BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated 33,602 sequences; 51,074,197 total letters Query= Ahg928561 Length=3128 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value AT3G09040.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superf... 4970 0.0 > AT3G09040.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein | chr3:2761195-2764281 REVERSE LENGTH=3087 Length=3087 Score = 4970 bits (2691), Expect = 0.0 Identities = 2959/3091 (96%), Gaps = 8/3091 (0%) Strand=Plus/Plus Query 21 ATGTATTTCCGAGTTCTCTCGACACCGTCCTCGTCCATGTTCGATTCTTTCTCCTTGGTA 80 ||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||| Sbjct 1 ATGTATTTCCGAGTTCTCTTGACGCCGTCCTCGGCCATGTTTGATTCTTTCTCCTTTGTA 60 Query 81 CGTCGTTTGAGTTATTCCACGGAGTTGGGTCGTCGAGTCTATGGACATGTTTTGCCCAAC 140 |||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| | Sbjct 61 CGTCGTTTGAGTTATTCCCCGGATTTGGGTCGTCGAATCTATGGACATGTTTTGCCCAGC 120 Query 141 CATGATCAGATACATCAAGGTCTTCTGGAAATTTGTTTGGAGCAATGCAAATTATTCAAG 200 |||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 121 CATGATCAGATACATCAACGTCTCCTAGAAATCTGTTTGGGGCAATGCAAATTATTCAAG 180 Query 201 AGTCGCAAAGTGTTCGACGAAATGCCTCACAGACTTGCACTGGCCTTGAGAATTGGCAAA 260 ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 181 AGTCGCAAAGTGTTCGACGAAATGCCTCAAAGACTTGCACTAGCCTTGAGAATTGGCAAA 240 Query 261 GCTGTCCATTCCAAAAGCTTGATACTTGGAATCGATTCAGAAGGCAGGTTAGGCAACGCC 320 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||| Sbjct 241 GCTGTCCATTCCAAAAGCTTGATACTTGGAATAGATTCAGAAGGTAGATTAGGTAACGCC 300 Query 321 ATTGTGGATTTATATGCCAAGTGTGCGCAAGTTTCTTATGCTGAGAAGCAATTCAACTCC 380 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| | Sbjct 301 ATTGTGGATTTATATGCCAAGTGTGCACAAGTTTCTTATGCTGAGAAGCAATTCGACTTC 360 Query 381 CTTGAAAAGGATCTTACAGCGTGGAACTCAATGCTATCGATGTATTCCAGCATTGGCCAA 440 |||||||| ||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 361 CTTGAAAAAGATGTAACGGCGTGGAACTCAATGCTATCGATGTATTCCAGCATTGGGAAA 420 Query 441 CCAGGAAAGGTCTTAAGGAGTTTTGTATCATTGTTTGAGAACCTGATTTTTCCAAATAAA 500 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| Sbjct 421 CCAGGAAAGGTCTTAAGGAGTTTTGTATCATTGTTTGAGAATCAGATTTTTCCAAATAAA 480 Query 501 TTCACTTTTTCGATTGTTTTATCAACCTGTGCCAGGGAGACTAATGTAGAGTTTGGTAGA 560 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 481 TTCACTTTTTCGATTGTTTTATCAACCTGTGCCAGGGAGACTAATGTAGAGTTTGGTAGA 540 Query 561 CAAATTCATTGCAGTATGA-TAAAGATGGGGCTTGAACGCAACTCGTATTGTGGAGGGGC 619 ||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 541 CAAATTCATTGCAGTATGATTAAA-ATGGGGCTAGAACGCAACTCGTATTGTGGAGGGGC 599 Query 620 TCTAGTTGATATGTATGCCAAGTGTGACCGTCTTGGTGATGCGCAACGAGTTTTTG-ATG 678 | ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| | ||||||||||| || Sbjct 600 TTTAGTTGATATGTATGCCAAGTGTGACCGTATTAGTGATGCTCGACGAGTTTTTGAAT- 658 Query 679 GGATAGTGGATCCTAATACAGTTTGCTGGACATGTTTGTTTTCTGGCTATGTGAAGGCTG 