BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg925575
Length=1318
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
ATCG01250.1 | Symbols: NDHB.2 | NADH-Ubiquinone/plastoquinone (... 1367 0.0
ATCG00890.1 | Symbols: NDHB.1 | NADH-Ubiquinone/plastoquinone (... 1367 0.0
AT1G21945.1 | Symbols: | transposable element gene | chr1:7717... 84.2 3e-15
> ATCG01250.1 | Symbols: NDHB.2 | NADH-Ubiquinone/plastoquinone
(complex I) protein | chrC:141854-143708 FORWARD LENGTH=1170
Length=1170
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Strand=Plus/Plus
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Query 670 TTCTTAGCATGATATTGGGGAATCTCATTGCTATTACTCAAACAAGCATGAAACGTATGC 729
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Query 730 TTGCATATTCGTCCATAGGTCAAATCGGATATGTAATTATTGGAATAATTGTTGGAGACT 789
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Query 790 CAAATGGTGGATATGCGAGCATGATAACTTATATGCTGTTCTATATCGCCATGAATCTAG 849
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Query 850 GAACTTTTGCTTGCATTATATTATTTGGTCTACGTACCGGAACTGATAACATTCGAGATT 909
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Query 910 ATGCAGGATTATACACAAAAGATCCTTTTTTGGCTCTCTCTTTAGCTCTATGTCTCTTAT 969
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Query 970 CCCTAGGAGGTCTTCCTCCACTAGCAGGtttttttGGAAAACTCCATTTATTCTGGTGTG 1029
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Query 1030 GATGGCAGGCAGGCCTATATTTCTTGGTTTCAATAGGACTCCTTACGAGCGTTCTTTCTA 1089
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Query 1090 TCTACTATTATCTAAAAATAATCAAGTTATTAATGACTGGACGAAACCAAGAAATAACCC 1149
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Query 1150 CTCACGTGCGAAATTATAGAATATCCCCTTTAAGATCAAACAATTCCATCGAATTGAATA 1209
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Sbjct 1022 CTCACATGCGAAATTATAGAATATCCCCTTTAAGATCAAACAATTCCATCGAATTGAGTA 1081
Query 1210 TGATTGTATGTGTGATAGCATCTACTATACCAGGAATATCAATGAACCCGATTATTGCGA 1269
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Query 1270 TTGCTCAGGATACCCTTTTTAGCTTCTAG 1298
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Identities = 406/409 (99%), Gaps = 2/409 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 21 ATGGCTATAACAGAGTTTCTGTTATTCATATTAACAGCTACTCTAGGAGGAATGTTTTTA 80
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Query 81 TGTGGTGCTAACGATTTAATAACTATCTTTGTAGCTCCAGAATGTTTCAGTTTATGCTCC 140
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Query 141 TACCTATTATCTGGATATACCAAGAAAGATGTACGATCTAATGAGGCTACTATGAAATAT 200
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Sbjct 121 TACCTATTATCTGGATATACCAAGAAAGATATACGATCTAATGAGGCTACTATGAAATAT 180
Query 201 TTACTCATGGGTGGGGCAAGCTCTTCTATTCTGGTTCATGGTTTCTCTTGGCTATATGGT 260
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Query 261 TCATCCGGGGGAGAGATTGAGCTTCAAAGAA-TAGTGAATGGTCTTATCAATACACAAAT 319
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Query 320 GTATAACTCCCCAGGAATTTCAATTGCGCTTATATTCATCACTGTAGGAATTGGGTTCAA 379
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Query 380 GCTTTCCCTAGCCCCTTCTCATCAATGGACTCCTGACGTATACGAAGGA 428
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Sbjct 360 GCTTTCCCTAGCCCCTTCTCATCAATGGACTCCTGACGTATACGAAGGA 408
> ATCG00890.1 | Symbols: NDHB.1 | NADH-Ubiquinone/plastoquinone
(complex I) protein | chrC:94941-96795 REVERSE LENGTH=1170
Length=1170
Score = 1367 bits (740), Expect = 0.0
Identities = 746/749 (99%), Gaps = 0/749 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 550 TCGTTGCTTTTCTTTCTGTTACTTCGAAAGTAGCTGCTTCAGCTTCAGCCACTCGAATTT 609
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Sbjct 422 TCGTTGCTTTTCTTTCTGTTACTTCGAAAGTAGCTGCTTCAGCTTCAGCCACTCGAATTT 481
Query 610 TCGATATTCCTTTTTATTTCTCATCAAATGAATGGCATCTTCTTCTGGAAATCCTAGCTA 669
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Query 670 TTCTTAGCATGATATTGGGGAATCTCATTGCTATTACTCAAACAAGCATGAAACGTATGC 729
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Query 790 CAAATGGTGGATATGCGAGCATGATAACTTATATGCTGTTCTATATCGCCATGAATCTAG 849
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Query 850 GAACTTTTGCTTGCATTATATTATTTGGTCTACGTACCGGAACTGATAACATTCGAGATT 909
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Query 910 ATGCAGGATTATACACAAAAGATCCTTTTTTGGCTCTCTCTTTAGCTCTATGTCTCTTAT 969
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Query 970 CCCTAGGAGGTCTTCCTCCACTAGCAGGtttttttGGAAAACTCCATTTATTCTGGTGTG 1029
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Query 1030 GATGGCAGGCAGGCCTATATTTCTTGGTTTCAATAGGACTCCTTACGAGCGTTCTTTCTA 1089
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Query 1270 TTGCTCAGGATACCCTTTTTAGCTTCTAG 1298
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Sbjct 1142 TTGCTCAGGATACCCTTTTTAGCTTCTAG 1170
Score = 737 bits (399), Expect = 0.0
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Strand=Plus/Plus
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Query 320 GTATAACTCCCCAGGAATTTCAATTGCGCTTATATTCATCACTGTAGGAATTGGGTTCAA 379
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Sbjct 300 GTATAACTCCCCAGGAATTTCAATTGCGCTTATATTCATCACTGTAGGAATTGGGTTCAA 359
Query 380 GCTTTCCCTAGCCCCTTCTCATCAATGGACTCCTGACGTATACGAAGGA 428
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Sbjct 360 GCTTTCCCTAGCCCCTTCTCATCAATGGACTCCTGACGTATACGAAGGA 408
> AT1G21945.1 | Symbols: | transposable element gene | chr1:7717826-7722120
FORWARD LENGTH=4295
Length=4295
Score = 84.2 bits (45), Expect = 3e-15
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Query 315 CAAATGTATAACTCCCCAGGAATTTCAATTGCGCTTATATTCATC 359
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Sbjct 1655 CAAATGTATAACTCCCCAGGAATTTCAATTGCGCTTATATTCATC 1699
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 64859104140
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5