BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg929581
Length=2275
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G17310.2 | Symbols: DRM3, AtDRM3 | S-adenosyl-L-methionine-d... 3452 0.0
> AT3G17310.2 | Symbols: DRM3, AtDRM3 | S-adenosyl-L-methionine-dependent
methyltransferases superfamily protein | chr3:5909001-5913242
REVERSE LENGTH=2641
Length=2641
Score = 3452 bits (1869), Expect = 0.0
Identities = 2067/2163 (96%), Gaps = 11/2163 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 117 TGATTTGCGTAGACGAAATGGAAATGGAGGTTCCTCTAATCATGAAAGGAATGAGCAGAT 176
|||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 221 TGATATGCGTAGACGAAATGGAAGTGGAGGTTCCTCTAATCATGAAAGGAATGAGCAGAT 280
Query 177 ACTGTTTCCAAAACCAGAGACTTTGGACTATGAATTGCCCTGCGACACCTCTTACCCTCA 236
||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 281 ACTGTTTCCAAAACCAGAGACCTTGGACTTTGATTTGCCCTGCGACACCTCTTTCCCTCA 340
Query 237 CCAGATTGGTGACAATGCTGCTAGTTCTTCTGGAAGCAATGTTAAGTCATTGCTGATTGA 296
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 341 GCAGATTGGTGACAATGCTGCTAGTTCTTCTGGAAGTAATGTTAAGTCATTGCTGATTGA 400
Query 297 GATGGGATTTTGCCCAACTCTTGTTCAGAAAGCAATTGATGAAAATGGTGAAGATGATAT 356
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |
Sbjct 401 GATGGGATTTTGCCCAACTCTTGTTCAGAAAGCAATTGACGAAAATGGTCAAGATGATTT 460
Query 357 TGAATTTCTATTAGAGATTCTCACTAAGAGTACTGTAACAGAACAACCTGGAACC-AGCT 415
||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||| ||||
Sbjct 461 TGAGTTGCTATTAGAGATTCTCACTAAGAGTACTGAAACAGAACCTCCTGG-ACCTAGCT 519
Query 416 TTCATGGGCTAATGGAACCCAAACCGGAACCTGATATTGAATACGAAACTGATGGTAGAA 475
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||
Sbjct 520 TTCATGGGCTAATGGAACCCAAACCGGAACCTGATATTGAATACGAAACTGACCGTATAA 579
Query 476 GGATTGCGTTACTAACAATGCAGTTTCCAGAAAATCTAGTTGACTTTGCACTGGATAGGC 535
|||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 580 GGATTGCGTTACTAACTATGAAGTTTCCAGAAAATCTTGTTGACTTTGCACTGGATAGGC 639
Query 536 TTGGTAAAGACGCGCCAATTGATGAGATGGTGGACTTCATTGTTGCTGCTCAATTAGCTG 595
||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 640 TTGGTAAAGACACACCAATTGATGAGATGGTGGACTTCATTGTTGCTGCTCAATTAGCTG 699
Query 596 AAAAGTATGCGGAAGAATCTGAAGACTCACTTGATGGTGCTGAGATCAATGAAGAAGATG 655
||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 700 AAAAGTATGCGGAGGAATCCGAAGATTCACTTGATGGTGCTGAGATCAATGAAGAAGATG 759
Query 656 AAGATGTCACTCCAGTTACTGCTCGGGGACCTGAGGTTCCCAACGAACAGTTGTTTGAAA 715
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 760 AAGATGTCACTCCAGTTACTGCTCGAGGACCTGAGGTTCCCAATGAACAATTGTTTGAAA 819
Query 716 CAATGGACAAGACTTTGCATTTACTGGAAATGGGATTCTCCAATGATGAAATTTCAATGG 775
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 820 CAATGGACAAGACTTTGCGTTTACTGGAAATGGGATTCTCTAATGATGAAATTTCAATGG 879
