BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg929898
Length=1708
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G19895.1 | Symbols: | RING/U-box superfamily protein | chr3... 2865 0.0
> AT3G19895.1 | Symbols: | RING/U-box superfamily protein | chr3:6917294-6921556
REVERSE LENGTH=2246
Length=2246
Score = 2865 bits (1551), Expect = 0.0
Identities = 1655/1707 (97%), Gaps = 0/1707 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2 TATGGTTGATTGGAGTGGCGATGCACCGGCAGGGCTCGTCTCCGATTACGCCTTCAAGCT 61
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 326 TATGGTTGATTGGAGTGGCGATGCACCGGCAGGGCTCGTCTCCGATTACGCCTTCAAACT 385
Query 62 ATAACGTCGCCGTTTCAATTGCTTCTGATGTACCTACTGGCTTAACTAAGTCTCCTTTAT 121
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 386 ATAACGCCGCCGTTTCAATTGCTTCTGATGTACCTACTGGTTTAACCAAGTCTCCTTTAT 445
Query 122 CTCACGCGATTCCAGTTTCGCCGATTTCTGCTGCTTACCCTTCCGGTGATCCAATGCTGA 181
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 446 CTCACGCGATTCCAGTTTCGCCGATTTCTGCTGCTTACCCTTCCGGTGATCCTATTTTGA 505
Query 182 TGATGTCTGGGACTCCTCTTGCTAGGGTTCGATTATCTGATATTTTGCCTTATGAAGGAG 241
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 506 TGATGTCTGGGACTCCTCTCGCTAGGGTTCGATTATCTGAAATTTTGCCTTATGAAGGAG 565
Query 242 CTCCTTCTCCGGTGTATGCAAAAGCCGTGGAGGCTTTGTCTGTGTCTTTGATGAGGTATA 301
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 566 CTCCTTCTCCGGTGTATGCAAAAGCTGTGGAGGCTTTGTCTGTGTCTTTGATGAGGTATA 625
Query 302 ATGCGTCTGTGATCGAAATAGGGAGCGATGACACTGCACTGATGCGATGTGGACTTGAAG 361
|||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 626 ATGCGTCTGTGATCGAGATAGGGAGTGAAGACACTGCACTGATGCGATGTGGCCTTGAAG 685
Query 362 CTGCTCGTTTGTATTTTAGAACTAGAAGCCTTAATGTTTCTGGTAAAGGCAATCGTGGCC 421
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 686 CTGCTCGTTTGTATTTTAGAACTAGAAGCCTTACTGTTTCTGGTAAAGGCAATCGTGGCC 745
Query 422 TCTCTATGTATAGAGCTGGAAGATCTGTTGAAGATTTAGATTCTTCACCTCCATGCATGG 481
|||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 746 TCTCTATGTATAGAGCCGGAAGGTCTGTTGAAGATTTAGATTCTTCACCTCCATGCATGG 805
Query 482 CTGAGATTTTCCGGTGCTTGGGTAAAGTAGCACGAGCTGCTTTATCTGCAATAGCAAGGC 541
||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 806 CTGAGATTTTCAGGTGTTTGGGTAAAGTAGCACGAGCTGCTTTATCTGCAATAGCAAGGC 865
Query 542 ATCTACGTTTAAGAAGCGATGTTTTTAACCATATGCTCGATGACTTTCCACTAGCTCCGA 601
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 866 ATCTACGTTTAAGAAGCGATGTTTTTAACCATATGCTTGATGACTTTCCACTAGCTCCGA 925
Query 602 ACGAGGTTTCCTCCTCGGTGCTACTGGCTTCCTATGCTCATGCATCAATACAAAATGGAA 661
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 926 ACGAGGTTTCCTCCTCGGTGCTACTGGCTTCCTATGCTCATGCATCGATACAAAATGGAA 985
Query 662 AACATGCTTCTGGAGGTGGGAATCTATCTGCTAAAATTGAAGTTGAAAAGGGTTTGTTGA 721
|||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 986 AACATGCTTCTGGAGGTGGGAACCTATCTGCTAAGATTGAAGTTGAGAAGGGTTTGTTGA 1045
Query 722 CACTGTTCTGCTCAGATGGCACTGGCATTCAGGTATGTGACCCAAATGGTCGTTGGTACA 781
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1046 CACTGTTCTGCTCAGATGGCACTGGCATTCAGGTATGTGACCCAAATGGTCGTTGGTACA 1105
Query 782 CAGCAGATAATGGGTGTGGGGTGGGTGATCTCTTATTGATTACCGGCAAAGCGCTTAGTC 841
