BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg930399
Length=3007
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G23640.1 | Symbols: HGL1 | heteroglycan glucosidase 1 | chr3... 4820 0.0
> AT3G23640.1 | Symbols: HGL1 | heteroglycan glucosidase 1 | chr3:8501813-8509584
FORWARD LENGTH=3407
Length=3407
Score = 4820 bits (2610), Expect = 0.0
Identities = 2879/3007 (96%), Gaps = 25/3007 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 4 ACAAATCTTTAGTTAGGATGACTGTAAGTGGAGATAGCTCGGAAAC--T---G-T---TT 54
||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||| | | | ||
Sbjct 189 ACAAATCTTTACTTAGGATGACTTTAAGTGGGGATAGCTCGGAAACTGTAGAGATGACTT 248
Query 55 CAACCGATATGATTTTCGAGCCGATTTTGGAGCACGGAGTTTTCCGGTTTGACTCTTCTG 114
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 249 CAACTGATATGATTTTCGAGCCGATTTTGGAGCATGGAGTTTTCCGGTTTGATTGTTCTG 308
Query 115 TGGACCATAGGAAGGCTG-TATTTCCTAGTGTTTCATTTAAGAACAGCAAAGACCGGGAA 173
| |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 309 TTGACCATAGGAAGGCTGCT-TTTCCTAGTGTTTCATTTAAGAACAGCAAAGACCGGGAA 367
Query 174 GTTCCAATTGTGAGTCACAGTGTTCCAGCATATATTCCTACTTGTGTTTGTCTACAGGAC 233
||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||
Sbjct 368 GTTCCTATTGTGAGTCACATTGTTCCAGCATATATTCCTACTTGTGGTTGTCTTCAGGAC 427
Query 234 CAACAAGTTGTCACTTTTGAGTTTTCTCCTGGCACATCGTTTTATGGAACGGGAGAAGTT 293
|||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 428 CAACAAGTTGTCACCTTTGAGTTTTCTCCTGGTACATCGTTTTATGGGACGGGAGAAGTT 487
Query 294 AGTGGTCAGTTGGAGAGAACAGGCAAACGGGTTTTTACTTGGAACACTGATGCATGGGGA 353
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 488 AGTGGTCAGTTGGAGAGAACAGGCAAACGGGTTTTTACTTGGAACACTGATGCATGGGGA 547
Query 354 TATGGCTCTGGAACCACTTCGTTATACCAGTCACATCCTTGGGTACTAGTTGTCCTTCCA 413
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 548 TATGGTTCTGGAACCACTTCGTTATACCAGTCACATCCTTGGGTACTAGTTGTCCTTCCA 607
Query 414 ACCGGAGAAACACTAGGGGTTCTTGCTGATACAACACGAAAGTGTGAGATTGATCTAAGG 473
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 608 ACTGGAGAAACACTAGGGGTTCTTGCTGATACAACACGAAAGTGTGAGATTGATCTACGG 667
Query 474 AAAGAGGGAATCATAAGAATTATCTCCCCAACATCATATCCAATAATCACATTTGGCCCA 533
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 668 AAAGAGGGAATCATAAGAATTATCTCCCCAGCATCATATCCAATAATCACATTTGGTCCA 727
Query 534 TTCTCCTCACCCACTGCTGTCTTGGAGTCCCTGTCGCACGCCATTGGAACTGTTTTTATG 593
|||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 728 TTCTCCTCGCCTACTGCTGTCTTGGAGTCCCTCTCGCACGCCATTGGAACTGTGTTTATG 787
Query 594 CCACCAAAGTGGGCCTTAGGCTACCACCAATGCCGTTGGAGTTATATGTCTGACAAGCGA 653
|| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 788 CCTCCGAAGTGGGCCTTAGGCTACCACCAATGCCGTTGGAGTTATATGTCTGACAAGCGA 847
Query 654 GTAGCTGAGATTGCTCAAACATTTCGTGACAAGAAAATTCCTTCTGACGTGATATGGATG 713
