BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg925484
Length=5564
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
ATCG00190.1 | Symbols: RPOB | RNA polymerase subunit beta | chr... 5725 0.0
ATCG00180.1 | Symbols: RPOC1 | DNA-directed RNA polymerase fami... 2940 0.0
AT3G29762.1 | Symbols: | pseudogene, RNA polymerase A beta pri... 327 5e-88
> ATCG00190.1 | Symbols: RPOB | RNA polymerase subunit beta | chrC:23111-26329
REVERSE LENGTH=3219
Length=3219
Score = 5725 bits (3100), Expect = 0.0
Identities = 3136/3154 (99%), Gaps = 0/3154 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 155 ATGCTTGGGGATGAAAAAGAGGGAACATCTACAATACCCGGATTTAATCAGATACAATTT 214
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Sbjct 1 ATGCTTGGGGATGAAAAAGAGGGAACATCTGCAATACCCGGATTTAATCAGATACAATTT 60
Query 215 GAAGGGTTTTATCGGTTTATTGATCAGGGTTTAATAGAAGAACTTTCTAAGTTTCCAAAA 274
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Sbjct 61 GAAGGGTTTTATCGGTTTATTGATCAGGGTTTAATAGAAGAACTTGCTAAGTTTCCAAAA 120
Query 275 ATTGAAGATATAGATCACGAAATTGAATTTCAATTATTTGTGGAAACATATCAATTGGTA 334
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Sbjct 121 ATTGAAGATATAGATCACGAAATTGAATTTCAATTATTTGTGGAAACATATCAATTGGTA 180
Query 335 GAACCTCTGATAAAAGAACGAGATGCTGTCTATGAATCACTTACATATTCTTCTGAATTA 394
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Sbjct 181 GAACCTCTGATAAAAGAACGAGATGCTGTCTATGAATCACTTACATATTCTTCTGAATTA 240
Query 395 TATGTATCCGCGGGATTAATTTGGAAAACCAGTAGGAATATGCAAGAACAAAGAATTTTT 454
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Sbjct 241 TATGTATCCGCGGGATTAATTTGGAAAACCAGTAGGAATATGCAAGAACAAAGAATTTTT 300
Query 455 ATTGGAAACATTCCTTTAATGAATTCCCTTGGAACTTCTATAGTAAACGGAATTTACAGA 514
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Sbjct 301 ATTGGAAACATTCCTTTAATGAATTCCCTTGGAACTTCTATAGTAAACGGAATTTACCGA 360
Query 515 ATTGTGATCAATCAAATATTGCAAAGTCCCGGTATCTATTACCAGTCAGAATTGGATCAT 574
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Sbjct 361 ATTGTGATCAATCAAATATTGCAAAGTCCCGGTATCTATTACCAGTCAGAATTGGATCAT 420
Query 575 AATGGGATTTCGGTCTATACCGGCACCATAATATCAGATTGGGGAGGCAGGTTAGAATTA 634
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Sbjct 421 AATGGGATTTCGGTCTATACCGGCACCATAATATCAGATTGGGGAGGCAGGTTAGAATTA 480
Query 635 GAGATTGATAAAAAAGCAAGAATATGGGCTCGGGTGAGTAGGAAACAAAAAATATCTATT 694
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Sbjct 481 GAGATTGATAAAAAAGCAAGAATATGGGCTCGGGTGAGTAGGAAACAAAAAATATCTATT 540
Query 695 CTAGTTCTATCATCAGCTATGGGTTTGAATCTACGAGAAATTCTAGAGAATGTTTGCTAC 754
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Sbjct 541 CTAGTTCTATCATCAGCTATGGGTTTGAATCTACGAGAAATTCTAGAGAATGTTTGCTAC 600
Query 755 CCTGAAATTTTCTTATCTTTCTTGACCGATAAGGAGaaaaaaaaaaTAGGGTCAAAAGAA 814
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Sbjct 601 CCTGAAATTTTCTTATCTTTCTTGACCGATAAGGAGAAAAAAAAAATAGGATCAAAAGAA 660
