BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg930508
Length=1871
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G23940.1 | Symbols: | dehydratase family | chr3:8648705-865... 3105 0.0
> AT3G23940.1 | Symbols: | dehydratase family | chr3:8648705-8652605
FORWARD LENGTH=2184
Length=2184
Score = 3105 bits (1681), Expect = 0.0
Identities = 1805/1866 (97%), Gaps = 4/1866 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 7 CTCCACGCGCCGCCATGCACGCCACCATCCTCTCCCCACGCGCCACTCTCTTCCCTTGTA 66
|||| ||||||| |||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 62 CTCCTCGCGCCGTCATGCAAGCCACCATCTTCTCTCCACGCGCCACTCTCTTCCCCTGTA 121
Query 67 AACCTCTCCTCCATCCCCACAATGTCAACTCTCGTAACCGCCCCTCAACCATCTCCTGCT 126
|||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||
Sbjct 122 AACCTCTCCTCCCTTCCCACAATGTCAACTCTCG---CCGTCCCTCAATCATCTCCTGCT 178
Query 127 CCGTCCAATCCGTAACCGCTGATCCTTCCCCACCTCTCACTGACTCCAACAAGCTCAACA 186
||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||| ||||||||||
Sbjct 179 CCGCCCAATCCGTAACCGCTGATCCTTCACCACCTATCACTGACACCAATAAGCTCAACA 238
Query 187 AATACAGCTCAAGAATCACTGAACCCAAATCCCAAGGTGGGTCTCAAGCAATTCTTCACG 246
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 239 AATACAGCTCAAGAATCACTGAACCCAAATCCCAAGGTGGGTCTCAAGCAATTCTTCACG 298
Query 247 GTGTTGGTTTATCAGACGACGATTTGCTAAAACCCCAAATTGGTATCTCGTCGGTTTGGT 306
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 299 GTGTTGGTTTATCAGACGACGATTTGCTAAAACCCCAGATTGGTATCTCGTCGGTTTGGT 358
Query 307 ATGAAGGGAACACTTGTAACATGCATTTGTTGAAATTGTCTGAGGCTGTGAAAGAAGGAG 366
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 359 ATGAAGGGAACACTTGTAACATGCATTTGCTGAAATTGTCTGAGGCTGTGAAAGAAGGAG 418
Query 367 TTGAAAATGCAGGAATGGTTGGGTTTAGGTTTAATACGATTGGTGTGAGTGATGCTATTT 426
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 419 TTGAAAATGCAGGAATGGTTGGGTTTAGGTTTAATACTATTGGTGTGAGTGATGCTATTT 478
Query 427 CGATGGGAACGAGAGGGATGTGTTTTAGTTTGCAATCTAGGGATTTGATTGCTGATAGTA 486
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 479 CGATGGGAACGAGAGGGATGTGTTTTAGTTTGCAATCTAGGGATTTGATTGCTGATAGTA 538
Query 487 TTGAGACTGTGATGAGTGCTCAATGGTATGATGGTAACATATCTATTCCTGGTTGTGATA 546
|||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 539 TTGAGACTGTTATGAGTGCTCAGTGGTATGATGGTAACATATCTATTCCCGGTTGTGATA 598
Query 547 AAAATATGCCTGGAACAATTATGGCCATGGGAAGGCTTAACAGACCAGGCATTATGGTTT 606
|||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 599 AAAATATGCCTGGAACTATTATGGCTATGGGAAGGCTTAACAGACCAGGGATTATGGTTT 658
Query 607 ATGGTGGAACCATTAAGCCTGGCCATTTTCAAGACAAGACATATGACATAGTATCTGCTT 666
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 659 ATGGTGGAACCATTAAGCCTGGCCATTTTCAAGACAAGACATATGACATTGTATCTGCTT 718
Query 667 TCCAGAGTTATGGAGAATTTGTTAGTGGCTCCATAAGTGATGAACAGAGAAAGACTGTCC 726
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 719 TCCAGAGTTATGGAGAATTTGTTAGTGGCTCCATAAGTGATGAACAGAGAAAGACTGTCC 778
Query 727 TCCATCATTCATGTCCTGGAGCTGGAGCCTGTGGTGGCATGTACACAGCGAATACAATGG 786
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 779 TCCATCATTCATGTCCTGGAGCTGGAGCCTGTGGTGGCATGTACACAGCGAATACAATGG 838
Query 787 CTTCTGCAATCGAAGCCATGGGAATGTCACTTCCTTACAGTTCTTCAATACCTGCTGAAG 846
||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 839 CTTCTGCTATCGAAGCAATGGGAATGTCCCTTCCTTACAGTTCTTCAATACCTGCTGAAG 898
Query 847 ACCCATTGAAATTGGACGAGTGTCGCTTAGCTGGAAAATATCTTCTAGAATTGCTAAAGA 906
|||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 899 ACCCATTGAAGTTGGACGAGTGTCGCTTAGCAGGAAAATATCTTCTAGAATTGCTAAAGA 958
