BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg928124
Length=2074
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G05340.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like s... 3177 0.0
> AT3G05340.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like
superfamily protein | chr3:1523463-1526166 REVERSE LENGTH=2704
Length=2704
Score = 3177 bits (1720), Expect = 0.0
Identities = 1951/2060 (95%), Gaps = 26/2060 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 18 TGGTGAATGAATTCGAGATGGGTGATTCAGAAACTGACCTCTCACCTACCTTCTTGCTTC 77
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 114 TGGTGAATGAATTCGAGATGGGTGATTCAGAAACTGACCTCTCACCTTCCTTCTTGCTTA 173
Query 78 TCTACCGTTTTGTCCCCTTCGAAAATCCTAATCCGGCAGAGCCCAAGTTACCAAGTCTCC 137
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 174 TCTACCGTTTTGTCCCCTTCGAAAATCCTAATCCGGCAGAGCCCAAATTACCAAGTCTCG 233
Query 138 ACTTTTCTCCTCAACCATGTCGATATGAGCCTTCTCTTATCCATCTGCGGCAGAGAAGGC 197
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 234 ACCTTTCTCCTCAACCATGTCGATATGAGCCTTCTCTTATCCATCTGCGGCAGAGAAGGC 293
Query 198 TGGTTTCCTTATCTGGGTCCGTGTCTCCATGCCTCCATTGTCAAGAATCCTGAATTTTTC 257
||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||
Sbjct 294 TGGTTTCCTCATCTGGGTCCTTGTCTCCACGCCTCCATTATCAAAAATCCTGAATTTTTC 353
Query 258 GATCCTGTAGATGTTGATATCCATCGAAACGCTCTTGTTGTTTGGAACTCTTTGCTTTCT 317
|| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 354 GAGCCTGTAGATGCTGATATCCATCGAAACGCTCTGGTTGTTTGGAACTCTTTGCTTTCT 413
Query 318 CTGTATGTGAAATGTGGGAAGTTAGGTGATG-CACTTAAGTTGTTCGATGAAATGCCCGT 376
||||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||| ||||||||| |
Sbjct 414 CTGTATGCGAAATGTGGGAAGTTAGTTGATGCCA-TTAAGTTGTTCGACGAAATGCCCAT 472
Query 377 GAGAGATGTTATTTCGCAGAATATAGTGTTTTATGGGTTTCTGAGGAACAGAGAGACTGA 436
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 473 GAGAGACGTTATTTCGCAGAATATAGTGTTTTATGGGTTTCTGAGAAACAGAGAGACTGA 532
Query 437 GTCTGGTTTTGTATTGCTTAAACGAATGCTTGGTTCAGGTGGGTTTGATCAAGCGACCTT 496
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 533 GTCTGGTTTTGTATTGCTTAAACGAATGCTTGGGTCAGGTGGGTTTGATCATGCGACTTT 592
Query 497 GACGATTGTTTTATCAGTTTGTGATACGCCAGAGTTCTGTTTGGTGACAAAGATGATTCA 556
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 593 GACGATTGTTTTATCAGTGTGTGATACGCCAGAGTTCTGTTTGGTGACAAAGATGATTCA 652
Query 557 CGCTTTAGCAATTTTAAGCGGTTATGACAAGGAGATTTCCGTGGGGAACAAATTGATCAC 616
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 653 CGCTTTAGCAATTTTAAGCGGTTATGACAAGGAAATTTCCGTGGGGAACAAACTGATCAC 712
Query 617 ATCTTATTTCAAATGTGGATCTTCAGTTTCTGGGAGATGGGTTTTTAG-TGAGATGGCAC 675
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| | || |||| |||
Sbjct 713 ATCTTATTTCAAATGTGGATGTTCAGTTTCTGGGAGAGGGGTTTTT-GATGGGATGTCAC 771
Query 676 ATAGAAATGTCATCACTTGGACAGCTGTGATTTCGGGTCTGATAGAGAATGAGTTACATG 735
|| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 772 ATCGAAATGTCATCACTTTGACAGCTGTGATTTCGGGTCTGATAGAGAATGAGTTACACG 831
Query 736 AAGATGGTCTAAGATTGTTTAGTTTGATGCGTAGAGGATTGGTCCATCCAAACTCAGTAA 795
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 832 AAGATGGTCTAAGATTGTTTAGTTTGATGCGTAGAGGATTGGTCCATCCTAACTCAGTAA 891
Query 796 CTTATTTGAGTGCTCTTGCTGCTTGTTCAGGCTCACAGATGATAGTGGAAGGGCAACAGA 855
|||||||||||||||| ||||||||||| || |||||| ||||||||| ||||||||||
Sbjct 892 CTTATTTGAGTGCTCTAGCTGCTTGTTCTGGTTCACAGCGGATAGTGGAGGGGCAACAGA 951
Query 856 TTCATGCCCTTTTGTGGAAATTTGGGATTGAATCAGAATTGTGCATTGAGAGTGCGCTAA 915
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 952 TTCATGCCCTTTTGTGGAAATATGGGATTGAATCAGAATTGTGCATTGAGAGTGCGCTAA 1011
Query 916 TGGACATGTACTCTAAATGTGGAAGCATTGAAGATGCATGGAAGATTTTCGAGTCCTC-A 974
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| | |
Sbjct 1012 TGGATATGTACTCTAAATGTGGAAGCATTGAAGATGCGTGGACGATTTTCGAGTCCACGA 1071
Query 975 CAAGAAGTTGATGAAGTTTCCATGACTGTGATATTAGTTGGTTTAGCACAAAATGGGTTA 1034
