BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg926015
Length=2555
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G67550.1 | Symbols: URE | urease | chr1:25312740-25317395 FO... 4002 0.0
> AT1G67550.1 | Symbols: URE | urease | chr1:25312740-25317395
FORWARD LENGTH=3103
Length=3103
Score = 4002 bits (2167), Expect = 0.0
Identities = 2427/2555 (95%), Gaps = 8/2555 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TTGGATTTGGGAGTTGAAGAAATGAAGTTGTTGCCGCGAGAGATCGAGAAGTTAGAGCTT 60
||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 83 TTGGA-TTGGGAGGTGGAGAAATGAAGTTGTTGCCGCGAGAGATCGAGAAGTTAGAGCTA 141
Query 61 CATCAAGCTGGTTTCCTCGCACA-AAAGCGTCTTGCTCGTGGTATTAGACTCAATTACAC 119
||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 142 CATCAAGCTGGTTTCCTTGCACAGAAA-CGTCTTGCTCGTGGTATTAGACTCAATTACAC 200
Query 120 TGAATCTGTAGCACTCATTGCTACTCAGATTCTTGAGTTTATTCGTGATGGTGAGAAAAG 179
|||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 201 TGAAGCTGTAGCACTTATTGCTACTCAGATTCTTGAGTTTATTCGTGATGGTGATAAAAG 260
Query 180 CGTGGCGGAGCTAATGGATATTGGAAGACAACTATTAGGAAGGAGACAAGTTCTTCCTGC 239
|||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 261 CGTGGCTGAGCTAATGGATATCGGGAGACAACTATTAGGAAGGAGACAGGTTCTTCCTGC 320
Query 240 TGTTGTACATCTTCTGTATACGGTTCAGGTCGAAGGGACGTTTCGTGATGGTACAAAGTT 299
|||| |||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 321 TGTTTTACATCTTTTGTATACGGTTCAGGTCGAAGGTACATTTCGTGATGGTACAAAGTT 380
Query 300 AGTTACCGTTCATGAACCGATTTCTCTTGAAAATGGGAACCTTGAACTAGCTTTACATGG 359
||| || |||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 381 AGTCACGGTTCATGAGCCGATTTCTCTTGAAAACGGCAACCTTGAACTTGCTTTGCATGG 440
Query 360 ATCTTTCCTTCCAGTTCCTTCATTGGATAAATTTCCAGAAGCTCATGAGGATGT-A--AT 416
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| | ||
Sbjct 441 ATCTTTCCTTCCAGTTCCTTCATTGGATAAATTTCCAGAAGTTCATGAGGGTGTAATTAT 500
Query 417 TCCTGGAGATATGAAATATGGAGATGGAAGTATAATAATAAATCATGGAAGGAAAGCACT 476
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
Sbjct 501 TCCTGGTGATATGAAATATGGAGATGGAAGTATAATTATAAATCATGGAAGGAAAGCAGT 560
Query 477 AG-TCTTGAAAGTCGTGAACACTGGAGACAGACCAGTGCAGGTTGGAAGTCATTACCATT 535
|| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 561 AGTTC-TGAAAGTAGTGAACACTGGAGACAGACCAGTGCAGGTTGGAAGTCACTACCATT 619
Query 536 TCATTGAAGTGAATCCATTGTTGGTGTTTGACAGACGTAAAGCTCTTGGTATGCGTCTGA 595
| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 620 TTATTGAAGTGAATCCACTATTGGTGTTTGACAGACGTAAAGCTCTTGGTATGCGTTTAA 679
Query 596 ATATAGCAGCTGGAACAGCTGTACGATTTGAGCCTGGAGAAAGAAAAAGTGTTATACTTG 655
| ||| | |||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| ||| ||||||
Sbjct 680 ACATACCCGCTGGAACAGCTGTTCGCTTTGAGCCAGGAGAAAGAAAAAGCGTTGTACTTG 739
Query 656 TGAATATTGGTGGAAATAAAGTGATAAGGGGAGGAAATGGAATTGTTGACGGTCTAGTTG 715
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 740 TGAATATTGGTGGAAATAAAGTGATAAGGGGAGGAAATGGAATTGTTGATGGTCTAGTTG 799
Query 716 ATGATGTCAATTGGACAGTTGTAATGGAAATAATGGAGAGAAGAGGCTTTAGGCACCTGG 775
|||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||
Sbjct 800 ATGATGTCAATTGGACAGTTTTAATGGAAACAATGGAGAGAAGAGGATTTAAGCACCTGG 859
