BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg925100
Length=3007
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G59760.1 | Symbols: | RNA helicase, ATP-dependent, SK12/DOB... 4918 0.0
> AT1G59760.1 | Symbols: | RNA helicase, ATP-dependent, SK12/DOB1
protein | chr1:21984445-21990175 REVERSE LENGTH=3158
Length=3158
Score = 4918 bits (2663), Expect = 0.0
Identities = 2880/2988 (96%), Gaps = 2/2988 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 20 CATGGGTTCCGTGAAGAGAAAATCAGTGGAGGTATCTTCTGATTCTGCTCCGCCGCAAAA 79
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 65 CATGGGTTCCGTGAAGAGAAAATCAGTGGAGGAATCTTCTGATTCTGCTCCGCCGCAAAA 124
Query 80 GGTTCAGAGAGAAGACGATTCCTCCCAAATCATCAACGAAGAGCTTGTGGGTTGCGTTCA 139
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 125 GGTTCAGAGAGAAGACGATTCCACCCAAATCATCAACGAAGAGCTAGTTGGTTGCGTTCA 184
Query 140 CGATGTTTCCTTCCCTGAAAATTACGTTCCTCTTGCTCCCTCCGTCCACGCGAAACCACC 199
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||
Sbjct 185 CGATGTTTCCTTCCCTGAAAATTACGTTCCTCTTGCTCCCTCCGTTCACAATAAACCACC 244
Query 200 GGCTAAAAATTTCCCCTTTACACTTGACTCCTTCCAATCTGAAGCTATCAAGTGTCTCGA 259
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 245 AGCTAAAGATTTCCCCTTTACACTTGACTCCTTCCAATCTGAAGCTATCAAGTGTCTCGA 304
Query 260 TAATGGCGAATCAGTCATGGTTTCAGCTCATACATCAGCTGGTAAAACTGTTGTGGCGTC 319
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 305 TAATGGCGAGTCAGTCATGGTTTCAGCTCATACATCAGCTGGTAAAACTGTTGTGGCGTC 364
Query 320 CTATGCTATTGCCATGTCTTTGAAGGAAAACCAGAGGGTTATTTATACTTCTCCTATAAA 379
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 365 GTATGCTATTGCCATGTCTTTGAAGGAAAACCAGAGAGTTATTTACACTTCTCCTATAAA 424
Query 380 GGCACTTAGTAATCAGAAGTACAGAGATTTTAAAGAAGAGTTTTCTGATGTTGGTTTGAT 439
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 425 GGCACTTAGTAATCAGAAGTACAGAGATTTTAAAGAAGAGTTTTCTGATGTTGGTTTGAT 484
Query 440 GACTGGGGATGTCACTATTGATCCTAATGCCTCTTGCCTTGTCATGACCACGGAGATCTT 499
|||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 485 GACTGGGGATGTGACTATCGATCCTAATGCCTCTTGTCTTGTCATGACTACGGAGATTTT 544
Query 500 GCGTAGTATGCAGTATAAAGGGTCAGAGATTATGCGGGAGGTTGCCTGGATTATTTTTGA 559
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 545 GCGTAGTATGCAGTATAAAGGGTCAGAGATTATGCGGGAGGTTGCGTGGATTATTTTTGA 604
Query 560 TGAGGTGCATTACATGCGAGATAGCGAAAGAGGTGTGGTTTGGGAAGAGAGTATTGTCAT 619
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 605 TGAGGTGCATTACATGCGTGATAGCGAAAGAGGTGTGGTTTGGGAAGAGAGTATTGTAAT 664
Query 620 GGCTCCGAAGAATTCTCGTTTTGTGTTTCTATCTGCAACTGTTCCCAATGCCAAGGAGTT 679
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 665 GGCTCCGAAGAATTCTCGTTTTGTGTTTCTATCGGCAACAGTTCCCAATGCCAAGGAGTT 724
