BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg931103
Length=2138
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G13600.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superf... 3247 0.0
> AT2G13600.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily
protein | chr2:5671493-5673586 FORWARD LENGTH=2094
Length=2094
Score = 3247 bits (1758), Expect = 0.0
Identities = 1986/2098 (95%), Gaps = 8/2098 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 25 ATGGCAAGACAATCATTTCTCAAACTCGCTGGTGATCTCTCTTCTTTCACTGTTTCTTCA 84
||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||
Sbjct 1 ATGGCAACAAAATCATTTCTCAAACTCGCTGCTGATCTCTCTTCTTTCACCGATTCTTCA 60
Query 85 CCATTCGCAAAGCTTCTTGATTCATGCATCAAACT-CAAGTTATCAGCCAT-TGACGTTC 142
||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| || | |||| |
Sbjct 61 CCATTCGCAAAGCTTCTTGATTCATGCATCAAA-TCCAAGTTATCAGCAATCT-ACGTCC 118
Query 143 GGTGTGTTCATGCTTCTGTCATCAAATCCGGTTTCTCCAATGAGGTCTTTATACAGAATC 202
| | ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||
Sbjct 119 GTTATGTCCATGCTTCTGTCATCAAATCAGGTTTCTCCAATGAAATATTTATACAGAATC 178
Query 203 GGCTTATCGATGCATATGCGAAATGTGGGTCACTCGAGGATGGTCGCCAATTGTTCGACA 262
|||| ||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 179 GGCTCATCGACGCTTATTCGAAATGTGGGTCACTCGAGGATGGTCGCCAAGTGTTCGACA 238
Query 263 AAATGCCTCAACGAAATGTTTTCACTTGGAACTCTGTTGTGACGGGTTTGACCAAGTTAG 322
||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 239 AAATGCCTCAACGAAATATCTACACTTGGAACTCTGTTGTGACGGGTTTGACAAAGTTAG 298
Query 323 GATTTTTAGATGAAGCTGATTCTTTGTTCCGGTCAATGCCTGAACGCGATCAGTGTACTT 382
||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 299 GATTTTTAGATGAAGCTGATTCTTTATTCAGGTCAATGCCTGAACGTGATCAATGTACTT 358
Query 383 GGAATTCTATGGTTTCGGGTTTTGCGCAGCATGATAGGTGTGAAGAGGCTTTGTATTATT 442
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 359 GGAATTCTATGGTTTCGGGTTTTGCGCAACATGATAGGTGTGAAGAGGCTTTGTGTTATT 418
Query 443 TTGCTATGATGCATAAGGAAGGGTTTGTGCTTAATGAATATACATTTGCTAGTGGTCTTA 502
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||
Sbjct 419 TTGCTATGATGCATAAGGAAGGGTTTGTGCTTAATGAATATAGTTTTGCTAGTGTTCTTA 478
Query 503 GTGCTTGTTCTGGTTTGAATGATATGAATAGGGGTGTACAAATACATTCTTTGATTGCAA 562
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |
Sbjct 479 GTGCTTGTTCTGGTTTGAATGATATGAATAAGGGTGTACAAGTACATTCTTTGATTGCGA 538
Query 563 AATCGCCTTGTTTGTCAGATGTGTATATAGGTTCTGCTCTTGTTGACATGTATTCCAAAT 622
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 539 AATCGCCTTTTTTGTCAGATGTGTATATAGGTTCTGCTCTTGTTGACATGTATTCCAAAT 598
Query 623 GCGGTAATGTAAATGATGCTCAGCA-GGTTTTTGATAAGATGGGTGATAGAAATGTTGTC 681
||||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 599 GCGGTAATGTAAATGATGCTCAG-AGGGTTTTTGATGAGATGGGTGATAGAAATGTTGTT 657
Query 682 TCTTGGAATTGTTTGATTACATGTTACGAACAAAATGGTCCTGCGGTGGAAGCTCTCAAG 741
||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 658 TCTTGGAATAGTTTGATTACATGTTTTGAACAAAATGGTCCTGCGGTGGAAGCTCTCGAT 717
Query 742 GTTTTTCAAGTGATGTTAGAATCTTGGGTTGAGCCAGATGAGGTTACTTTAGCAAGTGTG 801
||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 718 GTTTTTCAAATGATGTTAGAATCTAGGGTTGAGCCAGATGAGGTTACTTTAGCTAGTGTG 777
Query 802 ATTAGTGCCTGTGCAAGCTTATCGGCAATTAAGGTTGGTCAGGAAGTTCACGCCCGTGTT 861
|||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||
Sbjct 778 ATTAGTGCCTGTGCAAGCTTGTCGGCGATTAAGGTTGGTCAGGAAGTTCATGGCCGTGTT 837
Query 862 GTTAAAATGGATAAGTTAAGGAATGACATAATTCTAAGCAATGCGTTTGTGGATATGTAT 921
||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 838 GTTAAAAACGATAAGTTGAGGAATGATATAATTCTAAGCAATGCGTTTGTGGATATGTAT 897
Query 922 GCAAAGTGCAGCAGAATAAAAGAAGCTAGGTTTATATTTGATAGCATGCCTATTAGAAAT 981
