BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg930445
Length=4341
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G23890.1 | Symbols: TOPII, ATTOPII | topoisomerase II | chr3... 5814 0.0
> AT3G23890.1 | Symbols: TOPII, ATTOPII | topoisomerase II | chr3:8624750-8631327
FORWARD LENGTH=4824
Length=4824
Score = 5814 bits (3148), Expect = 0.0
Identities = 3579/3787 (95%), Gaps = 29/3787 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TCTCTCTCGGAAACACCCAACCATGGCTACCAAAC-TCCCTCTTCAAAACAGCAACAACG 59
|||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||
Sbjct 160 TCTCTCTCAGAAACACCCAACCATGGCTACCAAACTTCCC-CTTCAAAACAGCAATGCCG 218
Query 60 CCAATGTTGCGAAACCTCC-GC--GA----G-GC-GCCGCCGCCGGGAAGACGATCGAGG 110
|||||||||||||| |||| || | | || ||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 219 CCAATGTTGCGAAAGCTCCGGCTAAATCTCGAGCTGCCGCCGGCGGGAAGACGATCGAGG 278
Query 111 AAATGTATCAGAAGAAATCGCAGCTTGAGCACATTCTGCTCCGTCCCGATACATACATCG 170
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 279 AAATGTATCAGAAGAAATCGCAGCTTGAACACATTCTTCTCCGTCCTGATACATACATCG 338
Query 171 GATCGATTGAGAAACACACCCAAACGCTTTGGGTTTATGAGAAAGATGAGATGG-TGAAT 229
|||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 339 GATCTATCGAGAAACACACCCAAACACTTTGGGTTTATGAGAAAGATGAGATGGTTCAA- 397
Query 230 CGTTCTGTTACCTATGTACCTGGATTGTATAAGATCTTTGATGAGATTCTTGTGAACGCT 289
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 398 CGTCCTGTTACCTATGTACCTGGATTGTATAAGATCTTTGATGAGATTCTCGTAAACGCC 457
Query 290 GCTGATAACAAACAGAGAGATCCGTCGATGGATTCTGTTCAAGTTGTGATTGATGTTGAG 349
||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 458 GCTGATAACAAACAGAGAGATGCGAAGATGGATTCCGTTCAAGTTGTGATTGATGTTGAG 517
Query 350 CAGAATCTGATTAGTGTTTGTAACAGTGGAGCTGGAGTTCCTGTAGAGATTCATCAGGAA 409
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 518 CAGAATCTGATTAGTGTTTGTAACAGTGGAGCTGGAGTTCCTGTAGAGATTCATCAGGAA 577
Query 410 GAAGGTATTTATGTACCGGAGATGATATTTGGTCATTTGTTGACGAGTAGTAACTACGAT 469
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 578 GAAGGAATTTATGTACCGGAGATGATATTTGGTCATTTGTTGACGAGTAGTAACTACGAT 637
Query 470 GATAATGTGAAGAAGACCACTGGTGGAAGAAACGGATATGGTGCTAAGCTTACTAATATT 529
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 638 GATAATGTGAAGAAGACCACTGGTGGAAGAAACGGATATGGTGCTAAGCTTACTAATATC 697
Query 530 TTTTCTACTGAATTCATCATTGAGACTGCAGATGGGAAGAGACTCAAGAAGTATAAGCAG 589
|| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 698 TTCTCTACTGAATTCATCATCGAGACTGCAGATGGGAAGAGACTCAAGAAGTATAAGCAG 757
Query 590 GTCTTTGAGAACAATATGGGGAAGAAGTCGGAACCAGTTATAACAAAGTGCAATAAGAGT 649
|||||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 758 GTCTTTGAGAACAACATGGGGAAGAAATCTGAACCGGTTATAACCAAGTGTAATAAGAGT 817
