BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg928125
Length=1680
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G05350.1 | Symbols: | Metallopeptidase M24 family protein |... 2724 0.0
> AT3G05350.1 | Symbols: | Metallopeptidase M24 family protein
| chr3:1526963-1533867 REVERSE LENGTH=2297
Length=2297
Score = 2724 bits (1475), Expect = 0.0
Identities = 1618/1687 (96%), Gaps = 10/1687 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TTAAACTCTAGTTGGATTCTCATGCGTGCTGGTAATCCGGGAGTCCCCACGGCAAGTGAA 60
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 490 TTAAACTCTAGTTGGATTCTCATGCGGGCTGGTAATCCGGGAGTCCCCACGGCGAGTGAA 549
Query 61 TGGGTAGCTGATGTTTTGGCTCCTGGTGGAAGAGTTGGTATTGACCCTTTCCTTTTTTCC 120
||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 550 TGGATAGCTGATGTTTTGGCGCCTGGTGGAAGAGTTGGTATTGACCCTTTCCTTTTTTCC 609
Query 121 GCCGATGCTGCTGAGGAATTGAAGGAGGTTATAGCGAAGAAGAATCATGAGTTGGTTTAC 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 610 GCCGATGCTGCTGAGGAATTGAAGGAGGTTATAGCAAAGAAGAATCATGAGTTGGTTTAC 669
Query 181 TTGTACAATGTAAATCTTGTGGATGAGATATGGAAGGACTCAAGGCCAAAGCCTCCAAGC 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 670 TTGTACAATGTAAATCTTGTGGATGAGATATGGAAGGACTCAAGGCCAAAGCCTCCAAGC 729
Query 241 AAACAAATAAGGATACATGACTTGAAGTATGCTGGTGTAGATGTGGCCTCGAAATTGTTG 300
| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 730 AGACAAATAAGGATACATGACTTGAAGTATGCTGGTTTAGATGTGGCCTCGAAATTGTTG 789
Query 301 TCTCTGAGGAATCAAATTATGGATGCTGGCGCATCTGCCATTGTAATATCCATGCTTGAT 360
||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 790 TCTTTGAGGAACCAAATTATGGATGCTGGCACATCTGCCATTGTAATATCCATGCTTGAT 849
Query 361 GAGATTGCATGGGTGCTTAATCTGAGAGGGAGCGATGTTCCACATTCACCTGTAATGTAT 420
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 850 GAGATTGCATGGGTGCTTAATCTGAGAGGGAGCGATGTTCCACATTCACCTGTAATGTAC 909
Query 421 GCATATCTGATTGTAGAGGTTGACCAAGCCCAACTCTTTGTAGATAATTCTAAAGTATCG 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 910 GCATATCTGATTGTAGAGGTTGACCAAGCCCAACTTTTTGTAGATAATTCTAAAGTAACG 969
Query 481 GCGGAGGTGAAAGATCATTTGAAAAACGCACGGATCGAACTTAGACCATACGATTCCATT 540
| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 970 GTGGAGGTGAAAGATCATTTGAAAAACGCAGGGATCGAACTTAGACCTTACGATTCCATT 1029
Query 541 CTTCAAGGAATAGATAGTCTGGCAGAACGAGGAGCTCAGCTCTTGATGGATCCATCAACC 600
|||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1030 CTTCAAGGAATAGATAGTTTGGCAGCACGAGGAGCTCAGCTCTTGATGGATCCATCAACC 1089
Query 601 CTCAACGTAGCTATCATTAGTACCTACAAATCTGCGTGTGAAAGATA--C-------TCT 651
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | | |
Sbjct 1090 CTCAACGTAGCTATCATTAGTACCTACAAATCTGCCTGTGAAAGATATTCGAGGAATTTT 1149
Query 652 GAAAGTGAAGACAAAGCTAAGATGAAGTTTACTGATAGCTCCAACGGACAGACTGCCAAT 711
||||| |||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||| | |||||||||
Sbjct 1150 GAAAGCGAAGCCAAAGTTAAGACAAAGTTTACTGATAGCTCCAGCGGATATACTGCCAAT 1209
Query 712 CCCTCTGGTATTTACATGCAATCTCCTATTTCTTGGGCAAAGGCCATTAAAAATGATGCC 771
|| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1210 CCTTCTGGTATTTACATGCAATCTCCTATTTCGTGGGCAAAGGCCATTAAAAATGATGCT 1269
Query 772 GAGCTACAGGGAATGAAGAACTCTCACTTGAGAGATGCTGCTGCTCTAGCTCATTTCTGG 831
