BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg929640
Length=1524
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G17760.1 | Symbols: GAD5 | glutamate decarboxylase 5 | chr3:... 2460 0.0
AT3G17720.1 | Symbols: | Pyridoxal phosphate (PLP)-dependent t... 645 0.0
> AT3G17760.1 | Symbols: GAD5 | glutamate decarboxylase 5 | chr3:6078812-6080877
REVERSE LENGTH=1605
Length=1605
Score = 2460 bits (1332), Expect = 0.0
Identities = 1448/1505 (96%), Gaps = 3/1505 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TTCAGAATAACTCAAACACAATGGTACTTGCAACCAACTCTGACTCCGAAGAGCATTTGC 60
||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 20 TTCAGCATAACTCAAACACAATGGTACTCGCAACCAACTCTGACTCCGACGAGCATTTGC 79
Query 61 ATTCCACTTTTGCTTCCAGATATGTCCGTGCTGTTGTTCCCAGGTTCAAGATGCCTGACC 120
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 80 ATTCCACTTTTGCTTCTAGATATGTCCGTGCTGTTGTTCCCAGGTTCAAGATGCCTGACC 139
Query 121 ATTGCATGCCCAAAGATGCTGCTTATCAAGTGATCAATGATGAGTTGATGCTTGATGGCA 180
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 140 ATTGCATGCCCAAAGATGCTGCTTATCAAGTGATCAATGATGAGTTGATGCTTGATGGTA 199
Query 181 ATCCCAGGCTTAACCTAGCCTCCTTTGTCACCACTTGGATGGAACCTGAGTGTGACAAAC 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 200 ATCCCAGGCTTAACCTAGCCTCCTTTGTCACCACTTGGATGGAACCTGAGTGTGACAAAC 259
Query 241 TCATCATGGATTCTGTCAATAAGAACTATGTTGATATGGATGAATACCCTGTCACTACCG 300
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |
Sbjct 260 TCATCATGGATTCTGTCAATAAGAACTATGTTGATATGGATGAATATCCTGTCACCACTG 319
Query 301 AGCTCCAGAACCGGTGTGTAAATATGATAGCTAACTTGTTCCATGCTCCCGTTGGAGAAG 360
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 320 AGCTCCAGAACCGGTGTGTAAATATGATAGCAAACTTGTTCCATGCTCCCGTTGGAGAAG 379
Query 361 GCGAGGCTGCTATTGGGTGTGGAACTGTCGGTTCATCAGAGGCTATAATGCTTGCTGGTT 420
||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 380 ACGAGGCTGCTATTGGGTGTGGAACTGTTGGTTCATCTGAGGCTATAATGCTTGCTGGTT 439
Query 421 TAGCTTTCAAAAGGAAATGGCAACATAGGAGAAGAGCTCAGGGTCTATCTACTGATAAGC 480
| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||
Sbjct 440 TGGCTTTCAAAAGGAAATGGCAACATAGGAGAAAAGCTCAGGGTCTACCTATTGATAAGC 499
Query 481 CTAACATTGTTACTGGAGCCAATGTTCAGGTGTGCTGGGAGAAATTTGCAAGGTACTTTG 540
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 500 CTAACATTGTCACTGGAGCCAATGTTCAGGTGTGCTGGGAGAAGTTTGCAAGGTACTTTG 559
Query 541 AGGTAGAGCTCAAAGAGGTGAAACTAAGTGAAGACTATTACGTGATGGACCCAGCTAAAG 600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||| ||||||||||
Sbjct 560 AGGTAGAGCTCAAAGAGGTGAAACTAAGTGAAGACTACTATGTTATGGATCCAGCTAAAG 619
Query 601 CTGTAGAGATGGTGGATGAGAATACCATCTGTGTTGCAGCAATTCTAGGATCTACACTTA 660
