BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg927433
Length=3180
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G80680.1 | Symbols: SAR3, MOS3, PRE, NUP96 | SUPPRESSOR OF A... 5166 0.0
> AT1G80680.1 | Symbols: SAR3, MOS3, PRE, NUP96 | SUPPRESSOR OF
AUXIN RESISTANCE 3 | chr1:30324008-30328769 FORWARD LENGTH=3632
Length=3632
Score = 5166 bits (2797), Expect = 0.0
Identities = 3057/3185 (96%), Gaps = 7/3185 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TTTGTTTCTGTTTCCGTCAATCATGACGTCTCTTTCTATTCAACCATTTCCAGAGATTTC 60
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 190 TTTGTTTCTGTTTCCTTCAATCATGACGTCTCTTTCTATTCAACCATTTCCAGAGATTTC 249
Query 61 AAGGATGGCTAGAAATTTGGACTCGCGAAAGAAAAGAAGGATCTCTTTGGATGGAATTGT 120
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 250 AAGGATGGCTAGAGATTTGGACTCGCGAAAGAAAAGAAGGATCTCTTTAGATGGAATTGC 309
Query 121 TGCCTTATGTGAGCATTCCAAAGAGATCATTGATTCATTGCCTATGTTGAATTCACCTGA 180
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 310 TGCCTTGTGTGAGCATTCCAAAGAGATCATTGATTCATTGCCTATGTTGAATTCTCCTGA 369
Query 181 CTACTTCTTGAAGCCATGTATGAATGAGCTGGTTGAGCGAGAAATTGAAAATCCTGATTA 240
||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 370 CTACTTCTTGAAGCCATGTATAAACGAGCTGGTTGAGCGAGAAATTGAAAGCCCTGATTA 429
Query 241 TTGCAGCCGGGTTCCTGATTTCACTATTGGCAGGATTGGTTACGGTTATATCAAGTTTCT 300
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||
Sbjct 430 TTGCAGCCGGGTTCCTGATTTTACTATTGGCAGGATTGGTTACGGTTATATTAGGTTTCT 489
Query 301 TGGAAACACAGATGTAACAAGGTTGGACTTGGATCAGATAGTTAAGTTTCGTAGGCACGA 360
||||||||| ||||| | |||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||
Sbjct 490 TGGAAACACGGATGTTAGAAGGTTGGACCTGGATCACATAGTTAAGTTTCATAGGCACGA 549
Query 361 GGTAATTGTTTATGATGATGAGACCTCCAAGCCAGTTGTTGGTGAGGGACTTAACAAGGT 420
||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 550 GGTTATTGTTTATGATGATGAGAGCTCCAAGCCGGTTGTTGGTGAGGGACTTAACAAGGC 609
Query 421 TGCTGAGGTGACTCTGATTGTAAACATACCAAATCTAACTTGGGGAAAAGAGCGAGTTGA 480
|||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||| |
Sbjct 610 TGCTGAGGTGACTCTGGTCGTAAACATACCAGATCTAACTTGGGGAAAACAGCAAGTTAA 669
Query 481 CCATATTGCTTACAAATTAAAACAGAGCACGGAAAGACAAGGGGCAACTTTCATCTCATT 540
|||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 670 CCATATTGCTTATAAATTGAAACAGAGCACGGAAAGACAAGGAGCAACTTTCATCTCATT 729
Query 541 TGATCCCGATAATGGTTTATGGAAGTTCTTGGTTCCACATTTCAGCAGATTTGGATTGAG 600
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 730 TGATCCCGATAATGGTTTATGGAAGTTCTTCGTTCCTCATTTCAGCAGATTTGGGTTGAG 789
Query 601 TGATGATGAGGCAGATGATATTGCTATGGATGATGCGCCAGGTTTGGGAGATCCTGTAGG 660
||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 790 TGATGATGAGGCAGAAGATATTGCAATGGATGATGCGCCAGGTTTGGGAGATCCCGTAGG 849
Query 661 ACTGGATGGTAACAAGGTAGCTGACATTGATGAAGAAGATCAAATGGAAACTTCTGAGCT 720
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 850 ACTGGATGGTAAAAAGGTAGCTGACATTGATGAAGAAGATCAGATGGAAACTTCGGAGCT 909