Query 680 TGCTGATTGGGTTGCAAAGGTTCACCAACAACCATGCCACATTGTTTACACCGATTATCG 739
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 725 TGCTGATTGGGTTGCAAAGGTTCACCAACAACCATGTCACATTGTTTACACCGATTATCG 784
Query 740 GCCGACTCCGCTTCAGCATTATGTCTTTCCTGCTGGAGGTAATGGACTTTACTTGGTTGT 799
||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 785 GCCAACTCCACTTCAGCACTATGTCTTTCCTGCTGGAGGTAATGGACTTTACTTGGTTGT 844
Query 800 GGATGAAAAGGCTAAATTTCACGAGGATAGCTTCCAGAAATCTCTTAACGCACTAGTTCC 859
||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 845 GGACGAAAAATCTAAATTTCATGAGGATAGCTTCCAGAAATCTCTCAACGCACTGGTTCC 904
Query 860 GACTAATGAGGGTGACAAGAAAAGAGATAATGGAAAGTCTCAAAAGGGATTAGTGATGGG 919
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||
Sbjct 905 GACTAATGAGAGTGACAAGAAAAGAGATAATGGAAAGTTTCAAAAGGGATTAGTGATTGG 964
Query 920 AAAACTTGGTGAAGAAAGTGATATTTTCAAATTGGTGAAAATGATAATTCAGCGACAATA 979
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 965 AAAACTTGGTGAAGAAAGTGATATTTTCAAATTGGTGAAAATGATAATTCAGCGGCAATA 1024
Query 980 TGATCCCGTAATTTTGTTTAGTTTCAGCAAAAAGGAATGCGAGGCACTTGCTATGCAGAT 1039
||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1025 TGATCCCGTGATTTTGTTCAGTTTCAGCAAAAAGGAATGCGAGGCACTTGCTATGCAGAT 1084
Query 1040 GTCTAAGATGGATTTAAACAGCGATGATGAGAAAGACGCTGTGGAGACAATCTTTACTAG 1099
||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1085 GTCTAAGATGGTTTTGAACAGCGATGATGAGAAAGACGCTGTGGAGACAATCTTTGCTAG 1144
Query 1100 TGCAATTGATATGCTTTCAGATGATGATAAGAAGCTACCTCAGGTGTCAAATATTTTACC 1159
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1145 TGCAATTGATATGCTTTCAGATGATGATAAAAAGCTACCTCAGGTGTCAAATATTTTACC 1204
Query 1160 CATCTTGAAACGTGGTATAGGCGTTCATCATTCAGGACTGCTTCCAATTTTGAAAGAAGT 1219
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1205 CATCTTGAAACGTGGTATAGGCGTTCATCATTCAGGACTGCTTCCAATTTTGAAAGAAGT 1264
Query 1220 AATTGAGATATTATTTCAGGAAGGTCTTATTAAGTGTTTGTTTGCAACAGAGACATTTAG 1279
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1265 AATTGAGATATTATTTCAGGAAGGTCTTATTAAGTGTTTGTTTGCAACAGAGACATTTAG 1324
Query 1280 TATTGGATTGAACATGCCGGCAAAGACGGTTGTGTTTACCAATGTACGTAAGTTTGATGG 1339
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1325 TATTGGATTGAACATGCCGGCAAAGACGGTTGTATTTACCAATGTACGTAAGTTTGATGG 1384
Query 1340 AGACAAGTTCCGGTGGCTATCAAGTGGAGAGTACATACAGATGAGTGGTCGTGCTGGACG 1399
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1385 AGACAAGTTCCGGTGGCTATCAAGTGGAGAGTACATACAGATGAGTGGTCGTGCCGGACG 1444
Query 1400 TCGAGGTATTGACAAACGAGGTATCTGCATCCTCATGGTTGACGAGAAAATGGAACCCGC 1459
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1445 TCGAGGTATTGACAAACGAGGTATCTGCATCCTCATGGTTGACGAGAAGATGGAACCCGC 1504
Query 1460 TGTTGCTAAATCAATGCTCAAAGGAAGTGCTGATTCTTTGAACAGTGCCTTCCATTTAAG 1519