||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 848 GTAGCCGAGATCGCTCAAACATTTCGCGACAAGAAAATTCCTTCTGACGTGATATGGATG 907
Query 714 GATATTGACTACATGGATGGTTTTCGTTGTTTCACATTCGACAAGGAGCGTTTCCCGGAT 773
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 908 GATATTGACTACATGGATGGTTTCCGTTGTTTCACATTCGACAAGGAGCGTTTTCCGGAT 967
Query 774 CCAAGTGCTTTGGCGAAAGATCTCCATAGCAATGGTTTCAAAGCGATCTGGATGCTTGAC 833
|||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 968 CCAAGTGCTTTGGCCAAAGATCTCCATAGTAATGGTTTCAAAGCTATCTGGATGCTTGAC 1027
Query 834 CCTGGAATAAAGCAGGAGGAAGGTTATTATGTCTATGATAGTGGGAGTAAAAATGATGTT 893
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1028 CCTGGAATAAAGCAGGAGGAAGGTTATTATGTCTACGATAGTGGGAGTAAAAATGATGTT 1087
Query 894 TGGATTAGCCGAGCAGATGGGAAGCCATTTATTGGTGAAGTATGGCCTGGGCCTTGCGTT 953
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1088 TGGATTAGCCGAGCAGATGGGAAGCCATTTACTGGTGAAGTATGGCCTGGGCCTTGCGTT 1147
Query 954 TTCCCTGACTATACAAATTCCAAAGCACGCTCTTGGTGGGCTAATTTGGTTAAGGAATTT 1013
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1148 TTCCCTGACTATACAAATTCCAAAGCACGCTCTTGGTGGGCTAATTTGGTTAAGGAATTT 1207
Query 1014 GTTTCAAATGGTGTTGATGGTATATGGAATGATATGAATGAGCCAGCTGTTTTCAAAGTC 1073
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1208 GTTTCAAATGGTGTTGATGGTATATGGAATGATATGAATGAGCCAGCTGTTTTCAAAGTC 1267
Query 1074 GTGACAAAGACGATGCCTGAGAACAATATTCACCGTGGAGATGACGACCTTGGAGGTGTT 1133
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 1268 GTGACAAAGACGATGCCTGAGAACAATATTCACCATGGAGATGATGAGCTTGGAGGTGTT 1327
Query 1134 CAAAACCACTCACACTACCACAATGTCTATGGGATGCTGATGGCCAGATCAACTTATGAA 1193
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 1328 CAAAACCACTCACACTACCACAATGTCTATGGGATGCTGATGGCAAGATCAACTTACGAA 1387
Query 1194 GGGATGGAGCTAGCTGATAAGAATAAGCGACCTTTTGTATTGACAAGAGCTGGATTCATA 1253
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1388 GGGATGGAGCTAGCTGATAAGAATAAGCGACCTTTTGTATTGACAAGGGCTGGATTCATA 1447
Query 1254 GGTAGCCAGAGATATGCTGCGACTTGGACTGGAGATAACCTTTCAAACTGGGAGCATCTA 1313
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1448 GGTAGCCAGAGATATGCTGCGACTTGGACAGGAGATAACCTTTCAAACTGGGAGCATCTA 1507
Query 1314 CATATGTCTATATCCATGGTCCTTCAGCTGGGGCTTAGTGGTCAGCCCTTATCAGGGCCA 1373
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1508 CATATGTCTATATCCATGGTCCTTCAGCTGGGGCTTAGTGGTCAGCCCTTATCAGGGCCA 1567
Query 1374 GATATCGGTGGCTTTGCTGGCAATGCAACTCCGCGGCTATTTGGACGTTGGATGGGTGTT 1433
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1568 GATATCGGTGGCTTTGCTGGCAATGCAACTCCGCGGCTATTTGGACGTTGGATGGGTGTT 1627
Query 1434 GGAGCTATGTTTCCATTCTGTCGTGGTCATTCTGAGGCTGGCACTGATGACCATGAACCA 1493
|||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1628 GGAGCTATGTTTCCATTCTGTCGTGGCCATTCCGAGGCTGGCACTGATGACCATGAACCA 1687
