BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg925440
Length=3372
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
ATCG01280.1 | Symbols: YCF2.2 | Chloroplast Ycf2;ATPase, AAA ty... 5980 0.0
ATCG00860.1 | Symbols: YCF2.1 | Chloroplast Ycf2;ATPase, AAA ty... 5980 0.0
AT3G32895.1 | Symbols: | transposable element gene | chr3:1343... 124 4e-27
> ATCG01280.1 | Symbols: YCF2.2 | Chloroplast Ycf2;ATPase, AAA
type, core | chrC:145291-152175 REVERSE LENGTH=6885
Length=6885
Score = 5980 bits (3238), Expect = 0.0
Identities = 3299/3327 (99%), Gaps = 9/3327 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 21 ATGAAAGGACATCAATTAAAATCCTGGATTTTCGAATTGAGAGAAATAGTGAGAGAGATC 80
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Sbjct 1 ATGAAAGGACATCAATTCAAATCCTGGATTTTCGAATTGAGAGAAATAGTGAGAGAGATC 60
Query 81 AAGAATTCTCACTATTTCTTAGATTCATGGACCCAATTCAATTCAGTGGGATCTTTCATT 140
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Sbjct 61 AAGAATGCTCACTATTTCTTAGATTCATGGACCCAATTCAATTCAGTGGGATCTTTCATT 120
Query 141 CATAtttttttCCACCAAGAACGTTTTAGAAAACTCTTGGACCCTCGAATTTTTAGTATC 200
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Sbjct 121 CATATTTTTTTCCACCAAGAACGTTTTAGAAAACTCTTGGACCCTCGGATTTTTAGTATC 180
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Sbjct 181 CTACTTTTGCGCAATTCACAGGGTTCAACAAGCAATCGATATTTCACGATCAAGGGTGTA 240
Query 261 GTACTATTTGTAGTAGCGGCCCTTCTATATCGTATTAACAATCGAAATATGGTCGAAAGC 320
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Sbjct 241 GTACTATTTGTAGTAGCGGCCCTTCTATATCGTATTAACAATCGAAATATGGTCGAAAGC 300
Query 321 AAAAATCTCTATTTGAAAGGGCTTCTTCCTATACCTATGAATTCCATTGGACCCAGAAAT 380
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Sbjct 301 AAAAATCTCTATTTGAAAGGGCTTCTTCCTATACCTATGAATTCCATTGGACCCAGAAAT 360
Query 381 GATACATCGGAAGAATCTTTTGGGTCTTGCAATATCAATAGGTTGATTGTTTCGCTCCTG 440
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Sbjct 361 GATACATCGGAAGAATCTTTTGGGTCTTGCAATATCAATAGGTTGATTGTTTCGCTCCTG 420
Query 441 TATCTTACAAAAGGAAAAAAGATCTCTGAGAGCTGTTTCCGGGATCCGAAAGAGAGTACT 500
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Sbjct 421 TATCTTACAAAAGGAAAAAAGATCTCTGAGAGCTGTTTCCGGGATCCGAAAGAGAGTACT 480
Query 501 TGGGTTCTCCCAATAACTCAAAAGTGTATCATGCCTGAATCTAACTGGAGTTCGCGGTGG 560
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Sbjct 481 TGGGTTCTCCCAATAACTCAAAAGTGTATCATGCCTGAATCTAACTGGAGTTCGCGGTGG 540
Query 561 TGGAGGAACTGGATCGGAAAAAAGAGGGATTTTTGTTGTAAGATATCTAATGAAACCGTC 620
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Sbjct 541 TGGAGGAACTGGATCGGAAAAAAGAGGGGTTTTTGTTGTAAGATATCTAATGAAACCGTC 600
Query 621 GCTGGAATTGATATCTCATTTAAAGAGAAAGATATCAAATATCTGGAGTTTCTTTTTGTA 680
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Sbjct 601 GCTGGAATTGATATCTCATTTAAAGAGAAAGATATCAAATATCTGGAGTTTCTTTTTGTA 660
