BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg927390
Length=2077
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G79640.1 | Symbols: | Protein kinase superfamily protein | ... 3424 0.0
> AT1G79640.1 | Symbols: | Protein kinase superfamily protein
| chr1:29966913-29971599 REVERSE LENGTH=2276
Length=2276
Score = 3424 bits (1854), Expect = 0.0
Identities = 1992/2060 (97%), Gaps = 4/2060 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 18 ACAATGGAGAAGAAGAAGTATCCGATTGGGCCAGAGCATTACT-CTCTCTACGAGGTTAT 76
||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| | ||||||||||| ||||
Sbjct 219 ACAATGGAGAAGAAGAAGTATCCAATTGGACCAGAGCATTA-TACTCTCTACGAGTTTAT 277
Query 77 CGGGCAAGGTGTTAGTGCTCTAGTGCATCGTGCTTTGTGCATTCCGTTCGATGAAGTCGT 136
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 278 TGGACAAGGTGTTAGTGCTCTAGTGCATCGTGCTTTGTGCATTCCGTTTGATGAAGTCGT 337
Query 137 TGCTATTAAGATTCTTGATTTTGAACGCGATAACTGCGATCTGAACAACATCTCTCGTGA 196
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 338 TGCTATTAAGATTCTTGATTTTGAACGCGATAACTGCGATCTGAACAACATCTCTCGTGA 397
Query 197 AGCGCAGACGATGATGCTTGTTGATCATCCCAATGTCTTGAAGTCTCATTGTTCCTTTGT 256
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 398 AGCGCAGACGATGATGCTTGTTGATCATCCCAATGTGTTGAAGTCACATTGTTCCTTTGT 457
Query 257 TAGTGATCACAATTTGTGGGTCATCATGCCATACATGTCTGGTGGTTCTTGTCTTCACAT 316
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 458 TAGTGATCACAATTTGTGGGTCATCATGCCATACATGTCTGGTGGTTCTTGTCTTCACAT 517
Query 317 CCTAAAAGCTGCATATCCTGATGGTTTTGAAGAAGCTATTATAGCTACTATCTTGCGTGA 376
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 518 TCTAAAAGCTGCATATCCTGATGGTTTTGAAGAAGCTATTATAGCTACTATATTGCGTGA 577
Query 377 AGCCTTGAAGGGATTAGACTATCTCCATCAGCATGGCCACATTCATCGCGATGTCAAAGC 436
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 578 AGCTTTGAAGGGATTAGACTATCTCCATCAGCATGGCCACATTCATCGCGATGTCAAAGC 637
Query 437 GGGGAATATTTTGCTTGGTGCTCGAGGTGCAGTCAAGTTGGGAGACTTTGGTGTATCTGC 496
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 638 TGGGAATATATTGCTTGGTGCTCGAGGTGCAGTCAAGTTGGGAGACTTTGGTGTATCTGC 697
Query 497 ATGTCTCTTTGATTCAGGTGATAGGCAACGGACAAGGAACACATTTGTTGGAACACCTTG 556
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 698 CTGTCTCTTTGATTCAGGTGATAGGCAACGGACAAGGAACACATTTGTTGGAACACCTTG 757
Query 557 CTGGATGGCACCTGAAGTCATGGAGCAGCTACATGGTTATGACTTCAAGGCTGATATTTG 616
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 758 CTGGATGGCACCTGAAGTCATGGAGCAGCTACATGGTTATGACTTCAAGGCTGATATTTG 817
Query 617 GTCGTTTGGTATAACTGGGCTAGAGCTTGCTCATGGTCACGCTCCTTTCTCTAAATATCC 676
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 818 GTCGTTTGGTATAACTGGGCTAGAGCTTGCTCATGGTCACGCTCCTTTCTCTAAATATCC 877
Query 677 ACCAATGAAGGTTCTGCTTATGACGTTGCAAAATGCACCACCAGGCCTGGATTACGAAAG 736
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 878 ACCAATGAAGGTTCTGCTTATGACGTTGCAAAATGCACCACCAGGGCTGGATTACGAAAG 937
Query 737 AGATAAGAAGTTTTCCAGGTCTTTCAAGCAGATGATCGCCAGTTGTCTAGTTAAAGACCC 796
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 938 AGATAAGAAGTTTTCCAGGTCTTTCAAGCAGATGATCGCCAGTTGTCTAGTTAAAGACCC 997
Query 797 TTCCAAACGCCCCTCTGCAAAAAAGTTGTTAAAGCATTCCTTTTTCAAGCAAGCAAGATC 856
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 998 TTCCAAACGCCCGTCTGCAAAAAAGTTGTTAAAGCACTCCTTTTTCAAGCAAGCAAGATC 1057
Query 857 AAGCGACTATATTGCACGAAAACTTCTGGATGGGTTACCAGATCTTGTTAATCGTGTTCA 916
|||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1058 AAGCGATTACATTGCACGAAAACTTCTGGATGGGTTACCAGATCTTGTTAATCGTGTTCA 1117
Query 917 GGCAATAAAGAAAAAGGAAGAAGATATGCTTGCACAAGAGAAAATGGCAGATGGAGAAAA 976
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1118 GGCAATAAAGAGAAAGGAAGAAGATATGCTTGCACAAGAGAAAATGGCAGATGGAGAAAA 1177
Query 977 GGAAGAATTGTCCCAGAATGAATATAAGAGAGGTATCAGCGGGTGGAATTTCAATCTCGA 1036
