BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg926838
Length=2332
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G74580.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superf... 3729 0.0
> AT1G74580.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily
protein | chr1:28020777-28023068 FORWARD LENGTH=2292
Length=2292
Score = 3729 bits (2019), Expect = 0.0
Identities = 2203/2294 (96%), Gaps = 4/2294 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 21 ATGGGTCCTCCTCTGCTTCCAAAACATGTAACTGCAGTTATAAGATGTCAGAAGGATCCT 80
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGGTCCTCCTCTGCTTCCGAAACATGTAACTGCAGTTATAAAATGTCAGAAGGATCCT 60
Query 81 ATGAAAGCTCTAGAAATGTTCAATTCGATGAGAAAAGAGGATGGTTTCAAGCATACTTTA 140
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 61 ATGAAAGCTCTAGAAATGTTCAATTCGATGAGAAAAGAGGTTGGTTTCAAGCATACTTTA 120
Query 141 TCTACTTACCGCAGTATCATCGAAAAGCTTGGCCT-TTATGGAAAATTCGAAGCCATGGA 199
||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TCTACTTACCGCAGTGTCATCGAAAAGCTTGG-ATATTATGGAAAATTCGAAGCCATGGA 179
Query 200 AGAGGTTTTAGTGGATATGCGTCAGAATGTTGGTAACCATATGCTTGAAGGGGTTTATGT 259
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 AGAGGTTTTAGTGGATATGCGGGAGAATGTTGGTAACCATATGCTTGAAGGGGTTTATGT 239
Query 260 TGGGGCGATGAAGAATTATGGTAGGAAAGGGAAAGTTCAAGAAGCTGTTAATGTGTTTGA 319
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 TGGGGCAATGAAGAATTATGGTAGGAAAGGGAAAGTTCAAGAAGCTGTTAATGTGTTTGA 299
Query 320 AAGGATGGATTTTTATGATTGTGAGCCTACGGTTTTCTCTTATAATGCTATTATGAGTAT 379
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 300 AAGGATGGATTTTTATGATTGTGAGCCTACGGTTTTCTCTTATAATGCTATTATGAGTGT 359
Query 380 ATTGGTTGATAGTGGTTACTTTGATCAAGCTCACAAGGTGTATATGAGGATGCGTGATAG 439
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 360 ATTGGTTGATAGTGGTTACTTTGATCAAGCTCACAAGGTGTATATGAGGATGCGGGATAG 419
Query 440 AGGAATAACGCCTGATGTTTACTCGTTTACGATTAGGATGAAGTCTTTTTGCAGGACGAG 499
||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||| ||
Sbjct 420 AGGTATTACGCCTGATGTTTACTCGTTTACGATTAGGATGAAGTCGTTTTGTAAGACCAG 479
Query 500 TCGGCCTCACGCTGCTTTGAGGCTTCTTAATAATATGTCTTCTCAAGGCTGTGAGATGAA 559
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 TCGGCCTCACGCTGCTTTGAGGCTTCTTAATAATATGTCTTCTCAAGGCTGTGAGATGAA 539
Query 560 TGTGGTTGCTTATTGTACTGTGGTTGGTGGGTTTTATGAGGAGAATTTTAAGGTTGAGGC 619
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 540 TGTGGTTGCTTATTGTACTGTGGTTGGTGGGTTTTATGAGGAGAATTTTAAGGCTGAGGG 599
Query 620 ATATGAGTTGTTTGGGAAGATGCTTGCATCGGGTGTTTCGCTTTGCCTTAGTACGTTTAA 679
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 600 ATATGAGTTGTTTGGGAAGATGCTTGCATCGGGTGTTTCGCTTTGTCTTAGTACGTTCAA 659
Query 680 CAAGCTTCTACATGTTCTTTGCAAGAAAGGAGATGTTAAGGAGTGTGAAAAACTACTGGA 739
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 660 CAAGCTTCTACGTGTTCTTTGCAAGAAAGGAGATGTTAAGGAGTGTGAAAAACTACTTGA 719
