BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg925042
Length=2626
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G60140.1 | Symbols: ATTPS10, TPS10 | trehalose phosphate syn... 4231 0.0
AT1G60120.1 | Symbols: | transposable element gene | chr1:2217... 372 1e-101
> AT1G60140.1 | Symbols: ATTPS10, TPS10 | trehalose phosphate synthase
| chr1:22176934-22180875 REVERSE LENGTH=3146
Length=3146
Score = 4231 bits (2291), Expect = 0.0
Identities = 2512/2621 (96%), Gaps = 5/2621 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CATGGTTTTTGGTTCGAATAATGGGGTCAAAATCATTTGGAAATCTATTAGACTTGGCTT 60
||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 229 CATGGTTTTTGGTTCCAACAATGGGGTCAAAATCATTTGGAAATCTATTAGACTTGGCCT 288
Query 61 CTGGGAATCTTTTGGACATTCCTCAGACACCGAGATCTCTTCCAAGAGTGATGACTGTTC 120
||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 289 CTGGGGATCTTTTGGACATTCCTCAGACTCCGAGATATCTTCCAAGAGTGATGACTGTTC 348
Query 121 CTGGCATCATCTCTGACGTTGATGGATATGGAATTAGTGATGGTGATTCAGATGTCATTT 180
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 349 CTGGCATTATCTCTGACGTTGATGGATATGGAATTAGTGATGGCGATTCAGATGTCATTT 408
Query 181 CGTTACCTTGCCGCGAGCGGAAAATCATTGTGGCTAACTTTCTTCCTTTGAATGGTAAAA 240
| ||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 409 CATTACCTTGCCGTGAGCGGAAAATCATTGTGGCCAATTTTCTTCCTTTGAATGGTAAAA 468
Query 241 GGGATTCAGAAACTGGAAAGTGGAAATTCAGCCTCGACAATGATTCTCCATTGTTACATC 300
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 469 AGGATTCAGAAACTGGAAAGTGGAAATTCAGTCTCGACAATGATTCTCCCCTGTTACATC 528
Query 301 TCAAGGATGGTTTTTCTCCAGAGACGGAAGTCATTTATGTTGGATCGCTTAAGACGCATG 360
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 529 TCAAGGATGGTTTTTCTCCAGAGACTGAAGTCATTTATGTTGGATCGCTCAAGACGCATG 588
Query 361 TTGATCTTAGTGACCAAGACGAGGTTTCCCAAAATATTTTTGAGGAATTCAATTGTGTTG 420
||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |
Sbjct 589 TTGATGTTAGTGAGCAAGACGAGGTTTCCCATAATCTTTTTGAGGAATTCAATTGTGTAG 648
Query 421 CGACTTTCCTCCCGCAAGATGTGCATAAAAAATTCTACCTTGGGTTTTGTAAACAGCAGC 480
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 649 CGACTTTCCTCCCACAAGATGTGCATAAAAAATTCTACCTTGGCTTTTGTAAACAGCAAC 708
Query 481 TATGGCCACTTTTCCACTACATGTTACCCATGTGCCCTGATCATGGTGAACGCTTTGATC 540
|||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 709 TATGGCCACTTTTCCATTACATGTTACCCATGTGTCCTGATCATGGTGAACGGTTTGATC 768
Query 541 GTGGTCTTTGGCAGGCATATGTTTCTGCCAACAAAATATTCGCGGATAAGGTGATGGGAG 600
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||| |
Sbjct 769 GTGGTCTTTGGCAGGCATATGTTTCTGCCAACAAGATATTTGCAGATAAGGTAATGGGTG 828
Query 601 TGATTAATCTTGAGGAAGATTATATCTGGATTCATGACTATCATTTGATGGTGCTCCCAA 660
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 829 TGATTAATCTTGAAGAAGATTATATCTGGATTCATGACTATCATTTAATGGTTCTCCCAA 888
Query 661 CATTTTTGAGAAGGCGTTTTCACAGGGTTAAGCTTGGTTTCTTCCTCCACAGTCCGTTTC 720
