BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg926817
Length=3352
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G74360.1 | Symbols: | Leucine-rich repeat protein kinase fa... 5332 0.0
> AT1G74360.1 | Symbols: | Leucine-rich repeat protein kinase
family protein | chr1:27954231-27958114 FORWARD LENGTH=3592
Length=3592
Score = 5332 bits (2887), Expect = 0.0
Identities = 3197/3349 (95%), Gaps = 12/3349 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 7 GGAGGACGACGACTATGGTGACGCGTGTGATCATGGCGGATAATGATTCTGAGTCACTTT 66
||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 61 GGAGGACGATGACTATGGTGACGCGTGTGATCATGACGGATGATGATTCTCAGTCACTTT 120
Query 67 GCTTTGTTTGTTTCTTACTCTT-TGTTTTGATCACTGCCATAGCAGTGGCTGGAGATTCT 125
||||| |||||||||||||||| | |||| |||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 121 GCTTTCTTTGTTTCTTACTCTTCT-TTTTCATCACTGCTATAGCAGTGGCTGGAGATTCT 179
Query 126 CTGGACAGTGATAGACAAGTCTTGCTAAGCCTGAAATCGTACCTCAAATCGCAGAATCCA 185
||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||| |||| | ||| |||
Sbjct 180 CTGGACAGTGATAGAGAAGTCTTGTTAAGCCTAAAATCGTACCTTGAATCACGGAACCCA 239
Query 186 CAGAACCAAGGAATGTACTCAGAATGGAAAATGGAGAACCAAGA---TGTGTGTCAATGG 242
||||||| |||| | ||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 240 CAGAACCGAGGACTATACACGGAATGGAAAATGGAGAACCAAGATGTTGTGTGTCAATGG 299
Query 243 TCTGGAATCAAATGTACACCTCAGAGAAGTAGAGTCACAGGGATAAATCTAAGTGATTCC 302
||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||
Sbjct 300 CCTGGAATCATATGTACACCTCAGAGAAGTAGAGTTACAGGGATCAATCTAACTGATTCC 359
Query 303 ACCATTGCTGGTCCTCTATTCAGGAACTTCTCCGCCTTAACTGAGCTCACGTATCTCGAT 362
|||||| | ||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 360 ACCATTTCAGGTCCTCTATTCAAGAACTTCTCCGCTTTAACGGAGCTCACATATCTCGAT 419
Query 363 TTATCAAGGAACACGATCCAAGGGGAGATTCCGGATGACTTGAGCCGTTGTCACAACCTA 422
||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 420 TTATCAAGGAATACGATCGAAGGGGAGATTCCAGATGACTTGAGCCGTTGTCACAACTTA 479
Query 423 AAGCATCTGAATCTTTCTCATAATATTCTTGTAGGAGAGCTTAGCTTATCCGGGTTGTCA 482
|||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| || ||| |||||||||||
Sbjct 480 AAGCATCTGAATCTTTCTCATAATATCCTTGAAGGAGAGCTAAGTTTACCCGGGTTGTCA 539
Query 483 AATCTTGAGGTTCTTGATCTGTCGTTGAACAGGATTGCGGGTGATATTCAGTCTAGCTTC 542
|||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 AATCTTGAGGTTCTTGATCTTTCGTTGAATAGGATTACGGGTGATATTCAGTCTAGCTTC 599
Query 543 CCATTGTTCTGCAACAGCTTGGTTGTTGCAAATCTGTCGACCAACAATTTTACTGGAAGA 602
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 600 CCATTGTTCTGCAACAGTTTGGTTGTTGCAAATCTGTCGACCAACAACTTTACTGGAAGA 659
Query 603 ATCGATGACATCTTCAACGGGTGTAGGAATCTCAAGTATGTTGACTTCAGTTCCAATGGA 662
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 660 ATCGATGACATCTTCAACGGGTGTAGGAATCTCAAGTATGTTGACTTCAGTTCCAATAGA 719
Query 663 TTCAGTGGAGAAGTGTGGGCTGGTTTTGGCAGGCTGGTCGAGTTTTCAGTTTCTGATAAT 722
|||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 720 TTCAGTGGAGAAGTGTGGACTGGTTTTGGGAGGCTGGTCGAGTTTTCAGTTGCTGATAAT 779
Query 723 CATCTCTCTGGGAATATCTCTGCTTCAATGTTCAGGGGGAACTGCACTTTGCAAATGTTG 782