Query 740 TAAAGTTATCAAAAGAGGTGTTTTACCGAATCTGTTTACTTATAATTTTTTCATTCAAGG 799
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 720 TAAGGTTATCAAAAGAGGTGTTTTACCGAATCTGTTTACTTATAATTTATTCATTCAAGG 779
Query 800 GCTGTGTCAGAAAGGTGAGCTTGATGCTGCTGTTCGTATGGTAGGTCGTCTCATAGATCA 859
||| ||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||| ||
Sbjct 780 GCTTTGTCAGAGAGGTGAGCTTGATGGTGCGGTTCGTATGGTAGGTTGTCTCATAGAACA 839
Query 860 GGGGCCAAAACCAGATGTGGTCACGTATAACTATCTAATATATGGCTTATGTAAAAATTC 919
||| || ||||| ||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 840 GGGACCCAAACCTGATGTCATCACGTATAACAATCTTATATATGGCTTATGTAAGAATTC 899
Query 920 CAAGTTTCAGGAGGCAGAGGTTTACTTAGGCAAAATGGTGAATGAAGGACTTGAGCCTGA 979
||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 900 CAAGTTTCAGGAGGCAGAGGTTTACTTGGGGAAAATGGTGAATGAAGGGCTTGAGCCTGA 959
Query 980 TAGTTTTACCTATAACACACTAATAGCTGGATATTGCAAAGGTGGAATGGTGCAACTTGC 1039
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 960 TAGTTATACCTATAACACACTAATAGCTGGATATTGCAAAGGTGGGATGGTACAACTTGC 1019
Query 1040 AGAACGGATTCTAGGTAATGCTGTTTTCAATGGGTTTGTCCCCGA-CGAGTTTACATATC 1098
|||| ||||| ||||| |||||||||||||||| ||||| || || | |||| |||||||
Sbjct 1020 AGAAAGGATTGTAGGTGATGCTGTTTTCAATGGATTTGTGCCTGATC-AGTTCACATATC 1078
Query 1099 GCTCCTTAATTGACGGATTGTGTCACGAAGGTGAAACAAACCGTGCTTTAGCTTTATTTA 1158
|||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 GCTCCTTAATTGACGGGTTGTGTCATGAAGGTGAAACAAACCGTGCTTTAGCTTTATTTA 1138
Query 1159 ATGAGGCCTTAGGGAAAGGAATAAAGCCTAACGTGATTCTTTACAACACACTGATCAAGG 1218
||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1139 ATGAGGCCTTAGGGAAAGGGATAAAGCCTAACGTTATTCTTTACAACACACTGATCAAGG 1198
Query 1219 GATTGTCTAACCAGGGTTTGATTCTGGAGGCTGCTCAGTTGGCGAGTGAAATGTCTGAAA 1278
||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1199 GATTGTCTAACCAGGGTATGATTCTAGAGGCTGCTCAGTTGGCGAATGAAATGTCTGAAA 1258
Query 1279 AGGGTTTGATTCCCGAGGTACAGACTTTTAACATACTCGTAAATGGATTATGCAAGATGG 1338
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1259 AGGGTTTGATTCCTGAGGTACAGACTTTTAACATACTCGTAAATGGACTATGCAAGATGG 1318
Query 1339 GATGTGTTTCTGATGCTGATGGTCTTGTTAAAGTCATGATCTCCAAAGGGTACTTTCCTG 1398
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1319 GATGTGTTTCTGATGCTGATGGTCTTGTTAAAGTCATGATCTCCAAAGGGTACTTTCCTG 1378
Query 1399 ACATATTTACTTTCAACATTTTGATTCATGGTTATTCTACACAGTTGAAAATGGAAAACG 1458
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1379 ACATATTTACTTTCAACATTTTGATTCATGGTTATTCTACACAGTTGAAAATGGAAAACG 1438
Query 1459 CACTTGAGATCTTAGATGTTATGATGGACAACGGTGTTGATCCTGACGTGTACACTTACA 1518
|||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1439 CACTTGAGATATTAGATGTTATGTTGGACAACGGTGTTGATCCTGACGTGTACACTTACA 1498
Query 1519 ACTCTTTGTTGAATGGTCTCTGCAAAACTTCAAAGTATGAAGATGTGATGGAAACATATA 1578
