BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated 33,602 sequences; 51,074,197 total letters Query= Ahg928694 Length=1816 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value AT3G10050.1 | Symbols: OMR1 | L-O-methylthreonine resistant 1 |... 3005 0.0 > AT3G10050.1 | Symbols: OMR1 | L-O-methylthreonine resistant 1 | chr3:3098725-3101761 REVERSE LENGTH=2238 Length=2238 Score = 3005 bits (1627), Expect = 0.0 Identities = 1758/1821 (97%), Gaps = 9/1821 (0%) Strand=Plus/Plus Query 2 TTTAACTCTCTCTAAACCCATGGATTCCGTTCGGCTTCCAACGGCGCCATCCACTCTCCG 61 |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||| |||| ||||||| Sbjct 2 TTTAACTCTCTCTAAACCCATGAATTCCGTTCAGCTTCCGACGGCGCAATCCTCTCTCCG 61 Query 62 TAGTCACATTCACCTG-CCATCAAAACCAGTGATCGGAATCACTCAC-T-T-CTCCCGTT 117 ||| |||||||||| | ||||||||||||||| ||||| |||||||| | | |||||||| Sbjct 62 TAGCCACATTCACC-GTCCATCAAAACCAGTGGTCGGATTCACTCACTTCTCCTCCCGTT 120 Query 118 CTCGGATCCCAGTGGCCGTTATGTCTCGAGACGAAACATCTATGGCTCCGCCGCCTCCGA 177 |||||||| ||||||| ||| |||| ||||| |||||||||||| |||| |||||||| | Sbjct 121 CTCGGATCGCAGTGGCGGTTCTGTCCCGAGATGAAACATCTATGACTCCACCGCCTCC-A 179 Query 178 AGGC-TCCTTTACCACGGCTCAAAGTCTCTCCTAATTCGTTGCAATACCCAGCCGGTTAC 236 | || |||||||||||| || || |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 180 AAGCTTCCTTTACCACGTCTTAAGGTCTCTCCGAATTCGTTGCAATACCCTGCCGGTTAC 239 Query 237 CTCGGTGCGGTACCAGAACGTACGAACGAGCCTGAGAACGGAAGCATCGTC-GAAGCTAT 295 |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||| Sbjct 240 CTCGGTGCTGTACCAGAACGTACGAACGAGGCTGAGAACGGAAGCATCG-CGGAAGCTAT 298 Query 296 GGAGTATTTGACGAATATACTGTCCACTAAGGTTTACGACATCGCCATTGAGTCACCACT 355 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 299 GGAGTATTTGACGAATATACTGTCCACTAAGGTTTACGACATCGCCATTGAGTCACCACT 358 Query 356 CCAATTGGCTAAGAAGCTATCTAAGAGATTAGGTGTTCGTATGTATCTTAAAAGAGAAGA 415 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 359 CCAATTGGCTAAGAAGCTATCTAAGAGATTAGGTGTTCGTATGTATCTTAAAAGAGAAGA 418 Query 416 CTTGCAACCTGTATTCTCGTTTAAGCTTCGTGGAGCTTACAATATGATGGTGAAACTTCC 475 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 419 CTTGCAACCTGTATTCTCGTTTAAGCTTCGTGGAGCTTACAATATGATGGTGAAACTTCC 478 Query 476 AGCAGATCAATTGGCAAAAGGAGTTATCTGCTCTTCAGCTGGAAACCATGCTCAAGGAGT 535 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 479 AGCAGATCAATTGGCAAAAGGAGTTATCTGCTCTTCAGCTGGAAACCATGCTCAAGGAGT 538 Query 536 TGCTTTATCTGCTAGTAAACTCGGCTGCACTGCTGTGATTGTTATGCCTATTACAACTCC 595 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| Sbjct 539 TGCTTTATCTGCTAGTAAACTCGGCTGCACTGCTGTGATTGTTATGCCTGTTACGACTCC 598 Query 596 TGAGATCAAGTGGCAAGCTGTAGAGAATTTGGGTGCAAAGGTTGTTCTTTTCGGGGATTC 655 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| Sbjct 599 TGAGATAAAGTGGCAAGCTGTAGAGAATTTGGGTGCAACGGTTGTTCTTTTCGGAGATTC 658 Query 656 GTATGATCAAGCACAAGCACATGCTAAGATACGAGCTGAAGAAGAGGGTCTGACGTTTAT 715 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 659 GTATGATCAAGCACAAGCACATGCTAAGATACGAGCTGAAGAAGAGGGTCTGACGTTTAT 718 Query 716 ACCTCCTTTTGATCACCCGGATGTTATTGCTGGACAAGGGACTGTCGGGATGGAGATCAC 775 |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 719 ACCTCCTTTTGATCACCCTGATGTTATTGCTGGACAAGGGACTGTTGGGATGGAGATCAC 778 Query 776 TCGTCAGGCTAAGGGTCCTTTGCATGCTATATTTGTGCCAGTTGGTGGTGGTGGTTTAAT 835 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 779 TCGTCAGGCTAAGGGTCCATTGCATGCTATATTTGTGCCAGTTGGTGGTGGTGGTTTAAT 838 Query 836 AGCTGGTATTGCTGCTTATGTGAAGAGGGTTGCTCCCGAGGTGAAGATCATTGGTGTAGA 895 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 