BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg928035
Length=1837
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G04760.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR-like) s... 2892 0.0
> AT3G04760.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR-like)
superfamily protein | chr3:1303575-1305878 REVERSE LENGTH=2304
Length=2304
Score = 2892 bits (1566), Expect = 0.0
Identities = 1755/1846 (95%), Gaps = 14/1846 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATCGAAACTTTATCTA-GAA-AATGACTCCATTCTCCTCTGAACTCGTTGGTTTCACTAT 58
||||||||||| |||| || ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 165 ATCGAAACTTTGTCTACAAATAATGACTCCGTTATCCTCTGAACTCGTTGGTTTCACTAT 224
Query 59 CCCTTTCTACTCCAAAACTCAGAAACACTATTCAAATTCTTCTCACGG------ACTATC 112
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 225 CCCTTTCTACTCCAAAACTCAGAAACCCTATTCAAATTCTTCTCACGGACTCCTACTATC 284
Query 113 TCACAATCGAAG---CCTCTTAACCTTCTCAAACTCTAACCCTAACCACGACAATGGAAA 169
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
Sbjct 285 TCACAATCGAAGCTCCCTCTTAACCTTCTCAAACTCTAACCCTAACAACGACAATGGTAG 344
Query 170 ATCCTTTTCATCTTCAGGAGCAAGAAACC-TCCAAGC-C-ACCACAACAGACGCAGCAAT 226
||||||||||||||||||||||||||||| || || | | ||||||||||||||| || |
Sbjct 345 ATCCTTTTCATCTTCAGGAGCAAGAAACCTTCAAACCACTACCACAACAGACGCAACACT 404
Query 227 TCCCACAGAACGAAGACGACAGCATTCACAATCTCTCGGATTTAGAGATACCCAGATGCT 286
|||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 405 CCCCACAGAACGAAGACAACAACATTCACAATCTCTCGGATTTAGAGATACACAGATGCT 464
Query 287 TAAAATCTTCCATCGATCATGCCGTTCAGGGAATTACATCGAATCTCTACACTTACTTGA 346
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 465 CAAAATCTTCCATCGATCATGCCGTTCAGGGAATTACATCGAATCTCTACACTTACTCGA 524
Query 347 GACCATGGTACGTAAAGGATACAATCCTGATGTGATTCTCTGCACTAAGCTCATTAAAGG 406
|||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 525 GACCATGGTACGCAAAGGTTACAATCCTGATGTGATACTCTGCACTAAGCTCATTAAAGG 584
Query 407 GTTCTTCACTCTAAGAAACATCCCAAAAGCTGTTAGGGTTATGGAGATTCTCGAGAAATT 466
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 585 GTTCTTCACTCTAAGAAACATCCCTAAAGCTGTTAGGGTTATGGAGATTCTCGAGAAATT 644
Query 467 CGGACAGCCTGATGTTTTTGCTTACAACGCTTTGATTAATGGGTTTTGTAAGATGAATCG 526
||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 645 CGGACAGCCTGATGTGTTTGCTTACAACGCTCTGATTAATGGGTTTTGTAAGATGAATCG 704
Query 527 GATCGATGATGCTACGAGAGTTCTTGATAGGATGAGAAGTAAAGATTTTTCACCAGATAC 586
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 705 AATCGATGATGCTACGAGAGTTCTTGATAGGATGAGAAGTAAAGATTTTTCACCAGATAC 764
Query 587 TGTTACTTACAACATAATGATTGGTAGTTTGTGTAGCAGAGGTAAACTTGATCTTGCTTT 646
|| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 765 CGTGACTTACAACATAATGATTGGTAGTTTGTGTAGTAGAGGTAAACTTGATCTTGCTTT 824
Query 647 GAAGGTTTTAGATCAGTTGTTAAGTGATAATTGCCAACCGACTGTGATTACTTACACGAT 706
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 825 GAAGGTTTTAAATCAGTTGTTAAGTGATAATTGCCAACCTACTGTCATTACTTACACGAT 884
Query 707 TTTGATCGAAGCTACGATGCTCGAAGGCGGAGTTGATGAAGCGTTGAAGCTTTTGGATGA 766
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 885 TTTGATCGAAGCTACGATGCTCGAAGGCGGAGTTGATGAAGCGTTGAAGCTTATGGATGA 944
Query 767 GATGTTGTCTAGAGGGTTAAAACCGGATATGTTTACTTATAACACAATCATTAGAGGAAT 826
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 945 GATGTTGTCTAGAGGGTTAAAACCTGATATGTTTACTTATAACACAATCATTAGAGGAAT 1004
Query 827 GTGTAAAGAAGGGATGGTGGATCGCGCGTTTGAGATGATTCGGAATTTAGAATTGAGAGG 886
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||
