BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg926716
Length=2400
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G73430.1 | Symbols: | sec34-like family protein | chr1:2760... 4002 0.0
> AT1G73430.1 | Symbols: | sec34-like family protein | chr1:27603655-27611068
FORWARD LENGTH=3035
Length=3035
Score = 4002 bits (2167), Expect = 0.0
Identities = 2315/2388 (97%), Gaps = 3/2388 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 15 CATAGACAATGGCGACTAAGGCAGCTTCGTCTTCCAGCCTCCCAAAATCTGGAGCCATTT 74
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 434 CATAGACAATGGCGACTAAGGCGGCTTCGTCTTCCAGCCTCCCCAAATCTGGAGCCATTT 493
Query 75 CCAAAGGCTACAATTTCGCTTCTACTTGGGAACAGAGCGCTCCTTTGACAGAGCAGCAAC 134
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 494 CCAAAGGCTACAATTTCGCTTCGACTTGGGAACAGAGCGCTCCTTTGACAGAGCAGCAAC 553
Query 135 AAGCAGCTATTGTTTCTCTATCCCACGCAGTCGCTGAGCGGCCATTTCCTGCCAATCTTG 194
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 554 AAGCAGCTATTGTTTCTTTATCCCACGCAGTCGCTGAGCGGCCATTTCCTGCCAATCTTG 613
Query 195 TACATGAGCATGTTCACAGGCCCGAGAATGGATTGTCTGTCTCAGTTGAGGACACACATT 254
|||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || |||||||||||||
Sbjct 614 TACATGAGCATGTTCACAGGCCTGAGAATGGCTTGTCTGTCTCCGTGGAGGACACACATT 673
Query 255 TGGGAGATTCTGGAGCAATTGAAGCTGTTTTGGTTAATACCAATCAGTTCTACAAATGGT 314
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 674 TGGGAGATTCTGGAGCAATTGAAGCTGTTTTGGTTAATACAAATCAGTTCTACAAATGGT 733
Query 315 TTACTGATCTTGAATCAGCGATGAAGTCTGAGACAGAGGAAAAGTATCGGCACTATGTCA 374
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 734 TTACTGATCTTGAATCAGCGATGAAGTCTGAGACAGAGGAAAAGTATCGGCACTATGTTA 793
Query 375 ATACTTTAACTGAGCGCATCCAGACATGTGATGATATACTTCACCAGGTTGATGAAACAC 434
|||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 794 GTACTTTAACTGAGCGCATCCAGACGTGTGATAATATACTTCACCAGGTTGATGAAACAC 853
Query 435 TTGACCTATTTAATGAACTGCAGCTTCAACATCAAGGAGTAACAACAAAGACTAAAACTC 494
||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 854 TTGACCTATTTAACGAACTGCAGCTACAACATCAAGGAGTAACAACAAAGACTAAAACTC 913
Query 495 TTCATGATGCATGTGACCGACTGTTAATGGAGAAGCAGAAATTGATGGAGTTTGCAGAAG 554
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 914 TTCATGACGCATGTGACCGACTGTTAATGGAGAAGCAGAAATTGATGGAATTTGCAGAAG 973
Query 555 CTCTAAGGAGTAAGCTCAACTATTTTGATGAATTGGAGAATATATCCTCTAATTTTTATT 614
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 974 CTCTAAGGAGTAAGCTCAACTATTTTGATGAACTGGAGAATGTATCCTCTAATTTTTATT 1033
Query 615 CACCAAATATGAATGTATCAAACTCAAACTTTCTCCCACTACTGAAACGTCTGGATGAGT 674
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1034 CACCAAATATGAATGTATCAAACTCAAACTTTCTCCCACTACTGAAACGGCTGGATGAGT 1093
Query 675 GCATATCGTACATCGAAGATAATCCTCAATATGCAGAGTCGAGTGTTTATTTGCTCAAAT 734
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1094 GCATATCGTACATCGAAGATAATCCTCAATATGCGGAGTCGAGTGTTTATTTGCTCAAAT 1153