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1178 GGAAGAATTGTCCCAGAATGAATATAAGAGAGGTATCAGCGGGTGGAATTTCAATCTTGA 1237
Query 1037 TGATATGAAAGCCCAGGCTTCATTGATCCAGGACATGGACTGTGGCTTTTCGGACAGTTT 1096
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1238 TGATATGAAAGCCCAGGCTTCATTGATCCAGGACATGGACTGTGGCTTTTCGGACAGTTT 1297
Query 1097 ATCGGGAAGTACAACTTCGTTGCAGGCTCTAGATTCACAGGATACACAATCGGAGACTCA 1156
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1298 ATCGGGAAGTGCAACTTCGTTGCAGGCTCTAGATTCACAGGATACACAATCGGAGATTCA 1357
Query 1157 GGAGGATGTTGGTCAAATAACAAATAAGTATCTCCAACCCCTGATTCACCGAAGTCTAAG 1216
||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1358 GGAGGATACTGGTCAAATAACTAATAAGTATCTCCAACCTCTGATTCACCGAAGTCTAAG 1417
Query 1217 TATCGCGAGGGATAAATCTGATGATGATTCAAGTCTTGCCAGCCCCAGTTATGATAGCTA 1276
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1418 TATCGCGAGGGATAAATCTGATGATGATTCAAGTCTTGCCAGCCCCAGTTATGATAGCTA 1477
Query 1277 CGTATATTCCTCCCCCCGTCATGAGGATCTACCTGTAAACAATACA-ACTGTTGGTAGTA 1335
|||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||| | |||||||||||
Sbjct 1478 CGTATATTCCTCCCCCCGTCATGAGGATTTATCTTTAAACAATACACA-TGTTGGTAGTA 1536
Query 1336 ATCATGCAATCAATGGGAAACCAACGGATTCCACATCAATCCCAACCAATCAACCAACAG 1395
||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1537 CGCATGCAAACAATGGGAAACCAACGGATGCCACATCAATCCCAACCAATCAACCAACAG 1596
Query 1396 AGATTCTAGCAGGGAACTCTGCTTTGGCAGATAGAAATGGTATTCCCAATAAAGGAGAGA 1455
||||| ||||||||| ||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1597 AGATTATAGCAGGGAGCTCTGTTTTGGCAGATGGAAATGGTGCTCCCAATAAAGGAGAGA 1656
Query 1456 GTGATAAAACTCAAGATCATCTTCAAAACGGGTCAAACTGCAATGGGGCACATCCTACAG 1515
|||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1657 GTGATAAAACTCAAGAACAGCTTCAAAACGGGTCAAACTGCAATGGGACACATCCTACAG 1716
Query 1516 TGGGAGGAGATGAAGTACCAACGGAGTTGGCTGTTAAACCACCCAAAGCAGCATCAAGCC 1575
||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1717 TGGGAGGAGATGACGTACCAACGGAGATGGCTGTTAAACCACCCAAAGCAGCATCAAGCC 1776
Query 1576 TAGATGAATCTGATGACAAATCAAAGCCACCAGTTGTGCAGCAAAGAGGGCGTTTTAAAG 1635
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777 TAGATGAATCTGATGACAAATCAAAGCCGCCAGTTGTGCAGCAAAGAGGGCGTTTTAAAG 1836
Query 1636 TAACTTCTGAAAATCTCGATATCGAGAAGGTGGTGGCTCCCTCTCCAATACTGCAAAAGA 1695
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||
Sbjct 1837 TAACTTCTGAAAATCTCGACATCGAGAAGGTGGTGGCGCCTTCGCCAATACTGCAAAAGA 1896
Query 1696 GTCACAGCATGCAGGTGCTCTGCCAACATTCTTCTGCTCCTCTACCTCACTCTGATGTCA 1755
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1897 GTCACAGCATGCAGGTGCTCTGCCAACATTCCTCTGCTTCTCTACCTCACTCTGATGTCA 1956
Query 1756 CATTACCAAACCTAACCAGCTCATATGTTTATCCGCTGGTCTATCCAGTTCTGCAAACTA 1815
|||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1957 CATTGCCAAACCTAACCAGCTCATATGTTTACCCGCTGGTGTATCCAGTTCTGCAAACTA 2016
Query 1816 ATATTTTGGAAAGGGATAACATTCTGCATATGATGAAAGTACTCACCAACAGAGAGCTGA 1875
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2017 ATATTTTGGAAAGGGATAACATTTTGCATATGATGAAAGTACTCACCAACAGAGAGTTGA 2076
Query 1876 CAGATGGACGTGCAGTAGAACAAGGAAGCGTACAACAACCTACTGTGCCTCCAACTGAGA 1935
|||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2077 CAGATGGACGTGCAGTTGAACAAGGAAGTATACAACAACCTACTGTGCCCCCAACTGAGA 2136
Query 1936 AATCCATGCTTGAAGCAGCACACGAAAGAGAGAAAGAACTGCTCCACGACATAACCGACC 1995
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2137 AATCCATGCTTGAAGCAGCACACGAAAGAGAGAAAGAACTGCTCCATGACATAACCGACC 2196
Query 1996 TGCAATGGAGGCTCATTTGTGCAGAAGAAGAGCTTCAGAAATACAAAACCGAACACGCCT 2055
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2197 TGCAATGGAGGCTCATTTGTGCAGAAGAAGAGCTTCAGAAATACAAAACCGAACACGCCC 2256
Query 2056 AAGTAAGTATGAGTAGCTAA 2075
||||||||||||||| ||||
Sbjct 2257 AAGTAAGTATGAGTAACTAA 2276
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 102961317795
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5