Query 721 AGAGCTTTCTCACTCTCTTCCAGCTCATCTAGGACTTGATCCTGGAAAGATGAAAGAAAT 780
|||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 910 AGAGCTTTCTCATTCTCTCCCAGCTCATTTAGGACTTGATCCTGAAAAGATGAAAGAAAT 969
Query 781 GAGAATGCTGATGTTTCCTAATGAAGATGTAGACGAGAGTGAGGACTTTAGAGAGCAAAC 840
||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 970 GAGAATGCTGATGTTTCCTAATGAAGATGAAGACGAAAGTGAGGACTTTAGAGAGCAAAC 1029
Query 841 TTCCCATAATATGACATCCTTGACTAAACGAAATGTAAGACCTTCACAGAAAATTTCTCA 900
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||
Sbjct 1030 TTCCCATCTTATGACATCCTTGACTAAACGAAATGTAAGACCTTCGCAGAAAATTGCTCA 1089
Query 901 AAGAAATAGTCATCAAGACCCTCCACCTGTCGTGCGGAAAACTCCGCTTGCGTTGCTGGA 960
||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1090 AAGAAATAGTCATCAAGACCCTCCACCGGTCGTGCGCAAAACTCCGCTTGCTTTGCTGGA 1149
Query 961 GTATAACCCTGGTAATGATAAAAGCTCCCCAGGCAGTATCCTGATGGTGCAACAAAATAA 1020
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1150 GTATAACCCTGGTAATGATAAAAGCTCCCCAGGTAGTATCCTGATGGTACAACAAAATAA 1209
Query 1021 GAATCTGGCAGTGAGAAAGTCGAAAACGGGAGGTTTCGAGCTGGACATCAGCCATGTCAC 1080
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1210 GAATTTGGCAGTGAGAAAGTCGAAAACGGGAGGTTTCGAGCTGGACATCAGCCATGTCAC 1269
Query 1081 GCCATTAACTGATAACTATTCCCGCAATGTTGTTGATGCAGCATTATTCATGGGAAGGTC 1140
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1270 ACCGTTAACTGATAACTATTCCCGCAATGTTGTTGATGCAGCATTATTCATGGGAAGATC 1329
Query 1141 GTTCCGAGCAGGTTGGGGCCCAAATGGCATCCTTTTTCACACTGGTAAGCCAATATGTAG 1200
|||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1330 GTTCCGAGCAGGTTGGGGCCCAAATGGCGTTCTTTTTCACACTGGTAAGCCAATATGTAG 1389
Query 1201 CTCCAGTTCCCAGATGGTATTGTCTTCTGTGATCAATAAAGAAAAGATAGCAATTGACAA 1260
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1390 CTCCAGTTCCCAGATGGTATTGTCTTCTGTGATCAATAAAGAAAAGATAGCAATTGACAA 1449
Query 1261 AGTGGTTTGGGATAGAAAGGGAAAAGTTCGGAAAGAACTTATTGATTCTGCGTTTGAGGC 1320
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1450 AGTGGTTTGGGATAGAAAGGGAAAAGTTCAGAAAGAACTTATTGATTCTGCGTTTGAGGC 1509
Query 1321 TCCCTTAAGTCTCCACAAGGAATTGGATCATGTAGAAGAAGATGTTAGGTTTGGCTCTTT 1380
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1510 TCCCTTAAGTCTCCACAAGGAATTGAATCATGTAGAAGAAGAAGTTAGGTTTGGCTCTTT 1569
Query 1381 CAGACTTAAACTTCAGAATGTTGTCACTGATCGTGTAGCTCTTTCAGATATCTGCCGAAA 1440
||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1570 CAGTCTTAAACTTCAGAATGTTGTCACCGATCGTGTAGTTCTTTCAGATATCTGCCGAAG 1629
Query 1441 TTATATTGGTATAATCGAGAAACAGCTGGAAGTTGCTGGGTTGTCCACATCTGCGAAGCT 1500
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1630 TTATATTGGTATAATCGAGAAACAGCTGGAAGTTGCTGGGTTGTCCACATCTGCGAAGCT 1689
Query 1501 GTTTTTGATGCACCAAGTCATGGTGTGGGAACTCATAAAAGTTCTCTTCTCTGAGAGACA 1560
|||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1690 GTTTTTAATGCACCAAGTCATGGTCTGGGAACTCATAAAAGTTCTCTTTTCTGAGAGACA 1749
