BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg927120
Length=1502
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G77220.1 | Symbols: | Protein of unknown function (DUF300) ... 2490 0.0
> AT1G77220.1 | Symbols: | Protein of unknown function (DUF300)
| chr1:29012717-29015803 FORWARD LENGTH=2025
Length=2025
Score = 2490 bits (1348), Expect = 0.0
Identities = 1453/1504 (97%), Gaps = 5/1504 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TTGCTTCTTGTT-TTTGCTGGTTCTAAATGGAGTGGAGGGGAATCCTCTGCTCGCTGCTT 59
|||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 271 TTGCTTCTTGTTGTTTGCTGTTTCTTAATGGAGTGGAGGGGAATCCTCTGCTCGTTGCTT 330
Query 60 TTTATTATATCTGCGGGAGAGTCGTCAAGTAGATTCGGGATAATGTGGCATCCTAACCTT 119
|||||| | || | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 331 TTTATTGTTTCCGTGGGAGAGTCGTCAAGTAGATTTGGGATAATGTGGCATCCTAATCTT 390
Query 120 GGTGTTGATTCTGGACAATACTTGACTTGGCCAATCTTAAGTGCCAGTGTATTCGTGGTT 179
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 391 GGTGTTGATTCTGGACAATACTTGACTTGGCCAATCTTAAGTGCTAGTGTATTCGTGGTT 450
Query 180 ATTGCCATCCTCCTCCCCATGTATCTTATCTTCGAGCACTTAGCTTCTTATAATCAACCA 239
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 451 ATTGCCATCCTCCTCCCCATGTATCTTATCTTTGAGCACTTAGCTTCTTATAATCAACCA 510
Query 240 GAGGAACAGAAGTTCCTTATTGGACTTATTCTGATGGTTCCTGTTTATGCCGTGGAATCG 299
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 511 GAGGAACAGAAGTTTCTTATTGGACTTATTCTGATGGTTCCTGTTTATGCCGTGGAATCG 570
Query 300 TTTTTGTCTTTGGTGAATTCGGAAGCAGCTTTCAACTGTGAGGTGATTCGAGACTGTTAT 359
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||
Sbjct 571 TTTTTGTCTTTGGTGAATTCAGAAGCAGCTTTCAACTGCGAGGTGATTAGAGATTGTTAT 630
Query 360 GAAGCTTTTGCACTCTATTGTTTCGAGAGATATTTGATAGCTTGCCTAGATGGAGAAGAA 419
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 631 GAAGCTTTTGCACTCTATTGTTTCGAGAGATATTTGATAGCTTGCCTAGATGGAGAAGAA 690
Query 420 CGTACAATTGAATACATGGAACAGCAGACAGTTATCACCCAGAGCACTCCTCTTCTAGAA 479
||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 691 CGTACAATTGAATTCATGGAACAACAGACAGTTATCACCCAGAGTACTCCTCTTCTAGAA 750
Query 480 GGCACATGTTCTTATGGAGTTGTAGAGCATCCCTTTCCAATGAACTGCTTCCTAAAAGAT 539
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 751 GGCACATGTTCTTATGGGGTTGTAGAGCATCCCTTTCCAATGAACTGCTTCGTAAAAGAT 810
Query 540 TGGAGTCTTGGTCCTGAGTTTTATCACGCTGTGAAAATTGGCATCGTTCAATATATGATA 599
||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 811 TGGAGTCTTGGTCCTCAGTTTTATCATGCTGTGAAAATTGGCATCGTTCAATATATGATA 870
Query 600 CTGAAAATGATTTGTGCTCTATTAGCAATGATCCTCGAAGCCTTTGGGGTTTATGGAGAA 659
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 871 CTGAAAATGATTTGTGCTCTGTTAGCAATGATCCTCGAAGCCTTTGGGGTTTATGGAGAA 930
Query 660 GGGAAATTCGCATGGAATTATGGATATCCATATCTGGCTGTAGTGCTCAATTTCAGTCAA 719
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 931 GGGAAGTTCGCATGGAATTATGGATATCCATATCTGGCTGTAGTGCTCAATTTCAGTCAA 990