Query 650 GAAAACTGGACGAAGGTTACATTCAAACCAGATTTGAACAAGTTTAGCATGACTGAATTA 709
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||
Sbjct 818 GAGAACTGGACGAAGGTTACATTCAAACCAGATTTGAAGAAGTTTAACATGACTGAATTA 877
Query 710 GAAGACGATGTGGTTGCTCTAATGAGTAAGCGAGTGTTTGATATTGCTGGATGTTTGGGG 769
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 878 GAAGACGATGTGGTTGCTCTAATGAGTAAGCGAGTGTTTGATATTGCTGGATGTTTGGGG 937
Query 770 AAGTCTGTCAAAGTTGAGCTGAATGGGAAACAAATACCAGTGAAGTCATTTACTGATTAT 829
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 938 AAGTCTGTCAAAGTTGAGCTGAATGGGAAACAAATACCAGTGAAGTCATTCACTGATTAT 997
Query 830 GTTGATCTATACCTAAAAGCAGCTAATAAGTTAAGGGCGGATCCCGATCCTCTCCCAAGG 889
||||| |||||||||| ||||||||||| | ||| |||| |||||||||||||||
Sbjct 998 GTTGACCTATACCTAAGTGCAGCTAATAAATCGAGGACGGA---GGATCCTCTCCCAAGG 1054
Query 890 ATAACTGAGAAAGTTAATGACAGATGGGAGGTTTGTGTGAGCTTAAGTGAAGGACAGTTT 949
| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1055 TTGACTGAGAAAGTTAATGATAGATGGGAGGTTTGTGTGAGCTTAAGTGAAGGACAATTT 1114
Query 950 CAGCAGGTCAGCTTTGTCAACTCCATAGCAACAATCAAGGGTGGTACACATGTTGATTAT 1009
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1115 CAGCAGGTCAGCTTTGTCAACTCCATAGCAACAATCAAGGGTGGTACACATGTTGACTAT 1174
Query 1010 GTGACGAGTCAGATCACAAACTATATTGTGGGTGTTGTGAACAAAAAGAATAAAAACGCT 1069
|||||||||||||| |||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1175 GTGACGAGTCAGATTACAAACCATATTGTGGCTGCTGTGAACAAAAAGAATAAAAACGCA 1234
Query 1070 AATGTTAAGGCCCATAATGTGAAGAACCATCTGTGGGTCTTTGTTAATGCATTGATTGAC 1129
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1235 AATGTTAAGGCCCATAATGTGAAAAACCATCTGTGGGTCTTTGTCAATGCATTGATTGAC 1294
Query 1130 AATCCTGCTTTTGATTCTCAAACAAAAGAAACACTGACTCTTCGACAGAGCAGTTTCGGG 1189
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1295 AATCCTGCTTTTGATTCTCAAACAAAAGAAACACTGACTCTTCGACAGAGCAGTTTTGGG 1354
Query 1190 TCGAAATGTGAACTTTCAGAAGATTTTCTGAAGAAAGTTGGAAAATCTGGCGTAGTGGAG 1249
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1355 TCGAAATGTGAACTTTCAGAAGATTTTCTGAAGAAAGTTGGAAAATCTGGCGTAGTGGAG 1414
Query 1250 AATTTGCTTTCATGGGCAGATTTCAAGAAGAGCAAAGATCTAAAGAAAAGTGATGGAGCC 1309
||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1415 AATTTGCTTTCATGGGCAGATTTCAAGCAGAACAAAGATCTAAAGAAAAGTGATGGAGCC 1474
Query 1310 AAAACAGGGAGGGTTGAAGTTGAGAAGTTAGAGGATGCCGCCGAAGCTGGAGGGAAGAAC 1369
||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1475 AAAACAGGGAGGGTTCTAGTTGAGAAGTTAGACGATGCCGCCGAAGCTGGAGGGAAGAAC 1534
Query 1370 TCTCGACTCTGTACGTTGATTTTGACTGAAGGAGACTCAGCCAAACCTCTAGCTCTGGCG 1429
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||| |||||
Sbjct 1535 TCTCGACTCTGTACGTTAATTTTGACTGAAGGAGACTCAGCAAAATCTCTCGCTTTGGCG 1594