Query 1561 GAGTACTGAACGTTTGAAT-CATGCAGCTTCTGATAATGAGGAAGA-GATGATGCAGGAT 1618
|||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||
Sbjct 1750 GAGTACTGAACGTTTG-ATGTATGCAGCTTCTGATAACGAGGAAGACG-TGATGCAGGAT 1807
Query 1619 GTGAAGGAAGATTCTGCAGAAATTGATACAGAAGCTCTTCCACTTATCCGAAGAGCAGAA 1678
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1808 GTGAAGGAAGATTCTGCAAAAATTGATACAGAAGCTCTTCCGCTTATCCGAAGAGCAGAA 1867
Query 1679 TTCAGTTGTTGGCTCCAAGAAAGTGTCAGTCACCGTGTACAAGAAGATGTGAGTGATCTA 1738
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1868 TTCAGTTGTTGGCTCCAAGAAAGTGTCAGTCACCGTGTACAAGAAGATGTGAGTGATCTA 1927
Query 1739 AATGGTTCTGGCTACCTTGAGCACTTATTCTTTCTTCTAACTGGACGAGAGCTTGATTCA 1798
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1928 AATGGTTCTAGCTACCTTGAGCACTTATTCTTTCTTCTAACTGGACGAGAGCTTGATTCA 1987
Query 1799 GCTGTGGAACTTGCCATATCTAAGGGAGATGTTAGACTTGCTTGTTTGTTGAGCCAGGCT 1858
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1988 GCTGTGGAACTTGCCATATCTAAGGGAGATGTTAGACTTGCTTGTTTGTTGAGCCAGGCT 2047
Query 1859 GGTGGATCAACTGTAAACCGCAATGATATCTTGCAGCAGCTTCACCTTTGGAGAAGGAAT 1918
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2048 GGTGGATCAACTGTAAACCGCAATGATATCTTGCAGCAGCTTCACCTTTGGAGAAGGAAT 2107
Query 1919 GGGCTGGATTTTAATTACATCGAGAAGGAGAGAATTAAGCTCTATGAATTGCTTGCTGGG 1978
|||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 2108 GGGCTGGATTTTAATTTCATTGAGAAGGAGAGAATTAAGCTTTACGAATTGCTTGCTGGT 2167
Query 1979 AATATCCATGATGCGTTACAAGATTTTACAATTGACTGGAAGAGATTCCTAGGGTTGTTA 2038
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2168 AATATCCATGATGCGTTACAAGATTTTACAATTGACTGGAAGAGATTCCTAGGGTTGTTA 2227
Query 2039 ATGTGGCATCATCTGCCTCCCGACAGTTCATTACCTGTCATCTTCAGAAGCTATCAGCTC 2098
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2228 ATGTGGCATCATCTACCTCCCGACAGTTCATTACCTATCATCTTCAGAAGCTATCAGCTC 2287
Query 2099 CTGCTAGATCAGGCAAAAGCTCCGTGGCCCGTCCCAATATATATTGACGAAGGACCTGCA 2158
|| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2288 CTACTAAATCAGGCAAAAGCTCCGTGGCCCGTCCCAATATATATTGATGAAGGACCTGCA 2347
Query 2159 GATGTGTTTGTAAGC-A-A-CAAGCATTCTGACCTCTTGTATTATCTTATGCTTCTGCAC 2215
|||| |||||||||| | | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2348 GATGGGTTTGTAAGCGACAACAAGCATTCTGACATCTTGTATTATCTTATGCTTCTACAC 2407
Query 2216 AGCAAAGAAGAGGAAGAAATTGGTTTCCTGAAGACTATGTTCAGTGCCTTCTCTTCAACT 2275
|||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2408 AGCAAAGAAGAGGAAGAATTTGGTTTCCTGCAGACTATGTTCAGTGCCTTCTCTTCAACT 2467
Query 2276 GATGATCCACTTGACTATCATATGATCTGGCACCACCGAGGAATTCTGGAAGCAGTTGGA 2335
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2468 GATGATCCACTTGACTATCATATGATCTGGCACCACCGAGGAATTCTAGAAGCAGTTGGA 2527
Query 2336 GCTTTCACTTCAGATGATCTTCACACTCTCGATATGGGATTTGTTGCACAGCTTCTCTCT 2395
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2528 GCTTTCACTTCAGATGATCTTCACACTCTAGATATGGGATTTGTTGCACAGCTTCTCTCT 2587