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 889 CATTTTTGAGAAGGCGGTTTCACAGGGTTAAGCTTGGTTTCTTCCTCCACAGTCCATTCC 948
Query 721 CTTCTTCAGAAATTTATCGAACCTTACCTGTTCGAGAGGAACTACTGAGAGGGCTCTTAA 780
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 949 CTTCTTCAGAAATTTATCGAACCTTACCTGTTCGAGAGGAACTACTAAGAGGGCTCTTAA 1008
Query 781 ACTGTGACTTAATTGGTTTTCACACCTTTGATTATGCACGGCATTTCTTGTCATGCTGCT 840
| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1009 ATTGTGACTTAATTGGTTTTCACACGTTTGATTATGCACGGCATTTCTTGTCATGCTGCT 1068
Query 841 GTAGAATGCTTGGATTGGAGTATGAATCTAAGAGAGGGCATATTGCTCTTGACTACTTGG 900
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1069 GTAGAATGCTTGGATTGGAGTATGAATCTAAGAGAGGGCATATTGCTCTTGACTACTTGG 1128
Query 901 GCCGTACAGTTTTTCTGAAGATTCTTCCTATAGGTATTCACATGGGAAGGCTGGAATCTG 960
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1129 GACGTACAGTTTTTCTGAAGATTCTTCCTATAGGTATTCACATGGGAAGGCTGGAATCCG 1188
Query 961 TTCTGAATCTTCCTGCTACAGCTGATAAA-CTGAAAGAGATTCAAGAAAAGTATCGGGGT 1019
||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1189 TTCTGAATCTTCCTGCTACAGCTGA-AAAGCTGAAAGAGATTCAAGAAAAGTATCGGGGT 1247
Query 1020 AAAAAGGTCATTCTCGGTGTTGATGACATGGATATATTCAAAGGTTTAAGTCTTAAAATT 1079
|||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1248 AAAAAGATAATTCTCGGTGTTGATGACATGGATATATTCAAAGGTTTAAGTCTTAAAATT 1307
Query 1080 TTGGCATTTGAACACCTCCTACAGCAATATCCTAGCATGCTAGGGAAAATAGTTCTTATT 1139
||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1308 TTGGCCTTTGAACACCTCCTTCAGCAATATCCTAGCATGCTAGGGAAAATAGTTCTTATT 1367
Query 1140 CAGATTGTGAACCCGGCCAGAGGCTCAGGTAAAGACGTTCAAGAAGCGAAGAAAGAAACA 1199
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||
Sbjct 1368 CAGATTGTGAACCCAGCCAGAGGCTCAGGTAAAGACGTTCAGGAAGCGAGGAAAGAAACG 1427
Query 1200 TATGATACTGTTAAAAGAATCAACGAGCGTTATGGTTCTCCTGATTATGAGCCAGTGGTT 1259
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||
Sbjct 1428 TATGATACTGTTAAAAGAATCAACGAGCGTTATGGTTCACATGATTATGAGCCAGTGGTT 1487
Query 1260 CTGATTGATCGTCCTGTTCCCCGGTTTGAGAAGTCTGCCTATTATGCTTTGGCAGAATGC 1319
||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1488 CTGATTGATCGCCCTGTTCCTCGGTTTGAGAAGTCTGCCTATTATGCCCTGGCAGAATGC 1547
Query 1320 TGCATAGTCAATGCAGTGAGGGATGGGATGAACTTAGTTCCGTATAAGTACACTGTTTGT 1379
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1548 TGCATAGTCAATGCAGTGAGGGATGGGATGAACTTAGTTCCGTACAAGTACACTGTTTGT 1607
Query 1380 CGGCAGGGAACTCCTAGCATGGATAAGTCTTTGGGAGTAAGTGATGATTCT-CCTCGCAC 1438
||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 1608 CGGCAGGGAACTCCTAGTATGAATAAGTCTTTGGGAGTAAGTGATGATT-TGCCTCGCAC 1666
Query 1439 AAGCACGCTTGTTCTGTCTGAGTTCATTGGTTGCTCGCCTTCTCTAAGTGGTGCGATTAG 1498
|||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1667 AAGCACCCTTGTTCTGTCCGAGTTCATTGGTTGCTCGCCTTCTCTAAGTGGTGCGATTAG 1726
Query 1499 GGTTAATCCTTGGGACGTTGATGCGGTAGCCGATTCAATATATTCTGCTATCACCATGTC 1558
