BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg927376
Length=3029
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G79560.1 | Symbols: EMB156, EMB36, EMB1047, FTSH12 | FTSH pr... 3893 0.0
> AT1G79560.1 | Symbols: EMB156, EMB36, EMB1047, FTSH12 | FTSH
protease 12 | chr1:29926794-29932585 FORWARD LENGTH=3486
Length=3486
Score = 3893 bits (2108), Expect = 0.0
Identities = 2302/2394 (96%), Gaps = 20/2394 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 24 CATGGAGATAGCAATTTCGTATAAGCCGAATCCGCTTATCTCTTCGTCGACTCAATTGTT 83
||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 182 CATGGAGATTGCAATTTCGTATAAACCGAATCCGCTTATCTCTTCATCGACTCAGTTGTT 241
Query 84 GAAAAGA-CATGAAAGTTCTGGTCTTGTTCTGTTTCCCGCCAAGTATGGACTGGGAGCTA 142
||||||| || |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 242 GAAAAGATCA-AAAAGTTTTGGTCTTGTTCGGTTTCCCGCCAAGTATGGACTGGGAGCTA 300
Query 143 CCCGGAAAAAACAGCTCTTTCGAGTCTACGCGTCTGAAAGTAGTAGTGGGTCTTCATCTA 202
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 CCCGGAAAAAACAGCTCTTTCGAGTCTATGCGTCTGAAAGTAGTAGTGGGTCTTCATCTA 360
Query 203 ATAACGATGGAGGCTTTTCGTGGGTGAGATTGGCGCAGTCTCTTCGCGTTGGTGCGGAGC 262
||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||| ||||
Sbjct 361 ATAGCGATGGAGGCTTTTCGTGGGTGAGATTGGCTCAGTCTATTCGCCTTGGTGCCGAGC 420
Query 263 GGATTGGGGAGAAGATTGGAGAGTCTGTGAAGA-AGGAAATTGGGTTTGACTCGGAAGAA 321
|||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 GGATTGGGGAGAAGATTGGAGAATCTGTGAAGACA-GAAATTGGGTTTGACTCGGAAGAA 479
Query 322 GCAAGTGCGAGAGTGGGTGAGTATGTGGGTCGAGTTAAGGATAGTGTGCACAA--G---T 376
||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 480 GCAAGTGGGAGAGTGAATGAGTATGTGGCTCGAGTTAAGGATAGTGTGCACAAGGGCCAT 539
Query 377 -------TGAATCGCTTTAAGACTGAGACAGTGCCTTCCTTTATTGATTGGAACAAGTGG 429
||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 540 CACGAGCTGACTCGCTTTAAGAATGAGACAGTGCCTTCGTTTATTGATTGGAACAAGTGG 599
Query 430 GAGCATTGGAAGGACATTAGGAATTGGGACGGTAAACGACTTGCTGCCTTAG-TCATATA 488
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||
Sbjct 600 GAGCATTGGAAGGACATCAGGAATTGGGACGGTAAACGAGTTGCTGCCTT-GTTCATATA 658
Query 489 TGCTTTTGCGCTGTTA-TTCTCTTGTCAAAGAGTTTATGTTGCCATCCAAGCTCCTCGAG 547
|||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 659 TGCTTTTGCGCTGTTACTT-TCTTGTCAAAGAGTTTATGTTGCCATCCAAGCTCCTCGGG 717
Query 548 TGGAACGAGAGAGAAGAGAGTTAACAGAGTCTTTTATGGAGGCTTTGATCCCCGAGCCAT 607
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 718 TAGAACGAGAGAGAAGAGAGTTAACAGAGTCTTTTATGGAGGCTTTGATCCCCGAGCCAT 777
Query 608 CTCCTGGCAATATAGAAAAGTTTAAGAGAAATATGTGGAGGAAAACAACACCTAAAGGCT 667
||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 778 CTCCTGGAAATATAGAAAAGTTCAAGAGAAATATGTGGAGGAAAGCAACACCTAAAGGCT 837
Query 668 TGAAACTAAAAAGGTTCATTGAAGCGCCTGATGGAACACTTGTCCACGATAGTTCTTATG 727
