BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg926858
Length=2053
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G74800.1 | Symbols: | Galactosyltransferase family protein ... 3384 0.0
> AT1G74800.1 | Symbols: | Galactosyltransferase family protein
| chr1:28101968-28105112 REVERSE LENGTH=2391
Length=2391
Score = 3384 bits (1832), Expect = 0.0
Identities = 1983/2055 (96%), Gaps = 13/2055 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 9 aaaaaaacagaaatgaaaaaacccaaattgtcgaaagttgaaaaaCTCGACAAGCTTGAT 68
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||
Sbjct 108 AAAAAAACAGAAATGAAAAAACCCAAATTGTCGAAAGTGGAAAAAATCGACAAGATTGAT 167
Query 69 CTGTTCTCTTCACTATGGAAGCAGAGATCGGTTCGTGTAATAATGGCAATAGGGTTTCTC 128
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 168 CTGTTCTCTTCACTATGGAAGCAGAGATCGGTTCGTGTAATAATGGCAATAGGGTTTCTC 227
Query 129 TATC-TGATAATTGTCTCAGTAGAGATACCTCTCGTATTCAAATCCTGGTCCAGCAGCTC 187
|||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 228 TATCTTG-TAATTGTCTCAGTAGAGATACCTCTCGTTTTCAAATCCTGGTCCAGCAGCTC 286
Query 188 CGTGCCTCTTGATTCTCTTTCCCGACTCGAGAAGCTCAATAGCGAGCAAGAGCCCCAAGT 247
||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 287 CGTGCCTCTTGATGCTCTTTCTCGACTCGAGAAGCTCAATAACGAGCAAGAGCCCCAAGT 346
Query 248 CGAGAAAATCCCTGATCCTCCATTGAAGCCAGTTTCGTACCCGGTTTCTG-ACCCGACCA 306
||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||
Sbjct 347 CGAGATTATCCCTAATCCTCCATTGGAGCCAGTTTCGTACCCGGTTTC-GAACCCGACCA 405
Query 307 TTGTTAACCGGACGGA-C-----CAGAACAAGGTCCGTGAACATCATCGGGGTCTCCTCT 360
|||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 406 TTGTTACCCGGACGGACCTTGTTCAGAACAAGGTCCGTGAACATCATCGGGGTGTTCTCT 465
Query 361 CAAGTTTGAGATTTGATTCGGAAACTTTCGACCCGAGTAGTAAAGACGGGTCAGTGGAGC 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 466 CAAGTTTGAGATTTGATTCGGAAACTTTCGACCCGAGTAGTAAAGACGGGTCAGTGGAGC 525
Query 421 TTCACAAGTCGGCTAAGGAAGCTTGGCAGCTAGGTCGCAAGCTATGGAAGGAGCTTGAAT 480
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 526 TTCACAAGTCAGCTAAGGAAGCTTGGCAGCTAGGTCGCAAGCTATGGAAGGAGCTTGAAT 585
Query 481 CAGGAAGGCTTGAGAAACTAGTGGAGAAGCCAGAGAAGAACAAATCAGATTCGTGTCCAC 540
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||
Sbjct 586 CTGGAAGGCTTGAGAAACTAGTGGAGAAGCCAGAGAAGAACAAACCGGATTCATGTCCAC 645
Query 541 ATTCTGTTTCGTTAACCGGGTCGGAATTTATGAACCGGGAGAACAAACTGATGGAGCTGC 600
||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 646 ATTCTGTTTCGCTAACCGGGTCTGAGTTTATGAACCGGGAGAACAAATTGATGGAGCTGC 705
Query 601 CGTGTGGTTTGACATTGGGTTCACACATAACTCTGGTGGGGAGGCCGAGGAAAGCTCATC 660
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 706 CGTGTGGTTTGACATTGGGTTCACACATAACTTTGGTGGGGAGGCCGAGGAAAGCTCATC 765
Query 661 CCAAGGAAGGAGATTGGTCTAAGTTAGTGTCTCAGTTTGTGATAGAGCTTCAAGGTTTGA 720
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 766 CCAAGGAAGGAGATTGGTCTAAGTTGGTGTCTCAGTTTGTGATAGAGCTTCAAGGTTTGA 825
Query 721 AGACTGTTGAAGGAGAGGATCCTCCTAGGATTCTGCATTTCAATCCGAGGCTTAAGGGAG 780
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 826 AGACTGTTGAAGGAGAGGATCCTCCTAGGATTCTGCATTTCAATCCGAGGCTTAAGGGAG 885
Query 781 ATTGGAGCAAAAAACCGGTGATTGAGCAGAACAGTTGCTATAGGATGCAATGGGGACCTG 840
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 886 ATTGGAGCAAAAAACCGGTGATTGAGCAGAATAGTTGCTATAGGATGCAATGGGGACCTG 945
Query 841 CACAACGTTGCGAAGGATGGAAGTCAAGAGCCGAGGAAGAGACTGTTGATAGTCATGTGA 900
|||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 946 CACAACGTTGCGAAGGATGGAAGTCAAGAGATGATGAAGAGACTGTTGATAGTCATGTGA 1005
Query 901 AGTGTGAGAAGTGGATTCGTGATGATGATAACTACTCAGAAGGGTCGAGGGCAAGATGGT 960
||||||| || ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1006 AGTGTGAAAAATGGATTCGTGATGATGACAATTACTCAGAAGGGTCGAGGGCAAGATGGT 1065
Query 961 GGTTGAATAGACTCATAGGAAGGAGAAAAAGGGTCAAAGTGGAATGGCCGTTTCCTTTTG 1020