|||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1270 GAGCTAAAGGGAATGAAGAATTCTCACTTGAGAGATGCTGCTGCCCTAGCTCATTTCTGG 1329
Query 832 GCTTGGCTGGAAGAAGAAGTGCATAAGAATGCGAACCTAACAGAGGTCGATGTGGCTGAC 891
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1330 GCTTGGCTGGAAGAAGAAGTGCATAAGAATGCGAATCTAACAGAGGTCGATGTGGCTGAC 1389
Query 892 AGGCTCCTTGAATTCCGTTCAATGCAAGATGGTTTTATGGATACAAGCTTCGATACAATA 951
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1390 AGGCTTCTTGAATTCCGTTCAATGCAAGATGGTTTTATGGATACAAGCTTTGATACAATA 1449
Query 952 AGTGGTTCCGGTGCAAATGGTGCTATTATACATTATAAACCCGAGCCTGAGAGCTGCAGT 1011
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1450 AGTGGTTCCGGTGCAAATGGTGCTATTATACATTATAAGCCCGAGCCTGAGAGCTGCAGT 1509
Query 1012 CGTGTAGACCCTCAAAAACTTTACTTGCTGGATAGTGGCGCTCAATATGTTGATGGAACA 1071
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1510 CGTGTAGACCCTCAAAAACTTTTTTTGCTGGATAGTGGCGCTCAATATGTTGATGGAACA 1569
Query 1072 ACAGACATCACCAGAACAGTACATTTTAGTGAACCTTCTGCCCGAGAAAAAGAATGTTTC 1131
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 1570 ACAGACATCACCAGAACAGTACATTTTAGTGAACCTTCTGCCCGTGAAAAGGAATGTTTC 1629
Query 1132 ACTCGAGTTTTGCAGGGTCATATAGCTCTTGATGAAGCCGTGTTCCCAGAAGGTACTCCT 1191
|||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1630 ACTCGAGTCTTGCAGGGTCATATAGCTCTTGATCAAGCCGTGTTCCCAGAAGGTACTCCT 1689
Query 1192 GGTTTTGTATTGGATGGGTTTGCACGCTCTTCTCTTTGGAAAATTGGGCTTGATTACCGC 1251
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1690 GGTTTTGTATTGGATGGGTTTGCACGCTCTTCTCTATGGAAAATTGGACTTGATTACCGC 1749
Query 1252 CATGGGACAGGACACGGCGTAGGTGCTGCACTCAATGTGCATGAAGGTCCTCAAAGTATT 1311
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1750 CATGGGACAGGACACGGCGTAGGTGCTGCACTCAATGTGCATGAAGGTCCTCAAAGTATT 1809
Query 1312 AGCTTTCGGTATGGAAACATGACCCCTCTTCAGAATGGCATGATAGTAAGCAATGAACCT 1371
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1810 AGCTTTCGGTATGGAAACATGACCCCTCTTCAAAATGGCATGATAGTAAGCAATGAACCT 1869
Query 1372 GGATATTATGAAGACCATGCATTTGGGATTCGAATTGAGAATCTCCTTCATGTGAGAGAT 1431
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1870 GGATATTATGAAGACCATGCATTTGGGATCCGAATTGAGAATCTCCTTCATGTGAGAGAT 1929
Query 1432 GCTGAAACACCAAACCGCTTTGGTGGTACTACATACCTTGGATTTGAGAAGCTTACATTC 1491
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1930 GCTGAAACACCAAACCGCTTTGGTGGTGCTACATACCTTGGATTTGAGAAGCTTACATTC 1989
Query 1492 TTCCCCATTCAGACAAAAATGATTGATGTTTCTTTGCTATGTGATACTGAGATTGACTGG 1551
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||
Sbjct 1990 TTCCCCATTCAGACAAAAATGGTTGATGTTTCTTTGCTGTCTGATACTGAGGTTGACTGG 2049
Query 1552 CTTAATCGTTACCACGTGGAAGTCTGGGAAAAGGTTTCACCATTATTGGAAGGTTCTACT 1611
|||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2050 CTTAATAGTTACCACGCGGAAGTCTGGGAAAAGGTTTCACCATTATTGGAAGGTTCTACT 2109
Query 1612 ACTCAGCAGTGGCTCTGGAACAACACAAGACCGTTAGCCAAAAGATGATCAAACCCGCCA 1671
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||
Sbjct 2110 ACTCAGCAGTGGCTCTGGAACAACACAAGACCCTTAGCCAAACCATGATCAAACCCACCA 2169
Query 1672 AGTGTTT 1678
||| |||
Sbjct 2170 AGT-TTT 2175
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 83031701430
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5