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1505 TGTTGCTAAATCAATGCTCAAAGGAAGTGCTGATTCTTTGAACAGTGCCTTCCATTTGAG 1564
Query 1520 CTATAACATGCTTCTAAATCAGTTGCGGTGTGAAGAAGGTGATCCTGAGAATCTTCTGCG 1579
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1565 CTATAACATGCTTCTAAATCAATTGCGGTGTGAAGAAGGTGATCCTGAGAATCTTCTGCG 1624
Query 1580 CAATTCGTTCTTTCAGTTTCAAGCTGACCGTGCTATACCTGATCTCGAGAATCAAATAAA 1639
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1625 AAATTCGTTCTTTCAGTTTCAAGCTGATCGTGCTATACCTGATCTCGAGAAGCAAATAAA 1684
Query 1640 ATCCCTGGAAGAAGAGAGAGACTCTATGGTGATTGAAGAAGAAGAAAGCTTAAAAAATTA 1699
||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1685 ATCTCTGGAAGAAGAGAGAGACTCTTTGGTGATTGAAGAAGAAGAAAGCTTAAAAAATTA 1744
Query 1700 CTATAACCTGATTTTGCAATATAAGAGTCTGAAGAAGGATATACGTAAAATTGTGTTCAC 1759
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1745 CTATAACCTGATTTTGCAATATAAGAGTCTGAAGAAGGATATACGTGAAATTGTGTTCAC 1804
Query 1760 TCCAAAGTACTGCTTACCCTTTTTGCTGCCAAACAGAGCTGTTTGTCTCGATTGCACAAA 1819
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1805 TCCAAAGTACTGCTTACCCTTTTTGCTGCCAAACAGAGCTGTTTGTCTCGATTGCACAAA 1864
Query 1820 TGATGATGAAGAGCCACAATCATTTAGCATTGAAGACCAGGATACATGGGGAGTGATAAT 1879
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1865 TGATGATGAAGAGCCACAATCATTCAGCATTGAAGACCAGGATACATGGGGAGTGATCAT 1924
Query 1880 GAAATTTAACAAAGTCAAAAGCTTATCTGAAGATGATGATAATAGAAGACCGGAGGATGC 1939
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||
Sbjct 1925 GAAATTTAACAAAGTCAAAAGTTTATCTGAAGATGATGATAGTAGAAGACCAGAGGATGC 1984
Query 1940 AAACTACTCTGTAGATGTATTGACTAGATGTATGGTTAGCAAAGATGGTGTTGGCAAAAA 1999
||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1985 AAACTACACCGTAGATGTGTTGACTAGATGTATGGTTAGCAAAGATGGCGTTGGCAAAAA 2044
Query 2000 GAAAGTTAAGGCTGTGCCAATTAAGGAACGTGGTGAGCCTGTTGTGGTCACTGTTCTTTT 2059
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2045 GAAAGTTAAGGCTGTGCCAATTAAGGAACGTGGTGAGCCTGTTGTGGTCACTGTTCCTTT 2104
Query 2060 GTCTCAGATTAAGAGTTTAAGCAGTGCAATCATGAATATACCAAAAGATCTTGTACCACT 2119
|| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2105 ATCGCAGATAAAGAGTTTAAGCAGTGCAATCATGAATATACCAAAAGATCTTGTACCTTT 2164
Query 2120 GGAAGCTCGAGAGAATGCTCTGAAGAAGGTTTCTGAGTTACTCGCTAGACATCCTGATGG 2179
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||
Sbjct 2165 GGAAGCTCGAGAGAATGCTCTGAAGAAGGTTTCTGAGTTACTCTCTAGACATCCCGATGG 2224
Query 2180 AATACCCCTAGATCCTGAAGTTGATATGAAGATTAAGAGCAGCTCTTACAAAAAGACAGT 2239
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2225 AATACCCCTAGATCCTGAAGTTGATATGAAGATTAAGAGCAGCTCTTACAAAAAGACAGT 2284
Query 2240 TCGTCGGCTGGAGGCTCTGGAAAATCTTTTTGAAAAACACAAAATTGCGAAATCTCCCCT 2299
