BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg927887
Length=1551
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G03620.1 | Symbols: | MATE efflux family protein | chr3:873... 2446 0.0
> AT3G03620.1 | Symbols: | MATE efflux family protein | chr3:873749-876800
REVERSE LENGTH=1738
Length=1738
Score = 2446 bits (1324), Expect = 0.0
Identities = 1476/1550 (95%), Gaps = 8/1550 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GGAAGAAGAAAAGATCAATTTGAAATGAGTACTCAAGGAGAAATGGAGGAGAGGCTATTA 60
||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 57 GGAAGAACAAAAGAACAATTAGAAATGAGTACTCAAGAAGAAATGGAGGAGAGGCTATTA 116
Query 61 CGTGAAGGATCAAATGCTGAGGGTCAGAGCAATCATAGGGAGAGTATCTATTTGAGAACC 120
|||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 117 CGTGAAGGATCAGATGCTGAGGGTCAGAGCAATAATAGGGAGAGTATCTATTTGAGAACG 176
Query 121 AAGGTTTGGAGTGAAGTAAGTAAAATGTGGAGAATAGCATTACCTTCGTCTTTGTTCCGA 180
||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 177 AAGGTCTGGAGTGAAGTAAATAAAATGTGGAGAATAGCATTACCTTCTTCTTTGTTCCGA 236
Query 181 ATGACTTCGTTTGGGAGCATCATTGTGGCTCAAGCCTTCATCGGTCACTCCTCTGAGTTG 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 237 ATGACTTCGTTTGGGAGCATCATTGTGGCTCAAGCCTTCATTGGTCACTCCTCTGAGTTG 296
Query 241 GGTCTAGCCGCTTACGCTCTCCTCCAAAGCACATTCATCCGCTTCCTCTATGGTTTAATG 300
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 297 GGTCTAGCCGCTTACGCACTCCTCCAAAGCACATTCATCCGCTTCCTCTACGGTTTAATG 356
Query 301 GGCGGTATGTCAAGTGCAACGGAGACATTATGCGGGCAAGCATACGGTGCAGAACAATAC 360
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 357 GGCGGTATGTCAAGTGCAACGGAGACATTATGCGGGCAAGCATACGGTGCGGAACAATAT 416
Query 361 CACACAATGGGGATATATCTACAACGTTCATGGATCGTGGACATGGTCGTGACCTCTCTG 420
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||
Sbjct 417 CACACAATGGGGATATATCTACAACGTTCATGGATCGTGGACATGGCCGTGACCACTTTG 476
Query 421 TTCCTACCGTTTATTGTACTTGCGGGTCCCATTCTCCGTCTATTAGGACAAAACGTTGAG 480
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 477 TTTCTACCGTTTATTGTACTTGCGGGTCCCATTCTCCGTCTATTAGGCCAAAACGTGGAG 536
Query 481 ATCACAAAGACCGTTGGTGAGATATATCCGTGGATGATTCCTTATGTCTATAGCTTAATT 540
|||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 537 ATCACAAAGACCGTTGATGAGATATATCCTTGGATGATTCCGTATGTATATAGCTTAATT 596
Query 541 TTCACTATGACCATACAAATGTATCTCCAAGCACAGATGAGGAACGCCATTGTAGGCGTT 600
||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 597 TTCACTATGACTATACAAATGTACCTCCAAGCACAGATGAGGAACGCTATTGTAGGCGTT 656
Query 601 CTTTCGACATTGTCCTTGGCTCTCGACCTCGTGGTCACGTGGTGGTGCGTGAGTGTTATG 660
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 657 CTTTCGACATTGTCCTTGGCTCTTGACCTCGTGGTCACATGGTGGTGCGTGAGTGTTATG 716
Query 661 GGAATGGGCATTGGTGGTGCGCTCCTCGGACTTAATGTGGGCTCGTGGGCAATGGTATTA 720
|| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 717 GGTATGGGCATTGGTGGTGCTCTCCTCGGACTTAATGTGGGCTCTTGGGCAATGGTATTA 776
Query 721 GCCGAGTTTGTGTACATTTTTGGTGGATGGTGTCCGTTTACTTGGACCGGATTTAGTATT 780
