BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg927712
Length=2626
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G02330.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superf... 4396 0.0
> AT3G02330.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily
protein | chr3:473881-476592 REVERSE LENGTH=2712
Length=2712
Score = 4396 bits (2380), Expect = 0.0
Identities = 2490/2545 (98%), Gaps = 0/2545 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 62 GGAATGTGCGAAGCAAGGAGCGTTAGAGTTAGGCAAGCAAGCTCATGCTCATATGATTCT 121
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 168 GGAATGTGCGAAGCAAGGAGCGTTAGAGCTAGGCAAGCAAGCTCATGCTCATATGATAAT 227
Query 122 ATCTGGGTTTCGTCCGACTACATTCGTGCTCAATTGTTTGCTGCAGGTGTACACAAATTC 181
||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 228 ATCTGGGTTTCGTCCGACTACATTCGTACTGAACTGTTTGCTGCAGGTCTACACAAATTC 287
Query 182 AAGAGATTTCGTGTCTGCTTCTATGGTGTTCGACAGAATGCCGCTGAGAGATGTTGTTTC 241
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 288 AAGAGATTTCGTGTCTGCTTCTATGGTGTTCGACAAAATGCCGCTGAGAGATGTTGTTTC 347
Query 242 GTGGAACAAAATGATAAATGGTTACGCGAAGAGCAATGACATGGTTAAAGCGAGTTTTTT 301
|||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||| || |||
Sbjct 348 TTGGAACAAAATGATAAATGGTTACTCGAAGAGTAATGACATGTTTAAAGCGAATTCTTT 407
Query 302 CTTCAATATGATGCCTGTGAGAGATGTTGTGTCTTGGAACTCAATGCTTTCTGGGTATCT 361
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 408 CTTCAATATGATGCCTGTGAGAGATGTTGTGTCTTGGAACTCAATGCTTTCTGGGTATCT 467
Query 362 TCAGAACGGTGAGACTTTGAAATCTATCGAGGTTTTCGTCGACATGGGGAGAGCAGGAAT 421
|| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||
Sbjct 468 GCAAAACGGCGAGAGTTTGAAATCTATCGAGGTTTTCGTTGACATGGGGAGAGAAGGTAT 527
Query 422 TGAATTTGACGGTAGAACTTTTGCAATTATTCTTAAAGTGTGTTCCTGTTTAGAGGATAC 481
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||
Sbjct 528 TGAGTTTGACGGTAGAACTTTTGCAATTATTCTTAAAGTTTGTTCCTTTTTAGAGGATAC 587
Query 482 CAGTTTAGGAATGCAGATTCATGGGATTGTTGTTCGAGTGGGTTGTGATACTGATGTGGT 541
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 588 CAGTTTAGGAATGCAGATTCATGGGATTGTCGTTCGAGTGGGTTGTGATACTGATGTGGT 647
Query 542 TGCTGCAAGTGCGTTGTTGGATATGTATGCAAAAGGCAAGAGATTTGTCGAGTCTCTTAG 601
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 648 TGCTGCGAGTGCGTTGTTGGATATGTATGCAAAAGGCAAGAGGTTTGTCGAGTCTCTTAG 707
Query 602 AGTGTTTCAAGGTATTCCCGAGAAGAACTCTGTCTCGTGGAGTGCTATAATCGCAGGTTG 661
||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 708 AGTGTTTCAAGGTATACCAGAGAAGAATTCTGTCTCGTGGAGTGCTATAATCGCAGGTTG 767
Query 662 TGTTCAGAATAACTTGTTGTCCCTTGCTTTGAAGTTTTTCAAGGAGATGCAAAAGGTAAA 721
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 768 TGTTCAGAATAACTTGTTGTCCCTTGCTTTGAAGTTTTTCAAGGAGATGCAAAAGGTAAA 827
Query 722 TGCTGGAGTGAGCCAGTCAATTTACGCTAGCGTCTTGAGGTCATGTGCTGCGTTATCCGA 781
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 828 TGCTGGAGTGAGCCAGTCAATTTACGCTAGCGTCTTGAGGTCATGTGCTGCGTTATCCGA 887
Query 782 ATTGAGGTTAGGCGGTCAGTTACATGCTCATGCCTTGAAGTCAGATTTTGCAGCAGATGG 841
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 888 ATTGAGGTTAGGCGGTCAGTTACATGCTCATGCCTTGAAGTCAGATTTTGCAGCAGATGG 947