Query 735 TTCGTCAGCTCCAGTCGCGGGCGTTGGGCATGATTCGAACTTACATCCTTGCAGTGCTTA 794
||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1154 TTCGTCAACTCCAGTCACGGGCCTTGGGCATGATTCGAACTTACATCCTTGCAGTGCTTA 1213
Query 795 AAACGGCTGCTTCTCAGGTTCAGGCAGCATTTCGTGGGACAGGTGGAAACAAAACATCTG 854
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1214 AAACGGCTGCTTCTCAGGTTCAGGCAGCATTTCGTGGGACAGGTGGAAACAAAACATCTG 1273
Query 855 TCTCAGAGGGTGTCGAGGCATCTGTTATATATGTTCGCTTCAAGGCTGCTGCAAATGAGC 914
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1274 TCTCGGAGGGTGTCGAGGCATCTGTTATATATGTTCGCTTCAAGGCTGCTGCAAATGAGC 1333
Query 915 TTAAACCTGTATTGGAGGAGATTGAGAGTAGGTCAGCAAGAAAGGAATATGTTCAAATCC 974
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1334 TTAAACCTGTATTGGAGGAGATTGAGAGTAGGTCAGCAAGAAAGGAATATGTCCAAATCC 1393
Query 975 TTGCAGAATGCCACAGACTATACTGTGAACAACGACTCTCGCTCGTCAAAGGCATAGTAC 1034
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 1394 TTGCAGAATGCCACAGACTATACTGTGAACAACGGCTCTCGCTTGTCAAAGGCATAGTGC 1453
Query 1035 ACCAACGAGTATCTGATTTCGCCAAGAAAGAGGCACTGCCATCTTTGACTAGATCGGGTT 1094
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1454 ACCAACGAGTATCTGATTTCGCCAAGAAAGAGGCACTGCCATCTTTAACTAGATCGGGTT 1513
Query 1095 GTGCATATCTGATGCAGGTTTGTCATATGGAGCATCAACTGTTTACTCATTTCTTTCCAG 1154
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1514 GTGCATATCTGATGCAGGTTTGTCATATGGAGCATCAACTGTTTACTCATTTCTTTCCAG 1573
Query 1155 CATCATCTGAAGAAGTTTCGAGTCTGGCACCTTTAGTGGATCCTTTGTCTACGTACCTGT 1214
|||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1574 CATCGTCAGAAGAAGTTTCGAGTCTGGCACCTTTAGTGGATCCTTTGTCTACGTACTTGT 1633
Query 1215 ATGACATTTTACGCCCAAAACTGATTCACGAAGCAAATATTGATCTTCTATGTGAGCTCG 1274
|||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1634 ATGACATTTTACGCCCAAAATTAATTCACGAAGCAAATATTGATCTTCTATGTGAGCTCG 1693
Query 1275 TTCATATCCTTAAAGTTGAAGTCTTGGGGGACCAGTCAGCTAGGCAGAGTGAACCCCTGG 1334
||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1694 TTCATATCCTTAAAGTTGAAGTCCTGGGAGACCAGTCAGCTAGACAGAGTGAACCCCTGG 1753
Query 1335 CCGGACTGAGGCCTACATTACAAAGAATTTTGGCCGATGTAAATGAGAGATTGACTTTCC 1394
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1754 CCGGACTGAGGCCTACATTACAAAGAATTTTGGCCGATGTAAATGAGAGATTGACTTTCC 1813
Query 1395 GTGCCAGAACATATATTCGAGATGAGATTGCAAATTATATCCCCTCTGATGAAGATCTGG 1454
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1814 GTGCCAGAACATATATTAGAGATGAGATTGCAAATTATACCCCCTCTGATGAAGATCTGG 1873
Query 1455 ATTATCCTGCAAAGCTGGAAGGATCTCCTAATACAACATCTGAAACTGATCTCGGGGATG 1514
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1874 ATTATCCTGCAAAGCTGGAAGGATCTCCTAATACAACATCTGAAACTGATCTCAGGGATG 1933
Query 1515 ATGAAAACGCTGATGTGTTTAAGACTTGGTATCCACCTCTGGAAAAGACTCTCTCTTGTC 1574
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1934 ATGAAAACGCTGATGTGTTTAAGACTTGGTATCCACCTCTTGAAAAGACTCTCTCTTGTC 1993
Query 1575 TATCTAAATTATATCGTTGCTTGGAGCCTGCCGTCTTCACTGGACTAGCACAGGAAGCTG 1634
