BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg928368
Length=1952
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G07020.2 | Symbols: | UDP-Glycosyltransferase superfamily p... 3240 0.0
> AT3G07020.2 | Symbols: | UDP-Glycosyltransferase superfamily
protein | chr3:2217653-2221702 REVERSE LENGTH=2493
Length=2493
Score = 3240 bits (1754), Expect = 0.0
Identities = 1895/1962 (97%), Gaps = 13/1962 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 3 GAGATAGAGAGAGATTCACGATGCCGGAAATATCTCCGGCTGAGCTAGCCAGGGTTTC-T 61
|||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||| |
Sbjct 93 GAGATAGAGAGAGAATCACGATGCCGGAAATATCGCCGGCTGAGCTCGCCAAGGTTTCTT 152
Query 62 --TCG---TCTTCTTCTTCTTCCTCAAGTTCCGGCCGAGCGTCGGTGAAAATCGAGGAGA 116
||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 153 CCTCGTCTTCTTCTTCTTCTTCCTCAAGTTCCGGCAGAGCGTCGGTGAAAATCGAAGAGA 212
Query 117 TTGAAGGCGGTGCTGCTGCTGGTGGCGTCGTCATTGGCTCTGAAGAACTTGAGACCAATC 176
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 213 TTGAAGGCGGTGCTGCTGCTAGTGGCGTCGTCATTGTTTCTGAAGAACTTGAGACCAATC 272
Query 177 CCAAAACTGTTGTTGCCTCCATTGCTGATGAAACTGTGGCTGAATCTTCAGGTTCTGGCA 236
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||
Sbjct 273 CCAAAACTGTTGTTGCCTCCATTGCTGATGAAACTGTCGCTGAATCTTCAGGTACTGGCA 332
Query 237 ATAAAAGCTTTTCTCGAGTATGGACAATGCCATTGGAGGGTTCATCGAGCAGTGATAGGG 296
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 333 ATAAAAGCTTTTCTCGAGTATGGACAATGCCATTGGAGGGTTCATCGAGCAGTGATAAGG 392
Query 297 CTGAATCATCATCAACAAACCAACCTAGGTTAGATAAATCAAAGACTGAGAGGCAGCAAA 356
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 393 CTGAATCATCATCAACAAACCAACCTAGGTTAGATAAATCAAAGACTGAGAGGCAGCAAA 452
Query 357 AAGTTACTCACATTCTTGCTGAGGATGCTGCTAAGATTTTCGATGACAAAATCTCTGCAG 416
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 453 AAGTTACTCACATTCTTGCTGAGGATGCTGCTAAGATTTTCGATGACAAAATCTCTGCAG 512
Query 417 GGAAGAAGCTTAAATTGCTGAACCGTATAGCTACTGTGAAACATGATGGGACAGTTGAAT 476
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 513 GGAAGAAGCTTAAATTGCTGAACCGTATAGCTACTGTGAAACATGATGGGACTGTTGAGT 572
Query 477 TTGACGTTCCAGCAGATGTTATCCCCCAACCTATTGTTGTTGACCGTGAAGAATCGAAAA 536
|||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||
Sbjct 573 TTGAAGTTCCAGCAGATGCTATCCCTCAACCTATTGTTGTTGATCGTGGAGAATCGAAAA 632
Query 537 ACGGTCTTTGCGCTGATGAGTCTATTGATGGGGTTGACCTTCAGTATATCCCTCCTATGC 596
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 633 ACGGTGTTTGCGCTGATGAGTCTATTGATGGGGTTGACCTTCAGTATATCCCTCCTATGC 692
Query 597 AAATCGTGATGTTAATTGTTGGAACACGCGGTGATGTTCAACCTTTTGTTGCAATAGCCA 656
|||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 693 AAATTGTGATGTTAATTGTTGGAACACGTGGAGATGTTCAACCTTTTGTTGCAATAGCCA 752
Query 657 AACGGCTTCAGGACTATGGCCATCGAGTTAGACTTGCAACTCATGCTAATTTTAAAGAGT 716
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 753 AACGGCTTCAGGACTATGGCCATCGAGTTAGACTTGCAACTCATGCAAATTTTAAAGAGT 812
Query 717 TTGTTTTGACTGCTGGATTGGAGTTCTATCCTTTAGGTGGAGATCCAAAAGTGCTCGCTG 776
||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 813 TTGTTTTGACTGCTGGATTAGAGTTTTATCCTCTAGGTGGAGATCCAAAAGTGCTCGCCG 872
Query 777 GTTATATGGTTAAGAACAAGGGATTTTTGCCATCAGGCCCTTCAGAGATTCCAATTCAAC 836
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 873 GTTATATGGTTAAGAACAAGGGCTTTTTGCCATCAGGCCCTTCAGAGATTCCAATTCAAC 932
Query 837 GAAACCAAATGAAGGACATCATATATTCTCTACTTCCAGCATGTAAAGAACCTGATCCAG 896
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 933 GAAACCAAATGAAGGACATCATATATTCTCTACTTCCAGCATGTAAAGAACCTGATCCAG 992
Query 897 ATTCTGGAATTTCCTTTAAAGCTGATGCAATTATTGCCAACCCTCCAGCATATGGACATA 956
