BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg928727
Length=3330
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G10380.1 | Symbols: SEC8, ATSEC8 | subunit of exocyst comple... 5698 0.0
> AT3G10380.1 | Symbols: SEC8, ATSEC8 | subunit of exocyst complex
8 | chr3:3219523-3228933 REVERSE LENGTH=3814
Length=3814
Score = 5698 bits (3085), Expect = 0.0
Identities = 3242/3319 (98%), Gaps = 5/3319 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TCGAGATTTAGCTTTTCTCTTCGTGATCGGCAACGTATTGATCAGATTCTAGCGAGGATT 60
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 105 TCGAGATTTAGCTTTTCTCTTCGTGATCGGGAACGTGTTGATCAGATTCTAGCGTGGATT 164
Query 61 CGT-TCCCCATCTACAGACAGC-TTGATTGGAATGTGCTGAGGAACACTCATTTGGGCTC 118
||| | |||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||
Sbjct 165 CGTAT-CCCAGCTACAGAGAGCTTTGATTGGAATGTGCTGAGGAACATTCATTTCGGCTC 223
Query 119 TAATAAGCCAAGCGGAGTGAGTTCGCCAGCATGGGGATTTTCAATGGTTTGCCTGTACCC 178
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 224 TAATAAGCCAATCGGAGTGAGTTCGCCAGCATGGGGATTTTCAATGGTTTGCCTGTACCC 283
Query 179 TCGGATAAAACTTACCTTAGGGAGGAGCTGGCAAGAATAGATGAGAGCTGGGCTGCTGCA 238
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 284 TCGGATAAAACTTACCTTAGGGAGGAGCTGGCAAGAATAGATGAGAGCTGGGCTGCTGCA 343
Query 239 CGATTTGACTCTTTGCCACATGTTGTGCATATTTTGACATCAAAAGACCGTGAAGCTGAC 298
|||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 344 CGATTTGACTCTTTACCACATGTTGTTCATATTTTGACATCAAAAGACCGTGAAGCTGAC 403
Query 299 ATTCATATATTAAAGGAACAAAGTGATGTTGTCGAGGAGGTTGTGGATGAAGTTGTCCAC 358
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 404 ATTCATATATTAAAGGAACAAAGTGATGTTGTCGAGGAGGTTGTTGATGAAGTTGTCCAT 463
Query 359 GCTTATCATGGTGGTTTCAACAAGGCCATTCAAAACTATTCCCAGATCTTGCGATTATTC 418
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 464 GCTTATCATGGTGGTTTCAACAAGGCCATTCAAAACTATTCACAGATCTTGCGATTATTC 523
Query 419 AGTGAGTCCACTGAAAAGATAGGCGACTTGAAGCACGATTTAGCAGAAGCGAAGCAGAGC 478
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 524 AGTGAGTCCACTGAAAAGATAGGCGACTTGAAGCACGATTTAGCAGAAGCGAAACAGAGC 583
Query 479 TTGGGTGCACGCAATAAACAATTACATCAGTTGTGGTACCGTTCTGTTACATTGCGGCAC 538
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 584 TTGGGTGCACGCAATAAACAATTACATCAGTTGTGGTACCGTTCTGTTACATTGCGGCAC 643
Query 539 ATCATCTCACTTTTGGATCAAATCGAGGGCATTGCTAAGGTTCCATCTCGTATTGAGAAG 598
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 644 ATCATCTCACTTTTGGATCAAATCGAGGGCATTGCCAAGGTTCCATCTCGTATTGAGAAG 703
Query 599 CTCATTGCTGATAAGCAGTTTTACGCTGCTATTCAAGTGTATCTCCAGTCGTCTCTGATG 658
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 704 CTCATTGCTGATAAGCAGTTTTACGCTGCTATTCAAGTGTATCTCCAGTCGTCTCTAATG 763
Query 659 CTGGAGCGTGAGGGGCTTCAAACGGTTGGTGCTCTTCAAGATGTCAGATCTGAGCTAACT 718
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 764 CTGGAGCGTGAGGGGCTTCAAACGGTTGGTGCTCTTCAAGATGTCAGATCTGAGCTAACT 823
Query 719 AAGTTGCGGGGAGCCCTTTTCTTCAAAATTCTAGATGATTTGCATGCACACCTATACAAT 778