Query 2396 CAGGGCCTTTGTCATTGGGCTATCTACGTTGTTCTTCACATACCCTTCCGTGAAGATCAT 2455
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2588 CAGGGCCTTTGTCATTGGGCTATCTACGTTGTTCTTCACATACCCTTCCGTGAAGATCAT 2647
Query 2456 CCATATCTACACGTCATTGTCATTCGGGAAATCCTGTTTAAATTCTGTGAAACTTGGAGC 2515
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||
Sbjct 2648 CCATATCTACACGTCACTGTCATTCGGGAAATCCTGTTTCAATACTGTGAAACTTGGAGT 2707
Query 2516 TCTGTGGAATCACAACGGCAATTTATCAAGGACTTGGGTATCCCTTCTGAATGGATGCAC 2575
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2708 TCTATGGAATCACAACGGCAATTTATCAAGGACTTGGGTATCCCTTCTGAATGGATGCAC 2767
Query 2576 GAAGCTCTGGCAGTTTATTACAATTACCATGGAGATTTCGTAAAGGCTCTTGACCACTTT 2635
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2768 GAAGCTCTGGCAGTTTATTACAATTACCATGGAGATTTCGTAAAGGCTCTTGACCAGTTT 2827
Query 2636 ATTGAATGCGCAAACTGGCAAAAAGCTCATTCCATTTTTATTACGTCAGTTGCTCATTCA 2695
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2828 ATTGAATGCGCAAACTGGCAAAGAGCTCATTCCATTTTTATGACGTCAGTTGCTCATTCA 2887
Query 2696 TTGTTTTTGTCAGCTAACCATTCAGAAATATGGAGAATCGCTACTTCAATGGATGATCGC 2755
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2888 TTGTTTTTGTCAGCTAACCATTCAGAAATCTGGAGAATTGCTACTTCAATGGATGATCGC 2947
Query 2756 AAGTCTGAGATTGAAAACTGGGATTTGGGTGCTGGGATTTACATGTCATTCTATTTACTA 2815
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2948 AAGTCTGAGATTGAAAACTGGGATTTGGGTGCTGGGATTTACATGTCATTCTATTTACTA 3007
Query 2816 AAGAGTTCACTGCAAGAAGATGCTGATACGATGGTAGAACTGGAACCCCTTGATAGCACA 2875
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3008 AAGAGTTCACTGCAAGAAGATGCTGATACGATGGTAGAACTGGAACCCCTTGATAGCACA 3067
Query 2876 AACGAGTCGTGCAGAAGTTTTGTCGGTCGTTTAAACGAATCATTGGCTGTTTGGGGTGAC 2935
|||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3068 AACGAGTCTTGCAGAAATTTTGTCGGTCGTTTAAACGAATCATTGGCTGTTTGGGGTGAC 3127
Query 2936 AGATTACCAGTTGAAGCTAGAGTCGCATACTCAAAGATGGCAGAGGAAATATGCGATTTG 2995
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3128 AGATTACCAGTTGAAGCAAGAGTCGCATACTCAAAGATGGCTGAGGAAATATGCGATTTA 3187
Query 2996 CTTCTGTCAGATCTGAGTTTGGATCCAAGCCGAGAGACTCAGCTAAAATGTTTTGAGACG 3055
|||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||
Sbjct 3188 CTTCTGTCAGATCTGAGTAAGAATCCAAGCCGAGAGACTCAGCTAACATGCTTTGAGACA 3247
Query 3056 GCCTTTGATGCCCCTTTGCCAGAAGATGTAAGATCAACACATCTGCAAGATGCTGTGTCA 3115
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3248 GCCTTTGATGCCCCTTTGCCAGAAGATGTAAGATCAACACATCTGCAAGACGCTGTGTCA 3307
Query 3116 CTCTTCTCTCTATATCTCTCAGAGACAAGCCAAATCTCAGCTTAGTGAAACAGACACTAT 3175
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||
Sbjct 3308 CTCTTCTCTCTATATCTCTCAGAGACGGGCCAAATCTCAGCTTAGTAAAACAGACATTAT 3367
Query 3176 TTTTC 3180
| |||
Sbjct 3368 TATTC 3372
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 158176371279
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5