BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg928561
Length=3128
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G09040.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superf... 4970 0.0
> AT3G09040.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily
protein | chr3:2761195-2764281 REVERSE LENGTH=3087
Length=3087
Score = 4970 bits (2691), Expect = 0.0
Identities = 2959/3091 (96%), Gaps = 8/3091 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 21 ATGTATTTCCGAGTTCTCTCGACACCGTCCTCGTCCATGTTCGATTCTTTCTCCTTGGTA 80
||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 1 ATGTATTTCCGAGTTCTCTTGACGCCGTCCTCGGCCATGTTTGATTCTTTCTCCTTTGTA 60
Query 81 CGTCGTTTGAGTTATTCCACGGAGTTGGGTCGTCGAGTCTATGGACATGTTTTGCCCAAC 140
|||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
Sbjct 61 CGTCGTTTGAGTTATTCCCCGGATTTGGGTCGTCGAATCTATGGACATGTTTTGCCCAGC 120
Query 141 CATGATCAGATACATCAAGGTCTTCTGGAAATTTGTTTGGAGCAATGCAAATTATTCAAG 200
|||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 121 CATGATCAGATACATCAACGTCTCCTAGAAATCTGTTTGGGGCAATGCAAATTATTCAAG 180
Query 201 AGTCGCAAAGTGTTCGACGAAATGCCTCACAGACTTGCACTGGCCTTGAGAATTGGCAAA 260
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 181 AGTCGCAAAGTGTTCGACGAAATGCCTCAAAGACTTGCACTAGCCTTGAGAATTGGCAAA 240
Query 261 GCTGTCCATTCCAAAAGCTTGATACTTGGAATCGATTCAGAAGGCAGGTTAGGCAACGCC 320
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||||
Sbjct 241 GCTGTCCATTCCAAAAGCTTGATACTTGGAATAGATTCAGAAGGTAGATTAGGTAACGCC 300
Query 321 ATTGTGGATTTATATGCCAAGTGTGCGCAAGTTTCTTATGCTGAGAAGCAATTCAACTCC 380
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |
Sbjct 301 ATTGTGGATTTATATGCCAAGTGTGCACAAGTTTCTTATGCTGAGAAGCAATTCGACTTC 360
Query 381 CTTGAAAAGGATCTTACAGCGTGGAACTCAATGCTATCGATGTATTCCAGCATTGGCCAA 440
|||||||| ||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 361 CTTGAAAAAGATGTAACGGCGTGGAACTCAATGCTATCGATGTATTCCAGCATTGGGAAA 420
Query 441 CCAGGAAAGGTCTTAAGGAGTTTTGTATCATTGTTTGAGAACCTGATTTTTCCAAATAAA 500
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||
Sbjct 421 CCAGGAAAGGTCTTAAGGAGTTTTGTATCATTGTTTGAGAATCAGATTTTTCCAAATAAA 480
Query 501 TTCACTTTTTCGATTGTTTTATCAACCTGTGCCAGGGAGACTAATGTAGAGTTTGGTAGA 560
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 TTCACTTTTTCGATTGTTTTATCAACCTGTGCCAGGGAGACTAATGTAGAGTTTGGTAGA 540
Query 561 CAAATTCATTGCAGTATGA-TAAAGATGGGGCTTGAACGCAACTCGTATTGTGGAGGGGC 619
||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 CAAATTCATTGCAGTATGATTAAA-ATGGGGCTAGAACGCAACTCGTATTGTGGAGGGGC 599
Query 620 TCTAGTTGATATGTATGCCAAGTGTGACCGTCTTGGTGATGCGCAACGAGTTTTTG-ATG 678
| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| | ||||||||||| ||
Sbjct 600 TTTAGTTGATATGTATGCCAAGTGTGACCGTATTAGTGATGCTCGACGAGTTTTTGAAT- 658
Query 679 GGATAGTGGATCCTAATACAGTTTGCTGGACATGTTTGTTTTCTGGCTATGTGAAGGCTG 738