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 780 CATCTCTCCGGGAATATCTCTGCTTCAATGTTCAGGGGGAACTGTACTTTGCAAATGTTG 839
Query 783 GATTTGTCTGGGAACGATTTTGGTGGGGAATTTCCAGGCCAAGTTTCAAATTGCCAGAGT 842
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
Sbjct 840 GATTTGTCTGGGAACGCTTTTGGTGGGGAATTTCCAGGCCAAGTTTCGAATTGCCAGAAT 899
Query 843 CTAAGTGTATTGAATCTGTGGGGAAACAACTTCATAGGGAACATTCCAGCTGAGATAGGT 902
|||| |||| ||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 900 CTAAATGTACTGAATCTTTGGGGAAACAAGTTCACAGGGAACATTCCAGCTGAGATTGGT 959
Query 903 TCCATATCCTCTCTCAGAGGTTTGTACTTGGGGAATAATACATTTTCTCGAGACATACCA 962
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 TCCATATCCTCTCTCAAAGGTTTGTACTTGGGGAATAATACATTTTCTCGAGACATACCG 1019
Query 963 GAAACTCTCCTGAACCTGAGCAACTTGGTGTTTCTGGATTTGAGCAGAAACAATTTTGGA 1022
||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1020 GAAACTCTCCTGAACTTGACCAACTTGGTGTTTCTGGATTTGAGCAGAAACAAATTTGGA 1079
Query 1023 GGAGACATTCAAGAAATAC-TTGGGAGATTCACTCAAGTAAAGTATCTAGTCTTGCATGC 1081
||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 GGAGACATTCAAGAAAT-CTTTGGGAGATTCACGCAAGTAAAGTATCTAGTCTTGCATGC 1138
Query 1082 GAACTCTTACGTAGGAGGCATCAATTCTTCCAACATCCTCAAGTTACCTAATCTTTTAAG 1141
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||
Sbjct 1139 AAACTCATACGTAGGAGGCATCAATTCTTCCAACATCCTCAAGTTACCCAATCTTTCAAG 1198
Query 1142 GCTAGATTTGGGCTACAACAACTTT-TCGGGACGGTTACCTGCTGAAATTTCCCAGATCC 1200
||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||| |||||||||| ||||| |
Sbjct 1199 GCTAGATTTGGGCTACAACAA-TTTCTCGGGACAGTTACCTACTGAAATTTCTCAGATAC 1257
Query 1201 AGAGTTTAAAGTTCTTGATTCTTGCTTATAATAACTTTAGTGGCGATATACCACAGGAGT 1260
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1258 AGAGTTTGAAGTTCTTGATTCTTGCTTATAATAACTTCAGTGGCGATATACCACAGGAGT 1317
Query 1261 ATGGGAACATGCCGGGGCTTCAAGCACTCGATCTCTCCTTTAACAGGCTGACCGGTTCGA 1320
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1318 ATGGGAACATGCCGGGGCTTCAAGCACTTGATCTCTCCTTTAACAAGCTGACCGGTTCGA 1377
Query 1321 TACCAGCTTCATTTGGGAAATTGACCTCTCTTTTGTGGCTAATGCTTGCAAATAACTCTC 1380
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1378 TACCAGCTTCATTTGGGAAATTGACCTCTCTTTTGTGGCTAATGCTTGCAAACAACTCTC 1437
Query 1381 TATCAGGAGAAATCCCTCGAGAGATTGGCAACTGCA-AGAGCCTTTTGTGGTTTAACGTG 1439
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||
Sbjct 1438 TATCAGGAGAAATCCCTCGAGAGATTGGCAACTGCACA-AGCCTTTTGTGGTTTAACGTG 1496
Query 1440 GCAAACAACCAGCTCTCTGGTAGATTCCATCCTGAATTGACTAGAATGGGTAGTGATCCT 1499
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||
Sbjct 1497 GCAAACAACCAGCTCTCTGGTAGATTCCATCCTGAATTGACTAGAATGGGGAGTAATCCT 1556
Query 1500 TCTTCAACATTTGAAGTGAATAGGCAAAACAACGACAAGATAATTGCTGGTTCCGGTGAA 1559
||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1557 TCTCCAACATTTGAAGTGAATAGGCAAAACAAAGACAAGATAATTGCTGGTTCTGGTGAA 1616
Query 1560 TGCTTGGCAATGAAGAGATGGATTCCAGCGGAGTTCCCTCCGTTCAACTTTGTATACGCA 1619
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1617 TGCTTGGCGATGAAGAGATGGATTCCAGCGGAGTTCCCTCCGTTCAACTTTGTATACGCA 1676