||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1106 CAGCAGATAATGGATGTGGGGTGGGTGATCTCTTACTGATTACCGGCAAAGCGCTTAGTC 1165
Query 842 ACGCTACTGCAGGTCTCCGTCCAGCTGCCTCTTACAGAACTACTACCGATCATTTGTCTG 901
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1166 ATGCTACTGCAGGTCTCCGTCCAGCTGCCTCTTACAGAACTACTACCGATCATTTGTCTG 1225
Query 902 GCACTGACACTCGCGGAAGGGCATCATTAGCTTTTAGGCTTATGCCGAAAAGTAATGCTA 961
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1226 CCACTGACACTCGAGGAAGGGCATCATTAGCTTTTAGGCTTATGCCGAAAAGTAATGCTA 1285
Query 962 TATTAGATTGTTCCCCAATAGAAGCAGCCGGCCATGTAATTCCTCAAAGCTATGTGCCAG 1021
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1286 TATTAGATTGTTCCCCAATAGAAGCAGCCGGCCATGTAATTCCTCAAAGCTATGTGCCAG 1345
Query 1022 TATCTGTTAGTCAGTTTATGGATAACCTCTTGGCCGAGAATGACACTCTAGTTAATCCGC 1081
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1346 TATCTGTTAGTCAGTTTATGGATAACCTCTTAGCCGAGAATGACACTCTAGTTAATCCGC 1405
Query 1082 CTGTGAAAACAAATGTTCCGCGGGATGATGTTTGCAAAGAGCCTTCCTTAAGAAGTGTTC 1141
|||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1406 CTGTGAAAACCAATGTTCCACGGGATGATGTTTGCAAAGAGCCTTCCTTAAGAAGTGTTC 1465
Query 1142 TCTCGGATCCAATTTCTGGGGCTTTTCTTGAAGATGCAATGGTTGTCTCTTGTGGACACT 1201
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1466 TCTCGGATCCAATTTCTGGTGCTTTTCTTGAAGATGCAATGGTTGTCTCTTGTGGACATT 1525
Query 1202 CATTTGGTGGCCTCATGCTTAGAAGAGTTCTTGAAATGTCTAGATGTACGCTCTGCAATG 1261
||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1526 CATTTGGTGGCCTTATGCTTAGAAGAGTCCTTGAAATGTCTAGATGTACGCTCTGCAATA 1585
Query 1262 CAGAAATCGAGTCTGGGTCTCTGGTTCCTAACCATGCACTTAGGGCTGCCGCTTCAGCTA 1321
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1586 CAGAGATCGAGTCTGGGTCTCTGGTTCCTAACCATGCACTTAGAGCTGCCGCTTCAGCTA 1645
Query 1322 TAAAGCAACAGGATGATAAAAGACTTTTCCACAACGCAGCCATGAGGAGGCGTAGAAAAG 1381
| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1646 TCAAGCAACAGGATGATAAACGACTTTTCCACAACGCAGCCATGAGAAGGCGTAGAAAAG 1705
Query 1382 AAATGAGTGATCAAATGGATGTGGAAAATGGAGATCCAGCTACGGATGATGGGATGCATC 1441
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1706 AAATGAGTGATCAAATGGATGTGGAAAATGGAGATCCAGCTACGGATGATGGTATGCATC 1765
Query 1442 GAGTGGTGCATTATCCATTTGCTGTAAATGAGAAAGTGCTTATCAAGGGAAACCGAAGAA 1501
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 1766 GAGTGGTGCATTATCCATTTGCTGTAAATGAGAAAGTTCTTATCAAGGGAAACCGGCGAA 1825
Query 1502 CCCCGGAAAAGTTTGTTGGAAAAGAAGCAATTGTGACATCTCAATGTCTCAATGGCTGGT 1561
| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1826 CTCCAGAAAAGTTTGTTGGAAAAGAAGCAATCGTGACATCTCAGTGTCTCAATGGCTGGT 1885
Query 1562 ATCTATTAAAGATTGTCGAAAGCGGAGACAATGTGCGGCTGCAATACCGATCCCTAAAAA 1621
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1886 ATCTATTAAAGATTGTCGAAAGCGGAGACAATGTACGGCTGCAATACCGATCCCTAAAAA 1945
Query 1622 AGATGGTGAACGATGACAGAGGAGGAGGCCTACAGGTTCAACCGGTTGAGAGCAATAGCT 1681
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1946 AGATGGTGAACGATGACAGAGGAGGAGGCCTACAGGCTCAACCGGTTGAGAGCAATAGCT 2005
Query 1682 TGTAGAATGTAATCATATTTAACCCTT 1708
|||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2006 TGTAGAATGTAATCATATTTAACCCTT 2032
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 84437316690
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5