Query 815 AATGCTATTTTGGAGTTTTATCAACAATTTTCTTGTGTAGGTGGGGATCCAATATTTTCT 874
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Sbjct 661 AATGCTATTTTGGAGTTTTATCAACAATTTTCTTGTGTAGGTGGGGATCCTATATTTTCT 720
Query 875 GAATCCTTATGTAAGGAATTACaaaaaaaaTTCTTTCACCAAAGGTGTGAATTAGGAAGG 934
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Sbjct 721 GAATCCTTATGTAAGGAATTACAAAAAAAATTCTTTCACCAAAGGTGTGAATTAGGAAGG 780
Query 935 ATTGGTCGCCGAAATATTAATTGGAGACTGAATCTTAATATACCTCAGAACAATATATTT 994
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 ATTGGTCGCCGAAATATTAATTGGAGACTGAATCTTAATATACCTCAGAACAATATATTT 840
Query 995 TTGTTACCACGAGATATATTAGCAGCTGCCGATCATTTGATTGGGATGAAATTTGGAATG 1054
||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 TTGTTACCACGAGATGTGTTAGCAGCTGCCGATCATTTGATTGGGATGAAATTTGGAATG 900
Query 1055 GGTACACTTGATGATATGAATCATTTGAAAAATAAACGTATTCGCTCTGTAGCGGATCTT 1114
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Sbjct 901 GGTACACTTGATGATATGAATCATTTGAAAAATAAACGTATTCGCTCTGTAGCGGATCTT 960
Query 1115 TTACAAGACCAGCTTGGGTTGGCTCTGGCTCGTTTAGAAAATGTAGTTAAGGGAACTATC 1174
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Sbjct 961 TTACAAGACCAGCTCGGGTTGGCTCTGGCTCGTTTAGAAAATGTAGTTAAGGGAACTATC 1020
Query 1175 TCCGGAGCAATTAGGCATAAATTGATACCTACTCCTCAGAATTTGGTAACTTCAACTCCG 1234
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Sbjct 1021 TCCGGAGCAATTAGGCATAAATTGATACCTACTCCTCAGAATTTGGTAACTTCAACTCCG 1080
Query 1235 TTAACAACTACTTATGAATCCTTTTTCGGATTACACCCATTATCTCAAGTTTTGGATCGA 1294
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 TTAACAACTACTTATGAATCCTTTTTCGGATTACACCCATTATCTCAAGTTTTGGATCGA 1140
Query 1295 ACTAATCCATTGACACAAATCGTTCATGGGAGAAAATTGAGTTATTTGGGCCCTGGCGGA 1354
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 ACAAATCCATTGACACAAATCGTTCATGGGAGAAAATTGAGTTATTTGGGCCCTGGCGGA 1200
Query 1355 TTAACAGGGCGAACTGCTAATTTTCGGATACGAGATATCCATCCTAGTCACTATGGGCGT 1414
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 TTAACAGGGCGAACTGCTAATTTTCGGATACGAGATATCCATCCTAGTCACTATGGGCGT 1260
Query 1415 ATTTGTCCCATTGACACGTCTGAAGGAATCAATGTTGGACTTATTGGATCTTTATCAATT 1474
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Sbjct 1261 ATTTGTCCCATTGACACGTCTGAAGGAATCAATGTTGGACTTATTGGATCTTTATCAATT 1320
Query 1475 CATGCCAGGATTGGTGATTGGGGGTCGTTAGAAAGTCCATTTTATGAACTCTTTGAGAAA 1534
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Sbjct 1321 CATGCCAGGATTGGTGATTGGGGGTCGTTAGAAAGTCCATTTTATGAACTCTTTGAGAAA 1380
Query 1535 TCaaaaaaaGCACGGATACGGATGCtttttttATCACCAAGTCAAGATGAATATTATATG 1594
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Sbjct 1381 TCAAAAAAAGCACGGATACGGATGCTTTTTTTATCACCAAGTCAAGATGAATATTATATG 1440
Query 1595 ATAGCGGCAGGAAATTCTTTGGCTCTTAATCGGGGCATTCAAGAAGAACAGGCTGTTCCA 1654
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Sbjct 1441 ATAGCGGCAGGAAATTCTTTGGCTCTTAATCGGGGCATTCAAGAAGAACAGGCTGTTCCA 1500
