BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg925138
Length=2535
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G59540.1 | Symbols: ZCF125 | P-loop containing nucleoside tr... 4043 0.0
> AT1G59540.1 | Symbols: ZCF125 | P-loop containing nucleoside
triphosphate hydrolases superfamily protein | chr1:21874064-21879539
FORWARD LENGTH=2648
Length=2648
Score = 4043 bits (2189), Expect = 0.0
Identities = 2424/2536 (96%), Gaps = 21/2536 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CTTTCAGATCGAAGACGAAGATGGAAAAGATCTGTGTCGCAGTCAGGGTAAGACCACCGG 60
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1 CTTTCAGATCG-AGACGAAGATGGAAAAGATCTGTGTCGCAGTCAGGGTAAGACCGCCGG 59
Query 61 CGCCGGAATTATCACCGGAAAATGGATCTTCTCTCTGGAAAGTTGAAGATAATCGGATCT 120
|||||||| | | ||| | | |||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 60 CGCCGGAA--A--A-CGG---A--G--CTTCACTCTGGAAAGTCGAAGATAATCGGATCT 107
Query 121 CTCTTCATAAATCACTCGACACTCCAATCACAACCGCTTCTTACGCTTTCGATCATGTGT 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||
Sbjct 108 CTCTTCATAAATCACTCGACACTCCAATCACAACCGCTTCTCACGCTTTTGATCATGTGT 167
Query 181 TCGACGAAAGTTCTACGAATGCTACTGTCTATGAACTTCTTACTAAGGATATTATTCATG 240
|||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 168 TCGACGAAAGTTCTACGAATGCTAGTGTCTACGAGCTTCTTACTAAGGATATCATACATG 227
Query 241 CCGCCGTCGAGGGTTTTAATGGTACTGCATTTGCTTATGGGCAAACTAGTAGTGGAAAGA 300
|||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 228 CCGCTGTTGAGGGTTTTAATGGTACTGCATTTGCTTATGGGCAAACTAGTAGTGGGAAGA 287
Query 301 CGTTTACGATGACGGGTTCTGAAACTGATCCTGGAATTATTCGAAGATCTGTTAGAGATG 360
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 288 CGTTTACGATGACGGGCTCTGAAACTGATCCTGGAATTATTCGAAGATCTGTTCGAGATG 347
Query 361 TGTTTGAAAGAATTCATATGATATCTGATCGCGAGTTTCTCATCCGGGTTTCGTACATGG 420
||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 348 TGTTTGAAAGAATACATATGATATCTGATCGTGAGTTTCTCATCCGGGTTTCGTACATGG 407
Query 421 AAATTTACAACGAAGAAATTAATGATCTTTTAGCTGTTGAGAATCAGAGACTGCAAATTC 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 408 AAATTTACAACGAAGAAATTAATGATCTTTTAGCTGTTGAGAACCAGAGACTGCAAATTC 467
Query 481 ATGAACATTTGGAGCGTGGAGTGTTTGTTGCTGGGCTTAAGGAAGAAATTGTTAGTGACG 540
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 468 ATGAGCATTTGGAGCGTGGAGTGTTTGTTGCTGGTCTTAAGGAAGAAATTGTTAGTGATG 527
Query 541 CTGAACAGATTCTAAAGCTTATAGATTCTGGAGAAGTTAATAGGCACTTTGGCGAGACAA 600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 528 CTGAACAGATTCTAAAGCTTATAGATTCTGGAGAAGTTAATAGGCACTTTGGCGAGACAA 587
Query 601 ACATGAATGTTCATAGTAGCAGATCTCACACCATCTTCAGAATGGTGATTGAGAGCAGGG 660
|||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 588 ACATGAATGTTCATAGTAGCAGGTCTCACACCATATTCAGAATGGTGATTGAGAGCAGGG 647
Query 661 GAAAAGATAATACTTCTTCAGATGCTATTCGTGTCTCAGTCTTGAATTTGGTTGACTTGG 720
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |
Sbjct 648 GAAAAGATAATAGTTCTTCAGATGCTATTCGTGTCTCAGTCTTGAATTTGGTCGATTTAG 707
Query 721 CTGGATCTGAGCGAATTGCTAAAACTGGTGCTGGTGGAGTACGCTTGCAAGAAGGGAAGT 780
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 708 CTGGATCTGAGCGAATTGCTAAAACTGGTGCTGGTGGTGTACGCTTGCAAGAAGGGAAGT 767