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1072 C-GGAAGTTGATGAAGTTTCCATGACTGTGATATTAGTTGGTTTAGCACAAAATGGGTCA 1130
Query 1035 GAGGAAGAAGCTATACAGTTCTTCATTAGAATGCTTCAAGCTGGTGTAGAGATTGATGCA 1094
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1131 GAGGAAGAAGCTATACAGTTCTTCATTAGAATGCTTCAAGCTGGAGTAGAGATTGATGCA 1190
Query 1095 AATGTAGTCTCAGCTATTCTTGGAGTTTCATTTGTCGATAACTCTTTGGGTCTAGGCAAG 1154
||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1191 AATGTAGTCTCAGCTGTTCTTGGAGTTTCGTTTATCGATAATTCTTTGGGTCTAGGCAAG 1250
Query 1155 CAACTGCATTCTTTGGTTATCAAACGAAAATTCTGCGGTAACACCTTTGTCAACAATGGA 1214
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1251 CAACTGCATTCTTTGGTTATCAAACGAAAATTCTCCGGTAACACCTTTGTCAACAATGGA 1310
Query 1215 CTCATTAACATGTACTCAAAATGTGGAGACCTGACTGATTCACAAACTATCTTTAGAAGA 1274
||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||| |||||||| ||
Sbjct 1311 CTCATTAACATGTACTCAAAATGTGGAGATCTGACCGACTCACAAACTGTCTTTAGACGA 1370
Query 1275 ATGCCAAAAAGGAACTATGTTTCATGGAACTCGATGATTGCAGCATTTGCTCGCCATGGT 1334
||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1371 ATGCCGAAGAGGAACTATGTTTCATGGAACTCGATGATTGCAGCATTTGCTCGCCATGGT 1430
Query 1335 CATGGATTAGCTGCCTTGAAACTATACGAAGAAATGACTACGCTAGAAGTGAAGCCTACA 1394
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1431 CATGGATTAGCTGCCTTGAAACTATACGAAGAAATGACTACGCTAGAAGTGAAGCCTACA 1490
Query 1395 GATGTTACCTTCCTATCACTACTTCATGCTTGTAGCCATGTGGGGTTGATTGATAAAGGC 1454
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1491 GATGTTACCTTTCTATCACTACTTCATGCTTGTAGCCATGTAGGGTTGATTGATAAAGGC 1550
Query 1455 CGAGAACTCTTAAACGAGATGAAAGAGGTCCATGGAATCAAGCCCAGGACAGAGCACTAT 1514
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||
Sbjct 1551 CGAGAACTCTTAAACGAGATGAAAGAGGTCCATGGAATCGAGCCCAGGACAGAGCATTAT 1610
Query 1515 ACCTGTATTATTGACATGTTGGGTCGAGCTGGTCTTATGAAAGAAGCAAAGAGCTTTATA 1574
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1611 ACCTGTATTATTGACATGTTGGGTCGAGCTGGTCTTTTGAAAGAAGCAAAGAGCTTTATA 1670
Query 1575 GACTCATTGCCTTTGAAACCTGACTGTAAAATTTGGCAAGCGTTGCTTGGAGCTTGTAGT 1634
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1671 GACTCATTGCCTTTGAAACCTGACTGTAAAATTTGGCAAGCGTTGCTTGGAGCTTGTAGT 1730
Query 1635 TTCCATGGTGATACAGAAGTAGGGGAATATGCAGCTGAACAGTTGTTTCAAACTGCACCT 1694
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1731 TTCCATGGTGATACAGAAGTAGGGGAATATGCAGCTGAACAGTTGTTTCAAACTGCACCT 1790
Query 1695 GATAGCTCAGCTGCTCATATCTTGATGGCTAACATATATTCATCCAGAGGAAAATGGAAG 1754
||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1791 GATAGCTCATCTGCTCATATCTTGATCGCTAACATATATTCATCCAGAGGAAAATGGAAG 1850
Query 1755 GAGAGGGCGAAGACGATCAAGAGAATGAAAGCAATGGGAGTGACTAAAGAAACAGGCATA 1814
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851 GAGAGGGCGAAGACGATCAAGAGAATGAAAGCAATGGGAGTGACTAAAGAAACAGGCATA 1910
Query 1815 AGTTGGATTGAAATTGAGAATAAAACACACAGCTTTGTGGTTGAGGACAAAATGCATCCA 1874
|||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1911 AGTTCGATTGAAATTGAGCATAAAACACACAGCTTTGTGGTTGAGGACAAATTGCATCCA 1970
Query 1875 CAAGCAGAGGCTATATATGATGTTCTGTCTGGATTGTTTCC--T---G-T---T-ACGGT 1924
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | | | | |||
Sbjct 1971 CAAGCAGAGGCTATATATGATGTTCTGTCTGGATTGTTTCCGGTTATGGTAGATGAAGGT 2030
Query 1925 -A--GACCTGATAAGAGGTTTATTCTCTGTTATACAGGAGAAGACAGAGAA-GACACAAG 1980
| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||| | ||| |
Sbjct 2031 TACAGACCTGATAAGAGGTTTATTCTGTGTTATACAGGAGATGACAG-GAACGGCACG-G 2088
Query 1981 TGTCTTTGTTCCTTAACGCCTTCTCTCTACATGAATATATA--T-CAAGAGAAGAGAAAA 2037
| || | ||||||||||||||||||||||||||||| | || | |||||| |||||| |
Sbjct 2089 TATCATAGTTCCTTAACGCCTTCTCTCTACATGAATGTGTACATACAAGAGTAGAGAATA 2148
Query 2038 CCCATGGCGTCTTGTAGAAG 2057
||||||||| ||||| |||
Sbjct 2149 TCCATGGCGTTTTGTA-AAG 2167
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 102810716160
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5