BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg925040
Length=2531
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G60160.1 | Symbols: | Potassium transporter family protein ... 4074 0.0
> AT1G60160.1 | Symbols: | Potassium transporter family protein
| chr1:22188114-22191395 REVERSE LENGTH=2700
Length=2700
Score = 4074 bits (2206), Expect = 0.0
Identities = 2406/2506 (96%), Gaps = 0/2506 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 26 ATGGAGGAAATTGAAGAAGGAAGCAGCAACAATAGCATAAGACGTGTTGGTACCGGAAGT 85
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGAGGAAATTGAAGAAGGAAGCAGCAACAACAGCATAAGACGTGTTGGTACCGGAAGT 60
Query 86 AGTGACCGGAGATGGGTTGATGGAAGCGAGGTTGACTCTGAAACGCCGCTGTTTTCGGAA 145
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 61 AGTGACCGGAGATGGGTTGATGGAAGCGAGGTAGACTCTGAAACGCCGCTGTTTTCAGAA 120
Query 146 ATCAGAGATAGAGACTATAGTTTTGGGAATTTGAGGAGAAGATTGATGAAAAAGCCTAAA 205
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||
Sbjct 121 ATCAGAGATAGAGACTATAGTTTTGGGAATTTGAGGAGAAGATTAATGAAAAAACCCAAA 180
Query 206 AGAGCTGATTCTCTTGATGTTGAAGCTATGGAAATTGCAGGTTCTCATGGTCACAATCTC 265
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 AGAGCTGATTCTCTTGATGTTGAAGCTATGGAAATTGCAGGTTCTCATGGTCACAATCTC 240
Query 266 AAGGATTTGTCACTTTTGGGTACACTTGGGATTGCGTTTCAGACGTTAGGTGTTGTGTAT 325
|||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 AAGGATTTGTCACTTTTGACTACACTTGGAATAGCGTTTCAGACGTTAGGTGTTGTGTAT 300
Query 326 GGTGATATGGGAACAAGTCCTTTGTATGTGTTCAGTGATGTGTTTAGTAAAGTTCCTATA 385
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GGTGATATGGGAACAAGTCCTTTGTATGTGTTCAGTGATGTGTTTAGTAAAGTTCCTATA 360
Query 386 AGATCAGAAGTTGATGTTCTTGGAGCTTTGTCTCTCGTTATCTACACTATTGCTGTGATT 445
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 AGATCAGAAGTTGATGTTCTTGGAGCTTTGTCTCTCGTTATCTACACTATTGCTGTGATT 420
Query 446 CCTTTAGCAAAGTATGTCTTTGTAGTTCTTAAAGCCAACGACAATGGCGAAGGAGGGACA 505
||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 CCTTTGGCAAAGTATGTATTTGTAGTCCTTAAAGCTAACGACAATGGCGAAGGAGGGACA 480
Query 506 TTTGCGTTGTATTCGCTAATTTGTAGGTATGCAAAGGTGAATAAGTTGCCAAATCAACAA 565
|||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 481 TTTGCGTTGTATTCACTTATTTGTAGGTATGCAAAGGTGAATAAGCTGCCAAATCAACAA 540
Query 566 CCTGCAGATGAGCAGATCTCGAGTTTTAGGCTTAAACTCCCAACTCCTGAGTTGGAAAGA 625
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 541 CCTGCGGATGAGCAGATCTCGAGTTTTAGGCTTAAACTCCCAACTCCTGAGCTGGAAAGA 600
Query 626 GCTCTGTGGATTAAAGAAGCTTTGGAGACAAAAGGGTATTTGAAAACTCTTCTTTTGCTT 685
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 GCTCTGGGGATTAAAGAAGCTTTGGAGACAAAAGGGTATTTGAAAACTCTTCTTTTGCTT 660
Query 686 TTAGTACTAATGGGAACTTCCATGATTATTGGCGATGGAATTCTAACACCAGCTATGTCA 745
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 TTAGTCCTAATGGGAACTTCCATGATTATTGGCGATGGAATTCTAACACCAGCTATGTCA 720
Query 746 GTGATGTCTGCAATGAGTGGTCTACAAGGTGAAGTTAAAGGATTTGGAACAAATGCATTG 805
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 GTGATGTCTGCAATGAGTGGTCTACAAGGTGAAGTTAAAGGATTTGGAACAAATGCATTG 780