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 824 AAGTTGCGGGGAGCCCTTTTCTTCAAAATTCTAGATGATTTGCATGCACACCTATACAAT 883
Query 779 AGAGGTGAATACAGTTCAGTTGCGTCAAGCATATATGAAAGAGATGATGAAGTACCAACG 838
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 884 AGAGGTGAATACAGTTCAGTTGCGTCAAGCATATATGAAAGAGATGATGAAGTACCAACG 943
Query 839 ACAACAGCTGTTGCAGCTAGTCGAATGAGCTCACAACCACTGTCTCGTAGAACACGGACG 898
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 944 ACAACAGCTGTTGCAGCTAGTCGAATGAGCTCACAACCACTGTCACGTAGAACACGGACA 1003
Query 899 CTGAAAGGTGATAGTCAGTTTGGTGTTAGAGGGCTCACAAATGGTTCATATAGAACCGGT 958
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1004 CTGAAAGGTGATAGTCAGTTTGGTGTTAGAGGGCTCACAAATGGTTCATATAGAACCGCT 1063
Query 959 TCTAATGATGAAAGTTCATCATTTGATGGACATGATGAAGAGGACTCCGTAGAACATGAT 1018
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1064 TCTAATGATGAAAGTTCATCATTTGATGGACATGATGAAGAAGACTCCGTAGAACATGAT 1123
Query 1019 GAATCCACCGCAGATACTGCCAGGAATGGCACTGATAGTAAATTGCTTTCTTACCAACTT 1078
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1124 GAATCCACCGCAGATACTGCCAGGAATGGCACTGATAGTAAATTGCTTTCTCACCAACTT 1183
Query 1079 CCGCCATGGCTTTCTGATTCCACTCCTGACGAGTTTATTGAAGCAATAAGAAAGAGTGAT 1138
|| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1184 CCTCCATGGCTTTCTGATTCCACTCCTGATGAGTTTATTGAAGCAGTAAGAAAGAGTGAT 1243
Query 1139 GATCCACTGCATGTGAAGTATCTACAGACCCTTGTTCAGTGTCTCTGCATGCTTGGCAAA 1198
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1244 GATCCACTGCATGTGAAGTATCTACAGACCCTTGTTCAGTGTCTCTGCATGCTTGGCAAA 1303
Query 1199 GTTGCAGCTGCTGGTGCTATCATATGCCAAAAACTTCGACCCACTATTCATGAGATCATA 1258
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 1304 GTTGCAGCTGCTGGTGCTATCATATGCCAAAAACTTCGACCCACAATTCATGAAATCATA 1363
Query 1259 ATATCCAAGATTAAAGCCCATATGGAGACTACAAATTTTTCAAAGTCCTCTTGTAGTCAG 1318
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||
Sbjct 1364 ATATCCAAGATTAAAGCCCATCTGGAGACTACAAATTTGTCAAAGTCCGCGTGTAGTCAG 1423
Query 1319 GGTGATCGAAATGTAGCTGCCGGATTGCATTTTATCAAAGGACAGTCGGAGGCCTACAGG 1378
|||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||
Sbjct 1424 GGTGATCGAAGTGTAGCTGCTGGATTGCATTTAATCAAAGGACAGTCAGAGGCCTACCGG 1483
Query 1379 TTATCAAAAGAGAAACCTCAAAATGGGATATCAAATTCAGGAACTCACTTGGCTGTGAGC 1438
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||
Sbjct 1484 TTATCAAAAGAGAAACCTCAAAATGGGATATCAAATTCAGGAACTCACCTAGCTGTGAGC 1543
Query 1439 CCTGTTTCGCCTCTTATGGCTCCTGGAGGCAAAGCGCAGACTGCAGCAAAAGAACTTCTT 1498
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||
Sbjct 1544 CCTGTTTCGCCTCTTATGGCTCCTGGAGGCAAAGCGCAGGCTGCAGCGAAGGAACTTCTT 1603
Query 1499 GACTCGATTTTAGATACTATTGTCAAGATATTTGAAAATCATGTTGTTATTGGAGAGCTT 1558
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1604 GACTCAATTTTAGATACTATTGTCAAGATATTTGAAAATCATGTTGTTATTGGAGAGCTT 1663
Query 1559 TTGGAGTTGAAGGCTTTGCAACATGACATTAACACACCAAGGTCATTACCTACTGATGTG 1618
|||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1664 TTGGAGATGAAGGCTTCACAACATGACATTAACACACCAAGGTCATTGCCTACTGATGTG 1723