Query 842 TATAGTGAGGACGGCGACATTGGACATGTACGCAAAGTGTGATAATATGCAAGATGCTCA 901
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 948 TATAGTGAGGACGGCGACATTGGACATGTACGCAAAGTGTGATAATATGCAAGATGCTCA 1007
Query 902 AATTTTGTTTGACAAGTCAGAAAATCTTAATAGACAATCTTATAACGCAATGATTACTGG 961
||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1008 AATTTTGTTTGACAACTCAGAAAATCTTAATAGGCAATCTTATAACGCAATGATTACTGG 1067
Query 962 TTATTCGCAGGAAGAACATGGGTTCAAAGCTCTACTGTTGTTTCACCGGCTCATGTCATC 1021
||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1068 TTATTCGCAAGAAGAACATGGTTTCAAAGCTCTACTGTTGTTTCACCGACTCATGTCATC 1127
Query 1022 GGGTCTTGGTTTCGACGAGATAAGTTTATCAGGAGTATTCAGGGCTTGTGCCTTGGTGAA 1081
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1128 GGGTCTTGGTTTCGACGAGATAAGTTTATCAGGAGTATTCAGGGCTTGTGCCTTGGTGAA 1187
Query 1082 AGGACTTTCAGAGGGGCTTCAGATTTACGATTTGGCAATAAAAAGCAGCTTATCGCTGGA 1141
||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1188 AGGACTTTCAGAGGGGCTTCAGATTTACGGTTTGGCGATAAAAAGCAGCTTATCGCTAGA 1247
Query 1142 TGTTTGCGTTGCAAATGCTGCTATTGACATGTATGGGAAATGTCAAGCTCTGGCTGAAGC 1201
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1248 TGTTTGCGTTGCAAATGCTGCTATCGACATGTATGGGAAATGTCAAGCTCTGGCTGAAGC 1307
Query 1202 CTTTCGTGTATTCGATGAGATGAGAAGACGTGATGCTGTGTCTTGGAATGCGATTATAGC 1261
|||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1308 CTTTCGTGTATTCGATGAGATGAGAAGACGAGACGCTGTGTCTTGGAATGCGATTATAGC 1367
Query 1262 TGCACATGAGCAGAACGGAAAAGGATATGAAACGCTTTTTCTTTTTGTCTCGATGCTCCG 1321
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1368 TGCACATGAGCAGAACGGAAAAGGATATGAAACGCTTTTTCTTTTTGTCTCGATGCTCCG 1427
Query 1322 TTCTAGGATCGAACCTGATGAGTTTACCTTTGGAAGCGTATTGAAAGCTTGCACTGGTGG 1381
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1428 TTCTAGGATCGAACCTGATGAGTTTACCTTTGGAAGCATATTGAAAGCTTGCACTGGTGG 1487
Query 1382 TTCTTTGGGTTACGGTATGGAGATCCATTCCAGCATTGTCAAATCAGGAATGGCTTCAAA 1441
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1488 TTCTTTAGGTTACGGTATGGAGATCCATTCCAGCATTGTCAAATCAGGAATGGCTTCAAA 1547
Query 1442 TTCCTCTGTCGGATGCTCTCTGATCGATATGTATTCAAAGTGTGGAATGATAGAAGAGGC 1501
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1548 CTCCTCTGTCGGATGCTCTCTGATCGATATGTATTCAAAGTGTGGAATGATAGAAGAGGC 1607
Query 1502 GGAGAAGATACATAGTCGATTCTTTCAACGAACCAATGTCTCGGGAACAATGGAAGAGCT 1561
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1608 GGAGAAGATACATAGTCGATTCTTTCAACGAGCCAATGTCTCGGGAACAATGGAAGAGCT 1667
Query 1562 TGAAAAGATGCACAATAAGAGACTGCAGGAAATGTGTGTTTCATGGAATTCAATCATTTC 1621
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1668 TGAAAAGATGCACAATAAGAGACTGCAGGAAATGTGTGTTTCATGGAATTCAATTATTTC 1727
Query 1622 CGGATATGTAATGAAGGAACAAAGCGAGGATGCTCAGATGCTTTTTACCCGGATGATGGA 1681
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1728 CGGATATGTAATGAAGGAACAAAGCGAGGATGCTCAGATGCTTTTTACCCGGATGATGGA 1787
Query 1682 GATGGGTATAACTCCTGACAAATTTACTTATGCAACAGTTCTTGATACCTGTGCGAATCT 1741
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1788 GATGGGTATAACTCCTGACAAATTTACTTATGCAACAGTTCTTGATACCTGTGCGAATCT 1847