Query 1430 GGGAGGACTGTCTTGGGTGAGAACTATTACGGTGTGTTTCCGCTTCGAGGAAAGCTATTG 1489
|||||| ||||||||||| | ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1595 GGGAGGTCTGTCTTGGGTAATAACTACTGCGGTGTGTTTCCGCTTCGAGGAAAGCTATTG 1654
Query 1490 AATGTCAGGGAAGCCAGCACCACTCAGATTACAAACAATAAGGAAATTGAGAACATCAAG 1549
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1655 AATGTCAGGGAAGCCAGCACCACTCAGATTACAAACAATAAGGAAATTGAGAACCTCAAG 1714
Query 1550 AAGATCCTTGGACTAAAGCAAAATATGAAGTACGACAATGTTAGCTCATTAAGATATGGC 1609
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1715 AAGATCCTTGGACTAAAGCAAAATATGAAGTACGAGAATGTTAACTCATTAAGATATGGC 1774
Query 1610 CATATGATGATCATGACTGATCAAGATCATGATGGTTCCCATATAAAGGGGCTCTTAATC 1669
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 1775 CAGATGATGATCATGACTGATCAAGATCATGATGGTTCTCATATAAAGGGTCTCTTAATC 1834
Query 1670 AATTTTATCCACTCTTTCTGGCCGTCGTTACTCAAGGTTCCATCATTCCTGGTTGAGTTT 1729
||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1835 AATTTTATCCACTCTTTTTGGCCGTCGTTACTCCAGGTTCCATCATTCCTGGTTGAGTTT 1894
Query 1730 ATAACACCCATTGTGAAGGCTAAGAATAAGGCTaaaaaaaaaGTTCTGTCATTTTACTCA 1789
|||||||||||||||||||||| | ||||| || |||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1895 ATAACACCCATTGTGAAGGCTACGCGTAAGGGTACAAAAAAAGTTCTGTCATTCTACTCA 1954
Query 1790 ATGCCTGAGTACGAAGACTGGAAAGAAAGTATGAAGGGTAATGCAACCGGATGGGAAATC 1849
|||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 1955 ATGCCTGAATACGAAGAATGGAAAGAAAGTCTGAAGGGTAATGCAACCGGGTGGGATATC 2014
Query 1850 AAATACTACAAGGGGTTGGGTACAAGTACAACTGAGGAGGCCAAAGAGTACTTTAAAAAT 1909
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 2015 AAATACTACAAGGGGTTGGGTACAAGTACGGCTGAGGAGGGCAAAGAGTACTTTAGTAAT 2074
Query 1910 CTTGGTCTTCACAAAAAGGATTTTGTTTGGGAGGATGAACAAGATGGAGAAGCCATTGAA 1969
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2075 CTTGGTCTTCACAAAAAGGATTTTGTTTGGGAGGATGAACAAGATGGAGAAGCCATTGAA 2134
Query 1970 CTTGCTTTCAGTAAAAAGAAGATCGAAGCCCGAAAAAATTGGCTTTCGAACTATGTGCCT 2029
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2135 CTTGCTTTCAGTAAAAAGAAGATCGAAGCCCGGAAAAATTGGCTTTCGAGCTATGTGCCT 2194
Query 2030 GGCACTCATCTTGATCAGAGAGAACCAAAAGTTACGTACAGTGACTTCGTGAACAAAGAA 2089
|||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2195 GGCAATCATCTTGATCAGAGACAACCGAAAGTTACGTACAGTGACTTCGTGAACAAAGAA 2254
Query 2090 CTGATCTTGTTCTCCATGGCGGATCTTCAACGGTCAATTCCCTCAATGGTTGATGGGCTC 2149
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2255 CTGATCTTGTTCTCCATGGCGGATCTTCAACGGTCAATTCCCTCAATGGTTGATGGGCTC 2314
Query 2150 AAACCGGGTCAGAGAAAGATACTTTTCACTGCATTCAAGAAAATCG-TAGTTAAAGAAAT 2208
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | | |||||||||
Sbjct 2315 AAACCGGGTCAGAGAAAGATACTTTTCGTTGCATTCAAGAAAATCGCTCG-TAAAGAAAT 2373