Query 1619 AACTGGAACACCGAGTCTGAAGCATCCCAAGCTACTGGAGGCTACACTATCAGTTTTCCC 1678
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1724 AATTGGAACACCGAGTCTGAAGCATCCCAAGCTACTGGAGGCTACACTATCAGTTTTCCC 1783
Query 1679 TTGACAGTCTTACAGAGTGAATGCCAACAACTCATATGTGAGATTCTACGAGCAACTCCA 1738
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1784 TTGACAGTCTTACAGAGTGAATGCCAACAACTCATATGTGAGATTCTACGAGCAACTCCA 1843
Query 1739 GAAGCTGCTTCAGCAGATGCTGCCGCACAAACTGCTAAGCTTGCAAAGAAGGCTCCGAAG 1798
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1844 GAAGCTGCTTCAGCAGATGCTGCTGCACAAACTGCTAAGCTTGCAAAGAAGGCTCCGAAG 1903
Query 1799 AAAGACAAAACGGATGCACCTGAAGATGGGCTAACATTCACCTTTCGGTTTACAGATGCA 1858
|||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1904 AAAGACAAAAGGGATGCACCTGAGGATGGCCTAACATTCACCTTTCGGTTTACAGATGCA 1963
Query 1859 ACTGTATCGATTTCTAATCAGGGAGCTGATCTCATTCGTCAAGGCTGGGGAAAGAGGGCT 1918
|||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1964 ACTGTATCAATATCTAATCAGGGAGCCGATCTCATTCGTCAAGGCTGGGGAAAGAGGGCT 2023
Query 1919 CCAAATGCATCACTGGAAGGTTATGGATCTGCAGCTGTTTTGCCTGAACAAGGAATATAT 1978
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2024 CCAAATGCATCACTGGAAGGTTATGGATCTGCAGCTGTTTTGCCTGAACAAGGAATATAT 2083
Query 1979 CTAGCTGCATCTATTTACCGGCCTGTCCTTCAGTTTACAGATAAAATCACTTCAATGTTG 2038
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2084 CTAGCTGCATCTATTTACCGGCCTGTTCTTCAGTTTACAGATAAAATCACTTCAATGTTG 2143
Query 2039 CCCAAAAAGCATTCCCAGCTTGTGAATGATGGATTGCTTACATTCACTGAGAACTTTGTG 2098
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2144 CCCAAAAAGCATTCCCAGCTTGTGAATGATGGATTGCTTACATTCACTGAAAACTTTGTG 2203
Query 2099 AAGGACCATCTGTTACCGACAATGTTTGTGGACTATAGGAAAGGCGTACAGCAAGCTATA 2158
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2204 AAGGACCATCTGTTACCGACAATGTTTGTGGACTATAGGAAAGGCGTACAGCAAGCTATA 2263
Query 2159 TCAAGCGCTGCCGCATTTCGGCCCCGTGCACATACAACTACTTACACCGCAACCGTAGAA 2218
||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2264 TCAAGCGCTGCTGCATTTCGGCCGCGTGCACATACAACTACTTACACCGCAACCGTAGAA 2323
Query 2219 AAGGGTCGACCTATCTTACAAGGTCTTTTGGCAATAGATCTCCTTGCAAAAGAGGTTCTT 2278
||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2324 AAGGGACGACCTATCTTACAAGGTCTTCTAGCAATAGATCTCCTTGCAAAAGAGGTTCTT 2383
Query 2279 GGCTGGGCTCAAGCCATGCCTAAATTTGCTACTGACCTTGTGAAGTATGTTCAGACATTT 2338
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2384 GGCTGGGCTCAAGCCATGCCTAAATTTGCTACTGATCTTGTGAAGTATGTTCAGACATTT 2443
Query 2339 CTTGAGAGGACATTTGAGAGATGTCGAACATCATACATGGAGGCTGTTCTAGAGAAGCTC 2398
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2444 CTTGAGAGGACATTTGAGAGATGTCGAACATCATACATGGAGGCTGTTCTAGAGAAGCTC 2503
Query 2399 AGTTACATGCTCATTGGGAGGCATGATATTGAGAAATTGATGCGGCTTGATGCGGCGAGT 2458
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2504 AGTTACATGCTCATTGGGAGGCATGATATTGAGAAATTGATGCGGCTTGATGCGGCGAGT 2563
Query 2459 GCTTGTTTGCCATCTACGCTTGGCCATGCCGTTTCTCACTCTGAGGCTGTTGGCACTGAA 2518