Query 1620 ATTCTTACCAAAAAGAGTTGCAGAAGCCTATGGGACCATGTTCTCAAAGGGTACGGTCTC 1679
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1677 ATTCTAACCAAAAAGAGTTGCAGAAGCCTATGGGACCATGTTCTCAAAGGGTACGGTCTC 1736
Query 1680 TTTCCTGTCTGCTCTGCTGGTTCCACGGTACGCACGCTTAAAATTTCAGCCTATCTTCAG 1739
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1737 TTTCCTGTCTGTTCTGCTGGTTCCACGGTACGCACGCTTAAAATTTCAGCCTATCTTCAG 1796
Query 1740 CTCAGTGGAAATAAGTTTTCAGGTGAGATTCCTGCAAACATCTCTCAGATGGACAGGCTG 1799
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1797 CTCAGTGGAAATAAGTTTTCAGGTGAGATTCCTGCAAGCATCTCTCAGATGGACAGGCTG 1856
Query 1800 AGCACACTACATTTGGGTTTCAATGAGTTTGAGGGGGAACTGCCTCCAGAAATAGGACGA 1859
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |
Sbjct 1857 AGCACACTACATTTGGGTTTCAATGAGTTTGAGGGGAAACTGCCTCCAGAGATAGGACAA 1916
Query 1860 TTGCCTCTTGCATTCCTCAACCTTACCCGGAACAATTTCTCAGGCCAGATTCCTCAAGAA 1919
|||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||| ||||||||||||||
Sbjct 1917 TTGCCTCTTGCATTCCTCAACCTTACTCGAAACAATTTCTCGGGCGAGATTCCTCAAGAA 1976
Query 1920 ATCGGAAATCTGAAGTGCCTGCAGAATCTTGATCTGTCTTACAACAATTTCTCAGGCAAC 1979
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||
Sbjct 1977 ATCGGAAATCTGAAGTGCCTGCAGAATCTTGATCTGTCTTTCAACAATTTCTCTGGAAAC 2036
Query 1980 TTTCCGACGAGTTTGAATGACTTGAATGAGCTGAGTAAGTTCAACATCTCATATAACCCT 2039
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2037 TTTCCAACGAGTTTGAATGACTTGAATGAGCTGAGTAAGTTCAACATCTCATATAACCCT 2096
Query 2040 TTCATTTCTGGCGCGATACCAACAACGGGACAAGTGGCAACCTTTGACAAAGACTCCTTT 2099
|||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2097 TTCATTTCTGGCGCGATACCAACAACAGGACAAGTAGCAACCTTTGACAAAGACTCCTTT 2156
Query 2100 CTTGGAAATCCGCTGCTGCGGTTTCCTAGTTTCTTCAACCAATCAGGGAACAACACGAGG 2159
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2157 CTTGGAAATCCGCTGCTGCGGTTTCCTAGTTTCTTCAACCAATCAGGGAACAACACGAGG 2216
Query 2160 AAGATTTCCAACCAAGTCCTAGGAAACAGGCCAAGAACTCTTCTTTTGATTTGGATTTCC 2219
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2217 AAGATTTCCAACCAAGTCCTAGGAAACAGGCCAAGAACTCTTCTTTTGATTTGGATTTCC 2276
Query 2220 TCGGCTCTTGCATTGGCGTTTATCGCATGTTTAGTGGTATCAGGAATTGTACTTATGGTT 2279
| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2277 TTGGCTCTTGCATTGGCGTTTATTGCATGTTTAGTGGTATCAGGTATTGTACTTATGGTT 2336
Query 2280 GTTAAGGCTTCAAGGGAAGCCGAAATCGATCTCTTAGATGGGTCGAAAACCAGACATGAC 2339
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2337 GTTAAGGCTTCAAGGGAAGCAGAAATCGATCTCTTAGATGGGTCGAAAACCAGACATGAC 2396
Query 2340 ACGACTTCCAGTTCAGGCGGATCATCGCCATGGCTATCAGGAAAAATCAAGGTCATTCGC 2399
| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2397 ATGACTTCCAGTTCAGGTGGATCATCGCCATGGCTATCAGGAAAAATCAAGGTCATTCGC 2456
Query 2400 TTAGACAAATCAACTTTCACATACGCTGACATTCTGAAAGCAACCAGTAACTTCTCTGAG 2459
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2457 TTAGACAAATCAACTTTCACATACGCTGACATTCTGAAAGCAACCAGTAACTTCTCTGAG 2516
Query 2460 GAGAGAGTGGTAGGTAGGGGAGGATATGGAACTGTTTACAGAGGTGTATTGCCTGATGGA 2519
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2517 GAGAGAGTGGTAGGTAGGGGAGGCTATGGAACTGTTTACAGAGGCGTATTGCCTGATGGA 2576