Query 781 ACATTAATAAGAGCTTAATGATTCTTGGTAATGTCATTAATAAACTAAGTGACAGTGCAA 840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||
Sbjct 768 ACATTAATAAGAGCTTAATGATTCTTGGTAATGTCATCAATAAATTAAGTGACAGTACAA 827
Query 841 AGCTAAGGGCACATATTCCGTACCGAGATAGTAAGCTGACTCGAATTCTTCAGCCTGCAC 900
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 828 AGCTAAGGGCACATATTCCGTACCGAGATAGTAAGCTGACTCGAATTCTTCAGCCTGCAC 887
Query 901 TTGGTGGTAATGCAAAGACCTGCATTATATGCACTATCGCACCAGAAGAGCATCATATTG 960
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 888 TTGGTGGTAATGCAAAGACCTGCATTATATGCACTATCGCACCAGAAGAGCATCATATTG 947
Query 961 AGGAATCGAAAGGAACTCTCCAATTTGCAAGCAGAGCAAAGCGCATCACCAACTGTGCTC 1020
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 948 AGGAATCAAAAGGAACTCTCCAATTTGCAAGCAGAGCAAAGCGCATCACCAACTGTGCTC 1007
Query 1021 AAGTGAATGAGATCTTGACCGATGCCGCTTTATTGAAGCGCCAAAAGTTAGAGATAGAAG 1080
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1008 AAGTGAATGAGATCTTGACTGATGCCGCTTTATTGAAGCGCCAAAAGTTGGAGATAGAAG 1067
Query 1081 AGCTACGCATGAAGCTTCAGGGATCTCATGCCGAAGTGTTGGAACAAGAGATCTTAAAAT 1140
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1068 AGCTACGCATGAAGCTTCAGGGATCTCATGCGGAAGTGTTGGAACAAGAGATCTTAAATT 1127
Query 1141 TAAGCAATCAGATGCTGAAGTATGAGTTGGAATGTGAAAGGCTAAAAACACAACTGGAAG 1200
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1128 TAAGCAATCAGATGCTGAAGTATGAGTTGGAATGTGAAAGGCTAAAAACACAACTGGAAG 1187
Query 1201 AAGAGAGAAGGAAGCAGAAGGAGCAGGAAAATTGCATCAAGGAACAGCAGATGAAAATTG 1260
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||
Sbjct 1188 AAGAGAAAAGGAAGCAGAAGGAGCAGGAAAATTGCATCAAGGAGCAACAGATGAAAATTG 1247
Query 1261 AGAACCTTAACAATCTGGTCACTAATTCTGACTTCAAGAGGAACCAGTCAGAGGACTTTA 1320
|||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1248 AGAACCTTAACAATTTTGTCACTAATTCTGACTTCAAGAGGAACCAGTCAGAGGACTTTA 1307
Query 1321 TCATTTCAAGAAAGACTCCAGATGGGCTATGCAATATCAATGATATC-AGCAATGTTCCT 1379
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | | ||| ||||||||
Sbjct 1308 TCATTTCAAGAAAGACTCCAGATGGGCTATGCAATGTCAATGACA-CTAGCGATGTTCCT 1366
Query 1380 GGAACCCCTTGCTTTAAATCAGCTTCCCGTTCCTTTGTGGTTGCTCGGTCAAATAATTAT 1439
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1367 GGAACCCCTTGCTTTAAATCAGCTTCCCGTTCCTTTGTGGTTGCTCGGTCAAATAATTAT 1426
Query 1440 TCAGGACTATCTGATTTTAGTCCGATGGTTCATTCCCTGGGGGGCGTGGCCGATGAAGAC 1499
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1427 TCAGGACTATCTGATTTTAGTCCGATGGTTCATTCCCTGGGGGACGTGGCCGATGAAGAT 1486
Query 1500 ACTTGGATGAAACTAAACAAGGGTTTTGTTGCTGACCTTGATCAAATCCAGTTTACACCT 1559
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1487 ACTTGGATGAAACTAAACAAGGGTTTTGTTGCAGACCTTGATCAAATCCAATTTACACCT 1546
Query 1560 GCTGTTAAATGTCAACCCACTCCGTTAAGTATTGCAACCACGGAATGCCCTCGTGAAAAT 1619
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 1547 GCTGTTAAATGTCAACCCACTCCTTTAAGTATTGCAACCACGGAGTGCCCGCGTGAAAAT 1606
Query 1620 TACAT-AGAGGTGGAAGATCTCAAAAGTCAGATTGAGTTGCTGACCAATGATAAGGACAG 1678
|| | ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| || |||||
Sbjct 1607 CAC-TCAGAGGTGGAAGATCTCAAAAGTCGGATTCAGTTGCTGACCAATGAGAATGACAG 1665