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 659 GGATAGTGGATCCTAATACAGTTTGCTGGACGTGTTTGTTTTCTGGCTATGTGAAGGCTG 718
Query 739 GTTTGCCAGAGGAAGCCGTCATAGTATTTGAAAGGATGCGGGGTGAAGGCCATCGGCCTG 798
|||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 719 GTTTGCCAGAGGAAGCTGTCTTAGTATTTGAAAGGATGCGGGATGAAGGCCATCGGCCTG 778
Query 799 ACCATTTAGCTTTTGTGACTGTCATAAATACGTACATCAGTTTGGGGAAGCTAAAGGATG 858
| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 779 ATCATTTAGCTTTTGTGACTGTTATAAATACGTACATCAGGTTGGGGAAGCTAAAGGATG 838
Query 859 CACGGCTATTGTTTGGGGAGATGCCAAGCCCAGATGTGGTAGCGTGGAATGTAATGATTT 918
|||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 839 CACGTCTGTTGTTTGGGGAGATGTCAAGCCCAGATGTGGTAGCGTGGAATGTAATGATTT 898
Query 919 CAGGGCATGGGAAAAGAGGATGTGAGACTGTGGCTATTGAATATTTTCTCAATATGCGGA 978
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 899 CAGGGCATGGGAAAAGAGGATGTGAGACTGTGGCTATTGAATATTTTTTCAATATGCGGA 958
Query 979 AATCTAGTGTTAAATCCACCCGTTCTACCTTGGGAAGCGTTTTGAGTGCTATTGGGATTG 1038
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 959 AATCTAGTGTTAAATCCACCCGTTCTACCTTAGGAAGCGTTTTGAGTGCTATTGGGATTG 1018
Query 1039 TAGCTAATCTTGATTTAGGTTTGGTAGTTCATGCAGAGGCTATTAAACTAGGCCTCGCCT 1098
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 1019 TAGCTAATCTTGATTTAGGTTTGGTAGTTCATGCAGAGGCTATTAAACTAGGTCTCGCTT 1078
Query 1099 CCAATATTTATGTCGGCAGTTCTTTGGTTAGCATGTACTCGAAATGTGAGAAAATGGAGG 1158
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 CCAATATTTATGTCGGCAGTTCTTTGGTTAGCATGTACTCGAAATGTGAGAAAATGGAGG 1138
Query 1159 CTGCTGCAAAAGTATTTGAAGCTTTGGAGGAAAGAAATGATGTCTTGTGGAACGCGATGA 1218
|||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 1139 CTGCTGCAAAGGTATTTGAAGCTTTGGAGGAAAAAAATGACGTCTTCTGGAACGCGATGA 1198
Query 1219 TAAGGGGTTATGCACACAACGGTGAATCCCACAAGGTTATGGAACTGTTTATGGATATGA 1278
|||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1199 TAAGGGGTTATGCACATAATGGTGAATCCCACAAGGTTATGGAACTGTTTATGGATATGA 1258
Query 1279 AATCTTCTGGTTATAACATTGATGATTTTACCTTTACAAGCCTTTTAAGCACTTGTGCTG 1338
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 AATCTTCTGGTTATAACATTGATGACTTTACCTTTACAAGCCTTTTAAGCACTTGTGCTG 1318
Query 1339 TATCGCATGATCTAGAAATGGGAAGCCAGTTTCACTCGATTATCATCAAGAAGAAGTTAA 1398
||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 1319 CATCACATGATCTAGAAATGGGAAGCCAGTTTCACTCAATCATCATCAAGAAGAAGTTAG 1378
Query 1399 CAAAAAACTTATTCGTAGGAAATGCATTAGTAGATATGTATGCAAAATGCGGAGCTCTTG 1458
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1379 CAAAAAACTTATTCGTAGGAAATGCATTAGTAGATATGTATGCAAAATGCGGAGCTCTTG 1438
Query 1459 AAGATGCAAGGCAAATTTTTGAGCACATGTGTGATCGGGATAATGTGTCTTGGAACACCA 1518
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||| |
Sbjct 1439 AAGATGCAAGGCAAATTTTTGAGCGCATGTGTGATCGTGATAATGTAACTTGGAACACAA 1498