||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1066 GGTTGAATAGACTTATAGGAAGGAGGAAAAGGGTCAAAGTAGAATGGCCGTTTCCTTTTG 1125
Query 1021 TGGAAGAGAAGCTGTTTGTTCTAACTCTTAGCGCCGGTTTAGAGGGCTACCATATCAATG 1080
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1126 TGGAAGAGAAGCTGTTCGTTCTAACTCTTAGCGCCGGTTTAGAGGGTTACCATATCAATG 1185
Query 1081 TTGATGGAAAGCATGTGACATCTTTCCCTTATCGCACTGGTTTCACGCTCGAGGATGCAA 1140
|||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 1186 TTGATGGAAAGCATGTTACTTCTTTCCCTTATCGCACTGGTTTCACCCTTGAGGATGCAA 1245
Query 1141 CAGGGCTAACCGTAAATGGAGACATTGATGTCCATTCTGTTTTTGTTGCCTCTCTGCCAA 1200
|||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1246 CAGGGCTAACAGTAAACGGAGACATTGATGTCCATTCTGTTTTTGTTGCCTCTCTGCCAA 1305
Query 1201 CATCACATCCTAGCTTTGCTCCCCAAAGGCATCTCGAGTTGTCAAAGAGATGGCAGGCCC 1260
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 1306 CATCACATCCTAGTTTTGCTCCCCAAAGGCATCTCGAATTGTCAAAGAGATGGCAGGCTC 1365
Query 1261 CTGTAGTTCCTGATGGGCCTGTGGAGATCTTTATAGGCATTCTTTCTGCAGGCAATCATT 1320
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1366 CTGTAGTTCCCGATGGGCCTGTGGAGATCTTTATAGGCATTCTTTCCGCAGGCAATCATT 1425
Query 1321 TCTCTGAGCGGATGGCTGTGAGGAAATCCTGGATGCAGCATGTTCTTATCACATCTGCAA 1380
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1426 TCTCTGAGCGGATGGCTGTGAGGAAATCCTGGATGCAGCATGTTCTTATTACATCTGCAA 1485
Query 1381 AAGTTGTTGCTCGTTTCTTTGTAGCGCTGCATGGGAGGAAGGAGGTGAATGTGGAATTGA 1440
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1486 AAGTTGTTGCTCGTTTCTTTGTGGCGCTGCATGGGAGGAAGGAGGTGAATGTGGAATTGA 1545
Query 1441 AGAAAGAAGCAGAGTATTTTGGAGACATTGTACTTGTTCCATACATGGATAGCTATGATC 1500
|||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1546 AGAAAGAAGCGGAGTATTTTGGGGACATTGTACTTGTTCCTTACATGGATAGCTATGATC 1605
Query 1501 TTGTCGTGCTGAAAACTGTTGCCATATGTGAACACGGAGCTCTTGCATTCTCTGCAAAGT 1560
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1606 TTGTCGTGCTGAAAACTGTTGCCATATGTGAACACGGAGCTCTTGCATTCTCTGCAAAGT 1665
Query 1561 ACATAATGAAATGTGACGATGATACATTTGTAAAACTTGGTGCGGTGATCAATGAAGTGA 1620
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1666 ACATAATGAAGTGTGACGATGATACATTTGTAAAACTTGGCGCGGTGATCAATGAAGTGA 1725
Query 1621 AAAAAGTACCCGAAGGTAGAAGCCTGTACATTGGTAACATGAATTATTACCACAAACCTC 1680
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1726 AAAAAGTACCCGAAGGTAGAAGCCTGTACATTGGTAACATGAATTATTACCACAAACCTC 1785
Query 1681 TCCGTGGGGGTAAATGGGCAGTCACATATGAGGAATGGCCAGAGGAGGACTATCCGCCCT 1740
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1786 TCCGTGGGGGTAAATGGGCAGTCACATATGAGGAATGGCCAGAGGAGGACTATCCGCCCT 1845
Query 1741 ACGCAAATGGACCCGGATATGTTCTATCTTCTGACATTGCGCGCTTCATCGTAGACAAGT 1800
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1846 ACGCAAATGGACCCGGATATGTTCTATCTTCTGACATTGCGCGCTTCATCGTGGACAAGT 1905
Query 1801 TTGAGAGACATAAATTACGGCTGTTCAAGATGGAGGACGTGAGTGTGGGAATGTGGGTTG 1860
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1906 TTGAGAGACATAAATTACGGCTGTTCAAGATGGAGGACGTGAGTGTGGGAATGTGGGTTG 1965
Query 1861 AGCATTTCAAGAACACAACAAACCCAGTGGATTACAGACACAGTCTGAGATTCTGCCAAT 1920
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1966 AGCATTTCAAGAACACAACAAACCCAGTGGATTACAGACACAGTCTGAGATTCTGCCAGT 2025
Query 1921 TTGGTTGTGTTGAGAACTACTACACAGCTCATTACCAGTCGCCAAGACAGATGATATGCT 1980
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2026 TTGGTTGTGTTGAGAACTACTACACAGCTCATTACCAGTCGCCAAGACAGATGATATGCT 2085
Query 1981 TATGGGATAAGCTTTTAAGACAGAACAAGCCTGAGTGTTGTAACATGAGATGAT-A--CT 2037
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 2086 TATGGGATAAGCTCTTAAGACAGAACAAGCCTGAGTGTTGTAACATGAGATGATGATACT 2145
Query 2038 TGAGGAAACAGTTGC 2052
|||||||||||||||
Sbjct 2146 TGAGGAAACAGTTGC 2160
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 101756504715
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5