BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg928450
Length=2593
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G07660.1 | Symbols: | Kinase-related protein of unknown fun... 4132 0.0
> AT3G07660.1 | Symbols: | Kinase-related protein of unknown function
(DUF1296) | chr3:2444778-2450561 REVERSE LENGTH=3212
Length=3212
Score = 4132 bits (2237), Expect = 0.0
Identities = 2482/2601 (95%), Gaps = 13/2601 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TACCTTTGATATAAGAGAGGATGGTCGGCAGTGGCGCTAGGGTTTCGATTCCGGCCAGTA 60
||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||
Sbjct 170 TACGTTTGATAGAAGAGAGGATGGTCGGCAGTGGCGCTAGGGTTTCGATTTCGGCTACTA 229
Query 61 CTCGGAAGACGATTCAGAACATCAAGGAGACCACTGCTGGGAACTATAGCGAGGATGAGA 120
||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 230 CTCGGAAGATGATTCAGAACATTAAGGAGACCACTGCTGGGAACTATAGCGAGGATGAGA 289
Query 121 TTCTCGCAATGCTTCATGAATGTAACATGGATCCTGATGAGACCGCTCAACGCTTACTTC 180
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 290 TTATCGCAATGCTTCATGAATGTAACATGGATCCTGATGAGACCGCTCAACGCTTACTTC 349
Query 181 TTCAGGATCCATTCCATGAGGTTaaaaaaaaGCGTGATAAGAGGAAAGAGAACATCCACA 240
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 350 TTCAGGATCCATTCCATGAGGTTAAAAAAAAGCGTGATAAGAGGAAAGAGAACATCAACA 409
Query 241 ACAAGGATTCTGCTGAATCACCATGGAGATCTGGTGGAGGGGGGCGTGGTAGCAGGGGTG 300
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 410 ACAAGGATTCTGCTGAATCACAATGGAGATCTGGTGGAGGGGGCCGTGGTAGCAGGGGTG 469
Query 301 GTCGGATGAATTTCTCTTCTCGTCATGCATCAAATGATGTTGCTGGTGCAAAGAATTCTT 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 470 GTCGGATGAATTTCTCTTCTCGTCATGCATCAAATGATGTTGCTGGTGCAAAGAATTCTT 529
Query 361 TCAGAAAAGAAAACGGTCCAAAACAGGTCACTGATCCATCAACTTCAACCTCTCAAGGGA 420
||| |||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 530 TCAAAAAAGAAAACGGTCCAAAGCAGGTTATTGATCCATCAACTTCAACCTCTCAAGAGA 589
Query 421 TAAAAACGAAAGATATGGCTTTGGTCTCAAGCCATTCAGCTGTGATGGATAAAAGTACTG 480
|||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 590 TAAAAACGAAAGATATAGCTCTGGTCTCAAGCCATTCTGCTGTGATGGATAAAAGTACTG 649
Query 481 TTGGTCTGACATCAGGAAGCTCTGATGTTCGCCATTCTTCCAACCTACCAGCTAGTTCAG 540
|||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 650 TTGGTCCGAAATCAGGAAGCTCTGATGTTCGCCAGTCTTCCAACCTACCAGCTGGTTCAG 709
Query 541 GTCAACTGAAAGCT-ACTGGATCTTCAGTGCTCTCAAACAACATTGATGGTGCACCGTCT 599
||||||| |||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 710 GTCAACTTAAAGCTGGC-CGATCTTCAGTGCCCTCAAACAACATTGATGGTGCACCGTCT 768
Query 600 TCTGTGGAATTAAGCAAAAATCGTTTAGCAGTTGGCTCAAGGGATGTGTATACTGAGCAG 659
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||| |||||||||||
Sbjct 769 TCTGTGGAATTAAGCAAAAATCGTGTAGCAGTTGGCTCTAGGGTTGTGCATACTGAGCAG 828
Query 660 AAGTCAGCTGATTCTCTGCCACTCCCTCGTCCATCCTCTTCTGAAGTTCGATTCACATCT 719
||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 829 AAGGCAGTTGATTCTCTGCCACTCCCTCGTCCATCCTCTTCTGAAGTTCGATTCACATCT 888
Query 720 TCAAATCCCAAATCAGAGCAAACAGCACATGAACAGCACATTGGAGAAAGCAAGTCCCAT 779
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 889 TCAAATCCCAAATCAGAGCAAACAGCACCTGAACAGCACATTGGAGAAAGCAAGTCCCAT 948
Query 780 GCCAGATCCCGTGGGGTTGGGAAGACTGCCGTGAATG--A-TTAT-GTTCCGAGGCCTGC 835