Query 681 TATTATATGGATGATCCGATCCGCAAGGGCCATGATTGGGAATTGTTTGATCGTCTTTCT 740
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Sbjct 661 TATTATATGGATGATCCGATCCGCAAGGGCCATGATTGGGAATTGTTTGATCGTCTTTCT 720
Query 741 CCGAGTAAGAGGCGAAACATAATCAACTTTAATTCGGGACAGCTATTCGAAATCTTAGTG 800
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Sbjct 721 CCGAGTAAGAGGCGAAACATAATCAACTTGAATTCGGGACAGCTATTCGAAATCTTAGTG 780
Query 801 AAAGACTGGATTTGTTATCTCATGTTTGCTTTTCGTGAAAAAATACCAATTGAAGTGGAG 860
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Sbjct 781 AAAGACTGGATTTGTTATCTCATGTTTGCTTTTCGTGAAAAAATACCAATTGAAGTGGAG 840
Query 861 GGTTTCTTCAAACAACAAGGAGCTGGGTCAACTATTCAATCAAATGATATTGAGCATGTT 920
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Sbjct 841 GGTTTCTGCAAACAACAAGGAGCTGGGTCAACTATTCAATCAAATGATATTGAGCATGTT 900
Query 921 TCCCATCTCTTCTCGAGAAACAAGTGGGCTATTTCTTTGCAAAATTGTGCTCAATTTCAT 980
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Sbjct 901 TCCCATCTCTTCTCGAGAAACAAGTGGGCTATTTCTTTGCAAAATTGTGCTCAATTTCAT 960
Query 981 ATGTGGCAATTCCACCAAGATCTCTTCGTTAGTTGGGGGAAGAATCCGCACGAATCGGAt 1040
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Sbjct 961 ATGTGGCAATTCCACCAAGATCTCTTCGTTAGTTGGGGGAAGAATCCGCACGAATCGGAT 1020
Query 1041 ttttttAGGAAATTATCGAGAGAGAATTGGATTTGGTTAGACAATGTGTGGTTGGTAAAC 1100
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Sbjct 1021 TTTTTTAGGAAAATATCGAGAGAGAATTGGATTTGGTTAGACAATGTGTGGTTGGTAAAC 1080
Query 1101 AAGGATAGATTTTTTAGCAAGGTACGAAACGTATCGTCAAATATTCAATATGATTCTACA 1160
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Sbjct 1081 AAGGATAGATTTTTTAGCAAGGTACGAAACGTATCGTCAAATATTCAATATGATTCTACA 1140
Query 1161 AGATCTAGTTTCGTTCAAGTAACGGATTCTAGCCAATTGAACGGATCTTCTGATCAATTC 1220
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 AGATCTAGTTTCGTTCAAGTAACGGATTCTAGCCAATTGAACGGATCTTCTGATCAATTC 1200
Query 1221 ATAGATCCTTTCGATTCCATTAGTAATGAGGATTCGGAATATCACTATCACACATTGATC 1280
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Sbjct 1201 ATAGATCCTTTCGATTCCATTAGTAATGAGGATTCGGAATATCACTATCACACATTGATC 1260
Query 1281 AATCAAAGAGAGATTCAACAACTAAAAGAAAGATCGATTCTTTTGGATCCTTCCTTTATT 1340
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Sbjct 1261 AATCAAAGAGAGATTCAACAACTAAAAGAAAGATCGATTCTTTTGGATCCTTCCTTTATT 1320
Query 1341 CAAACGGAAGGAAGAGAGATAGAATCAGACCGATTCCCTAAATACCTTTCTGGCTATTCC 1400
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Sbjct 1321 CAAACGGAAGGAAGAGAGATAGAATCAGACCGATTCCCTAAATACCTTTCTGGCTATTCC 1380
Query 1401 TCAATGCCCCGGCTATTCACGGAACGTGAGAAGCGAATGAATAATCATCTGCTTCCGGAA 1460
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Sbjct 1381 TCAATGCCCCGGCTATTCACGGAACGTGAGAAGCGAATGAATAATCATCTGCTTCCGGAA 1440
Query 1461 GAAAGCGAAGAATTTCTTGGGAATCCTACAAGAGCCATTCGTTCTTTTTTCTCTGACAGA 1520
