BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg928461
Length=2442
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G07770.1 | Symbols: Hsp89.1, AtHsp90.6, AtHsp90-6 | HEAT SHO... 4113 0.0
> AT3G07770.1 | Symbols: Hsp89.1, AtHsp90.6, AtHsp90-6 | HEAT SHOCK
PROTEIN 89.1 | chr3:2479548-2484194 FORWARD LENGTH=2687
Length=2687
Score = 4113 bits (2227), Expect = 0.0
Identities = 2372/2443 (97%), Gaps = 5/2443 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 3 TTTTAGAAGTTTGCGACTATGATAAGGCTCTCTAAGCGCTCCGTCTCTACCTTCCTACGC 62
||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 46 TTTTAGAAGTTTGCGACGATGATCAGGCTCTCTAAGCGCTCCGTCTCTACCCTCCTACGC 105
Query 63 TCCGGTAACCGAAGCTTCCGTGTCGCCGCCGCAGCTTCCACCTCCCGCTCTTCCCCATCT 122
|||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 106 TCCGGTAACCAAAGCTTCCGTATCGCCGCCGCAGCTTCCACCTCCCGTTCTTCCCCATCT 165
Query 123 GCCACGGATGTGAAGAGAAGTGACACTGAATCGAGATGGTACTCATCTTTAACCAATGGA 182
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 166 GCCACGGATGTCAAGAGAAGTGACACTGAATCGAGATGGTACTCATCTTTAACCAATGGA 225
Query 183 CAATCTACGAAAAGTGGGTCATTGGCTCAATTGAACATGAAAACCAATTGGTTTATGGGA 242
||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 226 CAATCTAAGAATAGTGGGTCATTTGCTCAATTGAACATGAAAACCAATTGGTTTATGGGA 285
Query 243 TACCGGAACGAATCCAGTGCAGCAGCATCAGACTCTTCCTCGCAAGCTCCTCCACCGGCT 302
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 286 TACCGGAACGAATCCAGTGCAGCAGCATCAGATTCTTCCTCACAAGCTCCTCCACCGGCT 345
Query 303 GAGAAATTCGAGTATCAAGCTGAAGTTAGTCGCCTCATGGACCTTATTGTTAACAGCTTA 362
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 346 GAGAAATTCGAGTATCAAGCTGAAGTTAGTCGCCTCATGGACCTTATTGTCAACAGCTTA 405
Query 363 TACAGCAATAAGGAGGTGTTTCTTCGGGAGCTTATTAGTAATGCAAGTGATGCATTGGAT 422
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 406 TACAGCAATAAGGAGGTGTTTCTTCGGGAGCTTATTAGTAATGCAAGTGATGCATTGGAT 465
Query 423 AAGCTTCGTTATTTGAGCGTTACCAACCCTGAGCTTTCAAAAGATGCTCCTAATCTTGAT 482
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 466 AAGCTTCGTTATTTGAGCGTTACCAACCCTGAGCTCTCAAAAGATGCTCCTGATCTTGAT 525
Query 483 ATACGTATCTATGCAGACAAGGAGAATGGAATCATAACTCTCACTGATTCTGGTATTGGT 542
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 526 ATACGTATCTATGCAGACAAGGAGAATGGAATCATAACTCTCACTGATTCTGGTATTGGT 585
Query 543 ATGACACGGCAAGAATTAGTTGACTGTCTTGGGACTATTGCTCAAAGTGGAACTGCCAAG 602
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 586 ATGACACGGCAAGAATTAGTTGACTGTCTTGGGACTATTGCTCAAAGTGGAACCGCCAAG 645
Query 603 TTCATGAAAGCTCTAAAGGATAGCAAGGATGCAGGTGGTGACAACAATTTAATTGGTCAA 662
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 646 TTCATGAAAGCTCTAAAGGATAGCAAGGATGCAGGTGGTGACAACAATTTAATTGGTCAA 705
Query 663 TTTGGTGT-GGGATTCTATTCAGCATTTTTGGTTGCAGATCGGGTAATTGTGTCAACCAA 721
|||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 706 TTTGGTGTAGGG-TTCTATTCAGCATTTTTGGTTGCAGATCGGGTAATTGTGTCAACCAA 764
Query 722 GAGCCCTAAGTCTGATAAGCAATATGTATGGGAAGGAGAAGCAAATTCAAGCAGTTTTAC 781