Query 1655 GCTCGATACCGCCAAGAATTTTTGACTATCGCATGGGAAGAGGTTCATCTTCGAAGCATT 1714
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Sbjct 1501 GCTCGATACCGCCAAGAATTTTTGACTATCGCATGGGAAGAGGTTCATCTTCGAAGCATT 1560
Query 1715 TTCCCTTTCCAATATTTTTCCATTGGAGCTTCTCTAATTCCTTTTATCGAACATAATGAT 1774
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Sbjct 1561 TTCCCTTTCCAATATTTTTCCATTGGAGCTTCTCTAATTCCTTTTATCGAACATAATGAT 1620
Query 1775 GCGAATCGAGCTTTAATGAGTTCTAATATGCAACGTCAAGCAGTTCCACTTTCTCGGTCC 1834
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Sbjct 1621 GCGAATCGAGCTTTAATGAGTTCTAATATGCAACGTCAAGCAGTTCCACTTTCTCGGTCC 1680
Query 1835 GAAAAGTGCATTGTTGGAACTGGGTTGGAACGCCAAGTGGCTTTAGATTCAGGGGTTCCC 1894
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Sbjct 1681 GAAAAGTGCATTGTTGGAACTGGGTTGGAACGCCAAGTGGCTTTAGATTCAGGGGTTCCC 1740
Query 1895 GCTATAGCCGAACACGAGGGAAAAATCCTTTATACTGACACTGAGAAGATCGTTTTTTCG 1954
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Sbjct 1741 GCTATAGCCGAACACGAGGGAAAAATCCTTTATACTGACACTGAGAAGATCGTTTTTTCG 1800
Query 1955 GGCAATGGGGATACTCTAAGCATTCCATTAATTATGTATCAACGCTCAAACAAAAATACT 2014
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Sbjct 1801 GGCAATGGTGATACTCTAAGCATTCCATTAATTATGTATCAACGCTCAAACAAAAATACT 1860
Query 2015 TGTATGCATCAAAAACCTCAGGTTCGGCGGGGTAAATGCATTAAAAAGGGACAAATTTTA 2074
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Sbjct 1861 TGTATGCATCAAAAACCTCAGGTTCGTCGGGGTAAATGCATTAAAAAGGGACAAATTTTA 1920
Query 2075 GCGGATGGTGCTGCTACAGTTGGTGGGGAACTCGCTTTGGGGAAAAATATATTAGTGGCT 2134
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1921 GCGGATGGTGCTGCTACAGTTGGTGGGGAACTCGCTTTGGGGAAAAATATATTAGTGGCT 1980
Query 2135 TATATGCCATGGGAAGGATACAATTTTGAAGATGCGGTACTCATTAGTGAGTGTCTAGTA 2194
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1981 TATATGCCATGGGAAGGATACAATTTTGAAGATGCGGTACTCATTAGTGAGTGTCTAGTA 2040
Query 2195 TATGGTGATATTTATACTTCTTTCCACATACGGAAATATGAAATTCAGACGCATGTGACA 2254
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Sbjct 2041 TATGGTGATATTTATACTTCTTTCCACATACGGAAATATGAAATTCAGACGCATGTGACA 2100
Query 2255 ACCCAAGGTCCTGAAAGGATCACTAAAGAAATACCGCATCTAGAAGGCCGTTTACTCCGA 2314
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2101 ACCCAAGGTCCTGAAAGGATCACTAAAGAAATACCGCATCTAGAAGGTCGTTTACTCCGA 2160
Query 2315 AATTTAGACAAAAATGGAATTGTGATGCTAGGATCGTGGGTTGAAACAGGTGATATTTTA 2374
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2161 AATTTAGACAAAAATGGAATTGTGATGCTAGGATCGTGGGTTGAAACAGGTGATATTTTA 2220
Query 2375 GTAGGTAAATTAACACCTCAAGTGGCGAAAGAATCCTCCTATGCTCCGGAAGATAGGTTA 2434
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221 GTAGGTAAATTAACACCTCAAGTGGCGAAAGAATCCTCCTATGCTCCGGAAGATAGGTTA 2280
Query 2435 TTACGAGCCATACTTGGCATTCAGGTATCGACTTCAAAAGAAACTTGTTTAAAATTGCCT 2494
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2281 TTACGAGCTATACTTGGCATTCAGGTATCGACTTCAAAAGAAACTTGTTTAAAATTGCCT 2340
