BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg930806
Length=1789
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G04860.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like s... 2758 0.0
> AT2G04860.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like
superfamily protein | chr2:1706787-1708865 REVERSE LENGTH=2079
Length=2079
Score = 2758 bits (1493), Expect = 0.0
Identities = 1678/1770 (95%), Gaps = 2/1770 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CACAAATGTTGTTCGATGAAATGCCTGAGAGAGATACTGTTGTTTGGAATGCATTGATTT 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 311 CACAAATGTTGTTCGATGAAATGCCTGAGAGAGATACAGTTGTTTGGAATGCATTGATTT 370
Query 61 GTGGGTATTCACGAAATGGTTATGAATCTGATGCGTGGAAGCTTTTTATTGTAATGCTTC 120
||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 371 GTGGGTATTCACGAAATGGTTATGAGTGTGATGCGTGGAAGCTTTTTATCGTAATGCTTC 430
Query 121 AGCAAGGGTTTTCTCCTTCTGCTACTACGCTTGTAAATTTGTTACCTTTTTGTGGACAAT 180
|||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 431 AGCAAGGGTTTTCTCCATCTGCTACTACACTTGTGAATTTGTTACCTTTTTGTGGACAAT 490
Query 181 GTGGATTTGTTTCTCAAGGGAGGTCTGTTCATGGTATTGCTGCAAAGTCTGGCCTTGAAA 240
|||| ||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 491 GTGGTTTTGTATCTCAAGGGAGATCTGTTCATGGTGTTGCTGCAAAGTCTGGCCTTGAGT 550
Query 241 TGGATTCTCAGGTGAAGAATGCGTTGATTTCGTTTTACTCAAAGTGCGCGGAGTTGGATT 300
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||
Sbjct 551 TGGATTCTCAGGTGAAGAATGCGTTGATTTCGTTTTACTCAAAGTGTGCAGAGTTGGGTT 610
Query 301 CAGCGGAAGTCTTGTTTAGAGAAATGAAAGACAAAAGCACAGTTTCATGGAATACAATGA 360
|||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 611 CAGCAGAAGTCTTGTTTAGAGAAATGAAAGATAAAAGCACAGTTTCTTGGAATACAATGA 670
Query 361 TTGGTGCTTATAGCCAGAGTGGTCT-CATGGAAGAGGCCATCACTGTTTTCAAGAATATG 419
||||||| ||||||||||||||| | || |||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 671 TTGGTGCCTATAGCCAGAGTGGTTTACA-GGAAGAAGCCATCACTGTTTTCAAGAATATG 729
Query 420 TTTGAGAAGAGCGTCGAAATTAGTCCGGTCACTATCATCAATCTTCTTTCGGCTCATGTT 479
|||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 730 TTTGAGAAGAATGTGGAAATTAGTCCAGTCACTATCATCAATCTTCTTTCTGCTCATGTT 789
Query 480 AGTCACGAGCCACTACATTGTCTTGTTGTTAAAAGTGGAATGGTGAATGATATATCTGTG 539
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 790 AGTCACGAGCCACTACATTGTCTTGTTGTTAAATGTGGAATGGTGAATGATATATCTGTG 849
Query 540 GTTACTTCTTTGGTTTGTGCATATTCAAGGTGTGGGTATTTGGATTCAGCAGAGCGTCTT 599
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 850 GTTACTTCTTTGGTCTGTGCATATTCAAGGTGTGGGTGTTTGGTTTCAGCAGAGCGTCTT 909
Query 600 TATGCATCTGCTAATCAAGATAGTATTGTTGGCTTAACTTCGATTGTTTCAAGCTATGCC 659
||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 910 TATGCGTCTGCTAAACAAGATAGTATTGTCGGCTTAACTTCGATTGTTTCATGCTATGCG 969
Query 660 GAGAAAGGAGATATGGACATAGCGGTTGTGTATTTTTCTAAAATGCGTCAGCTGTGTATG 719
||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||
Sbjct 970 GAGAAAGGAGATATGGATATAGCAGTTGTGTATTTTTCTAAAACGCGTCAGTTGTGTATG 1029
Query 720 AAAATCGATGCTGTAGCTTTGGTTGGAATTCTCCATGGATGTAAAAACTCTTCCCATATC 779
||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1030 AAAATTGATGCTGTAGCTTTAGTTGGAATTCTCCATGGATGTAAAAAGTCTTCCCATATT 1089
Query 780 GATATAGGAATGTCGTTACATGGTTATGCGATCAAAAGCGGATTGTGCAGAAAAACGCTG 839
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||
Sbjct 1090 GACATAGGAATGTCGTTACATGGTTATGCGATCAAAAGCGGATTGTGCACAAAAACACTG 1149
