BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg928694
Length=1816
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G10050.1 | Symbols: OMR1 | L-O-methylthreonine resistant 1 |... 3005 0.0
> AT3G10050.1 | Symbols: OMR1 | L-O-methylthreonine resistant 1
| chr3:3098725-3101761 REVERSE LENGTH=2238
Length=2238
Score = 3005 bits (1627), Expect = 0.0
Identities = 1758/1821 (97%), Gaps = 9/1821 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2 TTTAACTCTCTCTAAACCCATGGATTCCGTTCGGCTTCCAACGGCGCCATCCACTCTCCG 61
|||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||| |||| |||||||
Sbjct 2 TTTAACTCTCTCTAAACCCATGAATTCCGTTCAGCTTCCGACGGCGCAATCCTCTCTCCG 61
Query 62 TAGTCACATTCACCTG-CCATCAAAACCAGTGATCGGAATCACTCAC-T-T-CTCCCGTT 117
||| |||||||||| | ||||||||||||||| ||||| |||||||| | | ||||||||
Sbjct 62 TAGCCACATTCACC-GTCCATCAAAACCAGTGGTCGGATTCACTCACTTCTCCTCCCGTT 120
Query 118 CTCGGATCCCAGTGGCCGTTATGTCTCGAGACGAAACATCTATGGCTCCGCCGCCTCCGA 177
|||||||| ||||||| ||| |||| ||||| |||||||||||| |||| |||||||| |
Sbjct 121 CTCGGATCGCAGTGGCGGTTCTGTCCCGAGATGAAACATCTATGACTCCACCGCCTCC-A 179
Query 178 AGGC-TCCTTTACCACGGCTCAAAGTCTCTCCTAATTCGTTGCAATACCCAGCCGGTTAC 236
| || |||||||||||| || || |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 180 AAGCTTCCTTTACCACGTCTTAAGGTCTCTCCGAATTCGTTGCAATACCCTGCCGGTTAC 239
Query 237 CTCGGTGCGGTACCAGAACGTACGAACGAGCCTGAGAACGGAAGCATCGTC-GAAGCTAT 295
|||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 240 CTCGGTGCTGTACCAGAACGTACGAACGAGGCTGAGAACGGAAGCATCG-CGGAAGCTAT 298
Query 296 GGAGTATTTGACGAATATACTGTCCACTAAGGTTTACGACATCGCCATTGAGTCACCACT 355
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 299 GGAGTATTTGACGAATATACTGTCCACTAAGGTTTACGACATCGCCATTGAGTCACCACT 358
Query 356 CCAATTGGCTAAGAAGCTATCTAAGAGATTAGGTGTTCGTATGTATCTTAAAAGAGAAGA 415
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 359 CCAATTGGCTAAGAAGCTATCTAAGAGATTAGGTGTTCGTATGTATCTTAAAAGAGAAGA 418
Query 416 CTTGCAACCTGTATTCTCGTTTAAGCTTCGTGGAGCTTACAATATGATGGTGAAACTTCC 475
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 419 CTTGCAACCTGTATTCTCGTTTAAGCTTCGTGGAGCTTACAATATGATGGTGAAACTTCC 478
Query 476 AGCAGATCAATTGGCAAAAGGAGTTATCTGCTCTTCAGCTGGAAACCATGCTCAAGGAGT 535
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 479 AGCAGATCAATTGGCAAAAGGAGTTATCTGCTCTTCAGCTGGAAACCATGCTCAAGGAGT 538
Query 536 TGCTTTATCTGCTAGTAAACTCGGCTGCACTGCTGTGATTGTTATGCCTATTACAACTCC 595
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||
Sbjct 539 TGCTTTATCTGCTAGTAAACTCGGCTGCACTGCTGTGATTGTTATGCCTGTTACGACTCC 598
Query 596 TGAGATCAAGTGGCAAGCTGTAGAGAATTTGGGTGCAAAGGTTGTTCTTTTCGGGGATTC 655
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||
Sbjct 599 TGAGATAAAGTGGCAAGCTGTAGAGAATTTGGGTGCAACGGTTGTTCTTTTCGGAGATTC 658
Query 656 GTATGATCAAGCACAAGCACATGCTAAGATACGAGCTGAAGAAGAGGGTCTGACGTTTAT 715
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 659 GTATGATCAAGCACAAGCACATGCTAAGATACGAGCTGAAGAAGAGGGTCTGACGTTTAT 718
Query 716 ACCTCCTTTTGATCACCCGGATGTTATTGCTGGACAAGGGACTGTCGGGATGGAGATCAC 775
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 719 ACCTCCTTTTGATCACCCTGATGTTATTGCTGGACAAGGGACTGTTGGGATGGAGATCAC 778
Query 776 TCGTCAGGCTAAGGGTCCTTTGCATGCTATATTTGTGCCAGTTGGTGGTGGTGGTTTAAT 835
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 779 TCGTCAGGCTAAGGGTCCATTGCATGCTATATTTGTGCCAGTTGGTGGTGGTGGTTTAAT 838
Query 836 AGCTGGTATTGCTGCTTATGTGAAGAGGGTTGCTCCCGAGGTGAAGATCATTGGTGTAGA 895