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2564 GCTTGTTTACCATCTACGCTTGGCCATGCCGTTTCTCACTCTGAGGCTGTTGGCACTGAA 2623
Query 2519 GTAGAACTCAGTGAACTATTCTTGAGTTTGCGACCTATCAAGCAGGATAATCTAATTCGT 2578
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2624 GTAGAACTCAGTGACCTATTCTTGAGTTTGCGACCTATCAAGCAGGATAATCTAATTCGT 2683
Query 2579 GATGACAACAAACTGATTTTGTTAGCTTCTCTCAGTGACTCGCTTGAATACGTGGCAGAC 2638
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2684 GATGACAACAAACTGATTTTGTTAGCTTCTCTCAGTGACTCGCTTGAATACGTGGCAGAC 2743
Query 2639 TCTATTGAGAGGCTTGGACAAGCAGTTCCTCGTGTGGCAAGTCAAGCTGAAGGTAATAGC 2698
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2744 TCTATTGAGAGGCTTGGACAAGCAGTTCCTCGTGTGGCGAGTCAAGCTGAAGGTAATAGC 2803
Query 2699 AGAAATCAAGCAGCTTCTCCTAGGAATCTGGCATCATTTGCTGATGAGTACAGAAAACTT 2758
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2804 AGAAATCAAGCAGCTTCTCCTAGGAATCTGGCATCATTTGCAGATGAGTACAGAAAACTT 2863
Query 2759 GCGACTGATTGCCTAAAGGTTCTTCGTGTTGAGATGCAATTGGAAACAGTCTTTCATCTT 2818
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2864 GCGACTGATTGCCTAAAGGTTCTTCGTGTTGAGATGCAATTGGAAACAGTCTTTCATCTT 2923
Query 2819 CAGGAAATGACGAATAGGGAATACTTGGAGGATGAGGATGCTGAAGAGCCGGACGACTTT 2878
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2924 CAGGAAATGACGAATAGGGAATATTTGGAGGATGAGGATGCTGAAGAGCCGGACGACTTT 2983
Query 2879 GTGATATCTCTTACTTCACAGATAACACGTAGGGAGGAGGGAATGGCGCCTTTCATCTCT 2938
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2984 GTGATATCTCTTACTTCACAGATAACACGTAGGGAGGAGGGAATGGCGCCTTTCATCTCT 3043
Query 2939 GGTGAGAAGCGGAATTACGTTTTTGGTGGCAT-ATGTGGAATTGCAGCAAATGCGTCCAT 2997
|||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3044 GGTGAGAAGCGGAATTACGTTTTTGGTGGCATTA-GTGGAATTGCAGCAAATGCGTCCAT 3102
Query 2998 TAAGGCTTTGGCTGACATGAGATCAATCAACCTTTTCGGGGTTCAACAAATATGTCGGAA 3057
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3103 TAAGGCTTTGGCTGACATGAGATCAATCAACCTTTTCGGGGTTCAACAAATATGTCGGAA 3162
Query 3058 CACTATTGCAGTGGAACAGGCCATGGCAGCTATTCCATATATCGATGGTGAAACCGTACA 3117
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3163 CACTATTGCAGTGGAACAGGCCATGGCAGCTATTCCATATATCGATGGTGAAACCGTACA 3222
Query 3118 ACAGAACCTAGATCGTGTCCGTACTTACTTTGAACTGTTAAACATGCCATTCGAAGCATT 3177
||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3223 ACAGAACCTAGATCGTGTCCGTACTTACTTTGAGCTATTAAACATGCCATTCGAAGCATT 3282
Query 3178 GCTCGCTTTCATAGCAGAACACGACCAAATGTTTACACCCACAGAGTATTCCAATCTTCT 3237
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3283 GCTCGCTTTCATAGCAGAACACGACCAAATGTTTACACCCACAGAGTATTCCAATCTTCT 3342
Query 3238 GAAGGTCAATGTTCCTGGAAGAGATACCCCTTCAGATGCTCAGTCACGCCTTTTGGAAAT 3297
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 3343 GAAGGTCAATGTTCCTGGAAGAGATACTCCTTCAGATGCTCAATCCCGCCTTTTGGAAAT 3402
Query 3298 TCTTTCTCACTAATGTCAA 3316
||||||||| |||||||||
Sbjct 3403 TCTTTCTCATTAATGTCAA 3421
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 165701412729
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5