||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 2285 TCGGCGGCTGGAGGCTCTGGAAAACCTATTTGAAAAACACAAAATTGCAAAATCTCCACT 2344
Query 2300 CATAACAGAAAAGCTGAAAGTTCTACACATGAAGGAAGAGCTAACAGCCAAGATCAAGTC 2359
||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2345 CATAACAGAAAAGTTGAAAGTTCTACAGATGAAGGAAGAGCTAATAGCCAAGATCAAGTC 2404
Query 2360 ACTTaaaaaaaCTGTCCGATCATCAACAGCATTGGCGTTTAAAGATGAACTCAAAGCCAG 2419
|||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2405 ACTTAAGAAAACTGTCCGATCGTCAACAGCATTGGCGTTTAAAGATGAACTCAAGGCCAG 2464
Query 2420 AAAGCGTGTTTTACGAAGACTAGGATACATCACTAGTGATAATGTCGTGGAGTTGAAGGG 2479
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2465 AAAGCGTGTTTTACGAAGGCTAGGATACATCACTAGTGATAATGTCGTGGAGTTGAAGGG 2524
Query 2480 TAAGGTTGCATGTGAAATCAGTAGTGCAGAAGAATTGACATTAACGGAGTTAATGTTCAG 2539
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2525 TAAGGTTGCATGTGAAATCAGTAGTGCAGAAGAATTGACATTAACGGAGTTAATGTTCAG 2584
Query 2540 TGGTATCTTCAAGGATGCAAAGGTGGAGGAGTTGGTTTCGCTTCTCTCTTGCTTTGTGTG 2599
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 2585 TGGTATCTTCAAGGATGCAAAGGTGGAGGAGTTGGTTTCGCTCCTCTCTTGCTTTGTATG 2644
Query 2600 GCGAGAGAGAGTCCCTGATGCCGCTAAACCTAGAGAAGAACTCGACTTGCTATTCATACA 2659
|||||||||| |||| || || |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2645 GCGAGAGAGACTCCCCGACGCTGCTAAACCCAGAGAAGAACTCGACTTGCTCTTCATACA 2704
Query 2660 GTTACAGGACACAGCCAGGCGTGTTGCTGAACTTCAGCTTGACTGCAAGGTCGAAATCGA 2719
|||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2705 GTTACAAGACACAGCCAGGCGTGTAGCTGAAGTTCAGCTTGACTGCAAGGTCGAAATAGA 2764
Query 2720 TGTGGAGAGTTTTGTTCAATCGTTCAGACCAGATATAATGGAGGCGGTGCATGCTTGGGC 2779
|||||||||||||| || || |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2765 CGTGGAGAGTTTTGTGCAGTCTTTCAGACCTGATATAATGGAGGCGGTGTATGCTTGGGC 2824
Query 2780 AAAAGGGTCGAAATTCTATGAGGTCATGGAGATTGCTCGTGTTTTCGAAGGGAGCTTGAT 2839
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2825 AAAAGGGTCCAAATTCTATGAGGTCATGGAGATTGCTCGTGTTTTCGAAGGGAGCTTGAT 2884
Query 2840 CAGAGCGATAAGGAGAATGGAGGAAGTTCTGCAACAGCTCATAGTAGCTGCAAAATCTAT 2899
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2885 CAGAGCGATAAGGAGAATGGAGGAAGTTCTGCAACAGCTCATAGTAGCTGCAAAATCTAT 2944
Query 2900 AGGAGAAACACAGCTTGAAGCTAAACTAGAAGAAGCTGTTTCCAAGATCAAAAGAGACAT 2959
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2945 AGGAGAAACACAGCTTGAAGCTAAACTAGAAGAAGCTGTTTCCAAGATCAAAAGAGACAT 3004
Query 2960 TGTATTTGCAGCGTCTCTCTACTTGTGATGTCGTGTGCTTATCTCATC 3007
|||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 3005 TGTATTCGCGGCGTCTCTCTACTTGTGATGTCGTG--CTTATTTCATC 3050
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 149497490140
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5