Query 1679 TCTTCAGGTAAAATTCAACGAACAAGTACTTCTGAGCAACAAACTGATGCAAGAGATGTC 1738
||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1666 TCTTCAGGTAAAATTTAATGAACAAGTACTCCTGAGCAACAATCTGATGCAAGAGATGTC 1725
Query 1739 TGAGCTCAAACAAGAAACGCTTACCATGAAAGAAATTCCGAATAGGTTATCTGAGTCAGT 1798
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1726 TGAGCTCAAACAAGAAACGCTTACTGTGAAAGAAATTCCGAATAGGTTATCTGAGTCAGT 1785
Query 1799 TGCTAACTGCAAGGATGTCTACAAGGATGTTATAGGCACAATGAAGAGCTTAATTGCTGA 1858
|||||| ||||| ||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 1786 TGCTAATTGCAAAGATGTCTACAAGGATGTCATAGTCACTATGAAGAGCTTAATCACTGA 1845
Query 1859 CAAGGAATCTCCAACGGCGAACCTGCTCTTGGGTTCAACTGAAATCACAACGAGCCTACT 1918
|||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1846 CAAGGAATCTCCAACGGCAAACCTGCTCCTGGGTACAACTGAAATCACAACGAGCCTACT 1905
Query 1919 GTCAACTCTAGAAACACAATTCTCAATGATAATGGATGGTCAGAAAACGGGTAGTAGCAT 1978
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1906 GGCAACTCTAGAAACACAATTCTCAATGATAATGGATGGTCAGAAAACGGGTAGTAGCAT 1965
Query 1979 AGATCATCCTTTCTCTGACCAATGGGAAACACTTCGTGAGAGTCTGAAGAACACAACCAC 2038
|||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||
Sbjct 1966 AGATCATCCTTTATCTGACCATTGGGAAACACTTCGTGTGAATCTGAAGAACACAACGAC 2025
Query 2039 GTCGTTGCTGTCAGACGCACAAGCAAAAGATGAATTTCTT-AACTGCCACAACAAGGGAC 2097
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||
Sbjct 2026 GTTGTTGCTGTCAGACGCACAAGCAAAAGATGAATTT-TTGAACTCCCACAACAAGGGAC 2084
Query 2098 AAGAAACAGCTGCTTTAGAGGAGAGGAAACTGAAGTCTGAGCTCAGCATCATCAAGGAAA 2157
|||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2085 AAGAAACAGCTGCTTTGGAGGAGAAGAAACTGAAGTCTGAGCTCATCATCATCAAGGAAA 2144
Query 2158 GATACAAAGAGCTCGAGAAAGAGTTGT-TTTCGGATAAACAACTTCTAGAAGCTTCAAGA 2216
||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2145 GATACAACGAGCTCGAGAAAGAGTTGTGTTT-GGATAAACAGCTTCTAGAAGCTTCAAGA 2203
Query 2217 GAAAGCCATGAGAAGCTGTTAAAAGAGGTACAGTTCCTGAAGGAAGAAAGAGATTCTTTA 2276
||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2204 GAAAGTCATGAGAAGCTGATAAAAGAGGTACAGTTCCTGAAGGAAGAAAGAGATTCTTTA 2263
Query 2277 GATAGAAAAATCTCTCAATCCACTCAGAGATTGAGAGTGATTGCAAGTGATAAAGAGAAT 2336
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2264 GATAGAAAAATCTCTCAATCAACTCAGAGATTGAGAGTGATTGCAAGTGATAAAGAGAAT 2323
Query 2337 GCTTTGAAAGATCTTAATGTGGAAGTGAAGCGGAGGAAAGATATGGAGGAAGAGATTAAG 2396
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2324 GCTTTGAAAGATCTTAATGTGGAAGTGAAGAGGAGGAAAGATATGGAGGAAGAGATTAAG 2383
Query 2397 CACATCAGCATTGCTTTCGCTACCAGGCACAAATCTTTTGTGTCTTTTCACAGTGAAATC 2456
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2384 CACATCAGCATTGCTTTCGCTACCAGGCACAAATCTTTTGTGTCTTTTCACAGTGAAATC 2443
Query 2457 AAGTCCAAAATGCAGAAACTAACCACTCAAAACTCAAAAGCTCCGTAGCAAAAACAGTTA 2516
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2444 AAGTCCAAAATGCAGAAACTAACCACTCAAAACTCAAAAGCTCCTTAGCAAAAACAGTTA 2503
Query 2517 AGTTTATTGAATTTGT 2532
||||| ||||||||||
Sbjct 2504 AGTTTGTTGAATTTGT 2519
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 125818693044
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5