Query 2495 ATAGGTGGTAGAGGTCGAGTTATTGATGTGAGGTGGGTTCAGAAAAAGGGGGGTTCAAGT 2554
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2341 ATAGGTGGTAGAGGTCGAGTTATTGATGTGAGGTGGGTTCAGAAAAAGGGTGGTTCAAGT 2400
Query 2555 TATAACCCAGAAATAATTCGTGTATATATTTCACAGAAACGTGAAATCAAAGTAGGTGAT 2614
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Sbjct 2401 TATAACCCAGAAATAATTCGTGTATATATTTCACAGAAACGTGAAATAAAAGTAGGTGAT 2460
Query 2615 AAAGTAGCTGGACGACATGGAAATAAAGGTATCATTTCAAAAATTTTGCCTAGACAGGAT 2674
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2461 AAAGTAGCTGGAAGACATGGAAATAAAGGTATCATTTCAAAAATTTTGCCTAGACAGGAT 2520
Query 2675 ATGCCTTATTTGCAAGACGGGAGACCCGTGGATATGGTCTTCAACCCATTAGGAGTACCC 2734
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2521 ATGCCTTATTTGCAAGACGGGAGACCCGTGGATATGGTCTTCAACCCATTAGGAGTACCC 2580
Query 2735 TCACGCATGAATGTAGGACAGATATTTGAATGCTCGCTTGGGTTAGCGGGAAGTCTGCTA 2794
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2581 TCACGCATGAATGTAGGACAGATATTTGAATGCTCGCTTGGGTTAGCGGGAAGTCTGCTA 2640
Query 2795 GATAGACATTATCGAATAGCCCCTTTTGATGAGAGATATGAACAAGAGGCTTCGAGAAAA 2854
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2641 GATAGACATTATCGAATAGCCCCTTTTGATGAGAGATATGAACAAGAGGCTTCGAGAAAA 2700
Query 2855 CTGGTGTTTTCTGAATTATATGAAGCCAGTAAGCAAACAGCGAATCCATGGGTATTTGAA 2914
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2701 CTGGTGTTTTCAGAATTATATGAAGCCAGTAAGCAAACAGCGAATCCATGGGTATTTGAA 2760
Query 2915 CCCGAGTATCCAGGAAAAAGCCGCATTTTTGATGGAAGAACAGGAGATCCTTTTGAACAG 2974
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2761 CCCGAGTATCCAGGAAAAAGCCGCATTTTTGATGGAAGAACAGGAGATCCTTTTGAACAG 2820
Query 2975 CCTGTGATAATAGGAAAGCCCTATATCTTGAAATTAATTCATCAGGTTGATGATAAAATA 3034
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2821 CCTGTGATAATAGGAAAGCCCTATATCTTGAAATTAATTCATCAGGTTGATGATAAAATA 2880
Query 3035 CACGGACGTTCTAGTGGACATTATGCACTTGTTACACAACAACCCCTTAGAGGCCGTTCC 3094
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2881 CACGGACGTTCTAGTGGACATTATGCACTTGTTACACAACAACCCCTTAGAGGCCGTTCC 2940
Query 3095 AAGCAgggggggCAGCGGGTAGGCGAAATGGAGGTTTGGGCTCTGGAGGGGTTTGGTGTT 3154
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2941 AAGCAGGGGGGGCAGCGGGTAGGCGAAATGGAGGTTTGGGCTCTGGAGGGGTTTGGTGTT 3000
Query 3155 GCTCATATTTTACAAGAGATGCTTACTTATAAATCTGATCATATTAGAGCTCGCCAAGAA 3214
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3001 GCTCATATTTTACAAGAGATGCTTACTTATAAATCTGATCATATTAGAGCTCGCCAAGAA 3060
Query 3215 GTACTTGGTACCACTATCATTGGAGGAACAATACCTAAACCAGAAGATGCTCCAGAATCT 3274
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3061 GTACTTGGTACCACTATCATTGGAGGAACAATACCTAAACCAGAAGATGCTCCGGAATCT 3120
Query 3275 TTTCGATTACTTGTTCGAGAACTACGATCTTTGG 3308
||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3121 TTTCGATTACTTGTTCGAGAACTACGATCTTTGG 3154
> ATCG00180.1 | Symbols: RPOC1 | DNA-directed RNA polymerase family
