BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg927231
Length=2094
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G78240.1 | Symbols: TSD2, QUA2, OSU1 | S-adenosyl-L-methioni... 3450 0.0
> AT1G78240.1 | Symbols: TSD2, QUA2, OSU1 | S-adenosyl-L-methionine-dependent
methyltransferases superfamily protein | chr1:29432829-29436484
REVERSE LENGTH=2760
Length=2760
Score = 3450 bits (1868), Expect = 0.0
Identities = 2016/2087 (97%), Gaps = 12/2087 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 15 CAACAAAAATGTCAATGCCACTACAACGTGGCATATCTGGAGTACGAGTTTCTGATAGCA 74
||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 355 CAA-AAAAATGTCAATGCCACTACAACGTGGCATCTCTGGAGTACGAGTTTCTGATAGCA 413
Query 75 GTGATGATTTGAGTGACTCTCAAATGAAAGACAAAACTGAAAGACCTCGTTCTTCTGATA 134
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |
Sbjct 414 GTGATGATTTGAGAGACTCTCAAATGAAAGACAAAACTGAAAGAGCTCGTTCTACTGAGA 473
Query 135 AC--C-ACTTAACCTTAAGGTTTCCTTTTGGTTTCCTCTTTAGTAATCAATCTTCTTCCA 191
|| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 474 ACAACAACTTAACCTTAAGGTTTCCTTTTGGTTTCCTCTTTAGTAATCAATCTTCTTCCA 533
Query 192 AGCACGGTGGTGCCGGCGAAAATGGTTTTTCTGCTGATCCATATAGTGCAAGAAGCAGGC 251
| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 534 AACACGGTGGTGGTGGCGAAAACGGTTTTTCTGCTGATCCATATAGTGCAAGAAGCAGGC 593
Query 252 ACAGATTGATGCTT-ATGTTTCTTAAGATCAGTTTGGTTCTTATTGTGGTTATTGCT-TT 309
| ||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 594 ATAGATTGATG-TTGTTGTTTCTCAAGATCAGTTTGGTTCTTATTGTGGTTATTGCTCTT 652
Query 310 AGCTGGATCTTTCTGGTGGACCATTTCCATTTCGACTTCTTCGAGAGGTCATGTATATCA 369
||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 653 -GCTGGTTCTTTCTGGTGGACTATTTCCATTTCGACTTCTTCCAGAGGTCATGTATATCA 711
Query 370 CAATTATAGGAGATTACAGGAGCAGCTTGTTTCTGACTTGTGGGATATTGGGGAGATTTC 429
|||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 712 CAATTATAGGAGGTTACAGGAGCAGCTTGTTTCAGACTTATGGGATATTGGGGAGATTTC 771
Query 430 TCTTGGTCCTAATAGGTGGAAGGAGCTCGAATATTGTAATATAGAGTCTGAGAATTTTGT 489
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 772 TCTTGGTCCTAATAGGTGGAAGGAGCTTGAATATTGTAATATAGAATCTGAGAATTTTGT 831
Query 490 TCCTTGCTTTAATGTTTCTGAGAATCTTGCTCTGGGTTACTCCAATGGTGATGAAAATAA 549
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 832 CCCTTGCTTTAATGTTTCTGAGAATCTTGCTCTGGGTTACTCCAATGGTGATGAAAATGA 891
Query 550 TCGGTTTTGTGGGCCTGGATCAAAGCAAGAATGTTTAGTGTTACCACCGGTGAAATATCG 609
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||
Sbjct 892 TCGGTTTTGTGGGCCTGGATCAAAGCAAGAATGTTTAGAGTTGCCACCGGTGAAATATCG 951
Query 610 AGTTCCTCTTAGGTGGCCGACTGGTAAAGATATCATCTGGTATTCTAATGTTAAGATTAC 669
||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 952 AGTCCCTCTTAGGTGGCCGACTGGTAAAGATATAATCTGGCATTCTAATGTTAAGATTAC 1011
Query 670 TGCTCAAGAAGTTGTGTCTTCTGGTAGCATAACCAAGAGGATGATGATGATGGAAGACGA 729
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1012 TGCTCAAGAAGTTGTGTCTTCTGGTAGCATAACCAAGAGGATGATGATGATGGAAGATGA 1071
Query 730 TCAGATATCTTTCCGGTCAGCATCTCCTATGTCTGATGAGGTTGAAGACTATTCCCATCA 789
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1072 TCAGATATCTTTCAGGTCAGCATCTCCTATGTCTGATGAGGTTGAAGACTATTCCCATCA 1131
Query 790 GATCGCTGAAATGATTGGGATTAAGAAGGATAACTTCATAGAAGCTGGTGTGAGAACTAT 849
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1132 GATCGCTGAAATGATCGGGATTAAGAAGGATAACTTCATAGAAGCTGGTGTGAGAACTAT 1191
Query 850 CTTGGATATTGGATGTGGTTATGGTAGCTTTGGGGCACATCTATTGTCCAAACAGATTTT 909
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1192 CTTGGATATTGGATGTGGTTATGGTAGCTTTGGGGCACATCTATTGTCCAAACAGATTTT 1251
Query 910 AACCATGTGCATAGCAAACTACGAAGCCTCGGGTAGCCAAGTTCAGCTAACACTCGAAAG 969
||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1252 AACTATGTGCATAGCAAACTACGAAGCTTCGGGTAGCCAAGTTCAGCTAACACTCGAAAG 1311
Query 970 GGGTCTCCCTGCAATGATTGGCTCTTTTATATCAAAGCAATTGCCATATCCTTCCCTGTC 1029