Query 840 GTTGTGAATGGACTAATAACGATGTACTCTAAGTTTGATGATGTAGAGACTGTCCTGTTT 899
|||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1150 GTTGTGAATGGACTGATAACTATGTACTCTAAGTTTGATGATGTAGAGACTGTCCTGTTT 1209
Query 900 TTATTTCAGCAACTGCAGGAGACTCCTCTAATTAGCTGGAACTCAGTGATATCCGGGTGT 959
|| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1210 TTGTTTGAGCAACTGCAGGAGACTCCTTTAATTAGCTGGAACTCAGTGATATCCGGGTGT 1269
Query 960 GTACAGTCTGGAAAGGCAAGCACAGCGTTTGAGGTGTTCCATCAGATGAAGTTAAGTGGT 1019
||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 1270 GTACAGTCTGGAAGGGCAAGTACAGCTTTTGAGGTGTTCCATCAGATGATGTTAACTGGT 1329
Query 1020 GGACTTTTGCCGGATGCCATTACGATAGCAAGTTTGCTTGCTGGCTGCTCCCAGCTCTGT 1079
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 1330 GGACTTTTGCCGGATGCCATTACGATAGCCAGTTTGCTTGCTGGCTGTTCCCAGCTTTGT 1389
Query 1080 TTCTTGAATTTGGGGAAGGAACTTCATGGTTATACTCTTAGGAACAATTTTGAAAATGAG 1139
| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1390 TGCTTGAATTTGGGGAAGGAGCTTCATGGCTATACTCTTAGGAACAATTTTGAAAATGAG 1449
Query 1140 AATTTTGTTTGCACTGCTCTGATTGATATGTATGCCAAATGTGGAAACGAAGTACAAGCG 1199
|| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1450 AACTTTGTTTGCACTGCTCTGATAGATATGTATGCCAAATGTGGAAACGAAGTACAAGCG 1509
Query 1200 GAAAGTGTGTTCAAGAGTATAAAAGCTCCGTGTACAGCAACATGGAACTCAATGATATCA 1259
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1510 GAAAGTGTGTTCAAGAGTATAAAAGCTCCGTGTACAGCAACATGGAACTCAATGATATCA 1569
Query 1260 GGATACAGCTTATCGGGGTTACAAAATCGAGCTCTTTCTTGTTACTTGGAAATGCGAGAG 1319
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1570 GGATACAGCTTATCGGGGTTACAACATCGAGCTCTTTCTTGTTACTTGGAAATGCGAGAG 1629
Query 1320 AAGGGGTTGAAACCTGACAAGATCACGTTTTTGGGGGTTCTGTCTGCATGTACCCATGGA 1379
|||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1630 AAGGGGTTGAAACCTGACGAGATCACCTTTTTGGGGGTTCTGTCTGCATGTAACCATGGA 1689
Query 1380 GGCTTTGTCGATGAAGGAAAAATATGTTTCAGAGCAATGATCAAAGAGTTTGGACTATCG 1439
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1690 GGCTTTGTCGATGAAGGAAAAATATGTTTCAGAGCAATGATCAAAGAGTTTGGAATATCT 1749
Query 1440 CCATGTTTACAGCATTATGCACTTATGGTTGGTTTGTTGGGAAGAGCATGTTTGTTTACT 1499
||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1750 CCAACTTTACAGCATTATGCACTTATGGTTGGCTTGTTGGGAAGAGCATGTTTATTTACT 1809
Query 1500 GAGGCATTGTATTTAATTTGGAAGATGGATATAAAGCCGGACTCTGCAGTATGGGGTGCT 1559
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1810 GAGGCATTGTATTTAATTTGGAAGATGGATATAAAGCCGGATTCTGCAGTATGGGGTGCT 1869
Query 1560 CTGCTTAGCGCGTGCATTGTGCACAGAGAGATGGAGGTTGGGGAATATATAGCTAAGAAA 1619
|| ||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||
Sbjct 1870 CTACTTAGCGCGTGCATTATTCACAGAGAGTTGGAGGTTGGGGAATATGTAGCTAGGAAA 1929
Query 1620 ATGTTTATGTTGGATTACAAGAATGGAGGGCTATATGTATTAATGTCAAACCTATATGCA 1679
||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1930 ATGTTTATGCTGGATTACAAGAATGGAGGGCTGTATGTATTGATGTCAAACCTATATGCA 1989
Query 1680 ACAGAAGCAATGTGGGACGACGTAGTCAGAGTCAGGAAGATGATGAAAGATAGTGGATAT 1739
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||
Sbjct 1990 ACAGAAGCAATGTGGGACGACGTAGTTAGAGTCAGGAATATGATGAAAGATAATGGATAC 2049
Query 1740 GATGGTTACTTGGGAGTTAGCCAAATATAA 1769
|||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2050 GATGGTTATTTGGGAGTTAGCCAAATATAA 2079
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 88503560835
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5