BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg927059
Length=3277
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G76630.2 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like s... 2351 0.0
> AT1G76630.2 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like
superfamily protein | chr1:28759699-28765042 FORWARD LENGTH=3507
Length=3507
Score = 2351 bits (1273), Expect = 0.0
Identities = 1392/1447 (96%), Gaps = 17/1447 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 21 ATGGAATTGGAGCAACTTAAGAAGTCTGTAGAGGAGAACCCAGATGATTCTTCTCTACAA 80
|||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1 ATGGAATTAGAGCAGCTTAAGAAGTCTGTAGAAGAGAACCCAGATGACTCTTCTCTACAA 60
Query 81 TTCGAACTCGGTTTGTATCTATGGGATAATGGTGGAGATTCAGAGAAAGCGGCGGAGCAC 140
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TTCGAACTCGGTTTGTATCTGTGGGATAATGGTGGAGATTCAGAGAAAGCGGCGGAGCAT 120
Query 141 TTTGTGTTGTCGGCGAAATCAGACCCGAATAATGCGGCGGCGTTTAAGTATTTAGGGCAT 200
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TTTGTGTTGTCGGCGAAATCAGATCCGAATAATGCAGTGGCGTTTAAGTATTTAGGGCAT 180
Query 201 TACTACTCGCGTGTGACGCTTGATCTTAATCGAGCTGCTAAGTGTTACCAAAGAGCAGTG 260
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 181 TACTACTCGCGTGTAACGCTTGATCTTAATCGAGCTGCTAAGTGTTATCAGAGAGCAGTG 240
Query 261 TTGATAAACCCTAATGATTCTGATTCTGGAGAAGCTTTGTGCGATTTATTTGATAGACAA 320
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 TTGATAAACCCTAATGATTCTGATTCTGGAGAAGCTTTGTGCGATTTATTTGATAGACAA 300
Query 321 GGGAAAGAGATTTTGGAAATTGCGGTTTGTCGTGACGCTTCTGAGAAGTCTCCAAAGGCT 380
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 301 GGGAAAGAGATTTTGGAAATTGCGGTTTGTCGTGACGCTTCTGAGAAGTCTCCTAAGGCT 360
Query 381 TTCTGGGCCTTTTGCAGATTGGGTTATATTCAGCTTCATCAGAAGAAGTGGTCTGAAGCT 440
|||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 TTCTGGGCATTTTGTAGATTGGGTTATATTCAGCTTCATCAGAAGAAGTGGTCTGAAGCT 420
Query 441 GTTCAAAGCCTTCAACATGCAATTAGAGGTTATCCTACCGTGTCTGACTTGTGGGAAGCT 500
||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 421 GTTCAGAGCCTACAGCATGCAATTAGAGGTTATCCTACCATGTCTGACTTGTGGGAAGCT 480
Query 501 CTAGGCCTTGCTTACCAGCGACTTGGAATGTTTACTGCTGCTATCAAGGCGTATGGCCGT 560
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 CTAGGCCTTGCTTACCAGCGACTTGGAATGTTTACTGCTGCTATCAAGGCGTATGGCCGC 540
Query 561 GCCATTGAGTTAGATGAGACCAAAATTTTTGCATTAGTGGAGAGTGCAAATATCTTTTTG 620
||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 541 GCCATAGAATTAGATGAGACCAAAATTTTTGCATTAGTGGAAAGTGCAAATATCTTTTTG 600
Query 621 ATGCTTGGTTCATATAGAAAGGTAACCTTTTTATCCGGTGTGGAGCTATTTGAGCAAGCA 680
|||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 ATGCTTGGCTCATATAGAAA-G--------------GGTGTGGAGCTATTTGAGCAAGCA 645
Query 681 CTGAAGATTTCACCTCAGAATATTTCTGTGCTCTATGGTCTTGCTTCTGGATTTCTTAGT 740
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 646 CTGAAGATTTCACCTCAGAATATTTCTGTGCTCTATGGTCTTGCTTCTGGATTGCTTAGT 705
Query 741 TGGTCAAAGGAATGCATAAATTTGGGCGCATTTGGATGGGCAGCTTCACTATTGGAGGAT 800