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 1312 GGGTCTTCCTGCAATGATTGGCTCTTTTATATCAAAGCAATTGCCATATCCTTCTCTTTC 1371
Query 1030 CTTTGATATGTTGCATTGCTTAAGATGTGGCATTGATTGGGACCAGAAAGATGGGCTTCT 1089
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1372 CTTTGATATGTTGCATTGCTTAAGATGTGGCATTGATTGGGACCAGAAAGATGGGCTTCT 1431
Query 1090 CCTTGTAGAAATTGACAGGGTTCTCAAACCCGGTGGTTACTTTGTATGGACATCTCCGCT 1149
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1432 CCTTGTAGAAATTGACAGGGTTCTCAAGCCCGGTGGTTACTTTGTATGGACATCTCCGCT 1491
Query 1150 CACAAACCCTCGTAACAAGGATCATCTTAAAAGATGGAACTTTGTTCATGATTTTGCTGA 1209
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1492 CACAAACCCTCGTAACAAGGATCATCTTAAAAGATGGAACTTTGTTCATGATTTTGCTGA 1551
Query 1210 AAGCATCTGTTGGACTCTTTTAAATCAGCAAGACGAGACAGTTGTCTGGAAAAAGACTAT 1269
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1552 AAGCATCTGTTGGACTCTTTTAAATCAGCAAGATGAGACAGTTGTCTGGAAAAAGACTAT 1611
Query 1270 CAACACCAAATGTTATAGTTCCCGGAAACCTGGAGTGGGCCCTTCTGTGTGTACCAAAGG 1329
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1612 CAACACCAAATGTTATAGTTCCCGGAAACCTGGAGTGGGCCCTTCTGTGTGTACCAAAGG 1671
Query 1330 ACACGATGTCGAGTCTCCATATTACAGGCCTCTTCAGATGTGTATTGGTGGAACACGTAG 1389
|||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1672 GCACGATGTTGAGTCTCCTTATTACAGGCCGCTTCAGATGTGTATAGGTGGAACACGTAG 1731
Query 1390 CCGGAGGTGGATTCCCATTGAAGGCAGGACAAGATGGCCTAGCCGGTCTAACATGAACAA 1449
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1732 CCGGAGGTGGATTCCCATTGAAGGCAGGACAAGATGGCCTAGCCGGTCTAACATGAACAA 1791
Query 1450 GACTGAACTTTCATTATATGGTCTTCACCCCGAGGTGCTTGGAGAGGATGCTGAGAACTG 1509
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1792 GACTGAACTTTCATTATATGGTCTTCACCCCGAGGTGCTTGGAGAGGATGCTGAGAACTG 1851
Query 1510 GAAGATAACTGTGAGAGAATACTGGTCTCTCTTGTCTCCTCTGATATTCTCTGATCATCC 1569
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1852 GAAGATAACAGTGAGAGAATACTGGTCTCTCTTGTCTCCTCTGATATTCTCTGATCATCC 1911
Query 1570 AAAGAGACCCGGCGATGAAGATCCATCACCGCCTTATAACATGCTCAGAAACGTATTGGA 1629
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1912 AAAAAGACCCGGCGATGAAGATCCATCACCGCCTTATAACATGCTCAGAAACGTACTGGA 1971
Query 1630 TATGAATGCTCAATTCGGTGGTCTCAATTCCGCCTTGTTGGAAGCAAGGAAATCAGTCTG 1689
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1972 TATGAATGCTCAATTCGGTGGTCTCAATTCCGCCTTGTTGGAAGCAAGAAAATCAGTCTG 2031
Query 1690 GGTCATGAATGTGGTCCCTACAGCTGGACCTAACCACCTCCCCATGATCCTTGACCGTGG 1749
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2032 GGTCATGAATGTGGTCCCTACAGCTGGACCTAACCACCTCCCCATGATACTTGACCGTGG 2091
Query 1750 CTTTGTCGGAGTTTTGCATGACTGGTGTGAACCATTCCCGACTTACCCGAGAACATATGA 1809
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2092 CTTTGTCGGAGTTTTGCACAACTGGTGTGAACCATTCCCGACTTACCCGAGAACATATGA 2151
Query 1810 CCTGGTACATGCAGACAATCTCTTGTCACTTCAGACAAGCCAGCGCCGAAAATCATGTCA 1869
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||| ||||||
Sbjct 2152 CCTGGTACATGCAGACAATCTCTTGTCGCTTCAGACAAGTCAGCCCCGAAAAACATGTCT 2211
Query 1870 ACTTATTGATATATTCACAGAGATTGACCGATTGCTTCGTCCAGAGGGATGGGTGATAAT 1929
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2212 ACTTATTGATATATTCACAGAGATTGACCGATTGCTTCGTCCAGAGGGATGGGTGATAAT 2271
Query 1930 CCGTGACACGGTGCAGCTGGTGGAAA-GCGCGAGAGCGTC-AGTAACGCAGTTGAAGTGG 1987
||||||||||| ||||||||||||| | ||||||| | | | |||||||||||||||||
Sbjct 2272 CCGTGACACGGCACAGCTGGTGGAAAAG-GCGAGAGAGACGA-TAACGCAGTTGAAGTGG 2329
Query 1988 GAGGCTCGAGTAATAGAGGTTGAAAGCAGCAGTGAACAAAGACTTCTCATCTGCCAAAAA 2047
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2330 GAAGCTCGAGTAATAGAGGTTGAAAGCAGCAGTGAACAAAGACTTCTCATCTGCCAAAAA 2389
Query 2048 CCATTCACCAAGCGACAATCAATCTGAAGAAGAAGAAGAACATAGAC 2094
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2390 CCATTCACCAAGCGACAATCAATCTGAAGAAGAAGAAGAACATAGAC 2436
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 103814727060
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5