738 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 659 GGATAGTGGATCCTAATACAGTTTGCTGGACGTGTTTGTTTTCTGGCTATGTGAAGGCTG 718 Query 739 GTTTGCCAGAGGAAGCCGTCATAGTATTTGAAAGGATGCGGGGTGAAGGCCATCGGCCTG 798 |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 719 GTTTGCCAGAGGAAGCTGTCTTAGTATTTGAAAGGATGCGGGATGAAGGCCATCGGCCTG 778 Query 799 ACCATTTAGCTTTTGTGACTGTCATAAATACGTACATCAGTTTGGGGAAGCTAAAGGATG 858 | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 779 ATCATTTAGCTTTTGTGACTGTTATAAATACGTACATCAGGTTGGGGAAGCTAAAGGATG 838 Query 859 CACGGCTATTGTTTGGGGAGATGCCAAGCCCAGATGTGGTAGCGTGGAATGTAATGATTT 918 |||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 839 CACGTCTGTTGTTTGGGGAGATGTCAAGCCCAGATGTGGTAGCGTGGAATGTAATGATTT 898 Query 919 CAGGGCATGGGAAAAGAGGATGTGAGACTGTGGCTATTGAATATTTTCTCAATATGCGGA 978 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 899 CAGGGCATGGGAAAAGAGGATGTGAGACTGTGGCTATTGAATATTTTTTCAATATGCGGA 958 Query 979 AATCTAGTGTTAAATCCACCCGTTCTACCTTGGGAAGCGTTTTGAGTGCTATTGGGATTG 1038 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 959 AATCTAGTGTTAAATCCACCCGTTCTACCTTAGGAAGCGTTTTGAGTGCTATTGGGATTG 1018 Query 1039 TAGCTAATCTTGATTTAGGTTTGGTAGTTCATGCAGAGGCTATTAAACTAGGCCTCGCCT 1098 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | Sbjct 1019 TAGCTAATCTTGATTTAGGTTTGGTAGTTCATGCAGAGGCTATTAAACTAGGTCTCGCTT 1078 Query 1099 CCAATATTTATGTCGGCAGTTCTTTGGTTAGCATGTACTCGAAATGTGAGAAAATGGAGG 1158 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1079 CCAATATTTATGTCGGCAGTTCTTTGGTTAGCATGTACTCGAAATGTGAGAAAATGGAGG 1138 Query 1159 CTGCTGCAAAAGTATTTGAAGCTTTGGAGGAAAGAAATGATGTCTTGTGGAACGCGATGA 1218 |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||| Sbjct 1139 CTGCTGCAAAGGTATTTGAAGCTTTGGAGGAAAAAAATGACGTCTTCTGGAACGCGATGA 1198 Query 1219 TAAGGGGTTATGCACACAACGGTGAATCCCACAAGGTTATGGAACTGTTTATGGATATGA 1278 |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1199 TAAGGGGTTATGCACATAATGGTGAATCCCACAAGGTTATGGAACTGTTTATGGATATGA 1258 Query 1279 AATCTTCTGGTTATAACATTGATGATTTTACCTTTACAAGCCTTTTAAGCACTTGTGCTG 1338 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1259 AATCTTCTGGTTATAACATTGATGACTTTACCTTTACAAGCCTTTTAAGCACTTGTGCTG 1318 Query 1339 TATCGCATGATCTAGAAATGGGAAGCCAGTTTCACTCGATTATCATCAAGAAGAAGTTAA 1398 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| Sbjct 1319 CATCACATGATCTAGAAATGGGAAGCCAGTTTCACTCAATCATCATCAAGAAGAAGTTAG 1378 Query 1399 CAAAAAACTTATTCGTAGGAAATGCATTAGTAGATATGTATGCAAAATGCGGAGCTCTTG 1458 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1379 CAAAAAACTTATTCGTAGGAAATGCATTAGTAGATATGTATGCAAAATGCGGAGCTCTTG 1438 Query 1459 AAGATGCAAGGCAAATTTTTGAGCACATGTGTGATCGGGATAATGTGTCTTGGAACACCA 1518 |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||| | Sbjct 1439 AAGATGCAAGGCAAATTTTTGAGCGCATGTGTGATCGTGATAATGTAACTTGGAACACAA 1498 Query 1519 TAATTGGGGGTTATGTCCAAGATGAGAATGAGAGTGAAGCTTTTGACTTGTTCAGGAGGA 