protein | chrC:20251-23084 REVERSE LENGTH=2043
Length=2043
Score = 2940 bits (1592), Expect = 0.0
Identities = 1606/1613 (99%), Gaps = 0/1613 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 3834 ATTTTTCTTTTGCTAGGCCCATAACTAAAAAACCTACTTTCTTACGATTACGAGGTTCAT 3893
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 431 ATTTTTCTTTTGCTAGGCCCATAACTAAAAAACCTACTTTCTTACGATTACGAGGTTCAT 490
Query 3894 TTGAATATGAAATTCAATCCTGGAAATACAGCATCCCACttttttttACTACTCAAGGTT 3953
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 491 TTGAATATGAAATTCAATCCTGGAAATACAGCATCCCACTTTTTTTTACTACTCAAGGTT 550
Query 3954 TCGATATATTTCGAAATCGAGAAATTTCTACCGGGGCGGGTGCTATCCGAGAACAATTAG 4013
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 551 TCGATATATTTCGAAATCGAGAAATTTCTACTGGGGCGGGTGCTATCCGAGAACAATTAG 610
Query 4014 CCGATTTAGATTTGCGAATTATTATAGAAAATTCGTTGGTAGAATGGAAACAATTAGGAG 4073
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 611 CCGATTTAGATTTGCGAATTATTATAGAAAATTCGTTGGTAGAATGGAAACAATTAGGAG 670
Query 4074 AAGAAGGGCCTACGGGGAATGAATGGGAAGATCGAAAAATTGTAAGAAGAAAAGATTTTT 4133
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 671 AAGAAGGGCCTACGGGGAATGAATGGGAAGATCGAAAAATTGTAAGAAGAAAAGATTTTT 730
Query 4134 TAGTTAGACGTATGGAATTAGCTAAGCATTTTATTCGAACAAATATAGAACCAGAATGGA 4193
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 731 TAGTTAGACGTATGGAATTAGCTAAGCATTTTATTCGAACAAATATAGAACCCGAATGGA 790
Query 4194 TGGTTTTATGTCTCTTACCGGTTCTTCCTCCCGAGTTGAGACCCATCATTCAGATAGAAG 4253
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 791 TGGTTTTATGTCTCTTACCGGTTCTTCCTCCCGAGTTGAGACCCATCATTCAGATAGAAG 850
Query 4254 GGGGTAAACTAATGAGTTCAGATATTAATGAACTCTATAGAAGAGTTATCTATCGGAACA 4313
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 851 GGGGTAAACTAATGAGTTCAGATATTAATGAACTCTATAGAAGAGTTATCTATCGGAACA 910
Query 4314 ATACTCTTACCGATCTATTAACAACAAGTAGATCTACACCGGGGGAATTAGTAATGTGTC 4373
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 911 ATACTCTTACCGATCTATTAACAACAAGTAGATCTACACCGGGGGAATTAGTAATGTGTC 970
Query 4374 AGGAAAAATTGGTACAAGAAGCCGTGGATACACTTCTTGATAATGGAATCCGTGGACAAC 4433
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 971 AGGAAAAATTGGTACAAGAAGCCGTGGATACACTTCTTGATAATGGAATCCGTGGACAAC 1030
Query 4434 CCATGAGGGATGGTCATAATAAGGTTTACAAGTCATTTTCAGATGTAATTGAAGGCAAAG 4493
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1031 CCATGAGGGATGGTCATAATAAGGTTTACAAGTCATTTTCAGATGTAATTGAAGGCAAAG 1090
Query 4494 AGGGAAGATTTCGCGAGACTCTGCTTGGGAAACGGGTCGATTATTCGGGGCGCTCGGTGA 4553
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1091 AGGGAAGATTTCGCGAGACTCTGCTTGGGAAACGGGTCGATTATTCGGGGCGCTCGGTGA 1150
Query 4554 TTGTCGTTGGACCTTCACTTTCATTACATCGCTGTGGATTGCCTCGCGAAATAGCAATAG 4613
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1151 TTGTCGTTGGACCTTCACTTTCATTACATCGCTGTGGATTGCCTCGCGAAATAGCAATAG 1210