Query 907 TGGACTTGAAACCACGGGACATTATCACTCCAAAATCACTTCGTAATGCAATGGTTTCCG 966
||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 959 TGGACTTAAAACCCCGTGACATTATCACTCCAAAATCACTTCGTAATGCAATGGTTTCCG 1018
Query 967 TCATGGCCCTTGGGGGATCAACAAATGCAGTATTGCATCTAATTGCTATTGCAAGGTCTG 1026
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1019 TCATGGCCCTTGGGGGATCGACAAATGCAGTATTGCATCTAATTGCTATTGCAAGGTCTG 1078
Query 1027 TTGGTTTGGAGTTGACTCTTGACGATTTTCAGAAGGTCAGCGATGCGGTTCCATTTCTAG 1086
|||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 TTGGTTTGGAGTTGACTCTTGACGATTTTCAGAAAGTTAGCGATGCGGTTCCATTTCTAG 1138
Query 1087 CAGATCTTAAACCCAGTGGGAAATATGTTATGGAGGATATACATAAGATAGGTGGTACGC 1146
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1139 CAGATCTTAAACCCAGTGGGAAGTATGTTATGGAGGATATACATAAGATAGGTGGTACGC 1198
Query 1147 CAGCTGTTCTCCGGTATCTATTAGAGCTAGGATTGATGGATGGGGATTGTATGACAGTCA 1206
||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 1199 CAGCTGTTCTCCGCTATTTATTAGAGCTAGGATTGATGGATGGTGATTGTATGACAGTGA 1258
Query 1207 CAGGGCAGACTTTGGCTCAAAATTTAGAAAACGTCCCCCGCTTAACAGAAGGGCAGGAGA 1266
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 CAGGGCAGACTTTGGCTCAAAATTTAGAAAACGTCCCAAGCTTAACAGAAGGGCAGGAGA 1318
Query 1267 TAATTAGACCTCTGTCAAATCCAATCAAGGAGACTGGACACATACAAATTTTGAGAGGAG 1326
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1319 TAATTAGACCTCTGTCAAATCCAATCAAGGAGACTGGACACATACAAATTTTGAGAGGAG 1378
Query 1327 ACCTTGCACCAGATGGTTCTGTAGCAAAAATTACCGGCAAAGAGGGCTTATATTTCTCTG 1386
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1379 ACCTTGCACCAGATGGTTCTGTAGCAAAAATTACCGGCAAAGAGGGCTTATATTTCTCTG 1438
Query 1387 GTCCCGCGCTTGTATTTGAAGGAGAGGAATCTATGCTGGCTGCTATATCAGCAGACCCAA 1446
|||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1439 GTCCTGCACTTGTATTTGAAGGAGAGGAATCTATGTTGGCTGCTATATCAGCAGACCCAA 1498
Query 1447 TGAGGTTTAAGGGAACAGTGGTTGTTATCAGAGGAGAGGGGCCTAAAGGAGGTCCAGGTA 1506
|||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1499 TGAGTTTTAAGGGAACTGTGGTTGTTATCAGAGGAGAGGGGCCTAAAGGAGGTCCAGGTA 1558
Query 1507 TGCCTGAGATGTTGACACCGACAAGTGCAATAATGGGTGCCGGTCTTGGAAAGGAATGTG 1566
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1559 TGCCTGAGATGTTGACACCGACAAGTGCAATAATGGGTGCCGGTCTTGGAAAGGAATGTG 1618
Query 1567 CATTACTGACTGATGGTAGGTTCTCTGGTGGGTCACACGGTTTTGTTGTTGGCCACATTT 1626
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1619 CATTACTGACTGATGGTAGGTTCTCTGGTGGGTCACACGGTTTTGTTGTTGGCCACATTT 1678
Query 1627 GCCCTGAAGCTCAGGAGGGTGGTCCGATTGGTCTGATAAAGAACGGAGACATAATCACCA 1686
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1679 GCCCTGAAGCTCAGGAGGGTGGTCCGATCGGTCTGATCAAGAACGGAGACATAATCACCA 1738
Query 1687 TTGACATAGGAAAGAAGAGAATAGACACACAAATCTCTCCCGAAGAAATGAATGACCGTA 1746
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1739 TTGACATAGGAAAGAAGAGAATAGACACACAAGTCTCACCCGAAGAAATGAATGACCGTA 1798
Query 1747 GAAAGAAATGGACTGCTCCTGCATACAAGGTTAACCGTGGAGTTCTATACAAGTACATCA 1806
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 1799 GAAAGAAATGGACTGCTCCTGCATACAAGGTTAACCGCGGAGTCCTATATAAGTACATCA 1858
Query 1807 AGAACGTGCAATCGGCTTCATATGGATGTGTGACTGACGAGTAA-GTGAACGATCTAAGA 1865
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1859 AGAACGTGCAATCGGCTTCAGATGGATGTGTGACTGACGAGTAAAGTGAACGATCTAAGA 1918
Query 1866 GGGAGT 1871
| ||||
Sbjct 1919 GAGAGT 1924
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 92620005525
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5