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 706 TGGTCAAAGGAATGCATAAATTTGGGCGCATTTGGATGGGCAGCTTCGTTATTGGAGGAT 765
Query 801 GCCCGTAAAGCTGCAAAAGCAAGCAGTGAACTGGCCAGCAGTATGTCTTGTATATGGAAA 860
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 766 GCCCGTAAAGCTGCAAAAGCAAGCAGTGAACTGGCCAGCAGCATGTCTTGTATATGGAAA 825
Query 861 TTGCATGGAGATATTCAGCTTACATACGCAAGATGCTTTCCATGGTCTGGTGGAACTGAA 920
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 826 TTGCATGGAGATATTCAGCTTACATACGCAAGATGCTTTCCATGGTCTGGTGGAACTGAA 885
Query 921 AACTCGGAATTCACTTTGAAGACTTTTAGTGATTCAATTCTTTCTTGGAGAAGCATTTGT 980
||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 886 AACTCAGAATTCACTTTGAAGACATTTAGTGATTCAATTCTTTCTTGGAGAAGCATTTGT 945
Query 981 TACTCAGCTGCATTGTCAGCCAAAGCTTCTTACCAGCGAGCTCTACACTTAGCCCCATGG 1040
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 946 TACTCAGCTGCATTGTCAGCCAAAGCTTCTTACCAGCGAGCTCTACACTTAGCCCCTTGG 1005
Query 1041 CAAGCTAATGTTTATACCGACATAGCCATAGCTTGTGATCTTGTTTCAAGTTTAAGCGAT 1100
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1006 CAAGCTAATGTTTATACCGACATAGCCATAACTTGTGATCTTGTTTCAAGTTTAAGCGAT 1065
Query 1101 GACTCTGATACTTCAAGTTCTTGGAAGCTACCAGAAAAGATGGCT-CTGGGAGCATTATT 1159
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||
Sbjct 1066 GACTCTGATACTTCAAGTTCTTGGAAGCTACCAGAAAAGATGG-TGCTGGGAGCATTATT 1124
Query 1160 GCTGGAATGCGAAAACTCGGAGTTCTGGGTTGCTTTGGGTTGTATGTCTGATAATAGTGC 1219
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1125 GCTGGAATGTGAAAACTCGGAGTTCTGGGTTGCTTTGGGTTGTATGTCTGATAACAGTGC 1184
Query 1220 TTTGAAACTACATGCTTTGATCCGGGCATTGCATTTGGATGTATCTTTAGCCGTTGCTTG 1279
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185 TTTGAAACTACATGCTTTGATCCGGGCATTGCATTTGGATGTATCTTTAGCCGTTGCTTG 1244
Query 1280 GGCTTTCATGGGCCAGATCTTCAGGGAATCGGATGAAATGAAATTTGCAAAGCAGGCTTT 1339
|||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1245 GGCTTTTATGGGCCAGATTTTCAGGGAATCGGATGAAATGAAATTTGCAAAGCAAGCTTT 1304
Query 1340 TGATTGTGCTAGAAGCATAGATCCTACACTTGCGCTACCTTGGGCTGGCTCAGCTGATAC 1399
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1305 TGATTGTGCTAGAAGCATAGATCCTACACTTGCGCTACCTTGGGCTGGCTCAGCTGATAC 1364
Query 1400 GTATGCGAGGGAGTCAACATCAGATGAGGCTTTTGAGAGTTGTTTACGAGCTGCACAGAT 1459
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1365 TTATGCGAGGGAGTCAACATCAGATGAGGCTTTTGAGAGTTGTTTACGAGCTGCACAGAT 1424
Query 1460 ATCACCT 1466
|||||||
Sbjct 1425 ATCACCT 1431
Score = 2185 bits (1183), Expect = 0.0
Identities = 1311/1374 (95%), Gaps = 4/1374 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1827 GATTCTGCTATCACCAGCATCCAGAAAATGCCTAAGGATTTCTTCCAGAGTTCGAAAATC 1886
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1942 GATTCTGCTATCACCAGCATCCAGAAAATGCCAAAGGATTTCTTCCAGAGTTCGAAAATC 2001
Query 1887 AGCTTTATAGTATCTGCCATCCATTCTCTTGATCTGAGTGATAGACTTCAGTCGATTGTT 1946
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2002 AGCTTTATAGTATCTGCCATCCATTCTCTTGATCAGAGTGATAGACTTCAGTCGATTGTT 2061
