTGGTCCTCCACGGTGGTT 510
Query 358 TAGTCCCGTTGATTGTGGTCGACCTGTTGAAGATGCTCCTACGTTACTCTTCTTACCTGG 417
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 511 TAGTCCCGTTGATTGTGGTCGACCTGTTGAAGATGCTCCTACGTTACTCTTCTTACCTGG 570
Query 418 GATGGATGGCACAGGGATGGGCCTCGTTCCACATCACAAAGCTCTTGGCAAGGCTTTTCA 477
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 571 GATGGATGGCACAGGGATGGGCCTTGTTCCACATCACAAAGCTCTTGGCAAGGCTTTTCA 630
Query 478 TGTCTGGTGCCTGCATATTCCTGTACTTGATCGAACTCCATTCGAAGGACTGGTGAAAGT 537
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||
Sbjct 631 TGTCTCGTGCCTGCATATTCCTGTACTTGATCGAACTCCATTTGAAGGGCTTCTGAAAGT 690
Query 538 AGTCGAGGATGTTTTGAGGCAGGAGCAGGCTACACGTCCTAATAAGCCGATATATCTTGT 597
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 691 AGTCGAAGATGTTTTGAGGCAGGAGCAGGCTACACGTCCTAATAAGCCGATATATCTCGT 750
Query 598 GGGCGATTCCTTTGGAGGATGCCTGGCTCTTGCTGTTGCTGCCAGAAACCGTTCATTAGA 657
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 751 GGGCGATTCCTTTGGAGGATGCCTGGCTCTTGCTGTTGCTGCTAGAAACCGTTCGTTAGA 810
Query 658 CTTGGTGTTGATACTAGTCAACCCAGCTACATCATTTGATAGGTCACCGCTACAGCCGTT 717
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 811 CTTGGTGTTGATACTAGTCAACCCAGCTACATCATTTGATAGGTCACCGCTACAGCCGTT 870
Query 718 GCTGCCTATATTAGAGATGGTGCCAGAGGAGCTTCATTTTACTGTTCCATATGCTCTAAG 777
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 871 GCTGCCTATATTAGAGATGGTGCCAGAGGAGCTTCATTTTACTGTTCCATATGCTCTAAG 930
Query 778 CTTTATTATGGGTGATCCGATAAAGATGGCGACACTTGGTATCGACAACCAACTTCCAAC 837
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 931 CTTTATTATGGGTGATCCGATAAAGATGGCGACACTTGGTATCGACAACCAACTTCCAAC 990
Query 838 AGGAATCAAAATGGAAAAGTTGAGACAGAGGCTTACTAAAACTATGCTCCCGCTTCTCTC 897
|||| | ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 991 AGGAGTAAAAATTGAAAAGTTGAGACAAAGGCTTACTAAAACAATGCTCCCGCTTCTCTC 1050
Query 898 TGAGCTCGTTGGAATTATTCCACGGGAAACTTTACTTTGGAAGCTTAAGTTACTGAGATC 957
|||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1051 TGAGCTCGGTGGAATTATTCCACGGGAAACCTTACTTTGGAAGCTTAAGTTACTGAGATC 1110
Query 958 TGGCTCTGCTTATGCCAATTCCCGCATCCATGCAGTTCAAGCTGAAGTTTTGGTCCTTGC 1017
||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1111 TGGCTGTGCTTATGCCAATTCCCGCATCCATGCTGTTCAAGCTGAAGTCTTGGTCCTTGC 1170
Query 1018 TAGTGGAAAGGACATGATGCTTCCTAGCCAAGAAGAAGCGAAGCGGCTTCACGGGGTACT 1077
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||
Sbjct 1171 TAGTGGAAAGGACATGATGCTTCCTAGCCAAGAAGAAGCAAAGCGGCTTCACGGGTTACT 1230
Query 1078 TAAAAACTGTTCAGTTCGATGCTTCAAGGACAATGGGCATACCCTTTTATTGGAAGATAG 1137
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1231 TAAAAACTGTTCAGTTCGATGCTTCAAGGACAATGGGCATACCCTTTTATTGGAAGATAG 1290
Query 1138 CATCAGTTTGCTCACAGTTATAAAAGGTACAGGCAAGTACCGGCGGTCCTGGAGATATGA 1197
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1291 CATCAGTTTGCTCACAGTTATAAAAGGTACAGGCAAGTACCGGCGGTCCTGGAGATATGA 1350
Query 1198 TTTGGTTTCTGATTTCTTGCCTCCAAGTAAGGGAGAACTTGCTTACGCCCTTGATGAAGT 1257
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1351 TTTGGTTTCTGATTTCTTGCCTCCAAGTAAGGGAGAACTTGCTTACGCCCTTGATGAAGT 1410
Query 1258 GCTTGGATTCTTGCGAAATGCTGTTGGTTCTGTGtttttttCAACTATGGAAGACGGGAG 1317