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 765 GAGCCCTAAGTCTGATAAACAATATGTATGGGAAGGAGAAGCAAATTCAAGCAGTTTTAC 824
Query 782 CATTCAGGAAGATACTGATCCACAGTCTCTCATTCCTAGAGGAACTCGTATTACTTTGCA 841
|||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 825 CATTCAGGAAGATACTGACCCACAATCTCTCATTCCTAGAGGAACTCGTATTACTTTGCA 884
Query 842 TCTGAAGCAAGAAGCCAAAAACTTTGCAGATCCTGAGCGGATTCAGAAGCTCGTGAAAAA 901
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 885 TCTTAAGCAAGAAGCCAAAAACTTTGCAGATCCTGAGCGGATTCAGAAGCTCGTGAAAAA 944
Query 902 CTATTCCCAATTTGTTTCTTTCCCTATTTACACGTGGCAGGAAAAAGGATACACAAAAGA 961
||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 945 CTATTCCCAGTTTGTTTCTTTCCCTATTTACACTTGGCAGGAAAAAGGATACACAAAAGA 1004
Query 962 GGTTGAGGTTGAAGATGATCCAACTGAAACaaaaaaaGATGACCAAGATGACCAAACTGA 1021
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1005 GGTTGAGGTTGAAGATGATCCAACTGAAACAAAAAAAGATGACCAAGATGACCAAACTGA 1064
Query 1022 GAAAAAGAAGAAGACCAAGAAGGTTGTTGAGAGATATTGGGATTGGGAGCTTACAAATGA 1081
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1065 GAAAAAGAAGAAGACCAAGAAGGTTGTTGAGAGATACTGGGATTGGGAGCTTACAAATGA 1124
Query 1082 GACACAACCGATTTGGTTGCGTAACCCTAAGGAGGTGACAACAGAAGAATACAATGAGTT 1141
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1125 GACACAACCGATTTGGCTGCGTAACCCTAAGGAGGTGACAACAGCAGAATACAATGAGTT 1184
Query 1142 TTACAGAAAAGCTTTCAATGAGTATTTGGACCCATTGGCATCATCCCATTTCACGACAGA 1201
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1185 TTACAGAAAAGCTTTCAATGAGTATTTGGACCCATTGGCTTCATCCCATTTCACGACAGA 1244
Query 1202 GGGCGAAGTCGAGTTTAGATCTATCCTATATGTGCCACCTGTTTCACCAACGGGGAAGGA 1261
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1245 GGGCGAAGTCGAGTTTAGGTCTATCCTATATGTGCCACCTGTTTCACCATCGGGGAAGGA 1304
Query 1262 TGACATAGTCAATCAAAAGACAAAGAACATAAGGCTCTATGTTAAACGAGTTTTCATTTC 1321
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1305 TGACATAGTCAATCAAAAGACAAAGAACATAAGGCTCTATGTTAAACGAGTTTTCATTTC 1364
Query 1322 AGATGACTTCGATGGGGAGCTGTTTCCTCGGTACTTGAGCTTTGTTAAAGGTGTTGTGGA 1381
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1365 AGATGACTTTGATGGGGAGCTGTTTCCTCGGTACTTGAGCTTTGTTAAAGGTGTTGTGGA 1424
Query 1382 CTCGCATGATCTCCCACTTAATGTATCCCGTGAGATTCTTCAAGAAAGTCGCATTGTGCG 1441
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1425 CTCGCATGATCTCCCACTTAATGTATCACGTGAGATTCTTCAAGAAAGTCGCATAGTGCG 1484
Query 1442 GATCATGAAGAAACGTCTAGTGAGGAAGGCTTTTGATATGATTTTGGGTATATCCTTAAG 1501
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1485 GATCATGAAGAAACGTCTAGTGAGGAAGGCTTTTGATATGATTTTGGGTATATCCTTGAG 1544
Query 1502 TGAAAACAGAGAAGACTATGAGACGTTTTGGGAGAATTTTGGCAAACATTTGAAACT-GG 1560
||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||| | ||
Sbjct 1545 TGAAAACAGAGAAGACTATGAGAAGTTTTGGGATAATTTTGGCAAACACTTGAAATTAGG 1604
Query 1561 GATGCATCGAGGACCGTGAAAACCACAAGCGTATAGCGCCACTGCTTCGATTTTTCTCCT 1620
| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1605 G-TGCATCGAAGACCGTGAAAACCACAAGCGTATAGCTCCACTGCTTCGATTTTTCTCCT 1663