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||| | ||||||||
Sbjct 949 ACCAGATCCCGTGGGGTTGGGAAGACTGCCGTGAATGATACTTATGGTT-CAAGGCCTGC 1007
Query 836 TTCGTCTCATAGCAACAGCACGGGTAGTCGGCCTTCTTCTAACTACAGTAATCGGTCACA 895
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1008 TTCATCTCATAGCAACAGCACGGGTAGTCGGCCTTCTTCTAACTACAGTAATCGGTCACA 1067
Query 896 TCAGACTGTTGGTCCTCAAAGAGGTGCTGGTTCCATTAAGGAATGGAAACCGAAGCC--- 952
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1068 TCAGACTGTCGGTCCTCAAAGAGGTGCTGGTTCCATTAAGGAATGGAAACCGAAGCCAGT 1127
Query 953 AGTGAACCATAACACTACCCAGGGCCCTGGTGCATCATCTACAGGTGAAACCCTTGCAGT 1012
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1128 AGTGAACCATAACACTACCCAGGGCTCTGGTGCATCATCTACAGGTGAAACTCTTGCAGT 1187
Query 1013 TCCTACTGAATCCAGTGAAAAATCTGTTGAGGATGTTATCCCTTCAGCAGAGGCCACATC 1072
|||||||||| ||||||| ||||| ||||| |||| || |||||| ||||| ||||||||
Sbjct 1188 TCCTACTGAAGCCAGTGACAAATCAGTTGAAGATGCTACCCCTTCGGCAGAAGCCACATC 1247
Query 1073 CAGATTGCAGAGACAGCTTGAAGACTTGCAGATTCAACGTCAGCATGTTATTATTCCAAA 1132
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1248 CAGATTGCAGAGACAGCTTGAAGACTTGCAGATTCAACGTCAGCATGTTATTATTCCAAA 1307
Query 1133 CCATATTCTTGTTCCAGAGGCTGAACGAACCAAGTTAAGCTTTGGAAGCTTTGATGCTGG 1192
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1308 CCATATTCTTGTTCCAGAGGCTGAACGAACCAAGTTAAGCTTTGGAAGCTTTGATGCTGA 1367
Query 1193 CTTTTCTATTACGTCTAGCTCAGTAGCCTGTCCTCAGAGTGAAAAGAGATCTGCACCTCT 1252
||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1368 CTTTTCTATTACGTCTAGCACAGTAGCCTTTCCTCAGAGTGAAAAGAGATCTGCACCTCT 1427
Query 1253 CTCTCATAATTCGCAGGAAGTTGAAGAAAGTTTTGAAGAGGAGGAATTTAGGCACCCAAC 1312
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1428 TTCTCATAATTCGCAGGAAGTTGAAGAAAGTTTTGCAGAGGAGGAATTTAGGCACCCAAC 1487
Query 1313 TGTCCATTCGACTGAAAAGGAAGAGGACAATAATGTTTACTCCGAGTCACCTTCACAAGT 1372
||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1488 TGTCCATTCGATTGAAAAAGAAGAGGACGGTAATGTTTACTCCGAGTCACCTTCACAAGT 1547
Query 1373 TCCAGAAAATATGGCTGGTGAAGGTATTAGTGCAACAAATGCAGCTCCAGAGTATGATGT 1432
|||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1548 TCCAGATAATATGGCTGGTGAAGGTAATACTGCAACAAATACAGCTCCAGAGTATGATGT 1607
Query 1433 CACCAAGCAAGAGAATCTGTTGGAGTCCGAAAGCAATCAAAACTCTTTTGACCATGTTCC 1492
||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 1608 CACCAAGCAGGAGAATATGTTGGAGTCCGAAAGCAATCAAAACTCGTTTGACCAGGTTCC 1667
Query 1493 AAGTAGTATTATCGGGCTTGCTCCTCCAGCTCCTGGGAGCCAGCATCCACAATTTGAGAC 1552
||||| |||||| ||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1668 AAGTAATATTATTGGGATTGTTCCTCCAGCTCCTGGGAACCAGCATCCACAATTTGAGAC 1727
Query 1553 TGCTGACCCTCAAGCACGTGATGCTCTTCGTATTCCCAATTTTGTGGTCCAACCACCTTT 1612
| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||| ||| ||||| ||||||
Sbjct 1728 TTCTGACCCTCAAGCACGTGATGCCCTTCGTCTTCCCAGTTTTATGGGCCAACAACCTTT 1787
Query 1613 TGATACGGCGAGTTACTATGCTCAATTCTACCGCCCAGGTCCTGACAGTGATGGCCGTGT 1672
|||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1788 TGATACGGCGAGCTACTATGCTCAGTTCTACCGCTCAGGTCCTGACAGTGATGGCCGTGT 1847
Query 1673 TTCTCCCTTTGTTTCCCCAGGGGTTGCCTCCAAATTTAATGGGAATGTTACAGTAATGCC 1732
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||