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Sbjct 1441 GAAAGCGAAGAATTTCTTGGGAATCCTACAAGAGCCATTCGTTCTTTTTTCTCTGACAGA 1500
Query 1521 TGGTCAGAACTTTATCTGGGTTCGAATCCTACTGAGAGGTCCACTAGGGATCAGAAATTG 1580
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Sbjct 1501 TGGTCAGAACTTCATCTGGGTTCGAATCCTACTGAGAGGTCCACTAGGGATCAGAAATTG 1560
Query 1581 TTGAAGAAAGAACAAGATGTTTCTTTTGTCCCTTCCAGGCGATCGGAAAATAAAGAAATA 1640
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Sbjct 1561 TTGAAGAAAGAACAAGATGTTTCTTTTGTCCCTTCCAGGCGATCGGAAAATAAAGAAATA 1620
Query 1641 GTTAATATATTCAAGATAATTACGTATTTACAAAATACCGTCTCAATTCATCCTATTTCA 1700
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Sbjct 1621 GTTAATATATTCAAGATAATTACGTATTTACAAAATACCGTCTCAATTCATCCTATTTCA 1680
Query 1701 TCAGATCTGGGATGTGATATGGTTCCGAAGGATGAACTGGATATGGACAGTTCCAATAAG 1760
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Sbjct 1681 TCAGATCTGGGATGTGATATGGTTCCGAAGGATGAACTGGATATGGACAGTTCCAATAAG 1740
Query 1761 ATTTCATTCTTGAACAAAAATCCATTTTTTGATTTATTTCATCTATTCCATGAACGGAAG 1820
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Sbjct 1741 ATTTCATTCTTGAACAAAAATCCATTTTTTGATTTATTTCATCTATTCCATGAACGGAAG 1800
Query 1821 AgggggggATACACGTTACGCCACGGGTCAGAAGAGAGATTTCAAGAAATGGCAGATCTA 1880
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Sbjct 1801 AGGGGGGGATACACGTTACGCCACGAGTCAGAAGAGAGATTTCAAGAAATGGCAGATCTA 1860
Query 1881 TTCACTCTATCAATAACCGAGCCGGATCTGGTGTATCATAAGGGATTTGCCTTTTCTATT 1940
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Sbjct 1861 TTCACTCTATCAATAACCGAGCCGGATCTGGTGTATCATAAGGGATTTGCCTTTTCTATT 1920
Query 1941 GATTCCTACGGATTGGATCAAAGACAATTCTTGAAGGAGGTTTTCAACTTCAGGGATGAA 2000
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Sbjct 1921 GATTCCTACGGATTGGATCAAAGACAATTCTTGAAGGAGGTTTTCAACTTCAGGGATGAA 1980
Query 2001 TCGAAAAAGAAATCTTTATTGGTTCTACCTCCTATTTTTTATGAAGAAAATGAATCTTTT 2060
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1981 TCAAAAAAGAAATCTTTATTGGTTCTACCTCCTATTTTTTATGAAGAAAATGAATCTTTT 2040
Query 2061 TATCGAAGGATCAGAAAAAATTGGGTCCGGATCTCCTGCGGGAATTATTTGGAAGATCCA 2120
||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2041 TATCGAAGGCTCAGAAAAATTTGGGTCCGGATCTCCTGCGGGAATTATTTGGAAGATCAA 2100
Query 2121 AAAAGAGTGGTATTTGCTAGCAACAACATAATGGAGGCAGTCAATCAATATAGATTGATC 2180
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Sbjct 2101 AAAAGAGTGGTATTTGCTAGCAACAACATAATGGAGGCAGTCAATCAATATAGATTGATC 2160
Query 2181 CGAAATATGATTCAAATCCAATTCCAATATAGTCCCTATGGGTACATAAGAAATGTATTG 2240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2161 CGAAATATGATTCAAATCCAATTCCAATATAGTCCCTATGGGTACATAAGAAATGTATTG 2220
Query 2241 AATCGATTCTTTTTAATGAAGAGACCTGATCGCAACTTCGAATATGGAATTCAAAGGGAT 2300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221 AATCGATTCTTTTTAATGAAGAGACCTGATCGCAACTTCGAATATGGAATTCAAAGGGAT 2280