Query 806 GTTATGTTTTCTATTGTGATTCTCGTGGCTTTGTTCAGCATACAAGGGTTTGGGACGGGT 865
||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 781 GTTATGTCTTCGATTGTGATTCTCGTGGCTTTGTTCAGCATACAACGGTTTGGGACGGGT 840
Query 866 AAAGTTGGTTTTCTATTTGCGCCAGTTCTCGCGCTCTGGTTCTTCTCTCTCGGTGCTATT 925
|||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 841 AAAGTTGGTTTTCTATTTGCTCCAGTTCTGGCGCTCTGGTTCTTCTCTCTTGGTGCTATT 900
Query 926 GGAATCTATAATCTGTTGAAGTACGACATCACTGTCATAAGAGCATTAAACCCGTTTTAC 985
||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 901 GGAATCTATAATCTGTTGAAGTATGACTTCACTGTCATAAGAGCACTAAACCCGTTTTAT 960
Query 986 ATCGTATTATTCTTCAATAAGAATAGCAAACAGGCTTGGTCTGCTCTTGGTGGATGTGTC 1045
||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 ATCGTTTTGTTCTTCAACAAGAATAGCAAACAGGCTTGGTCTGCTCTTGGTGGATGTGTC 1020
Query 1046 TTATGCATTACAGGAGCTGAAGCAATGTTTGCAGATTTAGGACATTTCTCAGTTCGTTCT 1105
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 TTATGCATAACAGGAGCTGAAGCAATGTTTGCAGATTTAGGACATTTCTCAGTTCGTTCT 1080
Query 1106 ATACAGATGGCATTCACTTGCGTGGTGTTCCCATGCCTTCTCTTAGCTTACATGGGTCAA 1165
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 ATACAGATGGCATTTACTTGCGTGGTGTTCCCATGCCTTCTCTTAGCTTACATGGGTCAA 1140
Query 1166 GCTGCTTATCTAACAAAGCATCCCGAGGCCTCGGCTCGCATATTCTACGATTCAGTTCCA 1225
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1141 GCTGCTTATCTAACAAAGCATCCCGAGGCCTCAGCTCGCATATTCTATGATTCAGTTCCA 1200
Query 1226 AAGAGTTTGTTCTGGCCAGTGTTTGTGATTGCGACATTAGCTGCGATGATAGCTAGCCAA 1285
||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1201 AAGAGTTTGTTCTGGCCGGTGTTTGTGATTGCAACATTAGCTGCTATGATAGCTAGCCAA 1260
Query 1286 GCCATGATCTCTGCGACTTTCTCATGTGTCAAACAAGCCATGGCTCTCGGTTGCTTTCCG 1345
||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 GCCATGATCTCCGCGACTTTCTCATGCGTCAAACAAGCCATGGCTCTCGGTTGCTTTCCA 1320
Query 1346 AGGCTGAAGATAATCCACACTTCTAAAAAACGGATGGGTCAAATCTACATTCCGGTCATC 1405
|||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || || || |||
Sbjct 1321 AGGCTGAAGATAATCCACACTTCTAAGAAACGGATAGGTCAAATCTATATACCAGTTATC 1380
Query 1406 AATTGGTTCTTGATGATCATGTGCATACTCGTTGTCTCCATCTTCAGAAGCACAACCCAC 1465
|| ||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 AACTGGTTCTTGATGATCATGTGCATTCTTGTCGTCTCCATCTTCAGAAGCACAACCCAC 1440
Query 1466 ATCGCCAATGCTTATGGCATAGCAGAGGTAGGTGTGATGATGGTGAGCACAGTGTTGGTA 1525
|| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 1441 ATTGCCAATGCTTACGGCATAGCAGAGGTAGGTGTAATGATGGTTAGCACAGTTTTGGTA 1500
Query 1526 ACACTAGTTATGCTTCTCATTTGGCAAACCAATATATTTCTCGCCCTTTGCTTTCCCCTT 1585
|| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1501 ACTCTAGTGATGCTTCTTATTTGGCAAACCAATATATTTCTCGCCCTTTGCTTTCCCCTT 1560
Query 1586 ATATTTGGATCAGTCGAGACCATTTACTTGCTTGCTGTTCTCACCAAGATCTTGGAAGGC 1645
|||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1561 ATATTTGGATCAGTGGAGACCATTTACTTGCTAGCTGTTCTCACCAAGATATTGGAAGGC 1620
Query 1646 GGTTGGGTTCCGCTAGTATTCGCCACTTTCTTCCTCACTGTAATGTACATTTGGAACTAT 1705
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1621 GGTTGGGTTCCGCTAGTATTCGCCACTTTCTTCCTCACTGTAATGTACATTTGGAACTAC 1680