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1499 ACTCTTTGTTAAATGGTCTCTGCAAAACTTCAAAGTTTGAAGATGTGATGGAAACATATA 1558
Query 1579 AAACTATGGTGGAGAAAGGTTGTGCCCCTAACTTATTCACTTTTAATATACTTCTGGAGA 1638
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1559 AAACTATGGTGGAGAAAGGTTGTGCCCCTAACTTATTCACGTTTAATATACTTCTGGAGA 1618
Query 1639 GTCTATGTAGATACCACAAACTAGATAAAGCCTTGGGGTTATTGGAGGAAATGAAAAACA 1698
||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1619 GTCTATGTAGATACCGCAAACTAGATGAAGCCTTGGGGTTATTGGAGGAAATGAAAAACA 1678
Query 1699 AGAGTGTGAATCCAGATGCGGTTACGTTTGGAACGTTGATTGACGGGTTCTGCAAAAACG 1758
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1679 AGAGTGTGAATCCAGATGCGGTTACATTTGGAACGTTGATTGACGGGTTCTGCAAAAACG 1738
Query 1759 GAGACTTGGATGGAGCATACACACTATTCCGGAAAATGGAAGAGGTTTATATGGTTTCAT 1818
|||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 1739 GAGACTTGGATGGAGCATACACGCTGTTCCGGAAAATGGAAGAGGCTTATAAGGTTTCAA 1798
Query 1819 GTTCAACGCCAACATATAATATCATTATTCATGCTTTCACGGAGAAGCTAAATGTTACTA 1878
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1799 GTTCAACGCCAACATATAATATCATCATTCATGCTTTCACTGAGAAGCTAAATGTTACTA 1858
Query 1879 TGGCGGAAAAGCTATTCCAAGAGATGGTTGATCGTTGTCTTGGTCCTGATGGATACACAT 1938
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1859 TGGCGGAAAAGCTTTTCCAAGAGATGGTTGATCGTTGTCTTGGTCCTGATGGATACACAT 1918
Query 1939 ACCGGCTTATGGTTGATGGTTTTTGCAAAACGGGAAATGTCGATTTGGGGTACAAGTTTC 1998
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1919 ACCGGCTTATGGTTGATGGTTTTTGCAAAACGGGAAATGTCAATTTGGGGTACAAGTTTC 1978
Query 1999 TACTGGAGATGATGGAAAATGGGTTTATTCCATCGCTCACAACGCTTGGACGTGTAATAA 2058
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1979 TACTGGAGATGATGGAAAATGGGTTTATTCCATCTCTCACAACGCTTGGACGTGTAATAA 2038
Query 2059 ACTGTCTTTGTGTGGAGGATAGAGTTTATGAGGCTGCCGGTATTATCCATCGGATGGTCC 2118
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2039 ACTGTCTTTGTGTGGAGGATAGAGTTTATGAGGCTGCCGGTATTATCCATCGGATGGTCC 2098
Query 2119 AGAAAGGACTGGTCCCTGAGGCTGTGAACACCATTTTTGATCATGACAAAAAGGAGGTAG 2178
||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |
Sbjct 2099 AGAAAGGACTGGTCCCTGAAGCTGTGAACACCATTTGTGATGTTGACAAAAAGGAGGTGG 2158
Query 2179 CTGCTCCTAAGCTTGTCTTGGAGGATCTGTTGAAGAAGAGCTGTATTACATATTATGCTT 2238
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 2159 CTGCTCCTAAGCTTGTCTTGGAGGATTTGTTGAAGAAGAGCTGTATCACGTATTATGCTT 2218
Query 2239 ACGAACTTCTTTTTGATGGCCTTAGAGATAAAAGGCTACGCAAGAAAAAGGGTTTCACAG 2298
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2219 ACGAACTTCTTTTTGATGGCCTTAGAGATAAGAGGCTACGCAAGAAAAAGGGTTTCACAG 2278
Query 2299 TGGTAGCCATATGA 2312
||||||||||||||
Sbjct 2279 TGGTAGCCATATGA 2292
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 115762456770
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5