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 620 CTGTAGAGATGGTGGATGAGAATACCATCTGTGTTGCAGCAATTCTAGGATCCACACTTA 679
Query 661 CCGGAGAGTTTGAGGATGTGAAGCTATTGAACGATCTCTTAGCTGAGAAAAACGCAGAGA 720
| |||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 680 CTGGAGAGTTTGAGGACGTTAAGCAATTGAACGATCTCTTAGCTGAGAAAAACGCAGAGA 739
Query 721 CGGGTTGGGAAACTCCTATTCATGTTGATGCAGCAAGTGGAGGATTCATTGCTCCTTTCC 780
| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 740 CAGGATGGGAAACTCCTATTCATGTTGATGCAGCCAGTGGAGGATTCATTGCTCCTTTCC 799
Query 781 TCTACCCTGATCTTGAATGGGACTTTAGGCTTCCATGGGTGAAGAGTATCAATGTCAGTG 840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 800 TCTACCCTGATCTTGAATGGGACTTTAGGCTTCCATGGGTGAAGAGTATTAACGTCAGTG 859
Query 841 GTCATAAGTATGGACTTGTGTATGCAGGAGTTGGTTGGATTGTCTGGAGAACAAAAGATG 900
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 860 GTCACAAGTATGGACTTGTGTATGCAGGAGTTGGTTGGGTTGTCTGGAGAACAAAAGATG 919
Query 901 ATTTGCCAGAGGAACTTGTCTTTCACATCAACTACTTAGGAGCTGATCAACCCACTTTCA 960
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 920 ATTTGCCAGAGGAACTTGTCTTCCACATCAACTACTTGGGAGCTGATCAACCCACTTTCA 979
Query 961 CTCTCAACTTCTCAAAAGGGTCGAGCCAAATCATTGCTCAGTACTATCAGTTTATCCGAC 1020
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 980 CTCTCAACTTCTCAAAAGGGTCGAGCCAAATCATTGCTCAGTACTATCAGTTTATCCGAC 1039
Query 1021 TAGGCTTTGAGGGATACAAGAACATAATGGAAAACTGCATGGATAACGCAAGGAGGCTAA 1080
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1040 TAGGCTTTGAGGGATACAAGAACATAATGGAAAACTGCATGGATAACGCAAGGAGGCTAA 1099
Query 1081 GAGAAGGCATAGAGATGACAGGGAAGTTCCACATTCTGTCTAAAGATATTGGCGTGCCAC 1140
||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1100 GAGAAGGAATAGAGATGACAGGGAAGTTCAACATTGTGTCCAAAGATATTGGCGTGCCAC 1159
Query 1141 TAGTAGCATTCTCACTCAAAGACAGTAGCAAACACACGGTGTTTGAGATCGCAGAGTCAC 1200
|||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1160 TAGTGGCATTCTCTCTCAAAGACAGTAGCAAGCACACGGTGTTTGAGATCGCAGAGTCTT 1219
Query 1201 TGAGAAAATTCGGGTGGATCATACCGGCTTACACTATGCCTGCAGATGCACAGCACATTG 1260
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1220 TGAGAAAATTCGGGTGGATCATACCGGCTTACACTATGCCTGCAGATGCACAGCACATTG 1279
Query 1261 CTGTGCTCAGAGTTGTTATCAGAGAAGACTTTAGCCGAGGCCTTGCAGATAGACTCATCA 1320
|||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1280 CTGTGCTCAGAGTTGTGATAAGAGAAGACTTTAGCCGAGGCCTTGCAGATAGACTCATCA 1339
Query 1321 CACACATCATTCAGGTACTGAAAGAGATTGAAGGGCTTCCTAGCCGGATCGCGCATCTTG 1380
|||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||
Sbjct 1340 CACATATCATTCAGGTGCTGAAAGAGATTGAAGGGCTTCCTAGCAGGATTGCACATCTTG 1399
Query 1381 CTGCGGCTGCAGCGGTTAGTGGTGATGATGAAG---TTAAAGTGAAGACTGCGAAGATGT 1437