Query 1947 GCAAGCACTCGTAGCTATATAACATCACAAGAAGAAATAGTTGCAATGCACTATTTGATA 2006
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2062 GCAAGCACTCGTAGCTATATAACATCACAAGAAGAAATAGTTGCAATGCACTATTTGATA 2121
Query 2007 GCACTCAGCAAATTGCTGAAAACTGGAGCAGGAGATTTCCTTGGATTTGAGAAGGGGATT 2066
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2122 GCACTCAGCAAATTGCTGAAAACTGGAGCAGGAGATTTCCTTGGATATGAGAAGGGGATT 2181
Query 2067 GCCCACCTCAGAAAAGCTATTCATATGTATCCTCATAGTAATTTGATAAGGAACCTGCTT 2126
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2182 GCCCACCTCAGCAAAGCTATTCATATGTATCCTCATAGTAATTTGATAAGGAACCTGCTT 2241
Query 2127 GGTTATATTTTGTTAGCTGGTGAAGGGATGAAAGATGCCTGTACTGCTAGTAGATGTTGT 2186
|| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2242 GGATATATTTTGTTAGCTGGTGAAGGAATGAAAGATGCATGTACTGCTAGTAGATGTTGT 2301
Query 2187 ATCATAAATGTATCTGAGTGTGCAAATAAGGAAGGTCTGAAGTCCGCATTGGAGGTCCTT 2246
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2302 ATCATAAATGTCTCTGAGTGTGCAAATAAGGAAGGTCTGAAGTCCGCATTGGAGGTCCTT 2361
Query 2247 GGTGGAGGATCGGTTGCTTGCAATGTAATTGGCAATACAGCTCCAAGGTTCTCATTTCCG 2306
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2362 GGTGGAGGATCAGTTGCTTGCAATGTAATTGGCAATACAGCTCCTAGGTTCTCATTTCCG 2421
Query 2307 ACATGCCATTGTCAGTATCTGAATGCTCCTGTTGTTGTTGTGGAACTGCAAAGACTCTTG 2366
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||
Sbjct 2422 ACATGCCATTGTCAGTATCTGAATGCTCCTGTTGTTGTTGTAGAATTGCAAAGATTCTTG 2481
Query 2367 CATCAAGAACCTTGGAACAGCGGTGTAAGATACTTGCTTATTCTGAATCTCATGCAGAAG 2426
||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2482 CATCAAGAACCTTCGAACAGCAGTGTAAGATACTTGCTTATTCTGAATCTCGTGCAGAAG 2541
Query 2427 GCCCGTGAGCAGAGATTTCCTCGCCAGCTTTGTAGTGCTATTGAGCGTCTAATCTCTGTG 2486
|| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2542 GCACGTGAGCAGAGATTTCCTCGCCAGCTTTGTAGGGCTATTGAGCGTCTAATATCTGTG 2601
Query 2487 GCACTCTCTGATGAGACATGTTCGAATGAAGGCGAGTATCAAAAGTTCCAGAATCTGCTT 2546
|||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||| |||||| |||||||
Sbjct 2602 GCACTCTCTGATGAGACATGTTCGAAAGAAGGCGAATATAAAAAATTCCAGCTTCTGCTT 2661
Query 2547 TGTGCTTCTGAAATCT-GTTTTCAGAAGGGAAATATAGCAGAGTCCATTGGCCATGCTGG 2605
||||||||||| || | |||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |
Sbjct 2662 TGTGCTTCTGAGAT-TAGTTTACAGATGGGAAATATAGCAGAGTCCATTAACCATGCTCG 2720
Query 2606 AAAGGCTTCTTCCCTTTCGCTTCCACGTAGCTACCTATTTCTAGGACATTTGCAACTTTG 2665
|||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2721 AAAGGCTTCTTCCCTTTCTCTTCCAAGTAGCTATCTATTTCTAGGACATTTACAACTTTG 2780
Query 2666 CCGTGCCTATGCAGCAAAAGGGAGTACCAGAGACATGCAAGAGGAATACAGAGCGTGTTT 2725
|||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2781 CCGTGCCTATGCAGCAAATGGGAGTACCAAAAACATGCAAGAGGAATACAGAGCGTGTTT 2840
Query 2726 GGAGCTCAAGACTGACTCAAATATTGGTTGGATTTGTCTGAAGCTCATAGAATCTCAGTA 2785
||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2841 GGAACTCAAGACTGACTCAAATATTGGTTGGATTTGCCTGAAGCTCATAGAATCTCAGTA 2900
