BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg927098
Length=2068
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G77010.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superf... 3205 0.0
> AT1G77010.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily
protein | chr1:28942710-28944797 FORWARD LENGTH=2088
Length=2088
Score = 3205 bits (1735), Expect = 0.0
Identities = 1942/2044 (95%), Gaps = 6/2044 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 8 TTTTCTCCAAGCCATGGAAGTAGATTGTCGTCGTTATTACGTCCGTCTTCTTCAATCATG 67
|||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 48 TTTTCTCCAAGCTATGGAAGTAGATTGTCGGCGTTATTACGTACGTCTTCTTCAATCATG 107
Query 68 CAGCAACAGAAATCGCGAAACTTTATGGAGACAAACCAACGGATTGTTCTTGAAGAAGGG 127
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||
Sbjct 108 CAGCAGCAGAAATCGCGAAACTTTATGGAGACAAACCAATGGATTGCTCTTGAAGAAGGG 167
Query 128 TTTTATTAGTTCAATTGTCATTGTTGCTAATCATCTCCTTCAGATATACTCGCGGTCTGG 187
|||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| || || ||||| ||||||||
Sbjct 168 TTTTCTTAGTTCAATTGTCATTGTTGCTAACCATCTCCTCCAAATGTACTCCCGGTCTGG 227
Query 188 GAAAATGGGAATTGCACGGAACTTGTTCGACGAAATGCCTGAGAGAAACTATTTCTCGTG 247
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 228 TAAAATGGGAATTGCGCGGAACTTGTTCGACGAAATGCCTGATAGAAACTATTTCTCGTG 287
Query 248 GAACACTATGATTGAAGGGTACATGAATTCTGGGGACAAGGGCACGTCTTTGAGGTTTTT 307
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 288 GAACACTATGATTGAAGGGTACATGAATTCTGGGGAAAAGGGAACGTCTTTGAGGTTTTT 347
Query 308 TGATATGATGCCAGAAAGAGATGGGTACTCTTGGAATGTGGTTGTTTCCGGGTTTGCTAA 367
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 348 TGATATGATGCCAGAAAGAGATGGGTACTCTTGGAACGTGGTTGTTTCCGGGTTTGCTAA 407
Query 368 AGCTGGTGAGCTAAGTGTTGCTAGGAGGTTATTCAATGCCATGCCGGAAAAAGATGTTGT 427
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 408 AGCTGGTGAGCTAAGTGTCGCTAGGAGGTTATTCAATGCCATGCCGGAAAAAGATGTTGT 467
Query 428 GACGTTGAACTCTCTGCTTCATGGTTATATTCTAAACGGTTATTCTGAGGAAGCTCTGAG 487
|||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| | ||||||||||||||
Sbjct 468 GACGTTGAACTCTCTGCTTCATGGATATATTTTAAACGGTTATGCAGAGGAAGCTCTGAG 527
Query 488 GTTGTTTAAAGAATTGAAATTTAGCGCTGATGCTATTACATTGACGACAGTTCTTAAGGC 547
|||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 528 GTTGTTTAAAGAATTGAATTTTAGCGCTGATGCGATCACATTGACGACAGTTCTTAAAGC 587
Query 548 TTGTGCTGAGTTAGAAGCTCTGAAACGTGGGAAGCAGATACATGCTCAGATTCTGATCGG 607
||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 588 TTGTGCTGAGTTAGAAGCTTTGAAATGTGGGAAGCAGATACATGCTCAGATTCTGATCGG 647
Query 608 CGGTGTTGAATGTGACTCGAAAATGAATAGTTCTTTAGTTAATGTGTATGCAAAGTGCGG 667
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 648 TGGTGTTGAATGTGACTCGAAAATGAATAGTTCTTTAGTTAATGTGTATGCAAAGTGTGG 707
Query 668 TGATTTGAGAATGGCAAGCTATATGCTGGAGCAGATTGGGGAACCTGATGACCATTCTCT 727
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 708 TGATTTGAGAATGGCAAGCTATATGCTGGAGCAGATTAGGGAACCTGATGACCATTCTCT 767
Query 728 ATCTACCTTAATTTCAGGTTATGCTAATTGTGGGAGAGTGAATGAGTCTAGAAGACTTTT 787
|||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 768 ATCTGCCTTAATTTCAGGTTATGCAAATTGTGGGAGAGTGAATGAGTCTAGAGGACTTTT 827
Query 788 CGATAGGAAAAGTAACAGATGCGTAATTCTATGGAACTCTATGATTTCGGGTTATATTGC 847
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 828 CGATAGGAAAAGTAACAGATGTGTAATTCTATGGAACTCTATGATTTCAGGCTATATTGC 887
Query 848 CAACAATATGAAATTTGAGGCATTGGTTCTGTTCAATGAGATGAGGAATGAAACCTGGGA 907
|||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 888 TAACAATATGAAAATGGAGGCATTGGTTCTTTTCAATGAGATGAGGAATGAAACCCGGGA 947
Query 908 AGATTCTCGTACGCTGGCAGCTGTTATAAATGCTTGCATTGGTTTGGGCTTCCTAGAGAC 967
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 948 AGATTCTCGTACGCTGGCAGCGGTTATAAATGCTTGCATCGGTTTGGGCTTCCTAGAGAC 1007
Query 968 TGGTAAACAAATGCATTGTCATGCTTGTAAATTTGGGTTAGTTGACGACATTGTTGTAGC 1027