Query 1494 TGGTC-TTTCGGAGAAGAGTGCGAGGAAGTCTGTCGTGCCGCATTGAAGAGGCGTTACCA 1552
||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1688 TGGTCCTTT-GGAGAAGAGTGTGAGGAAGTCTGTCGTGCCGCATTGAAGAGGCGTTACCA 1746
Query 1553 ACTTCTACCACATTTTTACACCTTGTTTTACATAGCCCATACAACTGGTGCTCCAGTTGC 1612
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1747 ACTCCTACCACATTTTTACACCTTGTTTTACATAGCCCATACAACTGGTGCTCCAGTTGC 1806
Query 1613 AGCTCCAATCTTTTTCGCTGATCCTAA-AGATTCCCGGCTAAG-GACTGTTGAAAATGGC 1670
|||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| | ||||||||||||||
Sbjct 1807 AGCTCCAATCTTTTTCGCTGATCC-AATAGATTCCCGGCTAAGAG-CTGTTGAAAATGGC 1864
Query 1671 TTTCTTTTGGGTCCC-CTTCTTATATATGCAAGCACTTTGTCTAGTCAGGGATCACATGA 1729
||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1865 TTTCTTTTGGG-CCCACTTCTTATATATGCAAGCACTTTGTCTAGTCAGGGATCACATGA 1923
Query 1730 GCTGCAGCACATATTGCCCAGAGGAATTTGGC-TCAGGTTTGATTTTGAAGATTCACATC 1788
||||||||||||||| || ||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1924 GCTGCAGCACATATTACCGAGAGGAATTTGGCAT-AGGTTTGATTTTGCAGATTCACATC 1982
Query 1789 CGGATTTACCAACATTATATTTACAAGGTGGATCCATCATATCATTGGCTCCTCCACATC 1848
||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1983 CGGATTTACCAACTTTATATTTACAAGGGGGATCCATCATATCATTGGCTCCTCCACATC 2042
Query 1849 TGCATGTTGGGGAATTTAGTCTGTCAGATGACTTGACCCTACTTGTGTCATTAGATGAAA 1908
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2043 TGCATGTTGGGGAGTTTAGTCTGTCAGATGACTTGACCCTACTTGTGTCATTAGATGAAA 2102
Query 1909 ATGGGAAAGCTAAAGGACTCTTGTTCGAGGATGATGGAGATGGATATGGCTACGCTAACG 1968
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 2103 ATGGGAAAGCTAAAGGACTCTTGTTCGAAGATGATGGAGATGGATATGGCTACACTAAAG 2162
Query 1969 GCAGATTTCTAGTTACACACTACATTGCTGAGCGGCATTCTTCCACTGTCACTGTCAAGG 2028
| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2163 GAAGATTTCTAGTTACACACTACATTGCTGAGCGGGATTCTTCCACTGTCACCGTCAAGG 2222
Query 2029 TTTCAAAAACTGAAGGAGACTGGCAGAGGCCGAAGCGCCGTATTCATGTCCAGTTATTAC 2088
||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||| |||||||
Sbjct 2223 TTTCAAAAACTGAAGGAGACTGGCAGAGGCCAAACCGCCGTGTTCATGTCCAATTATTAC 2282
Query 2089 TAGGAGGCGGTGCAACGCTTGATGCTTGGGGAATGGATGGAGAGATTATCGACATTAAGG 2148
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 2283 TAGGAGGCGGTGCAATGCTTGATGCTTGGGGAATGGATGGAGAGTTTATCCACATTAAGG 2342
Query 2149 TGCCTTCAGAAAGTG-AAGTTTCTGAGTTAATATCCACAAGCAATGAGCGCTTTAAACTT 2207
||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2343 TGCCTTCAGAAAGTGGAA-TTTCAGAGTTAATATCCACAAGCAATGAGCGCTTTAAACTT 2401
Query 2208 CATATGGAAAATACAAAACTGATACCTGAGAAGGAAGTGCTACCTGGACAAAAGGGAATG 2267
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2402 CATATGGAAAATACAAAACTGATACCTGAGAAGGAAGTGGTACCTGGACAAAAGGGAATG 2461