Query 1519 TAATTGGGGGTTATGTCCAAGATGAGAATGAGAGTGAAGCTTTTGACTTGTTCAGGAGGA 1578
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1499 TAATTGGGAGTTATGTCCAAGATGAGAATGAGAGTGAAGCTTTTGACTTGTTCAAGAGGA 1558
Query 1579 TGAATTCCTGTGGTATAGTGTCTGATGGAGCATGTTTGGCTAGCACACTTAAGGCATGTA 1638
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1559 TGAATTTGTGTGGTATAGTGTCTGATGGAGCATGTTTGGCTAGCACACTTAAGGCATGTA 1618
Query 1639 CAAATGTTCATGGTCTTTATCAAGGAAAACAAGTTCACTGCCTCTCTGTCAAATGTGGCC 1698
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1619 CACATGTTCATGGTCTTTATCAAGGAAAACAAGTTCACTGCCTCTCTGTCAAATGTGGCC 1678
Query 1699 TAGACAGAGTTCTTCATACTGGTAGCTCGCTCATTGACATGTATTCCAAGTGTGGAATCA 1758
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1679 TAGACAGAGATCTTCATACTGGTAGCTCGCTCATTGACATGTATTCCAAGTGTGGAATCA 1738
Query 1759 TCGAAGATGCACGTAAAGTTTTCTCTTCTATGCCTGAGTGGAGCGTTGTGTCCATGAATG 1818
|| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1739 TCAAAGATGCACGTAAAGTTTTCTCTTCTCTGCCTGAGTGGAGCGTTGTGTCAATGAATG 1798
Query 1819 CTCTAATTGCAGGTTATTCTCAGAACAACCTAGAAGAAGCTGTAGTTCTCTTTCAAGAAA 1878
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1799 CTCTAATTGCAGGTTATTCTCAGAACAACTTAGAAGAAGCTGTAGTTCTCTTTCAAGAAA 1858
Query 1879 TGCTGACCAAAGGTGTTAACCCATCTGAAATCACTTTTGCCACCATAGTTGAAGCTTGTC 1938
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1859 TGCTGACCAGAGGTGTTAACCCATCTGAAATCACTTTTGCCACCATTGTTGAAGCTTGTC 1918
Query 1939 ATAAACCAGAAAGTTTAACTTTAGGAACGCAATTTCATGGTCAGATAATAAA-ATGGGGG 1997
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||
Sbjct 1919 ATAAACCAGAAAGTTTAACTCTAGGAACGCAATTTCATGGTCAGATAACAAAGA-GGGGC 1977
Query 1998 TTCTCATCTGAAGGTGAATATCTAGGGATTTCCCTTTTGGGCTTGTACATGAATTCGCGC 2057
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||
Sbjct 1978 TTCTCATCTGAAGGTGAATATCTAGGGATTTCCCTTTTGGGCATGTACATGAATTCACGT 2037
Query 2058 AGAATGGCAGAGGCTTGTGCCCTCTTCTCAGAGTTATCAAGCCCTAAGAGTATTGTTCTT 2117
||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2038 GGAATGACAGAGGCTTGTGCACTCTTCTCAGAGTTATCAAGCCCTAAGAGTATTGTTCTT 2097
Query 2118 TGGACGGGAATGATGTCAGGTCATAGTCAGAATGGATTCTATGAGGAGGCCTTGAAGTTC 2177
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2098 TGGACGGGAATGATGTCAGGTCACAGTCAGAATGGATTTTATGAGGAGGCCTTGAAGTTT 2157
Query 2178 TACAAAGAAATGCGTCACGATGGTGCCT-TACCTGACCAGGCAACATTTGTCACTGTTCT 2236
||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2158 TACAAAGAAATGCGTCATGATGGTG-TTCTACCTGACCAGGCAACATTTGTCACTGTTCT 2216
Query 2237 TCGAGTGTGTTCTGTCCTTTCCTCTTTAAGAGAAGGTAGAGCTATCCATTCTCTTATTTT 2296
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2217 TCGAGTGTGTTCTGTCCTTTCCTCTTTAAGAGAAGGTAGAGCTATCCATTCTCTTATTTT 2276
Query 2297 TCACTTGGCCCATGACTCGGATGAGTTGACCTCTAACACCCTAATAGACATGTATGCTAA 2356
||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2277 TCACTTGGCCCATGACTTGGACGAGTTGACCTCTAACACCCTAATAGACATGTATGCTAA 2336