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||
Sbjct 1008 TGGTAAACAAATGCATTGTCATGCTTGTAAATTTGGGTTAATTGATGACATTGTTGTAGC 1067
Query 1028 TAGCACTTTGCTTGATATGTACTCCAAGTGTGGAAGCCCAATGGAAGCTTGCAAACTTTT 1087
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1068 TAGCACTTTGCTTGACATGTACTCCAAGTGTGGAAGCCCAATGGAAGCTTGCAAACTTTT 1127
Query 1088 CAGTGAGGTCGAGTCCTATGACACAATCTTACTGAACAGTATGATTAAGGTATATTTCAG 1147
|||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1128 CAGTGAGGTCGAATCCTATGACACTATCTTACTTAACAGTATGATCAAGGTATATTTCAG 1187
Query 1148 CTGCGGAAGAATCGATGATGCAAAACGGGTATTTGAGAGAATTGAAAATAAGAGCTTGAT 1207
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1188 CTGCGGAAGAATCGATGATGCAAAACGGGTATTTGAGAGAATTGAAAATAAGAGCTTGAT 1247
Query 1208 TTCTTGGAACTCAATGACTAACGGATTCAGTCAAAATGGTTGTCCAGTTGAAACTTTAGA 1267
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||
Sbjct 1248 TTCTTGGAACTCAATGACTAACGGATTCAGTCAAAATGGTTGTACTGTTGAAACTTTAGA 1307
Query 1268 GTATTTC-AGTCAAATGCACAAGCTGGATTTGCCGACAGATGAGGTTAGCCTCTCTAGTG 1326
||||||| | ||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1308 GTATTTCCA-TCAGATGCATAAGCTGGATTTGCCTACAGATGAGGTTAGCCTCTCTAGTG 1366
Query 1327 TCATTAGTGCGTGTGCAAGCATTTCTTCTCTTGGACTCGGTGAGCAGGTTTTTGCGAGGG 1386
||||||||||||||||||| || |||||||| | |||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1367 TCATTAGTGCGTGTGCAAGTATATCTTCTCTCGAACTCGGTGAGCAAGTTTTTGCGAGGG 1426
Query 1387 CAACTATTGTTGGTCTTGACTCTGATCAAATAGTATCATCCTCTCTCATTGATCTATACT 1446
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 1427 CAACTATTGTTGGTCTTGACTCTGATCAAGTAGTATCATCTTCTCTCATTGATCTCTACT 1486
Query 1447 GCAAGTGTGGGTCCGTCGAGAATGGCAGGAGAGTATTTGACACAATG-TTAAAATCAGAT 1505
|||||||||| | ||| ||| |||||||||||||||| || |||||| ||||| ||||||
Sbjct 1487 GCAAGTGTGGATTCGTTGAGCATGGCAGGAGAGTATTCGATACAATGGTTAAA-TCAGAT 1545
Query 1506 GAAGTACCATGGAACTCAATGATATCAGGTTATGCTACGAATGGTCATGGATTTGAAGCA 1565
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1546 GAAGTACCATGGAACTCAATGATATCAGGTTATGCTACGAATGGTCAAGGATTTGAAGCG 1605
Query 1566 ATTGATTTGTTCAAGAAAATGAGTGTTGCTGGTATAAGACCCACTCAGATCACCTTTATG 1625
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 1606 ATTGACTTGTTCAAGAAAATGAGTGTTGCTGGTATAAGACCTACTCAGATCACTTTTATG 1665
Query 1626 GTTGTTCTAACAGCATGCAATTACTGTGGTTTAGTCGAAGAAGGAAGGTTATTGTTTGAG 1685
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||
Sbjct 1666 GTTGTTCTAACAGCATGCAATTACTGTGGTTTAGTCGAAGAGGGACGAAAATTGTTTGAG 1725
Query 1686 GCAATGAAG-TTGGATCATGGTTTTGTTCCAGATAAAGAGCATTTTTCATGCATGGTTGA 1744
|||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1726 TCAATGAAGGTTG-ATCATGGTTTTGTTCCAGATAAAGAGCATTTTTCATGTATGGTTGA 1784
Query 1745 CCTTTTGGCTCGTGCTGGTTATGTGGAAGAAGCTATAGATCTTGTAGAAGAGATGCCTTT 1804
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1785 TCTTTTGGCTCGTGCTGGTTATGTGGAAGAAGCTATAAATCTTGTAGAAGAGATGCCTTT 1844
Query 1805 CGATGCGGATGCTAGCATGTGGTCATCTGTTCTAAGAGGATGTGTAGCAAATGGATATAA 1864
||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1845 CGATGTGGATGGAAGCATGTGGTCATCTATTCTAAGAGGATGTGTAGCAAATGGATATAA 1904
Query 1865 AGCCATGGGAAAGAAAGTTGCTGAGAAGATTATAGAGCTTGAACCTGACAACTCAGTTGC 1924
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1905 AGCCATGGGAAAGAAAGCTGCTGAGAAGATTATAGAGCTTGAACCTGAGAACTCAGTTGC 1964
Query 1925 TTATGTGCAGTTGTCCGCCATATTCGCAACCTCTGGAGATTGGGAAAGCTCGGCGCTTGT 1984
|||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1965 TTATGTGCAGTTGTCCGCTATATTCGCAACCTCGGGAGATTGGGAAAGCTCGGCGCTTGT 2024
Query 1985 AAGAAAACTGATGAGAGAAAACAATGTGACAAAGAATCCAGGTTCTAGTTGGGCTGATTG 2044
||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2025 AAGAAAACTGATGAGGGAGAACAATGTGACAAAGAATCCAGGTTCTAGTTGGACTGATTG 2084
Query 2045 TTGA 2048
||||
Sbjct 2085 TTGA 2088
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 102509512890
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5