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1727 GGTTAATCCTTGGGACGTTGACGCGGTAGCCGATTCACTATATTCTGCTATTACCATGTC 1786
Query 1559 TGATTTTGAGAAGCAACTACGACATAAAAAACACTTCCACTACATTAGTACACATGATGT 1618
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1787 TGATTTTGAGAAGCAACTACGACATAAAAAACACTTTCACTACATTAGTACACATGATGT 1846
Query 1619 GGCTTATTGGGCGCGCAGCTTTTCACAGGATTTGGAGAGGGCATCTCGAGATCATTACAG 1678
|| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1847 GGGTTATTGGGCGCGCAGCTTTTCGCAGGATTTGGAGAGGGCATCTCGAGATCATTACAG 1906
Query 1679 TAAACGGTGCTGGGGTGTGGGTTGGGGTTTGGGTTTTAGGCTTGTCGCTCTCTCTCCTAA 1738
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1907 TAAACGGTGCTGGGGTGTGGGTTGGGGTTTGGGTTTCAGGCTTGTCGCTCTCTCTCCTAA 1966
Query 1739 TTTCAGAAGGCTATCCATTGAGCAAACTGTTAATGCTTACAGAAGATCGAGCAAGAGAGC 1798
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1967 TTTCAGAAGGCTATCCATTGAGCAAACTGTTAGTGCTTACAGAAGATCGAGCAAGAGAGC 2026
Query 1799 AATATTTCTTGATTATGATGGTACTTTAGTTCCGGAGTCCTCCATCGTAAAGGACCCAAG 1858
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| || ||||||||||||||
Sbjct 2027 AATATTTCTTGATTATGATGGTACTTTAGTTCCTGAGACCTCGATTGTAAAGGACCCAAG 2086
Query 1859 TGCTGAAGTTATATCTGCGTTGAAGTCACTGTGTAGTGATCCTAACAACACTATATTTAT 1918
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2087 TGCTGAAGTTATATCTGCGTTGAAGGCACTGTGTAGTGATCCTAACAACACTATATTTAT 2146
Query 1919 TATTAGCGGGAGGGGAAAAGTTTCTTTGAGCGAGTGGCTTGCACCGTGTGAGAATCTTGG 1978
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 2147 TGTTAGCGGGAGGGGAAAAGTTTCTTTGAGCGAGTGGCTTGCGCCATGTGAGAATCTTGG 2206
Query 1979 AATAGCGGCTGAACACGGTTACTTCACAAGGTGGAATAAGTCTTGTGACTGGGAAACAAG 2038
||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2207 AATAGCGGCTGAACATGGTTACTTTACAAGGTGGAATAAGTCTTCTGACTGGGAAACAAG 2266
Query 2039 CGGCTTATCTGATGACCTTGAGTGGAAGAAAGTTGTGGAACCTATTATGAGACTATATAC 2098
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2267 CGGCTTATCTGATGACCTTGAGTGGAAGAAAGTTGTGGAACCTATTATGAGACTTTATAC 2326
Query 2099 AGAGACTACCGATGGATCCAATATAGAAGCAAAAGAGAGTGCTTTAGTCTGGCATCACCA 2158
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2327 AGAGACTACTGATGGATCCAATATAGAAGCAAAAGAGAGTGCTTTAGTCTGGCATCACCA 2386
Query 2159 AGATGCTGACCCAGACTTTGGTTCTTGTCAAGCCAAGGAACTACTGGACCATCTAGAAAC 2218
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2387 AGATGCTGACCCAGACTTTGGTTCTTGTCAAGCCAAGGAACTACTGGACCATCTAGAAAC 2446
Query 2219 CGTTCTTGTGAATGAACCGGTTATTGTTAACAGAGGCCACCAAATTGTTGAAGTTAAGCC 2278
||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2447 TGTTCTTGTGAATGAACCAGTTATTGTGAACAGAGGCCACCAAATCGTTGAAGTTAAGCC 2506
Query 2279 TCAGGGAGTAAGCAAAGGTCTTGTCACTGGGAAAATTCTTAGCAGAATGCTTGAAGATGG 2338
|||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2507 TCAGGGAGTAAGCAAAGGGCTTGTCACCGGGAAAATTCTTAGCCGAATGCTTGAAGATGG 2566
Query 2339 GAGAGCGCCGGATTTCGTTGTATGCATTGGGGATGATAGATCAGACGAGGAGATGTTTGA 2398
