BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg926472
Length=2651
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G71210.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superf... 4130 0.0
> AT1G71210.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily
protein | chr1:26838289-26841490 REVERSE LENGTH=3202
Length=3202
Score = 4130 bits (2236), Expect = 0.0
Identities = 2512/2647 (95%), Gaps = 12/2647 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 5 GAGATCATGCGAAGGAATGCTCCTCAGGCGGAGGATACTATCGCTCACTGCGTCGTCGTT 64
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 31 GAGATCATGCGAAGGAATGCTCCTCAGGCGGAGGATACTATCGCTCTCTGCGTCGTCGTT 90
Query 65 CAGAAACTGCAATTCCGGTAACAACGGCGACGCTATCTCTTCTACATCTCCGTTCTCTAC 124
|||||||| | |||||||||||||||||||| || || ||||||||||||
Sbjct 91 CAGAAACTTTACTTCCGGTAACAACGGCGACG---------CT--AT-TCCGTTCTCTAC 138
Query 125 CTTCACGAAACCTTCTTCTTCAATCGCTCCCGGAGATTTCCTCGTTCGCGAATGGAAAGA 184
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 139 CTTCACGAAACCTTCTTCTTCAATCGCTCCCGGAGATTTCCTCGTCCGTGAATGGAAAGA 198
Query 185 CTGGTTTAAGCAGCGAGATGTGAAACAGAGCCATCAGTTAATCGATCGAATCTTTGACAT 244
|||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 199 CTGGTTTAAGCATCGAGATGTGAAACAGAGCCACCAATTAATCGATCGAATCTTTGACAT 258
Query 245 CCTTCGAGCTCCTTCTAACGATGGAGATGATCGAGCTTTTTACCTCCACCTCTCCAATCT 304
||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 259 CCTTCGAGCTCCTTCTAACGATGGAGACGATAGAGCTTTTTATCTCCACCTCTCCAATCT 318
Query 305 CCGACTCCGTCTCACTGAGAAATTCGTCCTCGACGTGCTTACACACACTCGTTACGATAT 364
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 319 CCGACTTCGTCTCACTGAGAAATTCGTCCTCGACGTGCTTTCACACACTCGTTACGATAT 378
Query 365 CCTCTCATGTCTCAAATTCTTCGATTGGGCTGCTCGTCAGCCTGGATTTCATCACACGCG 424
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 379 CCTCTGTTGTCTCAAATTCTTCGATTGGGCTGCTCGTCAGCCTGGGTTTCATCACACGCG 438
Query 425 TGCTACTTTTCATGCTATCTTCAAGATCCTTCGTGGTGCTAAGCTTGTGACTCTTATGAT 484
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 439 TGCTACTTTTCATGCTATCTTCAAGATCCTTCGTGGTGCGAAGCTTGTGACTCTTATGAT 498
Query 485 TGACTTCTTGGATCGAAGTGTTGCTTTTGAAGGTTACCGTCATTCTCTTCGTCTCTGTGA 544
|||||| |||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 499 TGACTTTTTGGATCGAAGTGTTGGTTTTGAAAGTTGCCGTCATTCTCTTCGTCTCTGTGA 558
Query 545 TGCTCTCGTTGTTGGATATGCCGTCGCTGGTCGTACTGATATAGCTCTTCAGCACTTTGG 604
|||||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 559 TGCTCTTGTTGTTGGTTATGCTGTAGCTGGTCGTACTGATATAGCTCTTCAGCATTTTGG 618
Query 605 TAATATGAGATTTCGAGGTTTGGATTTGGATTCTTTTGGGTATCATGTACTGCTGAATGC 664
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 619 TAATATGAGATTTCGAGGTTTGGATTTGGATTCTTTTGGGTATCATGTGCTTTTGAATGC 678
Query 665 ACTTGTGGAGGAGAAGTGTTTTGATACTGTTGATGTCATCTTCGACCAGATCTCCGTGCG 724
|||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 679 ACTTGTTGAGGAGAAGTGTTTTGATAGTTTTGATGTCATCTTCGACCAGATCTCCGTGCG 738
Query 725 CGGCTTCCTCTGCGCTGTTACGCATTCCATTTTGGTGAAGAAGTTGTGCAAGCAAGGGAA 784
|||||| | || |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 739 TGGCTTCGTATGTGCTGTTACGCATTCGATTTTGGTGAAGAAGTTTTGCAAGCAAGGGAA 798
Query 785 GCTTGATGAGGCTGAAGCTTATCTTCGAGCCTTGCTCCCTAATGAGCCTGCTGGATGCGG 844