Query 1742 TGCTTCCGCTGGATTAGGTAAACAGATTCATGCTCAGGTCATCAAGAAAGAATTGCAATC 1801
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1848 TGCTTCCGCTGGATTAGGTAAACAGATTCATGCTCAGGTCATCAAGAAAGAATTGCAATC 1907
Query 1802 TGATGTGTATATCTCCAGCACCCTGGTTGACATGTACTCGAAATGTGGAGATCTCCATGA 1861
|||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1908 TGATGTGTATATCTGTAGCACCCTCGTTGACATGTACTCGAAATGTGGAGATCTCCATGA 1967
Query 1862 TTCAAGATTGATGTTTGAGAAGTCGCTGAGAAGAGATTTCGTGACCTGGAACGCCATGAT 1921
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1968 TTCAAGATTGATGTTTGAGAAGTCGCTGAGAAGAGATTTCGTGACCTGGAACGCCATGAT 2027
Query 1922 TTGCGGGTATGCACATCATGGGAAAGGAGAGGAAGCTATACAACTGTTTGAGAGAATGAT 1981
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2028 TTGCGGGTATGCACATCATGGGAAAGGAGAGGAAGCTATACAACTGTTTGAGAGAATGAT 2087
Query 1982 ACTCGAAAACATCAAACCGAATCACGTAACTTTCATATCGATACTCCGAGCTTGTGCTCA 2041
|||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2088 ACTCGAAAACATCAAACCAAATCACGTTACTTTCATATCGATACTCCGAGCTTGTGCTCA 2147
Query 2042 CATGGGTCTGATCGACAAAGGACTCGAGTACTTCTATATGATGAAGAGAGACTATGGCCT 2101
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2148 CATGGGTCTGATCGACAAAGGGCTCGAGTACTTCTATATGATGAAGAGAGACTATGGCCT 2207
Query 2102 GGATCCTCAGCTACCGCATTACTCGAACATGGTAGATATATTAGGAAAATCCGGAAAAGT 2161
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2208 GGATCCTCAGCTACCGCATTACTCGAACATGGTAGATATATTAGGAAAATCCGGAAAAGT 2267
Query 2162 CAAGAGAGCATTAGAGCTTATTCGAGAGATGCCATTTGAAGCAGACGATGTCATATGGAG 2221
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2268 CAAGAGAGCATTAGAGCTTATTCGAGAGATGCCATTTGAAGCAGACGATGTCATATGGAG 2327
Query 2222 AACCCTGTTAGGAGTCTGCACGATACATAGAAACAATGTAGAGGTTGCAGAAGAAGCAAC 2281
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2328 AACCCTGTTAGGAGTCTGCACGATACATAGAAACAATGTAGAGGTTGCAGAAGAAGCAAC 2387
Query 2282 TGCTGCCCTGTTGAGATTGGATCCACAAGACTCTTCAGCTTATACACTTTTATCAAATGT 2341
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2388 TGCTGCCCTGTTGAGATTGGATCCACAAGACTCTTCAGCTTATACACTTTTATCAAATGT 2447
Query 2342 ATACGCAGATGCAGGAATGTGGGAAAAGGTTTCAGATTTGAGGAGAAATATGAGAGGCTT 2401
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2448 ATACGCAGATGCAGGAATGTGGGAAAAGGTTTCAGATTTGAGGAGAAATATGAGAGGCTT 2507
Query 2402 TAAGCTTAAGAAGGAGCCTGGTTGCAGTTGGGTTGAGCTAAAAGATGAGCTTCATGTGTT 2461
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2508 TAAGCTTAAGAAGGAGCCTGGTTGCAGTTGGGTTGAGCTAAAAGATGAGCTTCATGTGTT 2567
Query 2462 TCTCGTTGGAGATAAGGCTCATCCTAGATGGGAAGAGATTTACGAAGAGCTTGGTTTGAT 2521
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2568 TCTCGTTGGAGATAAGGCTCATCCTAGATGGGAAGAGATTTACGAAGAGCTTGGTTTGAT 2627
Query 2522 TTACAGTGAAATGAAACCTTTTGATGATTCTTCTTTCGTGCCTGGGGTTGAGGTTGAAGA 2581
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||
Sbjct 2628 TTACAGTGAAATGAAACCTTTTGATGATTCTTCTTTCGTGCGTGGGGTTGAAGTAGAAGA 2687
Query 2582 AGAGGACCAATGGTGTTACTGCTAA 2606
|||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2688 AGAGGACCAATGGTGTTACTGCTAA 2712
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 130383884857
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5