Query 776 AAGATGCTGATGCTAGTGAGGGGATTGTAGGGGAAGATCCTAGATTTACGACTACAATTT 835
||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||| |||| ||||
Sbjct 860 AAGATATTGATGCTAGTGAGGGGATAGCAGGGGAAGATCCTCGATTTACAACTATGATTT 919
Query 836 CGCGTGAAAAGTATGCAAATATGTATGGTCCTACCACTGGCGACAAGCTTCGGCTAGGTG 895
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 920 CTCGTGAAAAGTATGCAAATATGTATGGTCCTACCACTGGGGACAAGCTTCGCCTAGGTG 979
Query 896 ATACCAACTTGTACGCAAGAATCGAAAAAGATTATACTGTTTATGGAGATGAATGTGTAT 955
|||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 980 ATACCAACTTATACGCAAGAATTGAAAAAGATTATACTGTTTATGGAGATGAATGTGTAT 1039
Query 956 TTGGAGGTGGAAAAGTTTTAAGAGAAGGCATGGGTCAAGGCATAGAGCAATCTGAAGCTC 1015
||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1040 TTGGAGGTGGAAAAGTTCTAAGAGAAGGCATGGGACAAGGCATAGAGCAAGCTGAAGCTC 1099
Query 1016 TTTCCTTGGATACTGTCATTACCAATAGTGTGATAATTGATTATTTAGGAATATATAAGG 1075
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1100 TTTCTTTGGATACTGTCATTACCAATAGTGTGATAATTGATTATTCAGGAATATATAAGG 1159
Query 1076 CAGATATCGGCATTAAAAATGGTCATATTGTCGGTATTGGGAAAGCAGGCAATCCGGATA 1135
||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1160 CAGATATTGGCATTAAAAATGGTCATATTGTTGGTATTGGGAAAGCAGGCAATCCAGATA 1219
Query 1136 CCATGCATGGTGTGCAGAGCAATATGCTTATTGGGAATAAGACTGAGGTTATTGCTGGAG 1195
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1220 CCATGCATGGTGTGCAGAACAATATGCTTATTGGGAATAAGACTGAGGTTATTGCTGGAG 1279
Query 1196 AAGGAATGATTGTAACTGCAGGAGCTATTGATTGTCATGTGCATTTCATATGTCCTCAAT 1255
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1280 AAGGAATGATTGTAACTGCAGGAGCTATTGATTGTCATGTACATTTCATATGTCCTCAAT 1339
Query 1256 TGGTCTACGAAGCAGTATCGAGCGGCATTACAACTATGGTTGGAGGAGGGACAGGGCCAG 1315
|||| || |||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 1340 TGGTGTATGAAGCAGTGTCAAGCGGCATTACAACTATGGTTGGGGGAGGGACAGGGCCTG 1399
Query 1316 CTTATGGTACACGTGCTACTACCTGCACCCCTTCCCCGTTCGATATGAAGTTAATGCTGC 1375
|||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1400 CTTATGGTACACGTGCTACTACGTGTACCCCTTCTCCGTTCGATATGAAGTTAATGCTGC 1459
Query 1376 AGTCCACGGATAGCCTGCCACTAAACTTTGGGTTTACAGGAAAGGGAAATACAGCTAAAC 1435
||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1460 AGTCCACAGATAGCCTGCCACTAAACTTTGGCTTTACAGGAAAGGGAAATACAGCTAAAC 1519
Query 1436 CCTTAGAGCTTCAACACATAGTGGAGGCTGGAGCAATGGGATTGAAGTTGCATGAGGACT 1495
| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1520 CGTTAGAGCTTCGTCACATAGTGGAGGCTGGAGCAATGGGATTGAAGCTGCATGAGGACT 1579
Query 1496 GGGGAACTACTCCTGCTGCAATAGACAATTGTTTGGCAGTTGCAGAAGAATATGATATCC 1555
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1580 GGGGAACTACTCCTGCTGCAATAGACAATTGTTTGGCAGTTGCAGAAGAATATGATATCC 1639
Query 1556 AGGTGAACATTCATACTGACACCTTAAATGAATCTGGTTTTGTGGAGCACACGATCAATG 1615
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 1640 AGGTGAACATTCATACTGACACCTTAAATGAATCCGGTTTTGTTGAGCACACTATCAATG 1699
Query 1616 CATTTCGTGGGAGAACAATACATACATATCACAGCGAAGGTGCTGGTGGTGGACATGCGC 1675
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1700 CATTTCGTGGGAGAACAATACATACATATCACAGTGAAGGTGCTGGTGGTGGACATGCAC 1759