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 993 ATTCTGGGATTTCCTTTAAAGCTGATGCAATTATTGCCAACCCTCCAGCGTATGGACATA 1052
Query 957 CCCATGTCGCAGAAGCACTGAAGATACCGATTCATGTATTTTTCACCATGCCATGGACAC 1016
||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1053 CCCATGTGGCAGAAGCACTGAAGATACCGATTCACGTATTTTTCACCATGCCATGGACAC 1112
Query 1017 CAACAAGTGAATTTCCACACCCATTGTCACGTGTCAAACAACCAGCAGGATACAGACTTT 1076
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1113 CAACAAGTGAATTTCCACACCCATTGTCACGTGTCAAACAACCAGCAGGATACAGACTTT 1172
Query 1077 CGTATCAAATCGTCGACTCATTGATCTGGCTTGGAATAAGAGATATGGTAAATGACCTTA 1136
| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1173 CATATCAAATCGTCGATTCATTGATCTGGCTTGGAATAAGAGATATGGTAAATGACCTTA 1232
Query 1137 GGAAAAAGAAATTGAAACTACGGCCTGTTACATATCTAAGTGGAACACAAGGATCTGGAT 1196
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1233 GGAAAAAGAAATTGAAACTACGGCCTGTTACATATCTAAGTGGAACACAAGGATCTGGAT 1292
Query 1197 CTAATATCCCACATGGATATATGTGGAGTCCTCACCTTGTCCCAAAGCCAAAAGACTGGG 1256
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1293 CTAATATCCCACATGGATATATGTGGAGTCCTCACCTTGTACCAAAGCCAAAAGACTGGG 1352
Query 1257 GGCCTCAAATTGATGTAGTGGGATTTTGCTTTCTTGATCTTGCATCCAACTATGAACCTC 1316
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1353 GGCCTCAAATTGATGTAGTGGGATTTTGCTATCTTGATCTTGCATCCAACTATGAACCTC 1412
Query 1317 CTGCAGAGCTTGTGGAATGGCTAGAAGCTGGTGACAAGCCCATATATATCGGCTTTGGTA 1376
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1413 CTGCAGAGCTTGTGGAATGGCTAGAAGCTGGTGACAAGCCCATATATATCGGCTTTGGTA 1472
Query 1377 GTCTACCTGTGCAAGAACCAGAGAAAATGACAGAAATCATTGTAGAAGCACTTCAAAGAA 1436
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1473 GTCTCCCTGTGCAAGAACCAGAGAAAATGACAGAAATCATTGTGGAAGCACTTCAAAGAA 1532
Query 1437 CTAAACAGAGAGGAATCATCAACAAAGGCTGGGGTGGACTTGGAAACTTGAAAGAACCGA 1496
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1533 CTAAACAGAGAGGAATCATCAACAAAGGTTGGGGTGGCCTTGGAAACTTGAAAGAACCGA 1592
Query 1497 AGGACTTCGTTTACTTGTTGGATAATGTCCCACATGACTGGCTATTCCCGAGATGCAAGG 1556
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1593 AGGACTTTGTTTACTTGTTGGATAATGTCCCACATGACTGGCTATTCCCGAGATGCAAAG 1652
Query 1557 CTGTGGTTCATCATGGTGGTGCTGGAACAACTGCTGCAGGTCTTAAAGCCTCGTGCCCAA 1616
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1653 CTGTGGTTCATCATGGTGGTGCTGGAACAACGGCTGCGGGTCTTAAAGCCTCGTGCCCAA 1712
Query 1617 CTACGATCGTGCCTTTCTTTGGAGACCAACCTTTTTGGGGAGAACGAGTGCATGCTAGAG 1676
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1713 CTACAATCGTGCCTTTCTTTGGAGACCAACCTTTTTGGGGAGAACGAGTGCATGCTAGAG 1772
Query 1677 GTGTAGGTCCTGCACCAATCCCAGTGGATGAATTCTCACTTCATAAGCTTGAAGATGCCA 1736
|||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1773 GTGTTGGTCCTTCACCAATCCCAGTGGATGAATTCTCACTTCATAAGCTTGAAGATGCCA 1832
Query 1737 TAAATTTCATGCTCGACGATAAGGTGAAGAGCAGTGCAGAGACGCTAGCAAAGGCGATGA 1796
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1833 TAAATTTCATGCTCGACGATAAGGTAAAGAGCAGTGCAGAGACACTAGCAAAGGCGATGA 1892
Query 1797 AGGACGAGGATGGTGTGGCTGGAGCCGTGAAGGCCTTCTTTAAACATCTTCCAAGTGCGA 1856
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1893 AGGACGAGGATGGTGTGGCTGGAGCCGTGAAGGCCTTCTTTAAACATCTTCCAAGTGCAA 1952
Query 1857 AACAGAATCT-TCCGGATCAGATCCCAGAACCTTCTGGATTTCTCTCTTTCAGAAAATGC 1915
|||||||| | || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1953 AACAGAATATCTC-GGATCCGATCCCAGAACCTTCTGGATTTCTCTCTTTCAGGAAATGC 2011
Query 1916 TTTGGCTGTTCGTAACT--CT-CTC-CC-TCCAGAATCTCCT 1952
||||||||||||||||| || ||| || |||||||||||||
Sbjct 2012 TTTGGCTGTTCGTAACTTTCTTCTCTCCCTCCAGAATCTCCT 2053
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 96686249670
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5