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 838 TGAAATTAAAAAGGTTCATTGAAGCGCCTGATGGAACACTTGTCCACGATAGTTCTTATG 897
Query 728 TTGGAGAAAATGCGTGGGATGAGGATCTAGAGACCACGGAGGGATCTCTCAAGAAAATAA 787
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 898 TTGGAGAAAATGCGTGGGATGACGATCTAGAGACCACAGAGGGATCTCTCAAGAAAATAA 957
Query 788 TTGATAAAAATGCTAGGATTCAGACAGAGGCAAAGAAGAAACTAAGCCAAGATCTTGGTG 847
||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 958 TTGGTAGAAATGCTAGGATTCAGACAGAGGCAAAGAAGAAACTAAGCCAAGATCTGGGTG 1017
Query 848 TCTCTGGTGAAATTGAAGACAGTGTAGGTACTTGGCGGGAAAGGCTTGCAACCTGGAAGG 907
||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1018 TCTCTGGTGAAATTGGAGACAGTGTAGGTAATTGGCGGGAAAGGCTTGCAACCTGGAAGG 1077
Query 908 AAATGTTAGAACGAGAAAAAATATCAGAACAGTTAAACTCCTCAACGGCAAAGTATGTTG 967
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |
Sbjct 1078 AAATGTTAGAACGAGAAAAATTATCAGAACAGTTAAACTCCTCAGCGGCGAAGTATGTGG 1137
Query 968 TTGAATTTGATATGAAAGAGGTAGAGAAAAGTCTTCGCAAAGATGTTATTGAAAGGACAT 1027
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||
Sbjct 1138 TTGAATTTGATATGAAAGAGGTAGAGAAAAGTCTTCGCGAAGATGTTATTGGAAGGACAT 1197
Query 1028 CTGAAACTGAGGGAACTAGAGCTCTCTGGATATCAAAGAGATGGTGGCGATATCGCCCTA 1087
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1198 CTGAAACTGAGGGAACTAGAGCTCTCTGGATATCAAAGAGATGGTGGCGATATCGCCCTA 1257
Query 1088 AGCTTCCCTATACCTACTTCCTTCAGAAGCTTGATTCTTCTGAGGTTGCAGCTGTTGTCT 1147
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1258 AGCTTCCCTATACCTACTTCCTTCAGAAGCTTGATTCTTCTGAGGTTGCAGCTGTTGTTT 1317
Query 1148 TCACGGAAGACCTAAAGAGATTGTATGTGACCATGAAAGAAGGCTTCCCTCTAGAATATA 1207
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1318 TCACGGAAGACCTAAAGAGATTGTATGTGACCATGAAAGAAGGTTTCCCTCTAGAATATA 1377
Query 1208 TTGTTGACATTCCCTTAGATCCTTACTTGTTTGAGACTATTTGCAATGCCGGAGTTGAGG 1267
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1378 TTGTTGACATTCCCTTAGATCCTTACTTGTTTGAGACTATTTGCAACGCCGGAGTTGAGG 1437
Query 1268 TGGATCTTCTTCAAAAGAGGCAGATCCACTACTTCATGAAAGTGTTCATTGCACTTCTGC 1327
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1438 TGGATCTTCTTCAGAAGAGGCAGATCCACTACTTCATGAAAGTTTTCATTGCACTTCTGC 1497
Query 1328 CGGGGATACTAATTTTATGGTTTATAAGAGAATCTGCCATGCTTCTCCTCATCACATCCA 1387
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1498 CGGGGATACTAATTTTATGGTTTATAAGAGAATCTGCCATGCTTCTCCTTATCACATCCA 1557
Query 1388 AGCGCTTTCTCTACAAGAAGTATAATCAGCTGTTTGATATGGCTTATGCAGAAAATTTTA 1447
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1558 AGCGCTTTCTCTACAAGAAGTATAATCAGCTGTTTGATATGGCTTATGCAGAAAATTTTA 1617
Query 1448 TATTGCCGGTTGGAGATGTCAGTGAGACAAAATCAATGTATAAGGAAGTGGTACTAGGTG 1507
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1618 TATTGCCGGTTGGAGATGTCAGTGAGACAAAATCAATGTATAAGGAAGTGGTACTAGGCG 1677
