BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg928563
Length=2110
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G09060.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superf... 3291 0.0
> AT3G09060.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily
protein | chr3:2766367-2768430 REVERSE LENGTH=2064
Length=2064
Score = 3291 bits (1782), Expect = 0.0
Identities = 1972/2065 (95%), Gaps = 8/2065 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 21 ATGGTCGTGTTCCCAAAGTCGCTGTCACCCAAACACGTCCTTAAGCTCTTGAAATCGGAG 80
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGTCGTGTTCCCAAAGTCGCTGTCACCCAAACACGTCCTTAAGCTCTTGAAATCGGAG 60
Query 81 AAGAACCCGCGTGCGGCTTTTGCTCTATTCGATTCAGCGACTCGCCATCCAGGCTATGCA 140
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 AAGAACCCGCGTGCGGCTTTTGCTCTATTCGATTCGGCGACTCGCCATCCAGGCTATGCA 120
Query 141 CACTCCGCCGTCGTCTACCACCACATCCTCCGACGTCTCTCGGAAG-CGCGGATGGTTAC 199
|||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 121 CACTCCGCCGTCGTTTACCACCATATCCTCCGACGTCTCTCGG-AGACGCGGATGGTTA- 178
Query 200 A-CACGTGGGTCGAATCGTCGAGCTCATTAGGTCACAAGAATGCAAGTGCGACGAAGATG 258
| || || |||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||
Sbjct 179 ATCATGTAAGTCGAATCGTCGAGCTTATTAGGTCACAAGAATGTAAATGCGACGAAGATG 238
Query 259 TGGCTTTATCGGTTATCAAAACCTACGGAAAGAACTCCATGCCCGATCGAGCTCTAGATG 318
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||
Sbjct 239 TCGCTTTATCGGTTATCAAAACCTACGGAAAGAACTCCATGCCTGATCAAGCTCTAGATG 298
Query 319 TTTTCAAACGAATGCGAGAGGTTTTCGGGTGCGAGCCTGGGATTCGATCTTATAATACTC 378
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||
Sbjct 299 TTTTCAAACGAATGCGAGAGATTTTCGGGTGCGAGCCTGCGATTCGATCTTATAACACTC 358
Query 379 TACTCAATGCGTTTGTGGAAGCGAAACAATGGGTTAAAGTCGAGTCCTTGTTCGCCTACT 438
|||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 359 TACTTAATGCGTTCGTGGAGGCGAAACAATGGGTTAAAGTCGAGTCCTTGTTCGCCTACT 418
Query 439 TCGAAACAGCGGGTGTGGCGCCAAATCTGCAGACGTATAATGTTTTGATTAAGATGTCTT 498
|||| || || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 419 TCGAGACTGCTGGAGTGGCGCCAAATCTGCAGACGTATAATGTTTTGATTAAAATGTCTT 478
Query 499 GTAAGAAGAAGGAGTTCGAGAAAGCGAGAGGGTTTCTTGATTGGATGTGGAAAGAGGGTT 558
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 479 GTAAGAAGAAGGAGTTCGAGAAAGCGAGAGGGTTTCTAGATTGGATGTGGAAAGAGGGGT 538
Query 559 TTAAGCCGGATGTGTTTAGTTACAGCACTGTGATCAACGATCTTGCGAAAACTGGAAAAT 618
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||
Sbjct 539 TTAAGCCTGATGTGTTTAGTTACAGCACTGTGATCAACGATCTTGCTAAAGCTGGGAAAT 598
Query 619 TGGATGATGCATTGGAACTGTTCGATGAAATGTCTGAGAGAGGAGTGGCACCTGATGTTA 678
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 599 TGGATGATGCACTGGAACTGTTCGATGAAATGTCTGAAAGAGGAGTGGCACCTGATGTCA 658
Query 679 CGTGTTATAATATCTTAATTGATGGGTTTCTTAAGGAAAAAGATCACAAGATGGCTATGC 738
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 659 CGTGTTATAATATCTTAATTGATGGGTTTCTTAAGGAAAAAGATCACAAGACGGCTATGG 718
Query 739 AACTGTGGGACAAACTGTTGGAGGACTCTTCTGTTTATCCGAATGTTAAGACTCACAACA 798
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 719 AACTGTGGGACAGACTGTTGGAGGACTCTTCTGTTTATCCGAATGTTAAGACTCACAACA 778
Query 799 TCATGATTAGTGGTTTGAGCAAATGTGGAAGAGTAGATGATTGTTTGAAGATATGGGACA 858
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 779 TCATGATTAGTGGTTTGAGCAAATGCGGAAGAGTAGATGATTGTTTAAAGATATGGGAGA 838
Query 859 GAATGAAACAGAATGAGCGAGAAAAAGATTTGTATACATATAGCAGTTTGATACATGGGC 918
|||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 839 GAATGAAACAAAATGAGCGTGAAAAAGATTTATATACATATAGCAGTTTGATACATGGGC 898
Query 919 TGTGCGATGAAGGGAATGTTGATAAGGCTGAAAGTGTGTTTAACGAGTTGGTCGAAAGGA 978
||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||
Sbjct 899 TGTGCGATGCAGGTAATGTTGATAAGGCTGAAAGTGTGTTTAATGAGTTGGACGAAAGGA 958
Query 979 AGGCCTTTATTGATGTGGTTACATACAATACTATGCTTGGTGGGTTTTGCCGTTGTGGGA 1038
| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 959 AAGCCTCGATTGATGTGGTTACATACAATACTATGCTTGGTGGGTTTTGCCGTTGTGGGA 1018
Query 1039 AAATTAAGGAGAGTTTGGAGTTATGGAGAATCATGGAGCAGAGGAATTCAGTTAACATAG 1098
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 1019 AAATTAAGGAGAGTTTGGAGTTGTGGAGAATCATGGAGCACAAGAATTCAGTTAACATAG 1078
Query 1099 TGAGTTATAACATTTTGATAAAAGGGTTGTTGGAGAATGGGAAGATCGATGAAGCAACAA 1158
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 TGAGTTATAACATTTTGATTAAAGGGTTGTTGGAGAATGGGAAGATCGATGAAGCAACAA 1138
Query 1159 TGATTTGGAGGCTTATGCCTGCCAAGGGCTATGCAGCTGACAACACAACTTATGGTATTT 1218
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||
Sbjct 1139 TGATTTGGAGGCTTATGCCTGCCAAGGGCTATGCAGCTGACAAAACTACTTACGGTATTT 1198
Query 1219 TTATTCACGGGTTATGTGTGAATGGTTATGTAAATAAAGCCTTGGGGGTGATGCAAGAGG 1278
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1199 TTATTCACGGGTTATGTGTGAATGGTTATGTGAATAAAGCCTTGGGGGTGATGCAAGAGG 1258
Query 1279 TGGAGAGCAAAGGTGGGCATCTGGATGTTTATGCATATGCGTCAATTATAGACTGTTTGT 1338
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 TGGAGAGCAGTGGTGGGCATCTGGATGTTTATGCATATGCGTCAATTATAGACTGTTTGT 1318
Query 1339 GCAAAAAGAGAAGATTAGAAGAAGCGTCAAATTTGGTAAAAGAGATGAGTAAGCATGGCG 1398
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1319 GCAAAAAGAAAAGATTAGAAGAAGCGTCAAATTTGGTAAAAGAGATGAGTAAGCATGGCG 1378
Query 1399 TGGAGCTGAATTCTCATGTCTGTAATGCATTAATAGGTGGTTTAATCCGAGACTCAAGAC 1458
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1379 TGGAGCTAAATTCTCATGTCTGTAATGCATTAATAGGTGGTTTAATCCGAGACTCAAGAC 1438
Query 1459 TTGGTGATGCTTCCCTTTTGATGAGAAG-GATGGGGAAGAACGGTTGTCTCCCGACTGTT 1517
||||||| |||||| |||| |||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1439 TTGGTGAGGCTTCCTTTTTTCTGAG-AGAGATGGGGAAGAACGGTTGTCGCCCGACTGTT 1497
Query 1518 GTATCCTACAACATTGTTATTTGCGGTTTGTGTGAAGCAGGGAAATTTGGTGAAGCATCT 1577
||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1498 GTATCCTACAACATTCTTATTTGCGGTTTGTGTAAAGCAGGGAAATTTGGTGAAGCATCT 1557
Query 1578 GCTTTTGTGAAAGAAATGCTTGAAAACAGACT-GAAACCAGATCTGAAAACTTATAGTAT 1636
||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1558 GCTTTTGTGAAAGAAATGCTTGAAAACGGA-TGGAAACCAGATCTGAAAACTTATAGTAT 1616
Query 1637 ACTCTTGGGTGGTCTTTGCCGCGACAGGAAGATCGAATTGGCCCTTGAATTGTGGCACCA 1696
|||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1617 ACTCTTATGTGGTCTTTGCCGCGACAGGAAGATCGATTTGGCCCTTGAATTGTGGCACCA 1676
Query 1697 ATTTCTTCAATCGGGTCTAGAACCCGATGTGATGATGCATAACATACTAATTCATGGTCT 1756
||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1677 ATTTCTTCAATCGGGACTCGAAACCGATGTGATGATGCATAACATACTAATTCATGGTCT 1736
Query 1757 GTGCTCTGTTGGGAAACTTGATGATGCAATGACTGTCATGGCAAATATGGAGCATCGGAA 1816
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1737 GTGCTCTGTTGGGAAACTTGATGATGCAATGACTGTCATGGCAAATATGGAGCATCGGAA 1796
Query 1817 TTGCACTGCAAATCTTGTAACCTACAACACCTTGATGGAAGGATACTTCAAAGTTAGAGA 1876
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||
Sbjct 1797 TTGCACTGCAAATCTTGTAACCTACAACACCTTGATGGAAGGATTCTTCAAAGTTGGAGA 1856
Query 1877 CAGCAACAGAGCCACAGTGATTTGGGGTTACATGTACAAGATGGGGTTGCAACCTGATAT 1936
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1857 TAGCAACAGAGCCACAGTGATTTGGGGTTACATGTACAAGATGGGGTTGCAACCTGATAT 1916
Query 1937 TATATCCTACAATACTATACTGAAAGGGTTGTGTCTGTGCCACAGAGTGTCGTATGCAAT 1996
||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| | ||||||||||||| ||
Sbjct 1917 TATATCCTACAATACTATAATGAAAGGGTTGTGTATGTGCCGCGGAGTGTCGTATGCTAT 1976
Query 1997 TGAATTCTTTGATGATGCTAGAAACCATGGCATTTTCCCAACTGTTTACACGTGGAACAT 2056
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1977 GGAATTCTTTGATGATGCTAGAAACCATGGCATTTTTCCAACTGTTTACACCTGGAACAT 2036
Query 2057 ACTTGTTCGAGCTGTCGTGAATCGC 2081
|||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2037 ACTTGTTCGAGCTGTCGTGAATCGC 2061
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 104617935780
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5