Query 2301 ATAATAGGAAATGATACTCTGAATCATAGAACTATAATGAAAGATACGATCAACCAACAT 2360
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Sbjct 2281 CTAATAGGAAATGATACTCTGAATCATAGAACTATAATGAAAGATACGATCAACCAACAT 2340
Query 2361 TTATCGAATTTGAAAAAGAGTCAGAAGAAATGGTTCGATCCTCTTATTTTTCTTTCTCAA 2420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2341 TTATCGAATTTGAAAAAGAGTCAGAAGAAATGGTTCGATCCTCTTATTTTTCTTTCTCAA 2400
Query 2421 ACCGAGAGATCCATAAATCGGGATCCTAATGCATATAGATACAAATGGTCCAATGGGAGC 2480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2401 ACCGAGAGATCCATAAATCGGGATCCTAATGCATATAGATACAAATGGTCCAATGGGAGC 2460
Query 2481 AAGAATTTCCAGGAGCATTTGGAACATTTCGTTTCTGAGCGGAAGAGCCGTTTTCAAGCA 2540
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2461 AAGAATTTCCAGGAGCATTTGGAACATTTCGTTTCTGAGCGGAAGAGCCGTTTTCAAGTA 2520
Query 2541 GTGTTCGATCAATTATGTATTAATAAATATTTGATTGATTGGTCTGAGGTTATTGATAAA 2600
|||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2521 GTGTTCGATCAATTATGTATTAATCAATATTCGATTGATTGGTCTGAGGTTATTGATAAA 2580
Query 2601 AAAGATTTGTCTAAGTCActtcgtttctttttgtctaagttacttcgtttctttttgtcc 2660
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2581 AAAGATTTGTCTAAGTCACTTCGTTTCTTTTTGTCTAAGTTACTTCGTTTCTTTTTGTCC 2640
Query 2661 aagttacttctttttttGTCCAAGTTACTTCTCTTTTTGTCTAACTCACTTCCTTTTTTC 2720
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2641 AAGTTACTTCTTTTTTTGTCCAAGTTACTTCTCTTTTTGTCTAACTCACTTCCTTTTTTC 2700
Query 2721 TTTGTGAGTTTCGAGAATATCCCTATTCATAGGTCTGAGATCCACATCTATGAATTGAAA 2780
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2701 TTTGTGAGTTTCGAGAATATCCCTATTCATAGGTCTGAGATCCACATCTATGAATTGAAA 2760
Query 2781 GGTCCGAACGATCAACTCTGCAATCAGTTGTTAGAATCAATAGGTCTTCAAATCGTTCAT 2840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2761 GGTCCGAACGATCAACTCTGCAATCAGTTGTTAGAATCAATAGGTCTTCAAATCGTTCAT 2820
Query 2841 TTGAAAAAGTTGAAACCCTTTTTATTGGATGATCATAATACTTCTCAAAAATCGAAATTC 2900
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2821 TTGAAAAAGTTGAAACCCTTTTTATTGGATGATCATAATACTTCTCAAAAATCGAAATTC 2880
Query 2901 TTGATCAATGGAGGAACAATATCACCATTTTTGTTCAATAAAATACCAAAGTGGATGATT 2960
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2881 TTGATCAATGGAGGAACAATATCACCATTTTTGTTCAATAAAATACCAAAGTGGATGATT 2940
Query 2961 GACTCATTCCATACTAGAAAGAATCGCAGGAAATCTTTTGATAACACGGATTC--C-TAT 3017
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||
Sbjct 2941 GACTCATTCCATACTAGAAAGAATCGCAGGAAATCTTTTGATAACACGGATTCAGCCTAT 3000
Query 3018 TTCTCAATCGTATCCCACGATCAAGACAATTGGCTGAATCCCGTGAAACCATTTCAGAGA 3077
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3001 TTCTCAATCGTATCCCACGATCAAGACAATTGGCTGAATCCCGTGAAACCATTTCAGAGA 3060
Query 3078 AGTTCATTGATATCTTCTTTTTCTAAAGCAAATCGACTTCGATTCTTGAATAATCCACAT 3137