Query 776 CAATTGAGAAGATAGGTACAGAAGGTCAGATTTCTGTCCTTGCTGAGTCAATTGTTACTG 835
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 880 CAATTGAGAAGATAGGTACAAAAGGTCAGATTTCTGTCCTTGCTGAGTCAATTGTTACTG 939
Query 836 GTGAATTTCCTGCTGTATGCCATGATGACCTTGAAGATATAGAAAAGAAAGTTTCAGCGG 895
||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 940 GTGAATTTCCTGCGGAATGCCATGATGACCTTGAAGATATAGAAAAGAAAGTTTCAGCGG 999
Query 896 CGGCTCCTGCAGTGAATCGTACATGTCTTTCAAAGAGTTGGAGATTTGTTGGTGTTGGTG 955
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1000 CTGCTCCTGCAGTGAATCGTACATGTCTTTCAAAGAGTTGGAGATTTGTTGGGGTTGGTG 1059
Query 956 CCCAGAAAGAGGATGGTGGTGGGGGTTCGTCAAGTGGCACTGCTAATATAAAACCAGATC 1015
| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1060 CTCAGAAAGAGGATGGTGGTGGGGGTTCGTCGAGTGGCACTGCTAATATAAAACCAGATC 1119
Query 1016 CTGGTATTGACTCTTTTCCTTTCCCTGCCACTGCCAATGTGGGAGAGACCTCGAAG-GGT 1074
|||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 1120 CTGGTATTGAGTCTTTTCCTTTCCCTGCCACTGACAATGTGGGAGAGACCTCG-AGAGGT 1178
Query 1075 AAGCGACCAAAAGATGAGGATGAGAATGCGTATCCAGAGGAATACGCTGACTACGATGAC 1134
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||| ||||||||||
Sbjct 1179 AAGCGACCAAAAGATGAGGATGAGAATGCCTATCCAGAAGAATACACTGGCTACGATGAC 1238
Query 1135 AGAGGAAAACGGTTAAGACCCGAATATATGGGTGACTCAAGTTCGTTTATGGAAACCCCA 1194
||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1239 AGAGGAAAACGGTTAAGGCCCGAAGATATGGGTGACTCAAGTTCGTTTATGGAAACCCCA 1298
Query 1195 TGGATGCAAGATGAGTGGAAAGATAACACATATGAATTTCCCAGTGTAATGCAGCCACGT 1254
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1299 TGGATGCAAGATGAGTGGAAAGATAACACATATGAATTTCCCAGTGTAATGCAGCCACGT 1358
Query 1255 TTGTCCCAGAGTCTTGG-CGCAAATGTAGCCAAACGACCTTATTTCTTCTATGGACAGTT 1313
||||||||||||||||| | |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1359 TTGTCCCAGAGTCTTGGTC-CAAAAGTAGCCAGACGACCTTATTTCTTCTATGGACAGTT 1417
Query 1314 AGGTGAACTATCTCCTAGCTGGTGGTCGAAGATCTCGGGTTTCTTGTTCGGAATTCACCC 1373
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1418 AGGTGAACTTTCTCCTAGCTGGTGGTCGAAGATCTCGGGTTTCTTGTTCGGAATTCACCC 1477
Query 1374 CGAACATGTAGATACTCGGTTGTGTTCAGCGCTCCATAGGACAGAAGGGTACCTGCACAA 1433
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1478 CGAACATGTAGATACTCGGTTGTGTTCAGCGCTCCGTAGGACAGAAGGGTACCTGCACAA 1537
Query 1434 TCTTCCCACTGTTAACAGGTTCAATATCCTCCCAAAGCCTCGGTTAACTATACAAGACGC 1493
||||||||||||||||||||| |||| |||||| || ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1538 TCTTCCCACTGTTAACAGGTTTAATACCCTCCCGAACCCTCGATTAACTATACAAGACGC 1597
Query 1494 AATGCCACAAATGAAGAGTTGGTGGCCGCAATGGGATATCAGAAAACATTTCAATAGCGG 1553
||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1598 AATGCCACACATGAGGAGTTGGTGGCCACAATGGGATATCAGAAAGCATTTCAATAGCGG 1657