Query 720 ACATGGGCATTGTATTGCCTTGTACAGTTCTATAATGTCATCAAAGATAAGCTAGCACCC 779
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 991 ACATGGGCATTGTATTGCCTTGTACAGTTCTATAATGTCATCAAAGATAAGCTAGCACCC 1050
Query 780 ATTAAACCACTGGCCAAGTTTCTAACATTTAAGTCTATTGTGTTCCTCACCTGGTGGCAA 839
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1051 ATAAAACCACTGGCCAAGTTTCTAACATTTAAGTCTATTGTATTCCTCACCTGGTGGCAA 1110
Query 840 GGTATTATCGTTGCATTCCTCTTCTCTATGGGACTCTTCAAAGGGTCTCTGGCTAAGGAA 899
|||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1111 GGTATTATTGTTGCGTTCCTCTTCTCTATGGGACTCGTCAAAGGGTCTTTGGCTAAGGAA 1170
Query 900 CTGAAAACGCGAATACAAGACTACATCATCTGTATCGAAATGGGCATTGCTGCTGTGGTC 959
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 1171 CTGAAAACGCGAATACAAGACTACATCATCTGTATCGAAATGGGTATTGCTGCTGTTGTC 1230
Query 960 CATCTCTATGTGTTTCCAGCAGCGCCTTACAAGCGTGGAGAAAGATGTGTTCGTAATGTA 1019
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1231 CATCTCTATGTGTTTCCAGCAGCGCCTTACAAGCGTGGAGAAAGATGTGTTCGTAATGTA 1290
Query 1020 GCAGTCATGTCAGATTATGCCTCTTTAGATGTACCACCTGATCCAGAAGAGGTTAAAGAT 1079
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1291 GCAGTCATGTCAGATTATGCCTCTATAGATGTACCACCTGATCCAGAAGAGGTTAAAGAT 1350
Query 1080 AGTGAACGAACAACTAGAACGCGGTATGGTAGACATGACGAGAGAGAAAAACGCTTGAAT 1139
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 1351 AGTGAACGAACAACTAGAACGCGGTATGGTAGACATGACGATAGAGAGAAACGCTTGAAT 1410
Query 1140 TTCCCACAAAGTGTCCGTGATGTTGTGCTTGGGAGTGGTGAAATTATTGTGGATGACATG 1199
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1411 TTCCCACAAAGTGTCCGTGATGTTGTGCTTGGGAGTGGTGAAATCATTGTGGATGACATG 1470
Query 1200 AGATTCACAGTTTCGCATGTGGTGGAACCGGTTGAAAGAGGAATAGCGAAAATAAACAAA 1259
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1471 AGATTCACAGTTTCACATGTGGTGGAACCGGTTGAAAGAGGAATAGCGAAAATAAACAGA 1530
Query 1260 ACATTCCATCAGATATCTGAAAATGTGAAAAGATTTGAGCAGCAGAAGAAAACAACAAAG 1319
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1531 ACATTCCATCAGATATCTGAAAATGTGAAAAGATTTGAGCAGCAGAAGAAAACAACAAAG 1590
Query 1320 GATGATTCATATGTGATTCCGCTGAATCCATGGACGAAAGAATTCTCAGA-GATTCATGA 1378
||||||||||||||||| || ||||||| |||| |||||||||||||||| | |||||||
Sbjct 1591 GATGATTCATATGTGATACCACTGAATCAATGGGCGAAAGAATTCTCAGATG-TTCATGA 1649
Query 1379 AAACCTCTATGATGGAGGGAGTGTGAGCGACAGCGGTTTGGGAAGCTCAAAGCGGCATCA 1438
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||
Sbjct 1650 AAACCTCTATGATGGAGGGAGTGTGAGCGACAGCGGTTTGGGAAGCACAAATCGGCATCA 1709
Query 1439 CCAGTCTAGAGTCTCGGGATTGTGGACTAGAATGCGAAGGTAA-AAAA-CAAATGGTGGT 1496
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||
Sbjct 1710 CCAGTCTAGAGTCTCGGGATTGTGGACTAGAATGCGAAGGTAAGAAAAACAAAAGGTGGT 1769
Query 1497 GCAA 1500
||||
Sbjct 1770 GCAA 1773
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 74096004420
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5