1578 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1499 TAATTGGGAGTTATGTCCAAGATGAGAATGAGAGTGAAGCTTTTGACTTGTTCAAGAGGA 1558 Query 1579 TGAATTCCTGTGGTATAGTGTCTGATGGAGCATGTTTGGCTAGCACACTTAAGGCATGTA 1638 |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1559 TGAATTTGTGTGGTATAGTGTCTGATGGAGCATGTTTGGCTAGCACACTTAAGGCATGTA 1618 Query 1639 CAAATGTTCATGGTCTTTATCAAGGAAAACAAGTTCACTGCCTCTCTGTCAAATGTGGCC 1698 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1619 CACATGTTCATGGTCTTTATCAAGGAAAACAAGTTCACTGCCTCTCTGTCAAATGTGGCC 1678 Query 1699 TAGACAGAGTTCTTCATACTGGTAGCTCGCTCATTGACATGTATTCCAAGTGTGGAATCA 1758 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1679 TAGACAGAGATCTTCATACTGGTAGCTCGCTCATTGACATGTATTCCAAGTGTGGAATCA 1738 Query 1759 TCGAAGATGCACGTAAAGTTTTCTCTTCTATGCCTGAGTGGAGCGTTGTGTCCATGAATG 1818 || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1739 TCAAAGATGCACGTAAAGTTTTCTCTTCTCTGCCTGAGTGGAGCGTTGTGTCAATGAATG 1798 Query 1819 CTCTAATTGCAGGTTATTCTCAGAACAACCTAGAAGAAGCTGTAGTTCTCTTTCAAGAAA 1878 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1799 CTCTAATTGCAGGTTATTCTCAGAACAACTTAGAAGAAGCTGTAGTTCTCTTTCAAGAAA 1858 Query 1879 TGCTGACCAAAGGTGTTAACCCATCTGAAATCACTTTTGCCACCATAGTTGAAGCTTGTC 1938 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1859 TGCTGACCAGAGGTGTTAACCCATCTGAAATCACTTTTGCCACCATTGTTGAAGCTTGTC 1918 Query 1939 ATAAACCAGAAAGTTTAACTTTAGGAACGCAATTTCATGGTCAGATAATAAA-ATGGGGG 1997 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||| Sbjct 1919 ATAAACCAGAAAGTTTAACTCTAGGAACGCAATTTCATGGTCAGATAACAAAGA-GGGGC 1977 Query 1998 TTCTCATCTGAAGGTGAATATCTAGGGATTTCCCTTTTGGGCTTGTACATGAATTCGCGC 2057 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || Sbjct 1978 TTCTCATCTGAAGGTGAATATCTAGGGATTTCCCTTTTGGGCATGTACATGAATTCACGT 2037 Query 2058 AGAATGGCAGAGGCTTGTGCCCTCTTCTCAGAGTTATCAAGCCCTAAGAGTATTGTTCTT 2117 ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2038 GGAATGACAGAGGCTTGTGCACTCTTCTCAGAGTTATCAAGCCCTAAGAGTATTGTTCTT 2097 Query 2118 TGGACGGGAATGATGTCAGGTCATAGTCAGAATGGATTCTATGAGGAGGCCTTGAAGTTC 2177 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 2098 TGGACGGGAATGATGTCAGGTCACAGTCAGAATGGATTTTATGAGGAGGCCTTGAAGTTT 2157 Query 2178 TACAAAGAAATGCGTCACGATGGTGCCT-TACCTGACCAGGCAACATTTGTCACTGTTCT 2236 ||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2158 TACAAAGAAATGCGTCATGATGGTG-TTCTACCTGACCAGGCAACATTTGTCACTGTTCT 2216 Query 2237 TCGAGTGTGTTCTGTCCTTTCCTCTTTAAGAGAAGGTAGAGCTATCCATTCTCTTATTTT 2296 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2217 TCGAGTGTGTTCTGTCCTTTCCTCTTTAAGAGAAGGTAGAGCTATCCATTCTCTTATTTT 2276 Query 2297 TCACTTGGCCCATGACTCGGATGAGTTGACCTCTAACACCCTAATAGACATGTATGCTAA 2356 ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2277 TCACTTGGCCCATGACTTGGACGAGTTGACCTCTAACACCCTAATAGACATGTATGCTAA 2336 Query 2357 