||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 799 GCTTGATGAGGCTGAAGATTATCTTCGAGCCTTGCTGCCTAATGATCCTGCTGGATGTGG 858
Query 845 TTCTGGCTTAGGCATATTGGTTGATGCTCTATGTTCCAAACGAAAATTTCAGGAAGCTAC 904
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 859 TTCTGGCTTAGGTATATTGGTTGATGCTCTATGTTCCAAACGAAAGTTTCAGGAAGCTAC 918
Query 905 TAAATTGTTAGACGAGATCAAAGTGGTGGGAACTGTGAATATGGACCGTGCTTATAACAT 964
||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 919 TAAGTTGTTAGACGAGATCAAACTGGTGGGAACAGTGAATATGGACCGTGCTTATAACAT 978
Query 965 TTGGATTAGGGCGCTTATTGGAGCTGGATTCTTAAACAACACTGCGGATTTCTTGCAAAA 1024
||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||| |||||||||||||||| ||
Sbjct 979 TTGGATTAGGGCGCTTATTAAAGCTGGATTCTTGAATAACCCTGCGGATTTCTTGCAGAA 1038
Query 1025 GATTAGTCCTTTAGAAGGTTGTGAACTCGAAGTTTTCAGGTATAACTCTATGGTCTTTCA 1084
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1039 GATTAGTCCTTTGGAAGGTTGTGAACTCGAAGTTTTCAGGTATAACTCTATGGTCTTTCA 1098
Query 1085 ACTTTTGAAGGAGAACGATCTTAATGGTGTGTATGATATCCTGACGGAGATGTTGGTACG 1144
|||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| || ||||||||| |||||||
Sbjct 1099 ACTTTTGAAGGAGAACAATCTTGATGGTGTGTATGATATTCTTACGGAGATGATGGTACG 1158
Query 1145 TGGAGTTTCGCCTAATAAGAAAACGATGAATGCAGTTTTATGCTTCTTTTGCAAAGCTGG 1204
|||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1159 TGGAGTTTCGCCGAATAAGAAAACGATGAATGCTGCTTTATGCTTCTTTTGCAAAGCTGG 1218
Query 1205 ATTTGTAGATGAAGCCCTCGAGTTATACCGGTCGAGGTCAGAAATTGGCTTTGCTCCTAC 1264
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1219 ATTTGTAGATGAAGCCCTCGAGTTATACCGGTCGAGGTCAGAAATTGGGTTTGCTCCTAC 1278
Query 1265 CGCCACGTCTTACAACTATCTGATTCATACCCTTTGTGCCAATGAAAGTGTCGAACAAGC 1324
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1279 CGCCATGTCTTACAACTATCTGATTCATACCCTTTGTGCCAATGAAAGTGTTGAACAAGC 1338
Query 1325 TTACGATGTCTTGAAAGGGGCAATGGACCGAGGGCATTTTCTTGGTGGAAAGACATTTAG 1384
||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1339 TTATGATGTCTTGAAAGGGGCAATTGACCGAGGGCATTTTCTTGGTGGAAAGACATTTAG 1398
Query 1385 TACACTTACCAATGCCTTGTGCTGGAAGGGGAAGCCTGATATGGCAAAGGAGCTGGTTAT 1444
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||
Sbjct 1399 TACACTAACCAATGCCTTGTGCTGGAAGGGGAAGCCTGACATGGCAAGGGAGCTGGTTAT 1458
Query 1445 TGCTGCCGCAGAACGGGACTTATTACCTAAACGTTTAGCTGGTTGCAAGATTATATCAGC 1504
||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1459 TGCTGCCGCTGAACGGGACTTATTGCCTAAACGTATAGCTGGTTGCAAGATTATATCAGC 1518
Query 1505 TCTTTGTGATGTTGGGAAAGTGGAGGACGCTCTTATGATTAATGAGCTATTCAATAAAAG 1564
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1519 TCTTTGCGATGTTGGGAAAGTGGAGGACGCTCTTATGATTAATGAGCTATTCAATAAAAG 1578
Query 1565 TGGTGTAGACACCTCCTTCAAAATGTTCACTAGCTTGATATATGGCTCAATCACACTAAT 1624
|||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1579 TGGTGTAGACACCTCCTTTAAAATGTTCACCAGTTTGATATATGGCTCAATCACACTAAT 1638
Query 1625 GAGGGGAGACATAGCTGCTAAACTTATCATCAGGATGCAGGAAAAGGGCTACACCCCGAC 1684
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1639 GAGGGGAGACATAGCTGCTAAACTTATCATCAGGATGCAGGAAAAGGGCTACACCCCGAC 1698
Query 1685 CCGTAGTCTCTATCGAAATGTTATTCGATGTGTTTGTGAGATGGAAAGTGGTGaaaaaaa 1744
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1699 CCGTAGTCTCTATCGAAATGTTATTCAATGTGTTTGTGAGATGGAAAGTGGTGAAAAAAA 1758
Query 1745 CTTCTTTACTACTTTGCTAAAGTTTCAGTTGTCTCTTTGGGAACATAAGGTTCAGGCCTA 1804