Sbjct 1005 GTGTAAAGAAGGGATGGTGGACCGCGCGTTTGAGATGGTTCGGAATTTGGAATTGAAAGG 1064
Query 887 TTGTGAGCCTGATGTGATCTCTTATAACATCTTGCTTCGTGCTCTTTTGAATCAAGGGAA 946
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1065 TTGTGAGCCTGATGTGATCTCTTATAACATCTTGCTTCGTGCTCTTTTGAATCAAGGGAA 1124
Query 947 ATGGGAAGAAGGAGAGAAGCTAATGACTAAGATGTTTTCGGAGAAGTGTGATCCTAATGT 1006
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1125 ATGGGAAGAAGGTGAGAAGCTAATGACTAAGATGTTTTCAGAGAAGTGTGATCCTAATGT 1184
Query 1007 TGTTACTTATAGCATTTTGATTACTACTCTATGTCGCGATGGAAAGATTGAAGAAGCGAT 1066
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1185 TGTGACTTATAGCATTTTGATTACTACTCTATGTCGCGATGGAAAGATCGAAGAAGCGAT 1244
Query 1067 GAATCTGCTTAAGCTTATGAAGGAAAAAGGGTTAACACCTGATGCTTATAGCTATGATCC 1126
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1245 GAATCTTCTTAAGCTTATGAAGGAAAAAGGGTTAACTCCTGATGCTTATAGCTATGATCC 1304
Query 1127 TTTGATAGCTGCGTTTTGTAGAGAAGGTAGGTTAGATGTAGCTATTGAGTTCTTGGAAAC 1186
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1305 TTTGATAGCTGCGTTTTGTAGAGAAGGTAGGTTAGATGTTGCTATTGAGTTCTTGGAAAC 1364
Query 1187 TATGATCTCCGACGGATGTTTACCGGACATAGTTAACTACAACACGGTTTTAGCTACGTT 1246
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1365 TATGATCTCTGACGGATGTTTACCGGACATAGTTAACTACAACACGGTTTTAGCTACGTT 1424
Query 1247 GTGCAAGAACGGGAAAGCGGATCAAGCGTTGGAGATCTTCGGGAAACTAGGAGAAGTGGG 1306
||| |||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||
Sbjct 1425 GTGTAAGAACGGGAAAGCAGACCAAGCGTTGGAGATTTTTGGGAAACTAGGAGAAGTTGG 1484
Query 1307 CTGCTCACCGAACTCGAGTTCTTACAACACGATGTTCAGTGCCTTATGGAGCAGCGGGGA 1366
||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || || ||||||||||| || ||
Sbjct 1485 CTGCTCACCGAACTCTAGTTCTTACAACACGATGTTTAGCGCGTTATGGAGCAGTGGAGA 1544
Query 1367 TAAAATCAGGGCGTTACATATGATATTAGAGATGGTGAGTAACGGGATAGATCCAGATGA 1426
||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1545 TAAAATCAGAGCGTTACATATGATATTAGAGATGATGAGTAACGGGATAGATCCTGATGA 1604
Query 1427 GATCACATATAACTCGATGATATCGTGTCTATGCAGAGAAGGAATGGTGGATGAAGCTTT 1486
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1605 GATCACATATAACTCGATGATATCGTGTCTGTGCAGAGAAGGAATGGTAGATGAAGCTTT 1664
Query 1487 TGAGTTATTGGTTGACATGAGGAGCTGTGAGTTTCATCCATCGGTTGTTACATACAACAT 1546
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1665 TGAGTTATTGGTTGATATGAGGAGCTGTGAGTTTCATCCATCGGTTGTTACATACAACAT 1724
Query 1547 TGTTCTTTTAGGATTCTGCAAAGCTCATAGGATCGAGGACGCTATCGATGTTTTGGATTC 1606
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||
Sbjct 1725 TGTTCTTTTGGGATTCTGCAAAGCTCATAGGATCGAGGACGCGATCAATGTTTTGGAATC 1784
Query 1607 AATGGTGGGAAATGGATGTAGGCCTAATGAAACTACTTATACTGTGCTCATTGAAGGCAT 1666
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1785 AATGGTGGGAAATGGATGTAGGCCTAATGAAACTACTTATACTGTGCTCATTGAAGGGAT 1844
Query 1667 TGGATTTGCTGGATATAGAGCAGAAGCAATGGAGTTAGCAAATGATCTGGTTCGAATAAA 1726
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |
Sbjct 1845 TGGGTTTGCTGGATATAGAGCAGAAGCAATGGAGTTAGCAAATGATTTGGTTCGCATCGA 1904
Query 1727 TGCCATTTCTGAGTACTCGTTCAAGAGATTGCATAGGACTTTCCCTTTACTTAATGTTTT 1786
||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1905 TGCCATTTCGGAGTACTCGTTCAAGAGGTTGCATAGGACTTTCCCTTTACTTAATGTTTT 1964
Query 1787 ACAGAGATCTTCTCAGACATTTGGTCATTAAGTGTAAGTCGAGAAC 1832
||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 1965 ACAGAGATCTTCTCAGACATTTGGTTATTAAGTGAAAGTCGAGAAC 2010
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 90913186995
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5