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1994 TATCTAAATTATATCGTTGCTTGGAGCAGGCCGTCTTCACTGGATTAGCACAGGAAGCTG 2053
Query 1635 TAGAAGTTTGCTCACTGTCAATTCAAAAAGCGAGCAAGCTTATCATTAAGCGATCAACTA 1694
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2054 TAGAAGTTTGCTCACTGTCAATTCAAAAAGCCAGCAAGCTTATCATTAAGCGATCAACTA 2113
Query 1695 CAATGGATGGCCAGCTTTTCCTTATCAAGCATCTCCTTATCTTGAGAGAACAGATTGCCC 1754
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2114 CAATGGATGGCCAGCTTTTCCTTATCAAGCATCTCCTTATCTTGAGAGAACAGATTGCCC 2173
Query 1755 CTTTTGACATAGAATTTTCAGTCACCCACAAAGAGCTTGATTTCTCTCATTTGCTGGAAC 1814
|||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2174 CTTTTGACATAGAATTTTCAGTAACCCATAAGGAGCTTGATTTCTCTCATTTACTGGAAC 2233
Query 1815 ACTTGAGGAGGATACTTAGAGGTCAAGCGTCACTTTTTGACTGGTCTAGGTCAACCTCTC 1874
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2234 ACTTGAGGAGGATACTTAGAGGTCAAGCGTCACTTTTTGACTGGTCTAGGTCAACCTCTC 2293
Query 1875 TAGCAAGGACCCTGTCACCTCGAGTTTTGGAGAGTCAAATAGATGCCAAGAAGGAACTGG 1934
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2294 TAGCAAGGACCCTGTCACCTCGAGTTTTGGAGAGTCAAATAGATGCCAAAAAGGAACTGG 2353
Query 1935 AAAAATGTCTTAAGACAACTTGTGAGGAGTTCATCATGTCAGTAACTAAGCTAGTTGTGG 1994
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2354 AAAAATGTCTTAAGACAACTTGTGAGGAGTTCATCATGTCAGTAACTAAGCTAGTTGTGG 2413
Query 1995 ATCCTATGCTTTCATTTGTGACCAAGGTCACAGCTATAAAAGTTGCTCTTTCCTCCGGAT 2054
|||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2414 ATCCTATGCTTTCATTTGTGACGAAGGTCACAGCCATAAAAGTTGCTCTTTCCTCCGGAA 2473
Query 2055 CTCAGAATCAAAAAGTTGATTCTGTCATGGCTAAGCCGCTGAGGGAACAAGCTTTCGCGA 2114
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2474 CTCAGAATCACAAAGTTGATTCTGTCATGGCTAAGCCGCTGAAGGAACAAGCTTTCGCGA 2533
Query 2115 CACCAGATAAGGTGGCTGAACTTGTTCAAAAGGTATACGCTGCAATACAGCAAGAGTTGC 2174
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 2534 CACCAGATAAGGTGGTTGAACTTGTTCAAAAGGTATACGCTGCGATACAACAAGAGTTGC 2593
Query 2175 TTCCGATTTTAGCAAAGATGAAACTCTATTTGCAAAACCCATCAACAAGGACTATACTTT 2234
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2594 TTCCGATTTTAGCAAAAATGAAACTCTATTTGCAAAACCCATCAACAAGGACCATACTTT 2653
Query 2235 TCAAGCCGATCAAGACAAATATTGTGGAAGCTCATACACAAGTAGAGTCTTTGCTCAAAG 2294
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2654 TCAAGCCGATCAAGACAAATATAGTGGAAGCTCATACGCAAGTGGAGTCTTTGCTCAAAG 2713
Query 2295 CCGAGTACTCAGCTGAAGAACAAGCCAATATCAATATGATCTCCATTCAGGATTTGCAAA 2354
| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2714 CTGAGTACTCAGCTGAAGAACAAGCCAATATTAATATGATCTCCATTCAGGATTTGCAAA 2773
Query 2355 CCCAGCTTGACAATTTCCTTTAAGGTTTATA--TCAATCGATGTTTTT 2400
|||| || |||||||||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 2774 CCCAACTCGACAATTTCCTTTAAGGTC-ATGGCTCAATCGATGTTTTT 2820
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 119176093830
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5