Query 2786 TGATCTGGAACCTGATGCTAACCTCTTAGAGATGAGTCTACAAGAATGCTCGAGCCAGAA 2845
| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2901 TAATCTGGAACCTGATGCTAACCTCTTAGAGATGAGCCTACAAGAATGCTCGAGCCAGAA 2960
Query 2846 GAAGAATTCATGGAAAGAATGGATGGGTGTATACAGTTTAGCTCGGGGTTTAGATTCTAT 2905
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 2961 GAAGAATTCATGGAAAGAATGGATGGCTGTATACAGTTTAGCTCGTGGCTTAGATTCTA- 3019
Query 2906 C-GGGAAGAAAGACTTTTCCTCTGCAGAGGAATTCCTTGCACAAGCTTGTTCATTGTTAA 2964
| ||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3020 CAGGGAAAAAAGACTTTTTCTCAGCAGAGGAATTCCTTGCACAAGCTTGTTCGTTGTTAA 3079
Query 2965 ATTCGGAGAGCTGTCTACTTCTCTGCCATGGTGCTGTCTGCATGGAGCTGGCTAGACAGT 3024
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3080 ATTCAGAGAGCTGTCTACTTCTCTGCCATGGTGCTGTCTGCATGGAGCTGGCTAGACAGT 3139
Query 3025 CTAATGACTCGCAGTTCCTCTCACTAGCTGTAAAGAGTCTTAGCAAAGTTCAAGCGAGTT 3084
|||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3140 CTAATGACTCGCAGTTTCTCTCACTAGCTGTAAAAAGTCTTAGCAAAGTTCAAGCGAGTT 3199
Query 3085 CGTTGATTCCTTTGCCTATCGTGTATACATTATTAGCTCAAGCACATGGAAGTCTTGGCT 3144
| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3200 CATTGTTTCCTTTGCCTATCGTTTATACATTATTAGCTCAAGCACATGGAAGTCTTGGCT 3259
Query 3145 CTAAAGAGAAATGGGAGAAAAATCTCCGTCTCGAATGGTTCTGCTGGCCACCAG 3198
||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3260 CTAAAGAGAAATGGGAGAAGAATCTTCGTCTGGAATGGTTCTGCTGGCCTCCAG 3313
Score = 606 bits (328), Expect = 3e-172
Identities = 351/362 (97%), Gaps = 2/362 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1467 ATTTTTGCTTGCATTGAGCAGGCAGTGCAGCGCACCCCTTATTACCCTGAATCCCATAAC 1526
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1498 ATTTTTGCTTGCATTGAGCAGGCAGTGCAGCGCAGCCCTTATTACCCTGAACCCCATAAC 1557
Query 1527 CTCCACGGGCTAGTTTGCGAGGCAAGACATAATTATCACACTGCTATTGCTTCTTATAGG 1586
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1558 CTCCATGGGCTAGTTTGCGAGGCAAGACATAATTATCACACTGCCATTGCTTCTTATAGG 1617
Query 1587 CTAGCACTAGCTGCAATGAGTATTTACCCCGACAA-TTCAGTAAAATCTCATGCTGGAAA 1645
|||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1618 CTAGCACTAGCTGCAATGAGTATTTATCCCGA-AAGTTCAGTAAAATCTCATGCTGGAAA 1676
Query 1646 AGTATCGATAAACTTGGTCAGGTCACTCAGCAAGGCAGGACGACTCAAAGAATCTGTTAT 1705
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1677 AGTATCTATAAACTTGGTCAGGTCACTCAGCAAGGCAGGACGATTCAAAGAATCTGTTAT 1736
Query 1706 GGAATGCGCTAATTTGAAGTCAAAAGGTTTGCTTGATGCTGGAGGTTTGCAAATATATGC 1765
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1737 GGAATGCGCTAATTTGAAGTCAAAAGGTTTGCTTGATGCCGGAGGTTTGCAAATATATGC 1796
Query 1766 TTTCTCTCTGTGGAAGACTGGTCAGAATGATTCGGCTCTTTCAGTGATTAGGGATCTGGC 1825
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1797 TTTCTCTCTGTGGAGGACTGGTCAGAATGATTCGGCTCTTTCAGTGATTAGGGATCTGGC 1856
Query 1826 TG 1827
||
Sbjct 1857 TG 1858
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 163042564750
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5