Query 2357 ATGCGGGGACATGAAAAGTTCGTCACAAGTTTTCGATGAAATGAGGCGTAGAAGCAACGT 2416
||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2337 ATGTGGGGACATGAAAGGTTCGTCACAAGTTTTCGATGAAATGAGGCGTAGAAGCAACGT 2396
Query 2417 TGTCTCATGGAACTCCTTGATCAATGGATATGCGAAAAACGGTTACGCTGAAGATGCCCT 2476
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2397 TGTCTCATGGAACTCCTTGATCAATGGATATGCGAAAAATGGTTACGCTGAAGATGCCCT 2456
Query 2477 GAAAATCTTTGATTCCATGAGACAATCCCATATCATGCCAGATGAAATCACTTTCCTAGG 2536
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2457 GAAAATCTTTGATTCTATGAGACAATCCCATATCATGCCAGATGAAATCACTTTCCTAGG 2516
Query 2537 TGTTCTTACAGCTTGTAGCCATGCAGGGAAAGTGTCAGATGGGCGAAAGATTTTTGAGAT 2596
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2517 TGTTCTTACAGCTTGTAGCCATGCAGGGAAAGTGTCAGATGGACGAAAGATTTTTGAGAT 2576
Query 2597 GATGATTGGTCAATACGGTATTGAAGCGCGTGTTGACCATGTGGCATGTATGGTTGATCT 2656
||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| || ||||||||||||||
Sbjct 2577 GATGATTGGTCAATATGGTATTGAAGCGCGTGTAGATCATGTAGCTTGTATGGTTGATCT 2636
Query 2657 TCTTGGGAGATGGGGCTATCTTCAAGAAGCTGATGACTTCATAGAAGCACAAAACCTGAA 2716
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2637 TCTTGGGAGATGGGGATATCTTCAAGAAGCTGATGACTTCATAGAAGCACAAAACCTGAA 2696
Query 2717 ACCAGATGCAAGACTTTGGTCATCTCTTCTTGGTGCATGTAGGATTCATGGAGATGACAT 2776
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2697 ACCAGATGCAAGACTTTGGTCATCTCTTCTTGGTGCATGTAGGATTCATGGAGATGACAT 2756
Query 2777 GAGGGGAGAAATTGCTGCTGAGAGGCTCATTGAATTAGAACCACAAAACTCTTCAGCTTA 2836
|||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2757 TAGGGGAGAAATTTCTGCCGAGAAGCTCATTGAATTAGAACCACAAAACTCGTCAGCTTA 2816
Query 2837 TGTTCTTCTTTCGAATATATATGCCTCACAGGGACGTTGGGAAGAGGCCAATGCTTTGAG 2896
||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2817 TGTTCTTCTTTCGAACATATATGCCTCACAGGGATGTTGGGAAAAGGCCAATGCTTTGAG 2876
Query 2897 GAAAGCCATGAGAGATAGAGGAGTCAAGAAGGTACCTGGATATAGCTGGATTGATGTGGG 2956
||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2877 GAAAGTCATGAGAGACAGAGGAGTCAAGAAGGTACCTGGATATAGCTGGATTGATGTGGA 2936
Query 2957 ACAGAGAAGACACATTTTTGCTGCAGGAGACCAATCTCATTCTGATATAGGAAAAATCGA 3016
|||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2937 ACAGAGAACACACATTTTTGCTGCAGGAGACAAATCTCATTCTGAAATAGGAAAAATCGA 2996
Query 3017 GATGTTCCTCGAGGATCTTTATGATTTGATGAAAGATGATGCCGTTGTTAATCCTGATAT 3076
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2997 GATGTTCCTCGAGGATCTTTATGATTTGATGAAAGATGATGCCGTTGTCAATCCTGATAT 3056
Query 3077 CGTGGAACAAGCCTCTCTTGATTGTGTGTAA 3107
||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3057 CGTGGAACAAGGTTCTCTTGATTGTGTGTAA 3087
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 155567690243
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5