Query 2209 GAAGGTTGCCCAACTCGTGGGTTATGTATCATCT-ATGTCAGCTTATCATCATGGAGAGC 2267
|||||||||||| ||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2374 GAAGGTTGCCCAGCTCGTTGGTTATGTATCAT-TGCTGTCAGCTTATCATCATGGCGAGC 2432
Query 2268 AGAGCCTTGCCAGTGCTATCATAGGCATGGCGCAGGATTACGTGGGCAGCAACAATATCA 2327
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2433 AGAGTCTTGCCAGTGCTATCATAGGCATGGCGCAGGATTACGTGGGCAGCAACAATATCA 2492
Query 2328 ACTTACTTCAACCAAATGGTCAATTTGGTACACGAAATTCGGGTGGAAAAGATGCAGCTA 2387
||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2493 ACTTACTTCTACCAAATGGTCAATTTGGTACACGAACTTCGGGTGGAAAAGATTCAGCTA 2552
Query 2388 GTGCAAGATACATTTTCACTATTCTCTCTCCAGTAACAAGGATCTTGTTTCCCAAGGATG 2447
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2553 GTGCAAGATACATTTTCACTAAGCTCTCTCCAGTAACAAGGATCTTGTTTCCCAAGGATG 2612
Query 2448 ATCATATCCTTCTTGATTACTTGAATGAAGACGGGCAATCGATAGAGCCAACTTGGTACA 2507
|| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2613 ATGATCTCCTTCTTGATTACTTGAATGAAGACGGGCAAAGGATAGAGCCAACTTGGTACA 2672
Query 2508 TGCCCATCATTCCAACTGTACTTGTCAATGGCTCTGAAGGCATTGGAACTGGGTGGAGCA 2567
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2673 TGCCCATCATTCCAACTGTACTTGTCAATGGCGCTGAAGGCATTGGAACTGGGTGGAGCA 2732
Query 2568 CGTTCATACCAAACTATAACCCTAGAGAGATTGTTGCTAATGTAAGGCGTCGACTTAACG 2627
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2733 CGTTCATACCAAACTATAACCCTAGAGAGATCGTTGCTAATGTAAGGCGTTTACTTAACG 2792
Query 2628 GTGAAAGTATGGTGCCTATGGATCCTTGGTATAGAGGTTTTAAAGGAACAATTGAGAAAA 2687
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2793 GTGAAAGTATGGTGCCTATGGATCCTTGGTATAGAGGTTTTAAAGGAACAATTGAGAAAA 2852
Query 2688 CTGCGTCAAAAGAAGGTGGTTGTACCTACACAATCACTGGTCTATATGAGGAGGTTGATG 2747
||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2853 CTGCGTCCAAAGAAGGTGGTTGTACTTACACAATCACTGGTCTATATGAGGAGGTGGATG 2912
Query 2748 ACGCAACTATTCGAATTACGGAGTTGCCAATCAGAAGGTGGAATGATGATTATAAACAA- 2806
| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||
Sbjct 2913 AAACAACTATTCGAATCACGGAGTTGCCAATCAGAAGGTGGAATGATGATTACAAA-AAT 2971
Query 2807 TTCTTGCAGTCATTGAAGACAGATAGTGGTGCCCCTTTTTTCCAGGATGTCAAGGCTTAC 2866
||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2972 TTCTTGCAGTCATTGAAGACAGATAATGGTGCACCTTTTTTCCAGGATGTCAAGGCTTAC 3031
Query 2867 AATGATGATAAATCTGTTGATTTTGACCTTATTTTGAGTGAAGAGAACATGCTGGCGGCT 2926
||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3032 AATGACGAGAAATCTGTTGATTTTGACCTTATTTTGAGTGAAGAGAACATGCTGGCGGCT 3091
Query 2927 CGGCAAGAGGGCTTTCTGAAGAAATTCAAACTCACCACGACAATCGCTACAAGTAATATG 2986
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3092 CGGCAAGAGGGCTTTCTGAAGAAATTCAAACTCACCACGACAATCGCTACAAGTAATATG 3151