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 839 AGCTGGTATTGCTGCTTATGTGAAGAGGGTTTCTCCCGAGGTGAAGATCATTGGTGTAGA 898
Query 896 ACCAGCTGATGCAAATGCAATGGCGTTGTCGCTGCATCACGGTGAGAGGGTGATATTGGA 955
||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 899 ACCAGCTGACGCAAATGCAATGGCTTTGTCGCTGCATCACGGTGAGAGGGTGATATTGGA 958
Query 956 CCAGGTTGGGGGATTTGCAGATGGTGTAGCAGTTAAAGAAGTTGGTGAAGAGACTTTTCG 1015
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 959 CCAGGTTGGGGGATTTGCAGATGGTGTAGCAGTTAAAGAAGTTGGTGAAGAGACTTTTCG 1018
Query 1016 TATAAGCAGAAATCTAATGGATGGTGTTGTTCTTGTCACTCGTGATGCTATTTGTGCATC 1075
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1019 TATAAGCAGAAATCTAATGGATGGTGTTGTTCTTGTCACTCGTGATGCTATTTGTGCATC 1078
Query 1076 AATAAAGGATATGTTTGAGGAGAAACGGAACATATTGGAACCAGCAGGGGCTCTTGCGCT 1135
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1079 AATAAAGGATATGTTTGAGGAGAAACGGAACATATTGGAACCAGCAGGGGCTCTTGCACT 1138
Query 1136 CGCTGGAGCTGAGGCATACTGTAAATATTATGGCCTAAAGGACGTGAATGTCGTAGCCAT 1195
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1139 CGCTGGAGCTGAGGCATACTGTAAATATTATGGCCTAAAGGACGTGAATGTCGTAGCCAT 1198
Query 1196 AACCAGTGGTGCTAACATGAACTTTGACAAGCTAAGGATTGTGACAGAACTCGCCAATGT 1255
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1199 AACCAGTGGCGCTAACATGAACTTTGACAAGCTAAGGATTGTGACAGAACTCGCCAATGT 1258
Query 1256 CGGTAGACAACAGGAGGCTGTTCTTGCTACTCTCATGCCGGAAAAACCTGGAAGTTTTAA 1315
|||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1259 CGGTAGGCAACAGGAAGCTGTTCTTGCTACTCTCATGCCGGAAAAACCTGGAAGCTTTAA 1318
Query 1316 GCAATTTTGTGAGCTGGTTGGACCAATGAACATAACCGAGTTCAAATATAGATGTAGCTC 1375
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1319 GCAATTTTGTGAGCTGGTTGGACCAATGAACATAAGCGAGTTCAAATATAGATGTAGCTC 1378
Query 1376 GGAAAAGGAGGCTGTTGTACTATACAGTGTCGGAGTTCATACAGCCGGAGAGCTCAAAGC 1435
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 1379 GGAAAAGGAGGCTGTTGTACTATACAGTGTCGGAGTTCACACAGCTGGAGAGCTCAAAGC 1438
Query 1436 ACTACAGAAGAGAATGGAATCTTCTCAACTCAGAACTGTCAATCTCACAACCAGTGACTT 1495
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1439 ACTACAGAAGAGAATGGAATCTTCTCAACTCAAAACTGTCAATCTCACTACCAGTGACTT 1498
Query 1496 AGTGAAAGATCACCTGCGTTACTTGATGGGAGGAAGATCTACTGTTGGAGACGAGGTTCT 1555
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1499 AGTGAAAGATCACCTGCGTTACTTGATGGGAGGAAGATCTACTGTTGGAGACGAGGTTCT 1558
Query 1556 ATGCCGATTTACCTTCCCCGAGAGACCTGGTGCTCTAATGAACTTCTTGGACTCTTTCAG 1615
||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1559 ATGCCGATTCACCTTTCCCGAGAGACCTGGTGCTCTAATGAACTTCTTGGACTCTTTCAG 1618
Query 1616 TCCACGTTGGAACATCACCCTTTTCCATTACCGTGGACAGGGTGAGACGGGCGCGAATGT 1675
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1619 TCCACGGTGGAACATCACCCTTTTCCATTACCGTGGACAGGGTGAGACGGGCGCGAATGT 1678
Query 1676 GCTGGTCGGGGTCCAAGTCCCTGAGCAAGAAATGGAGGAATTTAAAAACCGAGCTAAAGC 1735
|||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1679 GCTGGTCGGGATCCAAGTCCCCGAGCAAGAAATGGAGGAATTTAAAAACCGAGCTAAAGC 1738
Query 1736 TCTTGGATACGACTACTTCTTGGTAAGTGATGACGACAATTTTAAGCTTCTGATGCACTG 1795
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1739 TCTTGGATACGACTACTTCTTAGTAAGTGATGACGACTATTTTAAGCTTCTGATGCACTG 1798
Query 1796 AGTTTGAATCTGTGATTGATA 1816
|||||||| ||||| | ||||
Sbjct 1799 AGTTTGAAGCTGTGGTGGATA 1819
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 89858975550
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5