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1400 CTGCGGCTGCAGCGGTTAGTGGTGATGATGAAGAAGTTAAAGTGAAGACTGCCAAGATGT 1459
Query 1438 CCTTGGAGGATATCACTAAGTATTGGAAACGCCTTGTGGAACACAAGAGAAATATTGTCT 1497
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1460 CCTTGGAGGATATCACTAAGTATTGGAAACGCCTTGTGGAACACAAGAGAAATATTGTCT 1519
Query 1498 GTTAA 1502
| |||
Sbjct 1520 GCTAA 1524
> AT3G17720.1 | Symbols: | Pyridoxal phosphate (PLP)-dependent
transferases superfamily protein | chr3:6062446-6063483 FORWARD
LENGTH=585
Length=585
Score = 645 bits (349), Expect = 0.0
Identities = 428/465 (92%), Gaps = 9/465 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 309 AACCGGTGTGTAAATATGATAGCTAACTTGTTCCATGCTCCCGTTGGAGAAGGCGAGGCT 368
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||
Sbjct 100 AACCGGTGTGTAAATATGATAGCAAACTTGTTCCATGCTCCTGTTGGACAAGACGAGGCT 159
Query 369 GCTATTGGGTGTGGAACTGTCGGTTCATCAGAGGCTATAATGCTTGCTGGTTTAGCTTTC 428
| |||| | ||||||| ||| | |||||| || | | | ||||||||||||||||
Sbjct 160 GTTATTAGTTGTGGAATTGTTGCTTCATCTGA-G------T-C-TGCTGGTTTAGCTTTC 210
Query 429 AAAAGGAAATGGCAACATAGGAGAAGAGCTCAGGGTCTATCTACTGATAAGCCTAACATT 488
|||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||
Sbjct 211 AAAATGAAATGGCAACATAGGAGAAAAGCTCAGGGTCTACCTATTGATAAGCCTAACATT 270
Query 489 GTTACTGGAGCCAATGTTCAGGTGTGCTGGGAGAAATTTGCAAGGTACTTTGAGGTAGAG 548
|||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 271 GTTACTGGAGTCAATGTTCAGGTGTGCTGGGAGAAGTTTGCAAGGTACTTTGAGGTAGAG 330
Query 549 CTCAAAGAGGTGAAACTAAGTGAAGACTATTACGTGATGGACCCAGCTAAAGCTGTAGAG 608
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 331 CTCAAAGAGGTGAAACTAAGTGAAGACTATTACGTGATGGACCCAGCTAAAGCTGTAGAG 390
Query 609 ATGGTGGATGAGAATACCATCTGTGTTGCAGCAATTCTAGGATCTACACTTACCGGAGAG 668
||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||| ||||||
Sbjct 391 ATGGTGGATGAGAATTCCATCTGTGTTGCAGCGATTCTAGGATCCACATTTACTGGAGAG 450
Query 669 TTTGAGGATGTGAAGCTATTGAACGATCTCTTAGCTGAGAAAAACGCAGAGACGGGTTGG 728
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||| ||||
Sbjct 451 TTTGAGTATGTGAAGCTATTGAACGATCTCTTAGCTGAGAAGAATGCAAAGACGGCTTGG 510
Query 729 GAAACTCCTATTCATGTTGATGCAGCAAGTGGAGGATTCATTGCT 773
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 511 GAAACTCCTATTCACGTTGATGCAGCAAGTGGAGGATTCATTGCT 555
Score = 60.2 bits (32), Expect = 6e-08
Identities = 32/32 (100%), Gaps = 0/32 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 809 GCTTCCATGGGTGAAGAGTATCAATGTCAGTG 840
||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 553 GCTTCCATGGGTGAAGAGTATCAATGTCAGTG 584
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 75200416410
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5