Query 2987 CATCTCTTTGATAGAAAGGGTGTCATAAAGAAATATGCGACTCCAGAACAAATCCTTGAA 3046
||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3152 CATCTCTTTGATAAAAAAGGTGTGATAAAGAAATATGTGACCCCAGAACAAATCCTTGAA 3211
Query 3047 GAGTTCTTTGAACTCAGGCTTGAATACTATGAGAAGAGAAAGGAAACCATGTTGAAGAAT 3106
||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 3212 GAGTTCTTTGACCTCAGGTTTGAATACTATGAGAAGAGAAAGGAAACCGTGGTGAAGAAT 3271
Query 3107 CTGGAAATTGAGCTGTTGAAACTAGAAAATAAAGTGCGGTTTATTCTTGGAGTTCTCAGT 3166
|||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3272 ATGGAAATTGAGCTGTTGAAACTAGAAAACAAAGCGAGGTTTATTCTTGCAGTTCTCAGT 3331
Query 3167 GGAGAAATCATAGTGAACAATAGGAAGAAAGCCGATATTGTTGAGGACTTAAGACAGAGA 3226
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3332 GGAGAAATCATAGTGAACAAGAGGAAGAAAGCCGATATTGTTGAGGACTTAAGACAGAAA 3391
Query 3227 GGGTTCACACCATTTCCGAAGAAGGCCGAGTCTGTCGAAGCTGCAGTTGCTGGAGCAGTT 3286
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3392 GGGTTCACACCATTTCCGAGGAAGGCCGAGTCTGTCGAAGCTGCAATTGCTGGAGCAGTT 3451
Query 3287 GATGATG---CAGCTGAAGAATCTGAAGAAATCTTAGTGGATCCTGAATCAAGCTCCACT 3343
||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||| |
Sbjct 3452 GATGATGATGCAGCTGAAGAACCTGAAGAAATCTTAGTGGATCCGGAGTCAAGCTCCAGT 3511
Query 3344 TATATACCCGGCTCAGAATATGACTACCTATTGGCAATGGCTATAGGTTCGTTGACTATA 3403
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3512 TATATACCCGGCTCGGAATATGACTACCTATTGGCAATGGCTATAGCTTCGTTGACTATA 3571
Query 3404 GAGAAAGTTCAGGAGTTATTAGCAGACAGAGATAAAATGATTATAGCAGTTGAAGACATG 3463
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||
Sbjct 3572 GAGAAAGTTGAGGAGTTATTAGCAGACAGAGATAAAATGATTATTGCAGTTGCAGACATG 3631
Query 3464 AA-AAAACACACACCGAAATCCCTCTGGCTCAGAGACCTAGAGTCTCTTGACAAGGAACT 3522
|| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3632 AAGAAAAC-CACACCGAAATCCCTCTGGCTCAGTGACCTAGAGTCTCTTGACAAGGAACT 3690
Query 3523 AGATAAACTTGATCGGAAAGATGCTAAAG-CCGAAGAGGAAAGAAAGGCAGCACAGGAAA 3581
||| |||||||||| |||||||||| ||| || || ||| | | ||||||||||| |||
Sbjct 3691 AGAAAAACTTGATCTGAAAGATGCTCAAGTCC-AACAGGCTATAGAGGCAGCACAGAAAA 3749
Query 3582 AAATCAGGAAGAAATCTGGAGCACCAGTAAAGGTTAAAAGGCAGGCACCAAAGAAACCAG 3641
|||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3750 AAATCAGGGCCAAATCTGGAGCAGCAGTAAAGGTTAAAAGGCAGGCACCAAAGAAACCAG 3809
Query 3642 CACCAAAGAAGACCACAAAGAAAGCCAGTGAATCTGAAACAACAGAGTCTTCCTATTCAG 3701
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3810 CACCAAAGAAGACCACAAAGAAAGCCAGTGAATCTGAGACAACAGAGGCTTCCTATTCAG 3869
Query 3702 CAATGGACACAGATAACAACGTAGCAGAAGTGGTGAAGCCAAAAGGTAGACAACCAGCAA 3761
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||
Sbjct 3870 CAATGGACACAGATAACAACGTAGCAGAAGTGGTGAAGCCAAAAGCTAGACAAGGAGCAA 3929