Query 4614 AGCTCTTCCAGACATTTGTAATTCGTGGTTTAATTAGACAACACCTGGCTTCGAACATAG 4673
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1211 AGCTCTTCCAGACATTTGTAATTCGTGGTTTAATTAGACAACACCTGGCTTCGAACATAG 1270
Query 4674 GAGTTGCTAAGAGTCAAATTCGTGaaaaaaaGCCGATTGTCTGGGAAATCCTTCAAGAAG 4733
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1271 GAGTTGCTAAGAGTCAAATTCGTGAAAAAAAGCCGATTGTCTGGGAAATCCTTCAAGAAG 1330
Query 4734 TCATGCAGGGGCATCCCGTATTACTGAATAGAGCACCTACCCTACATAGATTAGGCATAC 4793
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1331 TCATGCAGGGGCATCCCGTATTACTGAATAGAGCACCTACCCTACATAGATTAGGCATAC 1390
Query 4794 AGTCATTCCAACCAATTTTAGTGGAAGGACGCACTATTTGTTTACATCCATTAGTTTGTA 4853
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1391 AGTCATTCCAACCTATTTTAGTGGAAGGACGCACTATTTGTTTACATCCATTAGTTTGTA 1450
Query 4854 AGGGGTTCAATGCAGACTTTGATGGGGATCAAATGGCTGTTCATGTGCCTTTATCTTTAG 4913
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1451 AGGGGTTCAATGCAGACTTTGATGGGGATCAAATGGCTGTTCATGTGCCTTTATCTTTAG 1510
Query 4914 AGGCTCAAGCAGAGGCTCGTTTACTTATGTTTTCTCATATGAATCTCTTATCTCCAGCTA 4973
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1511 AGGCTCAAGCAGAGGCTCGTTTACTTATGTTTTCTCATATGAATCTCTTATCTCCAGCTA 1570
Query 4974 TTGGAGATCCCATTTCTGTACCGACTCAAGATATGCTTATTGGACTCTATGTATTAACGA 5033
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1571 TTGGAGATCCCATTTCGGTACCGACTCAAGATATGCTTATTGGACTCTATGTATTAACGA 1630
Query 5034 GCGGCACTCGTCGAGGTATTTGTGCAAACAGATATAATCCATGTAATCGAAAAAACTATA 5093
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1631 GCGGCACTCGTCGAGGTATTTGTGCAAACAGATATAATCCATGTAATCGAAAAAACTATC 1690
Query 5094 AAAATGAAAGAATTTACGAAACAAACTATAAGTATACGAAAGAACCCtttttttGCAATT 5153
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1691 AAAATGAAAGAATTTACGAAACAAACTATAAGTATACGAAAGAACCCTTTTTTTGCAATT 1750
Query 5154 CCTATGATGCAATTGGAGCTTATCGACAGAAAAGAATCAATTTAGATAGTCCTTTGTGGC 5213
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1751 CCTATGATGCAATTGGAGCTTATCGACAGAAAAAAATCAATTTAGATAGTCCTTTGTGGC 1810
Query 5214 TTCGGTGGCAATTAGATCAACGCGTTATTGCTTCAAGAGAAGTTCCTATCGAAGTTCACT 5273
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1811 TTCGGTGGCAATTAGATCAACGCGTTATTGCTTCAAGAGAAGTTCCTATCGAAGTTCACT 1870
Query 5274 ATGAATCTTTTGGTAACTATCATGAGATTTATGCACACTATCTAATAGTAAGAAGTGTaa 5333
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1871 ATGAATCTTTTGGTAACTATCATGAGATTTATGCACACTATCTAATAGTAAGAAGTGTAA 1930
Query 5334 aaaaaGAAACTTTTTGTATATATATTCGAACCACAGTTGGTCATATTTCTTTTTATCGAG 5393
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1931 AAAAAGAAAATTTTTGTATATATATTCGAACCACAGTTGGTCATATTTCTTTTTATCGAG 1990
Query 5394 AAATCGAGGAAGCTATACAAGGTTTTTCTCAAGCCTGTTCATATGATACCTAA 5446
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1991 AAATCGAGGAAGCTATACAAGGTTTTTCTCAAGCCTGTTCATATGATACCTAA 2043
Score = 787 bits (426), Expect = 0.0