|| |||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2567 GATAGCGCCAGATTTTGTGGTATGCATTGGGGATGATAGATCAGACGAGGAGATGTTTGA 2626
Query 2399 GAACATATCAACAACCCTCTCAGCTCAATCATCGTCAATGTCTACAGAGATATTCGCGTG 2458
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2627 AAACATATCAACAACCCTCTCAGCTCAATCATCGTCAATGTCTACAGAGATATTCGCGTG 2686
Query 2459 TACAGTGGGAAGAAAACCGAGTAAAGCCAAATACTTCCTCGATGAAGTAAGCGATGTGGT 2518
||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2687 TACTGTGGGAAGAAAACCGAGCAAAGCCAAATACTTCCTCGATGAAGTAAGCGACGTGGT 2746
Query 2519 GAAGCTGCTTCAAGGACTTGCCAGCACTACGAGCCCAAAGCCTAGGTACCCTTCTCACCT 2578
|||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2747 GAAGTTGCTTCAAGGACTTGCCAACACTTCGAGCCCAAAGCCTAGGTACCCTTCTCACCT 2806
Query 2579 CAGAGTCTCCTTCGAAAGCGTGGTATGAGAA-TCAAAGATC 2618
||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||
Sbjct 2807 CAGAGTCTCCTTCGAAAGCGTGGTATGAGAAATCAGAGATC 2847
> AT1G60120.1 | Symbols: | transposable element gene | chr1:22171633-22172685
REVERSE LENGTH=1053
Length=1053
Score = 372 bits (201), Expect = 1e-101
Identities = 226/238 (95%), Gaps = 2/238 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1774 CTTACAGAAGATCGAGCAAGAGAGCAATATTTCTTGATTATGATGGTACTTTAGTTCCGG 1833
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
Sbjct 491 CTTACAGACGATCGAGCAAGAGAGCAATATTTCTTGATTCTGATGGTACTTTAGTTCCTG 550
Query 1834 AGTCCTCCATCGTAAAGGACCCAAGTGCTGAAGTTATATCTGCGTTGAAGTCACTGTGTA 1893
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |
Sbjct 551 AGGCCTCCATCGTAAAGGACCCAAGTGCTGAAGTTATATCTGCTTTGAAGGCACTGTG-A 609
Query 1894 -GTGATCCTAACAACACTATATTTATTATTAGCGGGAGGGGAAAAGTTTCTTTGAGCGAG 1952
|||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 610 CGTGATCCTAACAACACTATATTTATTGTCAGCGGGAGCGGAAAAGTTTCTTTGAGCGAA 669
Query 1953 TGGCTTGCACCGTGTGAGAATCTTGGAATAGCGGCTGAACACGGTTACTTCACAAGGT 2010
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 670 TGGCTTGCACCGTGTGAGAATCTTGGAATAGCGGCTGAACACGGTTACTTCACAAGGT 727
Score = 268 bits (145), Expect = 1e-70
Identities = 159/166 (96%), Gaps = 0/166 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2024 TGACTGGGAAACAAGCGGCTTATCTGATGACCTTGAGTGGAAGAAAGTTGTGGAACCTAT 2083
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 825 TGACTGGGAAACAAGCGGCTTATCTGATGACCTCGAGTGGAAGAAAGTTGTGGAACCTAT 884
Query 2084 TATGAGACTATATACAGAGACTACCGATGGATCCAATATAGAAGCAAAAGAGAGTGCTTT 2143
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||
Sbjct 885 TATGAGACTATATACAGAGACTACCGATGGATCCAGTATAGAAGCGAAAGAGCGTGCTTT 944
Query 2144 AGTCTGGCATCACCAAGATGCTGACCCAGACTTTGGTTCTTGTCAA 2189
||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||
Sbjct 945 AGTCTGGCATCACCAAGATGCTGACCCGGACTGTAGTTCTTGTCAA 990
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 130383884857
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5