839 AGCTGGTATTGCTGCTTATGTGAAGAGGGTTTCTCCCGAGGTGAAGATCATTGGTGTAGA 898 Query 896 ACCAGCTGATGCAAATGCAATGGCGTTGTCGCTGCATCACGGTGAGAGGGTGATATTGGA 955 ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 899 ACCAGCTGACGCAAATGCAATGGCTTTGTCGCTGCATCACGGTGAGAGGGTGATATTGGA 958 Query 956 CCAGGTTGGGGGATTTGCAGATGGTGTAGCAGTTAAAGAAGTTGGTGAAGAGACTTTTCG 1015 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 959 CCAGGTTGGGGGATTTGCAGATGGTGTAGCAGTTAAAGAAGTTGGTGAAGAGACTTTTCG 1018 Query 1016 TATAAGCAGAAATCTAATGGATGGTGTTGTTCTTGTCACTCGTGATGCTATTTGTGCATC 1075 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1019 TATAAGCAGAAATCTAATGGATGGTGTTGTTCTTGTCACTCGTGATGCTATTTGTGCATC 1078 Query 1076 AATAAAGGATATGTTTGAGGAGAAACGGAACATATTGGAACCAGCAGGGGCTCTTGCGCT 1135 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1079 AATAAAGGATATGTTTGAGGAGAAACGGAACATATTGGAACCAGCAGGGGCTCTTGCACT 1138 Query 1136 CGCTGGAGCTGAGGCATACTGTAAATATTATGGCCTAAAGGACGTGAATGTCGTAGCCAT 1195 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1139 CGCTGGAGCTGAGGCATACTGTAAATATTATGGCCTAAAGGACGTGAATGTCGTAGCCAT 1198 Query 1196 AACCAGTGGTGCTAACATGAACTTTGACAAGCTAAGGATTGTGACAGAACTCGCCAATGT 1255 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1199 AACCAGTGGCGCTAACATGAACTTTGACAAGCTAAGGATTGTGACAGAACTCGCCAATGT 1258 Query 1256 CGGTAGACAACAGGAGGCTGTTCTTGCTACTCTCATGCCGGAAAAACCTGGAAGTTTTAA 1315 |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1259 CGGTAGGCAACAGGAAGCTGTTCTTGCTACTCTCATGCCGGAAAAACCTGGAAGCTTTAA 1318 Query 1316 GCAATTTTGTGAGCTGGTTGGACCAATGAACATAACCGAGTTCAAATATAGATGTAGCTC 1375 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 1319 GCAATTTTGTGAGCTGGTTGGACCAATGAACATAAGCGAGTTCAAATATAGATGTAGCTC 1378 Query 1376 GGAAAAGGAGGCTGTTGTACTATACAGTGTCGGAGTTCATACAGCCGGAGAGCTCAAAGC 1435 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| Sbjct 1379 GGAAAAGGAGGCTGTTGTACTATACAGTGTCGGAGTTCACACAGCTGGAGAGCTCAAAGC 1438 Query 1436 ACTACAGAAGAGAATGGAATCTTCTCAACTCAGAACTGTCAATCTCACAACCAGTGACTT 1495 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1439 ACTACAGAAGAGAATGGAATCTTCTCAACTCAAAACTGTCAATCTCACTACCAGTGACTT 1498 Query 1496 AGTGAAAGATCACCTGCGTTACTTGATGGGAGGAAGATCTACTGTTGGAGACGAGGTTCT 1555 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1499 AGTGAAAGATCACCTGCGTTACTTGATGGGAGGAAGATCTACTGTTGGAGACGAGGTTCT 1558 Query 1556 ATGCCGATTTACCTTCCCCGAGAGACCTGGTGCTCTAATGAACTTCTTGGACTCTTTCAG 1615 ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1559 ATGCCGATTCACCTTTCCCGAGAGACCTGGTGCTCTAATGAACTTCTTGGACTCTTTCAG 1618 Query 1616 TCCACGTTGGAACATCACCCTTTTCCATTACCGTGGACAGGGTGAGACGGGCGCGAATGT 1675 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1619 TCCACGGTGGAACATCACCCTTTTCCATTACCGTGGACAGGGTGAGACGGGCGCGAATGT 1678 Query 1676 GCTGGTCGGGGTCCAAGTCCCTGAGCAAGAAATGGAGGAATTTAAAAACCGAGCTAAAGC 1735 |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1679 GCTGGTCGGGATCCAAGTCCCCGAGCAAGAAATGGAGGAATTTAAAAACCGAGCTAAAGC 1738 Query 1736 TCTTGGATACGACTACTTCTTGGTAAGTGATGACGACAATTTTAAGCTTCTGATGCACTG 1795 ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 1739 TCTTGGATACGACTACTTCTTAGTAAGTGATGACGACTATTTTAAGCTTCTGATGCACTG 1798 Query 1796 AGTTTGAATCTGTGATTGATA 1816 |||||||| ||||| | |||| Sbjct 1799 AGTTTGAAGCTGTGGTGGATA 1819 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 89858975550 Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM Number of letters in database: 51,074,197 Number of sequences in database: 33,602 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5