Identities = 430/432 (99%), Gaps = 0/432 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 3347 ATGATCGATCGGTATAAACATCAACAACTCCGAATTGGATTAGTTTCTCCTCAGCAAATA 3406
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGATCGATCGGTATAAACATCAACAACTCCGAATTGGCTTAGTTTCTCCTCAGCAAATA 60
Query 3407 AGTGCTTGGGCCACTAAAATAATACCTAATGGAGAGATAGTTGGAGAGGTGACAAAACCC 3466
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 AGTGCTTGGGCCACTAAAATAATACCTAATGGAGAGATAGTTGGAGAGGTGACAAAACCC 120
Query 3467 TATACTTTTCATTACAAAACCAATAAACCGGAAAAAGATGGATTATTTTGTGAAAGGATT 3526
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TATACTTTTCATTACAAAACCAATAAACCGGAAAAAGATGGATTATTTTGTGAAAGGATT 180
Query 3527 TTTGGGCCTATAAAGAGTGGAATTTGCGCTTGTGGAAATTATCGAGTGATCGGAGATGAA 3586
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TTTGGACCTATAAAGAGTGGAATTTGCGCTTGTGGAAATTATCGAGTGATCGGAGATGAA 240
Query 3587 AAAGAAGACCCAAAGTTTTGTGAACAATGTGGAGTTGAATTTGTTGATTCTCGGATACGA 3646
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 AAAGAAGACCCAAAGTTTTGTGAACAATGTGGAGTTGAATTTGTTGATTCTCGGATACGA 300
Query 3647 AGATATCAAATGGGATACATAAAACTGACATGTCCTGTAACTCATGTATGGTATTTGAAA 3706
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Sbjct 301 AGATATCAAATGGGATACATAAAACTGACATGTCCTGTAACTCATGTATGGTATTTGAAA 360
Query 3707 CGTCTTCCTAGTTATATTGCGAATCTTTTAGATAAACCTCTTAAAGAATTAGAAGGCCTA 3766
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Sbjct 361 CGTCTTCCTAGTTATATTGCGAATCTTTTAGATAAACCTCTTAAAGAATTAGAAGGCCTA 420
Query 3767 GTATACTGCGAT 3778
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Sbjct 421 GTATACTGCGAT 432
> AT3G29762.1 | Symbols: | pseudogene, RNA polymerase A beta prime
subunit (fragment), similar to RNA polymerase A beta prime
subunit GB:CAB48413 (Chloroplast Sinapis alba) | chr3:11593203-11593470
REVERSE LENGTH=268
Length=268
Score = 327 bits (177), Expect = 5e-88
Identities = 203/216 (94%), Gaps = 0/216 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 3986 GGGGCGGGTGCTATCCGAGAACAATTAGCCGATTTAGATTTGCGAATTATTATAGAAAAT 4045
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Sbjct 48 GGGGCGGGTGCTATCCGAGAACAATTAGCCAATTTAGATTTGCAAATTATTATAGAAAAT 107
Query 4046 TCGTTGGTAGAATGGAAACAATTAGGAGAAGAAGGGCCTACGGGGAATGAATGGGAAGAT 4105
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Sbjct 108 TTGTTGGTAGAATGGAAACAATTAGGAGAAGAAGGACCTACGGGGAATGAATGGGAAGAT 167
Query 4106 CGAAAAATTGTAAGAAGAAAAGATTTTTTAGTTAGACGTATGGAATTAGCTAAGCATTTT 4165
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Sbjct 168 CGAAAAATTGTAAAAAGAAAAAAAAATTTAGTTAGACGTATGAAATTAGCTAAGCATTTT 227
Query 4166 ATTCGAACAAATATAGAACCAGAATGGATGGTTTTA 4201
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Sbjct 228 CTTTGAACAAATATAGAACCCGAATGGATGGTTTTA 263
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 277774363391
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5