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3061 AGTTCATTGATATCTTCTTTTTCTAAAGCAAATCGACTTCGATTCTTGAATAATCCACAT 3120
Query 3138 CACTTCTGCTTCTATTGTAACAAAAGATTCCCTTTTTATGTGGAAAAGGCCCGTCTCAAT 3197
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3121 CACTTCTGTTTCTATTGTAACAAAAGATTCCCTTTTTATGTGGAAAAGGCCCGTCTCAAT 3180
Query 3198 AATTCTGATTTTACGT--A--T--GGACAATTCCTCACTATCTTGTTCATTCACAACAAA 3251
|||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3181 AATTCTGATTTTACGTTTACGTATGGACAATTCCTCACTATCTTGTTCATTCACAACAAA 3240
Query 3252 ATATTTTCTTCGTGCGGTGGTaaaaaaaaaCATGCTTTTTTGGAGAGAGATACTATTTCA 3311
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3241 ACATTTTCTTCGTGCGGTGGTAAAAAAAAACATGCTTTTTTGGAGAGAGATACTATTTCA 3300
Query 3312 CCTTCGTCAATCGAGTCACAGGTATCT 3338
|||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3301 CCTTCGTCAATCGAGTCACAGGTATCT 3327
> ATCG00860.1 | Symbols: YCF2.1 | Chloroplast Ycf2;ATPase, AAA
type, core | chrC:86474-93358 FORWARD LENGTH=6885
Length=6885
Score = 5980 bits (3238), Expect = 0.0
Identities = 3299/3327 (99%), Gaps = 9/3327 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 21 ATGAAAGGACATCAATTAAAATCCTGGATTTTCGAATTGAGAGAAATAGTGAGAGAGATC 80
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Sbjct 1 ATGAAAGGACATCAATTCAAATCCTGGATTTTCGAATTGAGAGAAATAGTGAGAGAGATC 60
Query 81 AAGAATTCTCACTATTTCTTAGATTCATGGACCCAATTCAATTCAGTGGGATCTTTCATT 140
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 AAGAATGCTCACTATTTCTTAGATTCATGGACCCAATTCAATTCAGTGGGATCTTTCATT 120
Query 141 CATAtttttttCCACCAAGAACGTTTTAGAAAACTCTTGGACCCTCGAATTTTTAGTATC 200
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Sbjct 121 CATATTTTTTTCCACCAAGAACGTTTTAGAAAACTCTTGGACCCTCGGATTTTTAGTATC 180
Query 201 CTACTTTTGCGCAATTCACAGGGTTCAACAAGCAATCGATATTTCACGATCAAGGGTGTA 260
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Sbjct 181 CTACTTTTGCGCAATTCACAGGGTTCAACAAGCAATCGATATTTCACGATCAAGGGTGTA 240
Query 261 GTACTATTTGTAGTAGCGGCCCTTCTATATCGTATTAACAATCGAAATATGGTCGAAAGC 320
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Sbjct 241 GTACTATTTGTAGTAGCGGCCCTTCTATATCGTATTAACAATCGAAATATGGTCGAAAGC 300
Query 321 AAAAATCTCTATTTGAAAGGGCTTCTTCCTATACCTATGAATTCCATTGGACCCAGAAAT 380
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 AAAAATCTCTATTTGAAAGGGCTTCTTCCTATACCTATGAATTCCATTGGACCCAGAAAT 360
Query 381 GATACATCGGAAGAATCTTTTGGGTCTTGCAATATCAATAGGTTGATTGTTTCGCTCCTG 440
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 GATACATCGGAAGAATCTTTTGGGTCTTGCAATATCAATAGGTTGATTGTTTCGCTCCTG 420
Query 441 TATCTTACAAAAGGAAAAAAGATCTCTGAGAGCTGTTTCCGGGATCCGAAAGAGAGTACT 500
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 TATCTTACAAAAGGAAAAAAGATCTCTGAGAGCTGTTTCCGGGATCCGAAAGAGAGTACT 480