Query 1621 CCCAGAGTGAGAATGACATGATCAGCTTGGATGAGTATGTTGAGAACATGAAACCTGAAC 1680
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1664 CCCAGAGTGAGAATGACATGATCAGCTTGGATGAGTATGTTGAGAACATGAAACCTGAAC 1723
Query 1681 AGAAAGCCATATATTTCATTGCTTCCGACAGCATTACAAGTGCTAAGAATGCACCTTTCC 1740
||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1724 AGAAAGCCATATACTTCATTGCTTCTGACAGCATTACAAGTGCTAAGAATGCACCTTTCC 1783
Query 1741 TCGAAAAGATGCTGGAGAAGGGACTTGAAGTATTATATTTGGTAGAGCCTATTGATGAAG 1800
||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1784 TCGAAAAGATGCTGGAGAAAGGACTTGAAGTACTATATTTGGTAGAGCCTATTGATGAAG 1843
Query 1801 TTGCGGTGCAGAGTTTAAAAGCTTATAAGGAGAAGGATTTTGTAGATATCAGCAAGGAAG 1860
|||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1844 TTGCCGTACAGAGTTTAAAAGCTTATAAGGAGAAGGATTTTGTAGATATCAGCAAGGAAG 1903
Query 1861 ACTTGGATCTAGGAGACAAGAACGAGGAGAAAGAGGCAGCAGTGAAAAAAGAGTTTGGGC 1920
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1904 ACTTGGATCTAGGAGACAAGAACGAGGAGAAAGAGGCAGCAGTGAAAAAAGAGTTTGGAC 1963
Query 1921 AGACTTGTGATTGGATAAAGAAACGATTGGGTGATAAGGTTGCCAGTGTTCAAATTTCCA 1980
|||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1964 AGACTTGTGACTGGATAAAGAAACGATTGGGTGACAAGGTTGCCAGTGTTCAAATTTCCA 2023
Query 1981 ACCGTCTTAGTTCTTCCCCCTGTGTTCTTGTATCTGGTAAATTTGGTTGGTCAGCCAATA 2040
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2024 ACCGTCTTAGTTCTTCCCCCTGTGTTCTTGTATCTGGTAAATTTGGTTGGTCAGCCAATA 2083
Query 2041 TGGAGAGGCTAATGAAGGCACAATCAGCTGGTGACACAACAAGCCTTGAGTTCATGAAAG 2100
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| || | ||||||||
Sbjct 2084 TGGAGAGGCTAATGAAGGCACAATCAACTGGTGACACAATAAGCCTCGACTACATGAAAG 2143
Query 2101 GGAGAAGAGTGTTTGAGATCAATCCCGACCACTCGATTATCAAGAACATAAATGCTGCTT 2160
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2144 GGAGAAGAGTGTTTGAGATCAATCCCGACCACTCAATTATCAAGAACATAAATGCTGCTT 2203
Query 2161 ACAACAGCAACCCAAATGACGAAGATGCAATGAGAGCCATAGATCTTATGTATGATGCAG 2220
|||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2204 ACAATAGTAACCCAAATGACGAAGATGCAATGAGAGCCATAGATCTTATGTATGACGCAG 2263
Query 2221 CACTAGTTTCTAGTGGGTTCACGCCTGAGAATCCAGCAGAGCTGGGTGGGAAGATATATG 2280
||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2264 CACTAGTTTCTAGTGGGTTCACGCCCGATAATCCAGCAGAGCTGGGTGGGAAGATATATG 2323
Query 2281 AGATGATGGGTATAGCTCTTTCCGCGAAATGGTCAAGCCCTGAGGTGCAGCCGCAGCAAC 2340
||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2324 AGATGATGGATGTAGCTCTTTCCGGGAAATGGTCAAGCCCTGAGGTGCAGCCGCAGCAAC 2383
Query 2341 AGCAGATGGCACATTCTCACGATGCAGAGACATTTGAAGCTGAAGTGGTTGAACCAGTTG 2400
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2384 AGCAGATGGCACATTCTCACGATGCAGAGACGTTTGAAGCTGAAGTGGTTGAACCAGTCG 2443
Query 2401 AAGTGGATGGGAAGAAATGAAGAGAAGCTTAATGTTT-ATGTC 2442
||||||||||||||||||||| | |||| |||||||| |||||
Sbjct 2444 AAGTGGATGGGAAGAAATGAACACAAGCCTAATGTTTTATGTC 2486
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 121284516720
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5