ATGCGGGGACATGAAAAGTTCGTCACAAGTTTTCGATGAAATGAGGCGTAGAAGCAACGT 2416 ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2337 ATGTGGGGACATGAAAGGTTCGTCACAAGTTTTCGATGAAATGAGGCGTAGAAGCAACGT 2396 Query 2417 TGTCTCATGGAACTCCTTGATCAATGGATATGCGAAAAACGGTTACGCTGAAGATGCCCT 2476 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 2397 TGTCTCATGGAACTCCTTGATCAATGGATATGCGAAAAATGGTTACGCTGAAGATGCCCT 2456 Query 2477 GAAAATCTTTGATTCCATGAGACAATCCCATATCATGCCAGATGAAATCACTTTCCTAGG 2536 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2457 GAAAATCTTTGATTCTATGAGACAATCCCATATCATGCCAGATGAAATCACTTTCCTAGG 2516 Query 2537 TGTTCTTACAGCTTGTAGCCATGCAGGGAAAGTGTCAGATGGGCGAAAGATTTTTGAGAT 2596 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 2517 TGTTCTTACAGCTTGTAGCCATGCAGGGAAAGTGTCAGATGGACGAAAGATTTTTGAGAT 2576 Query 2597 GATGATTGGTCAATACGGTATTGAAGCGCGTGTTGACCATGTGGCATGTATGGTTGATCT 2656 ||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| || |||||||||||||| Sbjct 2577 GATGATTGGTCAATATGGTATTGAAGCGCGTGTAGATCATGTAGCTTGTATGGTTGATCT 2636 Query 2657 TCTTGGGAGATGGGGCTATCTTCAAGAAGCTGATGACTTCATAGAAGCACAAAACCTGAA 2716 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2637 TCTTGGGAGATGGGGATATCTTCAAGAAGCTGATGACTTCATAGAAGCACAAAACCTGAA 2696 Query 2717 ACCAGATGCAAGACTTTGGTCATCTCTTCTTGGTGCATGTAGGATTCATGGAGATGACAT 2776 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2697 ACCAGATGCAAGACTTTGGTCATCTCTTCTTGGTGCATGTAGGATTCATGGAGATGACAT 2756 Query 2777 GAGGGGAGAAATTGCTGCTGAGAGGCTCATTGAATTAGAACCACAAAACTCTTCAGCTTA 2836 |||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 2757 TAGGGGAGAAATTTCTGCCGAGAAGCTCATTGAATTAGAACCACAAAACTCGTCAGCTTA 2816 Query 2837 TGTTCTTCTTTCGAATATATATGCCTCACAGGGACGTTGGGAAGAGGCCAATGCTTTGAG 2896 ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| Sbjct 2817 TGTTCTTCTTTCGAACATATATGCCTCACAGGGATGTTGGGAAAAGGCCAATGCTTTGAG 2876 Query 2897 GAAAGCCATGAGAGATAGAGGAGTCAAGAAGGTACCTGGATATAGCTGGATTGATGTGGG 2956 ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2877 GAAAGTCATGAGAGACAGAGGAGTCAAGAAGGTACCTGGATATAGCTGGATTGATGTGGA 2936 Query 2957 ACAGAGAAGACACATTTTTGCTGCAGGAGACCAATCTCATTCTGATATAGGAAAAATCGA 3016 |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 2937 ACAGAGAACACACATTTTTGCTGCAGGAGACAAATCTCATTCTGAAATAGGAAAAATCGA 2996 Query 3017 GATGTTCCTCGAGGATCTTTATGATTTGATGAAAGATGATGCCGTTGTTAATCCTGATAT 3076 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 2997 GATGTTCCTCGAGGATCTTTATGATTTGATGAAAGATGATGCCGTTGTCAATCCTGATAT 3056 Query 3077 CGTGGAACAAGCCTCTCTTGATTGTGTGTAA 3107 ||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 3057 CGTGGAACAAGGTTCTCTTGATTGTGTGTAA 3087 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 155567690243 Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM Number of letters in database: 51,074,197 Number of sequences in database: 33,602 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5