Query 501 TGGGTTCTCCCAATAACTCAAAAGTGTATCATGCCTGAATCTAACTGGAGTTCGCGGTGG 560
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 TGGGTTCTCCCAATAACTCAAAAGTGTATCATGCCTGAATCTAACTGGAGTTCGCGGTGG 540
Query 561 TGGAGGAACTGGATCGGAAAAAAGAGGGATTTTTGTTGTAAGATATCTAATGAAACCGTC 620
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 TGGAGGAACTGGATCGGAAAAAAGAGGGGTTTTTGTTGTAAGATATCTAATGAAACCGTC 600
Query 621 GCTGGAATTGATATCTCATTTAAAGAGAAAGATATCAAATATCTGGAGTTTCTTTTTGTA 680
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Sbjct 601 GCTGGAATTGATATCTCATTTAAAGAGAAAGATATCAAATATCTGGAGTTTCTTTTTGTA 660
Query 681 TATTATATGGATGATCCGATCCGCAAGGGCCATGATTGGGAATTGTTTGATCGTCTTTCT 740
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 TATTATATGGATGATCCGATCCGCAAGGGCCATGATTGGGAATTGTTTGATCGTCTTTCT 720
Query 741 CCGAGTAAGAGGCGAAACATAATCAACTTTAATTCGGGACAGCTATTCGAAATCTTAGTG 800
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 CCGAGTAAGAGGCGAAACATAATCAACTTGAATTCGGGACAGCTATTCGAAATCTTAGTG 780
Query 801 AAAGACTGGATTTGTTATCTCATGTTTGCTTTTCGTGAAAAAATACCAATTGAAGTGGAG 860
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 AAAGACTGGATTTGTTATCTCATGTTTGCTTTTCGTGAAAAAATACCAATTGAAGTGGAG 840
Query 861 GGTTTCTTCAAACAACAAGGAGCTGGGTCAACTATTCAATCAAATGATATTGAGCATGTT 920
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Sbjct 841 GGTTTCTGCAAACAACAAGGAGCTGGGTCAACTATTCAATCAAATGATATTGAGCATGTT 900
Query 921 TCCCATCTCTTCTCGAGAAACAAGTGGGCTATTTCTTTGCAAAATTGTGCTCAATTTCAT 980
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 TCCCATCTCTTCTCGAGAAACAAGTGGGCTATTTCTTTGCAAAATTGTGCTCAATTTCAT 960
Query 981 ATGTGGCAATTCCACCAAGATCTCTTCGTTAGTTGGGGGAAGAATCCGCACGAATCGGAt 1040
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 ATGTGGCAATTCCACCAAGATCTCTTCGTTAGTTGGGGGAAGAATCCGCACGAATCGGAT 1020
Query 1041 ttttttAGGAAATTATCGAGAGAGAATTGGATTTGGTTAGACAATGTGTGGTTGGTAAAC 1100
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Sbjct 1021 TTTTTTAGGAAAATATCGAGAGAGAATTGGATTTGGTTAGACAATGTGTGGTTGGTAAAC 1080
Query 1101 AAGGATAGATTTTTTAGCAAGGTACGAAACGTATCGTCAAATATTCAATATGATTCTACA 1160
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 AAGGATAGATTTTTTAGCAAGGTACGAAACGTATCGTCAAATATTCAATATGATTCTACA 1140
Query 1161 AGATCTAGTTTCGTTCAAGTAACGGATTCTAGCCAATTGAACGGATCTTCTGATCAATTC 1220
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 AGATCTAGTTTCGTTCAAGTAACGGATTCTAGCCAATTGAACGGATCTTCTGATCAATTC 1200
Query 1221 ATAGATCCTTTCGATTCCATTAGTAATGAGGATTCGGAATATCACTATCACACATTGATC 1280
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Sbjct 1201 ATAGATCCTTTCGATTCCATTAGTAATGAGGATTCGGAATATCACTATCACACATTGATC 1260
Query 1281 AATCAAAGAGAGATTCAACAACTAAAAGAAAGATCGATTCTTTTGGATCCTTCCTTTATT 1340
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 AATCAAAGAGAGATTCAACAACTAAAAGAAAGATCGATTCTTTTGGATCCTTCCTTTATT 1320