Query 1706 GGAAGTGTGCTAAAGTACCAAAGCGAGGTCAGGGAAAGAATCTCCATGGATTTTATGCGT 1765
|||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1681 GGAAGTGTACTCAAGTACCAAAGCGAGGTCAGGGAAAGAATCTCCATGGATTTTATGCGT 1740
Query 1766 GAGCTCGGCTCAACTCTTGGAACTATTCGAATCCCCGGGATTGGACTCCTTTACAATGAT 1825
|||||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| || ||
Sbjct 1741 GAGCTCGGTTCAACTCTTGGGACCATTCGAATCCCTGGGATTGGACTCCTTTATAACGAG 1800
Query 1826 CTTGTCCAAGGCATACCTTCCATTTTTGGACAGTTCTTGCTCACTCTTCCTGCGATTCAC 1885
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1801 CTTGTCCAAGGTATACCTTCCATTTTTGGACAGTTCTTGCTCACTCTTCCTGCGATTCAC 1860
Query 1886 TCAACAATCATCTTTGTCTGCATCAAATATGTTCCTGTTCCGGTTGTTCCTCAAGAAGAG 1945
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1861 TCAACAATCATCTTTGTCTGCATCAAATATGTTCCTGTCCCGGTTGTTCCTCAAGAAGAG 1920
Query 1946 AGGTTCCTTTTCAGACGGGTATGTCCTAAGGACTACCATATGTTCAGGTGCATCGCGAGG 2005
|||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1921 AGGTTCCTCTTCAGACGGGTTTGTCCTAAGGACTACCATATGTTCAGGTGCATTGCGAGG 1980
Query 2006 TACGGTTACAAAGATGTCAGAAAAGAAGATTCTAGAGTCTTTGAACAGCTTCTTATTGAA 2065
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1981 TATGGTTACAAAGATGTCAGAAAAGAAGATTCTAGAGTCTTTGAACAGCTTCTTATTGAA 2040
Query 2066 AGTCTAGAGAAGTTCTTGAGATATGAAGCATTAGAGGATGCTCTAGAGAGCACTATGAAT 2125
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2041 AGTCTAGAGAAGTTCTTGAGATGTGAAGCATTAGAGGATGCTCTAGAGAGCACTCTGAAT 2100
Query 2126 GATTTAGATCCCGATAGGGATTCTGTTGCAAGTGATACGTACACAGACGACCTCATGGCT 2185
||||| ||||||||||| | ||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 2101 GATTTTGATCCCGATAGAGTTTCCGTTGCAAGTGATACTTACACGGACGACCTCATGGCT 2160
Query 2186 CCTCTCATTCACCGTGCAAAGCGTTCTGAGCCAGAGCAAGAGTTGGATTCAGAGGTTTTG 2245
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2161 CCTCTCATCCACCGTGCAAAGCGTTCTGAGCCAGAGCAAGAGTTGGATTCAGAGGTTTTG 2220
Query 2246 CCATCTTCAAGCGTAGGGACGTCGATGGAGGAAGATCCAGCTCTGGAATATGAGCTCGCG 2305
|||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 2221 CCATCTTCAAGCGTAGGGTCGTCTATGGAGGAAGATCCAGCTCTGGAATATGAACTTGCG 2280
Query 2306 ACTTTGAGAGAAGCCACAGACTCGGGGCTAACGTATCTACTGGCTCATGGAGATGTGAGG 2365
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2281 GCTTTGAGAGAAGCCACAGACTCGGGGCTAACGTATTTACTGGCTCATGGAGATGTAAGG 2340
Query 2366 GCGAAGAAGAATTCGATTTTCGTGAAGAAGCTTGTGATTAATTACTTCTATGCGTTTCTA 2425
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2341 GCGAAGAAGAATTCGATTTTCGTGAAGAAGCTTGTGATTAATTACTTCTATGCGTTTCTA 2400
Query 2426 AGGAGGAATTGCAGAGCTGGGGCTGCGAATCTCACTGTTCCTCATATGAACATCTTGCAA 2485
||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2401 AGGAGAAATTGCAGAGCTGGAGCTGCGAATCTCACTGTTCCTCATATGAACATCTTGCAA 2460
Query 2486 GCTGGGATGACTTATATGGTCTAGTGTTTGATTCTTTAGCTATACT 2531
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2461 GCTGGGATGACTTATATGGTCTAGTGTATGATTCTTTAGCTATACT 2506
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 125618025272
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5