Query 2268 GAACTTTCAAAGGAGCCAGTTGAGTTAAACAGTGGCGATTGGAAACTTAATATAGTTCCC 2327
|||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2462 GAACTTTCAAAGGAGCCAGTTGAGTTAAGCAGTGGTGATTGGAAACTTAATATAGTTCCC 2521
Query 2328 TGGATTGGTGGAAGGATATTGTCTATGACACATGTTCCCTCAGGAATTCAATGGCTTCAT 2387
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2522 TGGGTTGGTGGAAGGATATTGTCTATGACACATGTTCCCTCAGGAATTCAATGGCTTCAT 2581
Query 2388 AGCAGGATAGATATCAATGGTTATGAGGAGTATAGTGGTACTGAGTACCGGTCAGCTGGA 2447
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2582 AGCAGGATAGATATCAATGGTTATGAGGAGTATAGTGGTACTGAGTACCGGTCAGCTGGA 2641
Query 2448 TGTACTGAGGAATATAATGTCATTGAGAGGGATTTGGAGCATGCAGGAGAGGAGGAATCT 2507
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 2642 TGTACTGAGGAATACAATGTCATTGAGAGGGATTTGGAGCATGCAGGAGAAGAAGAATCT 2701
Query 2508 CTGATCCTAGAAGGTGATGTAGGTGGTGGACTGGTTCTTCGGCGTAAAATAAGTATACCT 2567
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2702 CTGATCCTAGAAGGTGATGTAGGTGGTGGACTGGTTCTTCGGCGTAAAATAAGTATAGCT 2761
Query 2568 AAAGACAATCCTCGAGTTTTTCAGATTGCCTCTAGCATTGAAGCCCGTAGTGTTGGTGCT 2627
|||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2762 AAAGACAATCAACGAGTTTTCCGGATTGCCTCTAGCATTGAAGCCCGTAGTGTTGGTGCT 2821
Query 2628 GGTTCTGGTGGATTTTCAAGGCTGGTATGCTTAAGAGTCCATCCAACTTTCACTCTTTTG 2687
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2822 GGTTCTGGTGGATTTTCAAGGCTGGTATGCTTAAGAGTCCATCCAACTTTCACTCTTTTG 2881
Query 2688 CATCCAACTGAATCGTTTGTCTCATTCACGTCGATTGATGGTTCAAAGCATGAAGTTTGG 2747
||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2882 CATCCGACTGAATCGTTTGTCTCTTTCACGTCGATTGATGGTTCAAAGCATGAAGTTTGG 2941
Query 2748 CCAGATTCTGGAGAGCAATTATATGAAGGGAACAACCTACCACATGGTGAA-TGGATGCT 2806
|||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||| |
Sbjct 2942 CCAGATTCTGGAGACCAAATATATGAAGGGAACAACCTTCCACATGG-GAAATGGATGTT 3000
Query 2807 GGTGGACAAGAGCCTCAATCTACGGCTATTAAACAAGTTCAATGTTAGTCAGGTCTTCAA 2866
||||||||||||||||||||| ||| | |||||| |||| |||||||||||||||||||
Sbjct 3001 GGTGGACAAGAGCCTCAATCTTCGGATGGTAAACAGGTTCGATGTTAGTCAGGTCTTCAA 3060
Query 2867 ATGTATTGTCCACTGGGACTGTGGAACCGTTAACTTGGAGCTATGGTCTGAAGACCGACC 2926
||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||| || ||
Sbjct 3061 ATGTATTATCCACTGGGACTGTGGAACTGTTAACTTAGAGCTATGGTCTAAAGAGCGGCC 3120
Query 2927 TGTTTCTAAAGAATCTCCTCTCAAAATAGAGCATGAATACGAAGTCGCAAGTTTCCCATA 2986
|||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||
Sbjct 3121 TGTTTCCAAGGAATCTCCTCTGAAAATAGAGCATGAATATGAAGTCACAAGTTTCCCATA 3180
Query 2987 AATATGT 2993
||| |||
Sbjct 3181 AATGTGT 3187
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 149497490140
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5