Query 1341 CAAACGGAAGGAAGAGAGATAGAATCAGACCGATTCCCTAAATACCTTTCTGGCTATTCC 1400
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 CAAACGGAAGGAAGAGAGATAGAATCAGACCGATTCCCTAAATACCTTTCTGGCTATTCC 1380
Query 1401 TCAATGCCCCGGCTATTCACGGAACGTGAGAAGCGAATGAATAATCATCTGCTTCCGGAA 1460
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 TCAATGCCCCGGCTATTCACGGAACGTGAGAAGCGAATGAATAATCATCTGCTTCCGGAA 1440
Query 1461 GAAAGCGAAGAATTTCTTGGGAATCCTACAAGAGCCATTCGTTCTTTTTTCTCTGACAGA 1520
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 GAAAGCGAAGAATTTCTTGGGAATCCTACAAGAGCCATTCGTTCTTTTTTCTCTGACAGA 1500
Query 1521 TGGTCAGAACTTTATCTGGGTTCGAATCCTACTGAGAGGTCCACTAGGGATCAGAAATTG 1580
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Sbjct 1501 TGGTCAGAACTTCATCTGGGTTCGAATCCTACTGAGAGGTCCACTAGGGATCAGAAATTG 1560
Query 1581 TTGAAGAAAGAACAAGATGTTTCTTTTGTCCCTTCCAGGCGATCGGAAAATAAAGAAATA 1640
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Sbjct 1561 TTGAAGAAAGAACAAGATGTTTCTTTTGTCCCTTCCAGGCGATCGGAAAATAAAGAAATA 1620
Query 1641 GTTAATATATTCAAGATAATTACGTATTTACAAAATACCGTCTCAATTCATCCTATTTCA 1700
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1621 GTTAATATATTCAAGATAATTACGTATTTACAAAATACCGTCTCAATTCATCCTATTTCA 1680
Query 1701 TCAGATCTGGGATGTGATATGGTTCCGAAGGATGAACTGGATATGGACAGTTCCAATAAG 1760
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Sbjct 1681 TCAGATCTGGGATGTGATATGGTTCCGAAGGATGAACTGGATATGGACAGTTCCAATAAG 1740
Query 1761 ATTTCATTCTTGAACAAAAATCCATTTTTTGATTTATTTCATCTATTCCATGAACGGAAG 1820
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Query 1821 AgggggggATACACGTTACGCCACGGGTCAGAAGAGAGATTTCAAGAAATGGCAGATCTA 1880
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Query 3138 CACTTCTGCTTCTATTGTAACAAAAGATTCCCTTTTTATGTGGAAAAGGCCCGTCTCAAT 3197
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Query 3198 AATTCTGATTTTACGT--A--T--GGACAATTCCTCACTATCTTGTTCATTCACAACAAA 3251
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Query 3252 ATATTTTCTTCGTGCGGTGGTaaaaaaaaaCATGCTTTTTTGGAGAGAGATACTATTTCA 3311
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Query 3312 CCTTCGTCAATCGAGTCACAGGTATCT 3338
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Sbjct 3301 CCTTCGTCAATCGAGTCACAGGTATCT 3327
> AT3G32895.1 | Symbols: | transposable element gene | chr3:13431016-13435542
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Query 966 TGTGCTCAATTTCATATGTGGCAATTCCACCAAGATCTCTTCGTTAGTTGGGGGAAGAAT 1025
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Query 1026 CCGCACGAATCGGAtttttttAGGAAATTATCGAG 1060
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Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
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Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5