Sbjct 1848 TTCTCCCTTCGTTTCCCCAGGGGTTGCCTCCAAATTTAATGGG-A--TTACAGTATTGCC 1904
Query 1733 TCCGCATTCATCTCAAACCATGCAAGAGGGTGGAAATAACTTAGTTCTGTCTACTGCTAG 1792
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 1905 TCCGCATTCATCTCAAACCATGCAAGAGGGTGGAAATAACTTGGTCCTGTCTACTGCTAG 1964
Query 1793 TCCACCACCACTGGTAACTCAGGCTGCTGGACTAATGCAGAGCTCTATACCTGTCACGCA 1852
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1965 TCCACCACCACTGGTAACTCAAGCTGCTGGACTAATGCAGAGCTCTATACCTGTCACGCA 2024
Query 1853 GCAGCCTGTTCCTGTTTTCCGCCCCCCGGGTTTACATATGTCGCATTATCCACCAAATTA 1912
|||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2025 GCAGCCTGTTCCTGTTTTCCGCCCTCCGGGCTTACATATGTCGCATTATCCACCAAACTA 2084
Query 1913 CGTGCCATATGGATACTTCTCCCCATTCTATCTACCTCCCCCTACAATGCACCAATACTT 1972
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2085 CGTGCCATATGGATACTTCTCCCCATTCTATTTACCTCCCCCTACAATGCACCAATACTT 2144
Query 1973 AAGCAATGGTGCATTTGCTCAGCAACCTCAGGCAAGCGGTGTATATCCTCCACCCCCTGG 2032
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2145 AAGCAATGGTGCATATGCTCAGCAACCTCAGGCAAGCGGTGTATATCCTCCACCTCCTGG 2204
Query 2033 AGCTGCAACAGGAGGCAAATACACACTCCCTCATTACAAGCCTGGGACTAATACAGGAAA 2092
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2205 AACTGCAACAGGAGGCAAATACACACTCCCTCATTACAAGCCTGGGACTAATACAGGAAA 2264
Query 2093 CATGACTCATGTCGGTATGCCTGGTGGTTATGGACCAACATATGGGTCCTTCCCAGCAGG 2152
|||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2265 CATGACTCATGTCGGTATTACTGGTGGGTATGGACCAACATATGGGTCTTTCCCAGCAGG 2324
Query 2153 ATATAATCCCACCTCTGCTGCATCAGCCGGGAATTCGACTTCCAATGAGGATCTCAACTC 2212
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2325 ATATAATCCCACCTCTGCTGCATCGGCCGGGAATTCGACTTCCAATGAGGATCTCAACTC 2384
Query 2213 ATTGCAGTTGAAAGAAAACAACGGCTACAGCGCAACAGGGCAACAGAGTGAAGCATTACC 2272
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2385 ATTGCAGTTGAAAGAAAACAACGGCTACAGTACAACAGGGCAACAGAGTGAAGCATTACC 2444
Query 2273 TGTATGGATTACTGGGCCAGGACGAGATGTGTCAAGCTCTTTCTATGGTTTACAGCACCA 2332
||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2445 TGTATGGATTACTGGACCAGGACGAGATGTGCCAAGCTCTTTCTATGGTTTACAGCACCA 2504
Query 2333 TGGGCAACACGTGACTTACGCTCCAGCACAAGCTGGTCACGTCGCGTACCCAGGTATTTA 2392
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||
Sbjct 2505 TGGGCAACACGTGACTTATGCTCCAGCACAAGCTGGTCACGTCGCATTCCCAGGTATGTA 2564
Query 2393 CCATCCGGGACAAGCAGTAACAGCAACAGGAGTTCATCATCCGCTTTTACAACAGTCTCA 2452
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2565 CCATCCGGGACAAGCAGTAACAGCAACAGGAGTCCATCATCCGCTTTTACAACAGTCTCA 2624
Query 2453 AGGTGTGGCTGGAGCTGAAATGGTTGCACCTGCGCCTAACGTTTTCCAACAGCCTCAGCA 2512
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2625 AGGTGTGGCTGGAGCTGAAATGGTTGCACCTGCGCCTAACGTTTTCCAACAGCCTCAGCA 2684
Query 2513 AACACAGATGAATTGGCCAAGTAATTACTGAAACAGGAAGTATAAAGGAGAAAAAGATTT 2572
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2685 AACACAGATGAATTGGCCAAGTAATTACTGAAACAGGAAGTATAAAGGAGAAAAAGATTT 2744
Query 2573 TGAAGATTCAACAAGTTTCAA 2593
|||||||||||||||||||||
Sbjct 2745 TGAAGATTCAACAAGTTTCAA 2765
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 128728375738
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5