Query 1554 CACGTGTTCTAATAGGAAAGATGTAACTCTTCTCTGTGAACGAATTGGACGCCGTATAGC 1613
|||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1658 CACGTGTTCTAATATGAAAGATGCAACTCTTCTCTGTGAACGAATTGGTCGCCGTATAGC 1717
Query 1614 TGAATGCAGGGGAAAGCCTACTCAACAAGACCAGACTCTAATACTTCGGCATTGTCACAC 1673
|||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||
Sbjct 1718 TGAATGCAAGGGAAAGCCTACTCAACAGGACCAGACTTTAATACTTCGACATTGTCACAC 1777
Query 1674 TTCCAATCTCATTTGGATTGCTCCAAACATCCTCTCA-CCTGTGGAGCCTGAACATTTAG 1732
||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1778 CTCCAATCTCATTTGGATAGCACCAAACATCCTCTCACCCT-TGGAGCCTGAACATTTAG 1836
Query 1733 AGTGCATTATGGGATATCCAACGAACCACACAAACATCGGTGGTGGAAGATTGGCTGAAA 1792
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1837 AGTGCATTATGGGATATCCAATGAACCACACAAACATCGGTGGTGGAAGGTTGGCTGAAA 1896
Query 1793 GATTGAAGTTGTTTGATTACTGCTTCCAAACAGACACATTGGGTTACCATCTCTCTGTAC 1852
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1897 GATTGAAGTTGTTTGATTACTGCTTCCAAACAGACACATTGGGTTACCATCTCTCTGTAC 1956
Query 1853 TCAAGTCTATGTTTCCCGAAGGTTTAACAGTTTTATCACTCTTTAGCGGGATTGGTGGTG 1912
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1957 TCAAGTCTATGTTTCCCCAAGGTTTAACAGTTTTATCACTCTTTAGCGGGATTGGTGGTG 2016
Query 1913 CGGAAATTGCATTGGACCGCCTTGGAATCCATCTAAAAGGCGTAGTCTCTGTAGAGTCCT 1972
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2017 CGGAAATTGCATTGGACCGTCTTGGAATCCATCTAAAAGGCGTAGTCTCTGTAGAGTCCT 2076
Query 1973 GTGGATTGAGCCGTAACATACTGAAAAGATGGTGGCAGACTTCTGGACAAACCGGTGAGC 2032
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2077 GTGGATTGAGCCGTAACATACTGAAAAGATGGTGGCAGACTTCGGGACAAACCGGTGAGC 2136
Query 2033 TAGTGCAAATTGAAGAAATCAAAAGCTTAACGACAAAGAAGCTGGAAACTTTGGTGCAGA 2092
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||| || ||||||
Sbjct 2137 TAGTGCAAATTGAAGAAATCAAAAGCTTAACGGCAAAGAGGCTGGAGACTCTGATGCAGA 2196
Query 2093 GATTTGGGGGATTTGACTTTGTCATTTGTCAGAACCCATCAACACCACTTGATCTCTCTA 2152
||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2197 GATTTGGAGGATTTGACTTTGTCATTTGCCAGAACCCATCAACACCACTTGATCTCTCTA 2256
Query 2153 AAGAAATCTCAAATAGCGAAGCCTGTGAATTTGATTATACGTTGTTTAACGAGTTTGCTC 2212
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2257 AAGAAATCTCAAATAGTGAAGCCTGTGAATTTGATTATACGTTGTTTAACGAGTTTGCTC 2316
Query 2213 GTGTCACGAAACGTGTCAGAGATATGATGGAGTTAAGTTGACCAAGAGCCTCCTTTACGT 2272
||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 2317 GTGTCACGAAACGTGTCAGAGATATGATGTAGTGAAGTTGACCAAGAGCCT--TT-ACGT 2373
Query 2273 CCT 2275
|||
Sbjct 2374 CCT 2376
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 112901025705
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5