Query 1508 GTGATGTTTGGGATCTTCTTGATGAGCTAATGATCTACATGGGAAACCCAATGCAATACT 1567
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1678 GTGATGTCTGGGATCTTCTTGATGAGCTAATGATCTACATGGGGAACCCAATGCAATACT 1737
Query 1568 ATGAAAAAGATGTGGCTTTTGTCAGGGGTGTGCTTCTTTCTGGACCTCCTGGAACTGGAA 1627
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1738 ATGAAAAAGATGTGGCTTTTGTCAGGGGTGTGCTTCTTTCTGGACCTCCTGGAACTGGAA 1797
Query 1628 AAACACTTTTTGCGCGAACACTTGCAAAGGAAAGTGGGCTACCATTTGTGTTTGCATCTG 1687
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1798 AAACACTTTTTGCGCGAACACTTGCAAAGGAAAGTGGGCTACCATTTGTGTTTGCATCTG 1857
Query 1688 GTGCGGAGTTCACAGACAGTGAAAAAAGTGGTGCTGCAAAGATCAATGAGATGTTTTCAA 1747
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1858 GTGCGGAGTTCACAGACAGTGAAAAAAGTGGTGCTGCAAAGATCAATGAGATGTTTTCAA 1917
Query 1748 TCGCGAGACGAAATGCACCTGCTTTTGTGTTTGTGGATGAAATAGATGCTATTGCTGGTA 1807
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1918 TCGCGAGACGAAATGCCCCTGCTTTTGTGTTTGTGGATGAAATAGATGCTATTGCTGGTA 1977
Query 1808 GACATGCTAGAAAAGATCCGCGAAGAAGAGCAACTTTTGAAGCTTTAATTGCGCAGCTCG 1867
||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1978 GACATGCTAGAAAAGATCCACGGAGAAGAGCAACTTTTGAAGCTTTAATTGCGCAACTCG 2037
Query 1868 ACGGGGAGAAGGAGAAGACAGGTATCGATAGGTTTTCTTTGAGACAAGCTGTGATATTTA 1927
| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2038 ATGGGGAGAAAGAGAAGACAGGTATCGATAGGTTTTCTTTGAGACAAGCTGTGATATTTA 2097
Query 1928 TCTGTGCTACCAATAGGCCTGATGAACTCGACCTTGAGTTTGTCCGTTCTGGACGTATTG 1987
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2098 TCTGTGCTACCAATAGACCTGATGAACTCGACCTTGAGTTTGTCCGTTCTGGCCGTATTG 2157
Query 1988 ACCGTCGCCTGTATATTGGTTTGCCTGATGCAAAACAAAGGGTGCAAATATTTGGTGTTC 2047
||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2158 ACCGTCGGCTGTATATTGGGTTGCCTGATGCAAAGCAAAGGGTGCAAATATTTGGAGTTC 2217
Query 2048 ACAGTGCCGGGAAGAACCTTGCAGAAGATATAGACTTCGGAAAGCTTGTTTTTCGTACGG 2107
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||
Sbjct 2218 ACAGTGCTGGGAAGAACCTTGCAGAAGATATAGACTTTGGGAAGCTTGTTTTTCGAACGG 2277
Query 2108 TTGGCTTTTCCGGGGCAGATATCCGGAATCTTGTTAACGAAGCAGCTATAATGTCGGTAA 2167
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2278 TTGGCTTTTCCGGGGCAGATATCCGGAATCTTGTTAACGAAGCGGCTATAATGTCGGTAA 2337
Query 2168 GGAAGGGACGTTCTTACATATATCAACAAGACATTGTTGATGTGTTAGATAAACAATTGC 2227
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2338 GGAAGGGACGTTCTTACATATATCAACAAGACATTGTTGATGTGTTAGATAAACAATTGC 2397
Query 2228 TCGAGGGTATGGGTGTGCTTCTTACAGAGGAAGAGCAACAAAAATGTGAACAAAGTGTAT 2287
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2398 TCGAGGGTATGGGTGTACTTCTTACAGAGGAAGAGCAACAGAAATGTGAACAAAGTGTAT 2457
Query 2288 CTTACGAAAAGAAGAGACTCCTGGCTGTTCATGAGGCTGGTCATATAGTGTTGGCTCATT 2347