Query 2520 AGAGAAGTTGCAGTCAAGAAGCTGCAGAGGGAAGGCACAGAAGCAGAGAAAGAGTTCAGA 2579
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2577 AGAGAAGTTGCAGTCAAGAAGCTTCAGAGGGAAGGCACAGAAGCAGAGAAAGAGTTCAGA 2636
Query 2580 GCCGAAATGGAAGTTCTAAGTGCCAACGCATTTGGTGATTGGGCACATCCGAACCTCGTG 2639
|| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2637 GCTGAAATGGAAGTTCTAAGTGCCAACGCATTTGGAGATTGGGCACATCCGAACCTCGTG 2696
Query 2640 AGGCTGTATGGGTGGTGCCTAGATGGGTCAGAGAAAATCTTGGTGCACGAATACATGGGA 2699
||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2697 AGGCTATATGGATGGTGCCTAGATGGGTCAGAGAAAATCTTGGTGCACGAATACATGGGA 2756
Query 2700 GGCGGGAGCTTAGAAGAGCTTATCACAGACAAAACAAAACTTCCATGGAAGAAACGTATC 2759
|||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2757 GGCGGGAGCTTAGAGGAGCTCATCACAGACAAAACAAAACTTCAATGGAAGAAACGTATT 2816
Query 2760 GATATAGCCACAGATGTAGCACGGGGATTAGTGTTTTTACACCACGAATGCTACCCTTCC 2819
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2817 GATATAGCCACAGATGTAGCAAGGGGATTAGTGTTTTTACACCACGAATGCTACCCTTCC 2876
Query 2820 ATCGTTCACAGAGACGTGAAAGCAAGCAACGTTCTTTTGGACAGACACGGGAATGCAAGA 2879
||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||| | |||||||||||| |||
Sbjct 2877 ATCGTTCACAGAGACGTCAAAGCCAGTAACGTTCTTTTGGATAAACACGGGAATGCGAGA 2936
Query 2880 GTGACAGATTTTGGACTAGCAAGACTCTTAAATGTAGGAGATAGCCATGTGAGCACGGTG 2939
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2937 GTGACGGATTTTGGACTAGCAAGACTCTTAAATGTAGGAGATAGCCATGTGAGCACAGTG 2996
Query 2940 ATTGCAGGCACAATCGGGTATGTAGCTCCTGAGTATGGACAAACTTGGCAAGCCACCACA 2999
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2997 ATTGCAGGCACAATCGGGTATGTAGCTCCCGAGTATGGACAAACTTGGCAAGCCACCACA 3056
Query 3000 AGAGGAGATGTTTACAGCTACGGAGTACTGACCATGGAACTTGCGACGGGTAGAAGAGCT 3059
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3057 AGAGGAGATGTTTACAGCTACGGAGTATTGACCATGGAACTCGCGACGGGTAGAAGAGCT 3116
Query 3060 GTTGATGGAGGAGAAGAGTGTTTGGTCGAATGGGTTAGACGTGTAATGACAGATAACATG 3119
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3117 GTTGATGGAGGAGAAGAGTGTTTGGTCGAATGGGCAAGACGTGTAATGACAGGTAACATG 3176
Query 3120 ACGGCCAAAGGTTCGCCATTTACCCTGTCAGGGACCAAACCGGGGAACGGAGCTGAGCAA 3179
|| ||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3177 ACAGCCAAAGGTTCACCAATAACCCTGTCAGGGACCAAACCAGGGAACGGAGCTGAGCAA 3236
Query 3180 TTGACTGAGCTACTAAAGATTGGTGTGAAGTGTACAGCTGATCATCCTCAGGCAAGACCA 3239
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3237 ATGACTGAGCTACTAAAGATTGGTGTGAAGTGTACAGCTGATCATCCTCAGGCAAGACCA 3296
Query 3240 AACATGAAAGAAGTTCTAGCTATGTTGGTTAAGATATCCGGTAAAGCAGAGCTCTTCAAT 3299
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3297 AACATGAAAGAAGTTCTAGCTATGTTGGTTAAGATATCCGGTAAAGCAGAGCTCTTCAAT 3356
Query 3300 GGCTTATCTTCACCAGGTTACATAGAAATGTAAAAATCTTTCTTTTCTT 3348
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3357 GGCTTATCTTCACAAGGTTACATAGAAATGTAAAAATCTTTCTTT-CTT 3404
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 166805085475
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5