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1411 GCTTGGATTCTTGCGAAATGCTGTTGGTTCTGTGTTTTTTTCAACTATGGAAGACGGGAA 1470
Query 1318 AATAGTGAAGGGACTTGCTGGTGTTCCAGATGAAGGTCCGGTGCTACTTGTTGGTTACCA 1377
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1471 AATAGTGAAGGGACTTGCTGGTGTTCCAGATAAAGGTCCGGTGCTACTTGTTGGTTACCA 1530
Query 1378 CATGTTGATGGGTCTTGAACTTGGTCCAATGTCCGAGGCATTTATAAAAGAGAAAAACAT 1437
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 1531 CATGTTGATGGGTCTTGAACTTGGTCCAATGTCCGAGGCGTTTATAAAAGAGAAGAACAT 1590
Query 1438 TCTCTTTCGTGGAATGGCCCATCCAGTTCTGTATTCTGATAATGATCCAGCTAAGGCGTT 1497
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1591 TCTCTTTCGTGGAATGGCCCATCCGGTTCTGTATTCTGATAATGATCCAGCTAAGGCGTT 1650
Query 1498 TGATTATGGCGACTGGATTAAGGTATTTGGTGCCTATCCTGTCACCGCAACCAATCTTTT 1557
||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1651 TGATTATGGTGACTGGATTAAAGTATTTGGTGCCTATCCTGTCACCGCAACCAATCTATT 1710
Query 1558 TAAGCTGTTATCTTCTAAATCTCATGTCCTTCTCTTCCCTGGCGGTGCACGAGAGGCTCT 1617
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1711 TAAGCTGTTAGATTCTAAATCTCATGTCCTTCTCTTCCCTGGTGGTGCACGAGAGGCTCT 1770
Query 1618 CCATAACCGGGGTGAACAATACAAACTAATTTGGCCTGAACAGCAAGAGTTTGTAAGAAT 1677
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1771 CCATAACCGGGGTGAACAATACAAACTAATTTGGCCTGAACAGCAAGAGTTTGTAAGAAT 1830
Query 1678 GGCAGCACGGTTTGGTGCAACAATAGTGCCGTTTGGAACTGTTGGTGAAGACGACATAGC 1737
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1831 GGCAGCACGGTTTGGTGCAACAATAGTGCCGTTTGGAACAGTTGGTGAAGACGACATAGC 1890
Query 1738 TGAATTGGTTCTTGATTACAACGACCTGATGAAGATCCCAATTCTTAATGACTATGTCAC 1797
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||
Sbjct 1891 TGAATTGGTTCTTGATTACAACGACCTGATGAAGATCCCTATTCTTAATGACTATATCAC 1950
Query 1798 AGAAATAACTCGCGATACGAAACAATTTAAATTGAGGGAAGAATCAGAAGGAGAGGTGGC 1857
||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 1951 GGAAGTTACTCGCGATACCAAACAATTTAAATTGAGGGAAGAGTCAGAGGGAGAGGTGGC 2010
Query 1858 AAACCAGCCGCTCTACATACCAGGACTCATACCGAAAGTCCCGGGTAGGTTCTATTACCT 1917
||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2011 AAACCAGCCACTCTACCTACCAGGACTCATACCGAAAGTCCCGGGTAGGTTCTATTACCT 2070
Query 1918 GTTTGGGAAACCGATAGAGACAAAGGGAAGACCAGAACTTGTGAAAGACAAAGACGAAGC 1977
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 2071 GTTTGGGAAACCGATAGAGACAAAGGGAAGACCAGAGCTTGTAAAAGACAAAGAAGAAGC 2130
Query 1978 AAATCGAGTTTACTTGGAGGTCAAAG-CGGAAGTAGAGAATAGTATAGCCTACTTGTTGA 2036
||||| ||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2131 AAATCAAGTTTACTTGGAGGT-AAAGGCGGAGGTAGAGAATAGTATAGCCTACCTGTTGA 2189
Query 2037 AGAAACGAGAGGAAGATCCATACAGAAGTGTCTTAGACAGATTAAACTACAGTTTGACGC 2096
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2190 AGAAACGAGAGGAAGATCCATACAGAAGTGTCTTAGACAGATTAAACTACAGTTTGACGC 2249
Query 2097 ATACTACCGCAACTCATGTTCCGTCTTTCGAACCATGATTCGAACACAAAA 2147
| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 2250 ACACTACCGCAACTCATGTTCCATCTTTCGAGCCATGATTCGAACAAAAAA 2300
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 106826759760
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5