Query 3762 AGAAGAA 3768
|||||||
Sbjct 3930 AGAAGAA 3936
Score = 1014 bits (549), Expect = 0.0
Identities = 641/684 (94%), Gaps = 11/684 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 3659 AAGAAAGCCAGTGAATCTGAAACAACAGAGTCTTCCTATTCAGCAATGGACACAGATAAC 3718
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3932 AAGAAAGCCAGTGAATCTGAAACAACAGAGGCTTCCCATTCAGCAATGGACACAGATAAC 3991
Query 3719 AACGTAGCAGAAGTGGTGAAGCCAAAAGGTAGACAACCAGCAAAGAAGAAGGCTCCAGC- 3777
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3992 AACGTAGCAGAAGTGGTGAAGCCAAAAGGTAGACAAGGAGCAAAGAAGAAGGCTCCAGCA 4051
Query 3778 --TGCAAAGGAGGTTGAAGAGGATGACATGTTGGATCTAGCACAACGGCTTGCTCAATAC 3835
||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4052 GCTGCGAAGGAGGTTGAGGAGGATGAAATGTTGGATCTAGCACAACGGCTTGCTCAATAC 4111
Query 3836 AACTTCGGCTCAGCACCTGCGGAATCAAGTAAAACAACTGAAACATCGAAAGCAATTGAT 3895
|| |||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |
Sbjct 4112 AATTTCGGCTCAGCACCTGCGGATTCAAGCAAAACAGCTGAAACATCGAAAGCAATTGCT 4171
Query 3896 GTGGATGACGATGATGATGA-G-G-TAGTTGAGGTTGCACCAGCAAAGAAAGGAGGAAGA 3952
|||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 4172 GTGGATGACGATGATGATGACGTGGTAGTTGAGGTTGCACCAGTAAAGAAAGGAGGAAGG 4231
Query 3953 AAACCTGCGGCAAGTAAAGCTGCAAAACCACCAGCAGCTCCGAGGAAGCGAGGGAAGCAG 4012
||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 4232 AAACCGGCGGCGACTAAAGCTGCAAAACCACCAGCAGCTCCGAGGAAACGAGGGAAGCAG 4291
Query 4013 ACGGTTACTTCAACAGAGGTTGTGGCAATTGGTGTGTCCCCGGAGAAGAAAGTGAGGAAG 4072
|| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4292 ACAGTTGCTTCAACAGAGGTTCTGGCAATTGGTGTGTCCCCGGAGAAGAAAGTGAGGAAG 4351
Query 4073 ATGAGATCATCTCCGTTTAACAAGAAGAGTAGTTCAGTGATGAGCAGGTTGGCTAATAAT 4132
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 4352 ATGAGATCATCTCCGTTCAACAAGAAGAGTAGTTCAGTGATGAGCAGGTTGGCTGATAAT 4411
Query 4133 AAGGAAGAGGAGAGCAGCGAGAATGTGGCTGGAAACTCATCGTCGGAGAAATCTGGAG-A 4191
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
Sbjct 4412 AAGGAAGAGGAGAGCAGCGAGAATGTGGCTGGAAACTCATCGTCTGAGAAATCTGGAGGA 4471
Query 4192 --TGTTGCTGCGAAATCGAGGCCTCAAAGAGCGAATAGAAGGAAAATGACTTATGTGTTG 4249
|||| |||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 4472 GATGTTTCTGCGATATCGAGGCCTCAAAGAGCTAATAGGAGGAAAATGACCTATGTGTTG 4531
Query 4250 AGTGATTCTGAGAGTGAATCTGCGAATGATTCTGAGTTTGATGACATTGAAGACGACGAA 4309
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 4532 AGTGATTCCGAGAGTGAATCTGCGAATGATTCTGAGTTTGATGACATTGAAGACGATGAA 4591
Query 4310 GATGATGAGT-GAGTAGAGTGAGA 4332
|||||||||| ||| |||| ||||
Sbjct 4592 GATGATGAGTAGAG-AGAGCGAGA 4614
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 216420192102
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5