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2458 CTTACGAAAAGAAGAGACTTCTGGCTGTTCATGAGGCTGGTCATATAGTGTTGGCTCATT 2517
Query 2348 TGTTTCCTCGATTTGACTGGCATGCATTTTCGCAGCTCCTTCCTGGTGGAAAGG 2401
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2518 TGTTTCCTCGATTTGACTGGCATGCATTTTCGCAGCTCCTTCCTGGTGGCAAGG 2571
Score = 1050 bits (568), Expect = 0.0
Identities = 606/625 (97%), Gaps = 0/625 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2405 ACATGGTCGACCAAGGTTATACCACGTTTGGTTATATGAAAATGCAAATGGTGGTAGCTC 2464
||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2605 ACATGGTAGACCAAGGGTATACCACGTTTGGTTATATGAAAATGCAAATGGTGGTAGCTC 2664
Query 2465 ATGGTGGACGCTGTGCTGAACGTGTGGTTTTTGGCGACGATGTCACTGATGGAGGAAAAG 2524
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2665 ATGGTGGACGCTGTGCTGAACGTGTGGTTTTTGGCGATAATGTCACTGATGGAGGAAAAG 2724
Query 2525 ATGACCTGGAGAAGATAACAAAAATTGCCAGGGAGATGGTGATTAGCCCCCAAAATGCGA 2584
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||
Sbjct 2725 ATGACCTGGAGAAGATAACAAAAATTGCCAGGGAGATGGTGATTAGCCCTCAAAGTGCGA 2784
Query 2585 GATTAGGTCTCACTCAACTTGTAAAAAAGATTGGAATGGTGGATTTACCAGATAACCCAG 2644
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2785 GATTAGGTCTCACTCAACTTGTAAAAAAGATTGGAATGGTGGATTTACCAGATAACCCAG 2844
Query 2645 ACGGTGAGCTGATAAAATACCGGTGGGACCATCCTCATGTACTGCCAGCAGATATGTCGG 2704
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||
Sbjct 2845 ACGGCGAGCTGATAAAATACCGGTGGGACCATCCTCATGTAATGCCAGCAGAGATGTCGG 2904
Query 2705 TTGAAGTATCCGAGCTATTCACCCGTGAGTTGACAAGGTATATTGAGGAGACTGAAGAAC 2764
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2905 TAGAAGTATCCGAGCTATTCACCCGTGAGTTGACAAGGTATATCGAGGAGACTGAAGAAC 2964
Query 2765 TTGCAATGAATGCTCTGAGAGCAAACAGACACATTCTGGACTTGATCACCAGAGAGTTAT 2824
|||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2965 TTGCGATGAATGCTCTGAGAGCAAACAGGCACATTCTGGACTTAATCACCAGAGAGTTAT 3024
Query 2825 TGGAAAAGTCAAGGATTACTGGATTGGAAGTGGAAGAGAAAATGAAGGATCTTTCTCCGT 2884
| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3025 TAGAAAAATCAAGGATTACTGGATTGGAAGTGGAAGAGAAAATGAAGGATCTTTCTCCGT 3084
Query 2885 TAATGTTTGAGGACTTTGTGAAGCCATTCCAGATAAACCCTGATGATGAGGAACTTTTAC 2944
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3085 TAATGTTTGAGGATTTTGTGAAGCCATTCCAGATAAACCCTGATGATGAGGAGCTTTTAC 3144
Query 2945 CTCACAAGGATCGAGTGAGCTATCAGCCAGTTGATTTACGTGCTGCGCCACTCCACAGAA 3004
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3145 CTCACAAGGATCGAGTGAGCTATCAGCCAGTTGATTTACGTGCTGCGCCACTCCACAGAA 3204
Query 3005 GCTAGAAGCTTTACTCTTCTCCTGT 3029
|||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3205 GCTAGAAGCTTTACTCTTATCCTGT 3229
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 150601162886
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5