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1759 CTTCTTTACTACTTTGCTAAAGTTTCAGTTGTCTCTTTGGGAACACAAGGTTCAGGCCTA 1818
Query 1805 CAACTTATTCATTGAAGGAGCTGGGTTTGCAGGAAAACCAAAACTTGCAAGATTAGTGTA 1864
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1819 CAACTTATTCATTGAAGGAGCTGGGTTTGCAGGAAAACCAAAACTTGCAAGACTAGTGTA 1878
Query 1865 TGATATGATGGATAGAGATGGGATCACGCCCACACTAGATTCAAACATTCTCATGCTTCA 1924
||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1879 TGATATGATGGATAGAGATGGTATCACGCCCACAGTAGCTTCAAACATTCTCATGCTTCA 1938
Query 1925 GAGTTATCTTAAAAACGAGAAAATCGCCGATGCTCTTCACTTTTTCCATGACCTGCGAGA 1984
||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1939 GAGTTATCTAAAAAATGAGAAAATCGCCGATGCTCTTCACTTTTTCCATGACCTGCGTGA 1998
Query 1985 AAAAGGTAAGACCAAGAAAAGACTCTACCAGGTTATGATTGTTGGCCTCTGTAAAGCAAA 2044
| ||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1999 ACAAGGTAAGACCAAAAAAAGACTGTACCAAGTTATGATTGTTGGTCTCTGTAAAGCAAA 2058
Query 2045 TAGACTGGATGATGCTATGCATTTCTTGGAAGAAATGAAGGGTGAAGGACTACGGCCTAG 2104
|| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||
Sbjct 2059 TAAATTGGATGATGCTATGCATTTCTTGGAAGAAATGAAGGGAGAAGGACTACAGCCTAG 2118
Query 2105 TATTGAATGTTACGAAGTAAACATACAAAAATTGTGCAACGAAGAAAAGTATGATGAGGC 2164
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2119 TATCGAATGTTACGAAGTAAACATACAAAAATTGTGCAACGAAGAAAAGTATGATGAGGC 2178
Query 2165 AGTTGGATTAGTCAACGAATTTAGGAAAAGCGGGCGTCGTATTACAGCTTTCATCGGTAA 2224
||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2179 AGTTGGATTAGTCAATGAATTTAGGAAAAGTGGGCGTCGTATTACAGCTTTCATAGGTAA 2238
Query 2225 TATCCTTTTGCATAACGCAATGAAGAGCAAAGGGGTGTATGAAGCATGGACACGGATGAG 2284
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2239 TGTCCTTTTGCATAACGCAATGAAGAGCAAAGGGGTGTATGAAGCATGGACACGGATGAG 2298
Query 2285 AGATGTAGAAGATAAGATCCCTGAGATGAAGTCACTTGGTGAGTTGATAGGAGTATTTTC 2344
| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||
Sbjct 2299 AAATATAGAAGATAAGATCCCTGAGATGAAGTCACTTGGTGAGTTGATAGGATTATTCTC 2358
Query 2345 GGGAAGAATCGATATGGAAGTAGAACTGAAGCGGTTAGATAAAGTTATAGAGAAATGCTA 2404
||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2359 AGGACGAATAGATATGGAAGTAGAACTGAAGCGGTTAGATGAAGTTATAGAGAAATGCTA 2418
Query 2405 TCCTCTTGATATGTACACGTACAATATGCTGTTGAGAATGATTGTAATGAACCAGGCAGA 2464
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2419 TCCTCTTGATATGTACACGTACAATATGCTGTTGAGAATGATTGTAATGAACCAGGCGGA 2478
Query 2465 AGATGCATATGAGATGGTAGAAAGAATAGCACGGAGAGGATATGAGCCTAATGAGCGGAC 2524
|||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||
Sbjct 2479 AGATGCATATGAGATGGTTGAAAGAATAGCTCGGAGAGGATATGTGCCTAATGAACGGAC 2538
Query 2525 TGAAAGGATCCTTGAACGGGCTGACCGCATTCTAGAGGGACGGAATTCAAGGTCAAACGT 2584
||| | |||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |
Sbjct 2539 TGACATGATCCTTGAACGGGCTAACCGCATACTAGAGGAACGGAATTCAAGGTCAAACTT 2598
Query 2585 AGGGAGGAATGATTGGAATAGCAGACAGAGGCAACTTGAATGATGAAAAGTATGTCACGG 2644
||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2599 AGGGAGGAATGGTTGGAATAGTAGACAGAGGCAACTTGAATGATGAAAAGTATGTCACAG 2658
Query 2645 AGAGGTC 2651
|||||||
Sbjct 2659 AGAGGTC 2665
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 131638058432
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5