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 777 GCCGAGTTTGTGTACATTTTTGGTGGATGGTGTCCTTTTACTTGGACCGGATTTAGTATT 836
Query 781 GCTGCTTTTGTTGACCTAATTCCTACGCTCAAGCTCTCCATTTCTTCAGGCTTCATGATC 840
||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 837 GCTGCTTTTGTTGACCTAATTCCTATGCTCAAGCTTTCCATTTCTTCAGGCTTCATGATC 896
Query 841 TGCTTAGAGTATTGGTACATGAGCATCCTTGTCTTAATGGCTGGGTATACAAAAGATGCG 900
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 897 TGCTTAGAGTATTGGTACATGAGCATCCTTGTCTTAATGGCGGGGTATACAAAAGATGCG 956
Query 901 AAAATTGCAATCTCTGCTTTCTCAATATGCCAATACATATATACATGGGAACTCAACATA 960
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 957 AAAATCGCAATCTCTGCTTTCTCAATATGCCAATACATATATACATGGGAACTCAACATA 1016
Query 961 TGCCTTGGCTTCTTGGGTGCGGCTTGTGTCCGGGTGGCTAACGAGCTGGGGAAAGGAGAT 1020
||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1017 TGCCTTGGCTTCTTGGGTGCGGCATGCGTCCGGGTGGCTAACGAGTTGGGGAAAGGAGAT 1076
Query 1021 GCAGATGCAGTGAGGTTTTCAATAAAAGTGATACTCACAGTATCAACATTTATGGGAGTG 1080
||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||
Sbjct 1077 GCACATGCAGTGAGATTTTCAATAAAAGTGATACTCACAATATCAACATTGATGGGAGTG 1136
Query 1081 ATGTTCTCAGCTCTATGCTTAGCTTTCTGTGGTCAGA-TTTCGTATTTGTTTTCGAATAG 1139
|| ||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||| |||||||||||||||||
Sbjct 1137 ATATTCTCAGCTCTATGCTTAGCTTTTTGTGGTC-GAATTTCCTATTTGTTTTCGAATAG 1195
Query 1140 CGTTGAGGTTTCAGAGGCAGTGGATGATTTGTCGGTAATCCTTGCCATTTCAATCTTACT 1199
|| |||||||| || |||||| ||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 1196 CGACGAGGTTTCGGATGCAGTGAATGATTTATCGGTGATCCTTGCTGTTTCAATCTTACT 1255
Query 1200 CAACAGCATACAACCTATACTCTCAGGTGTAGCAGTTGGAGCAGGGATGCAGAGTATAGT 1259
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1256 CAACAGCATACAACCTATACTCTCAGGTGTAGCAGTTGGGGCAGGGATGCAGAGTATAGT 1315
Query 1260 GGCAGTTGTGAACTTAGCCTCTTATTATGCAATTGGCATTCCTTTGGGTCTCATCCTTAC 1319
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1316 GGCAGTTGTGAACTTAGCCTCTTATTATGCAATTGGTATTCCTTTGGGTCTCATCCTTAC 1375
Query 1320 TCT-TGTTTTCCATCTTGGTGTTAAGGGACTATGGTCTGGAATGTTGGCCGGAATTGCGA 1378
| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1376 T-TATGTTTTCCATCTTGGTGTTAAGGGACTATGGTCTGGAATGTTGGCTGGAATTGCGA 1434
Query 1379 TCCAAACAATGATATTGTGTTATATCATTTACAAAACTGACTGGGAATTAGAGGTTAAAA 1438
|||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1435 TCCAAACAATAATATTATGTTATATAATTTACAAAACTGACTGGGAATTAGAGGTTAAAA 1494
Query 1439 GGACAAGTGAACGTATGAAAGTGTGGAGCCTGAAGCCATTTAATGAAGAGTCGAATCCCA 1498
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1495 GGACATGTGAACGTATGAAAGTGTGGAGCCTGAAGCCATCTAATGAAGAGTCGAATCCCA 1554
Query 1499 TAATAAGAGAAGAAAGTGAG-AGCAAGTGA-A-CTGTTTCGATGTTATAC 1545
||||||||||||||||| || ||||||||| | |||||||||| ||||||
Sbjct 1555 TAATAAGAGAAGAAAGT-AGGAGCAAGTGAGAACTGTTTCGATATTATAC 1603
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 76555831125
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5