Query 1676 CAGATATCATCAGAGTTTGTGGAGTAAAAAATGTACTCCCGTCATCAACCAACCCAACAC 1735
|||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1760 CAGATATCATTAGAGTTTGTGGAGTGAAAAATGTACTCCCGTCATCAACCAACCCAACAC 1819
Query 1736 GGCCATATACGAAAAATACTGTGGATGAACATCTTGACATGCTGATGGTTTGCCATCACC 1795
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1820 GGCCATATACGAAAAATACTGTAGATGAACATCTTGACATGCTGATGGTTTGCCATCACC 1879
Query 1796 TTGACAAGAACATCCCAGAAGATGTAGCTTTTGCTGAATCAAGAATAAGAGCTGAAACAA 1855
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1880 TTGACAAGAACATCCCAGAAGATGTAGCTTTTGCTGAATCAAGAATAAGAGCTGAAACAA 1939
Query 1856 TAGCTGCAGAGGACATATTGCATGATATGGGAGCAATCAGCATTATCTCCTCTGACTCAC 1915
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1940 TAGCTGCAGAGGATATATTGCATGATATGGGAGCAATCAGCATTATCTCCTCCGACTCAC 1999
Query 1916 AAGCAATGGGTCGCATTGGAGAGGTAATAAGCAGAACTTGGCAGACTGCTGACAAGATGA 1975
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2000 AAGCAATGGGTCGCATTGGAGAGGTAATAAGCAGAACTTGGCAGACAGCTGACAAGATGA 2059
Query 1976 AGGCTCAGAGGGGAGCCATTGATCCTAGCATGGCTGATGATGATAACTCGAGGATCAAAA 2035
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 2060 AGGCTCAGAGGGGAGCCATTGATCCTAACATGGCTGATGATGATAACTCAAGGATCAAGA 2119
Query 2036 GATACATTGCAAAGTACACTATAAACCCAGCTATAGCCAATGGGTTTGCTGACTTAATTG 2095
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2120 GATACATTGCAAAGTACACTATAAACCCAGCTATAGCCAATGGGTTTGCAGACTTAATTG 2179
Query 2096 GCTCGGTTGAGGAGAAGAAGCTGGCTGATCTCGTTATATGGCAGCCGGCTTTCTTCGGAG 2155
|||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2180 GCTCGGTTGAGGTGAAGAAGCTGGCTGATCTTGTTATATGGCAGCCGGCTTTCTTCGGAG 2239
Query 2156 CAAAACCAGAAATGATAATCAAAGGAGGCAATATAGCCTGGGCTAATATGGGCGATGCAA 2215
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2240 CAAAACCAGAAATGATAATCAAAGGAGGCAATATAGCATGGGCTAATATGGGCGATGCAA 2299
Query 2216 ATGCGAGTATACCCACTCCTGAGCCGGTGATATCAAGACCTATGTTTGGAGCATTTGGAA 2275
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2300 ATGCGAGCATACCCACTCCTGAGCCGGTGATATCAAGACCTATGTTTGGAGCATTTGGAA 2359
Query 2276 AGGCCGGAAGTGAGAACTCGGTTGCATTTGTCAGCAAGGCTGCCTTGAGAAATGGGGTAA 2335
||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2360 AGGCCGGAAGTGAAAACTCTGTTGCATTTGTCAGCAAGGCTGCCTTGAGAAAGGGGGTAA 2419
Query 2336 AAGAACTATATGGACTAAAGAAGAGGGTTGTAGCGGTCTCCAATGTGAGGCAGCTCACAA 2395
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2420 AAGAACTATATGGACTCAAGAAGAGGGTTGTAGCGGTGTCCAACGTGAGGCAGCTCACAA 2479
Query 2396 AACTCGACATGAAGCTGAATGATGCGCTTCCGGACATCACCGTGGACCCAGAGACATACA 2455
||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2480 AACTCGACATGAAGCTGAATGATGCGCTTCCAGAGATCACCGTGGATCCAGAGACATACG 2539
Query 2456 TTGTCACAGCAAACGGAGAGGTCCTTACGTGTGCGCCAGCCGATTCAGTTCCTCTCTCCC 2515
||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2540 TTGTCACAGCAAATGGCGAGGTCCTTACATGTGCGCCAGCCGATTCAGTCCCTCTCTCCC 2599
Query 2516 GCAACTATTTCCTCTTTTAAAGTTGTTGAAATTTC 2550
| |||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2600 GGAACTATTTCCTCTTTTAAGGTTGTTGAAATTTC 2634
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 126822031904
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5