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 898 GCAAAGTGCAGCAGGATAAAAGAAGCTAGGTTTATATTTGATAGCATGCCTATCAGAAAT 957
Query 982 GTTATCGCAGAAACCTCCATGGTCAGTGGGTACGCAATGGCTGCAAGCACTAAGGCTGCT 1041
||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 958 GTTATTGCAGAAACCTCCATGATCAGTGGGTACGCAATGGCTGCAAGCACTAAGGCGGCT 1017
Query 1042 AGACTCATGTTCACCAAAATGGCGGAGAGGAATGTTGTTTCATGGAATGCGCTTATTGCT 1101
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1018 AGACTCATGTTTACCAAAATGGCGGAGAGGAATGTTGTTTCATGGAATGCGCTTATTGCT 1077
Query 1102 GGCTATACGCAGAACGGGGAAAACGAAGAAGCACTTAGTCTCTTTTGTCTCTTGAAGAGG 1161
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1078 GGCTATACGCAGAACGGAGAAAACGAAGAAGCACTTAGTCTCTTTTGTCTCTTGAAGAGG 1137
Query 1162 GAATCAGTATGCCCAACCCACTATACCTTTGCAAATATTCTCAAGGCATGTGCAGATCTT 1221
||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1138 GAATCAGTATGCCCAACTCACTATTCCTTTGCTAATATCCTCAAGGCATGTGCAGATCTT 1197
Query 1222 GCAGACTTACATCTCGGTATGCAGGCTCACGTGCATGTCTTGAAGCATGGGTTCAAGTTT 1281
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 1198 GCAGAGTTACATCTCGGTATGCAGGCTCACGTGCATGTCTTGAAGCATGGCTTTAAGTTT 1257
Query 1282 CAGTCTGGTGAAGAAGATGATATATTTGTTGGCAATTCCTTGATAGATATGTATGT-AAA 1340
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1258 CAATCTGGTGAAGAAGATGATATATTTGTTGGCAATTCCTTGATAGATATGTATGTGAAA 1317
Query 1341 GTGTGGTTGTGTAGAAGAGGGTTATCTTGTATTTAGGAAAATGATGGAAAGAGATTGCGT 1400
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 1318 -TGTGGTTGTGTAGAAGAGGGTTATCTTGTATTCAGGAAGATGATGGAAAGAGATTGTGT 1376
Query 1401 TTCCTGGAACGCGATGATTATTGGATTTGCACAAAATGGTTATGGAAATGAGGCTCTTGA 1460
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1377 TTCCTGGAACGCGATGATTATTGGATTTGCACAAAATGGTTATGGAAATGAGGCTCTTGA 1436
Query 1461 GTTGTTCAGAGAAATGCTTGATTCTGGAGAAAAACCAGATCACATTACCATGATTGGTGT 1520
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1437 GTTGTTCAGAGAAATGCTTGAGTCTGGAGAAAAACCAGATCACATTACCATGATTGGTGT 1496
Query 1521 TCTTTCTGCATGCGGGCATGCTGGATTCGTTGAAGAAGGGCGGCATTACTTTTCTTCTAT 1580
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1497 TCTTTCTGCATGCGGGCATGCTGGATTTGTTGAAGAAGGGCGGCACTACTTTTCTTCTAT 1556
Query 1581 GACCAGAGATTTTGGTGTGGCTCCGCTTAGGGATCACTATACGTGCATGGTCGATTTACT 1640
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 1557 GACCAGAGATTTTGGTGTGGCTCCGCTTAGGGATCACTATACTTGCATGGTCGATTTGCT 1616
Query 1641 TGGTCGAGCTGGATTTCTCGAAGAAGCAAAGAGCATAATTGAGGAGATGCCTGTGCAACC 1700
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1617 TGGTCGAGCTGGATTTCTCGAAGAAGCAAAGAGCATGATTGAGGAGATGCCTATGCAACC 1676
Query 1701 AGATTCCGTTATATGGGGTTCTTTGCTTGCTGCTTGTAAAGTACATAGGAACATCACCTT 1760
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 1677 AGATTCTGTTATATGGGGTTCTTTGCTTGCTGCTTGTAAAGTACATAGGAACATTACGTT 1736
Query 1761 AGGTAAATACGTTGCAGAGAAGCTTTTTGAAGTAGAGACGTCAAATTCAGGACCATATGT 1820
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1737 AGGTAAATACGTTGCAGAGAAGCTTTTAGAAGTAGAGCCGTCAAATTCAGGACCATATGT 1796
Query 1821 TCTTCTTTCTAACATGTACGCTGAGCTCGGAAAATGGGGGGATGCAATGAATGTACGAAA 1880
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 1797 TCTTCTTTCTAACATGTACGCTGAGCTCGGAAAATGGGAGGATGTGATGAATGTACGAAA 1856
Query 1881 GTTGATGAGGAAAGAGGGAGTCACAAAGCAGCCAGGTTGCAGTTGGATAAAGATACCTGG 1940
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| ||
Sbjct 1857 GTCGATGAGGAAAGAGGGAGTCACAAAGCAGCCAGGGTGTAGTTGGATAAAGATACAAGG 1916
Query 1941 ACATGCTCATGTTTTCATGGTTAAAGATAAAAGCCATCCTCGGAAAAAGCAGATACACTC 2000
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1917 ACATGATCATGTTTTCATGGTTAAAGATAAAAGCCATCCTCGAAAAAAGCAGATACACTC 1976
Query 2001 GCTTCTTGATATTCTAATAGCAGAGATGAGACAGAAACAAGATCATGCCGAAACAGGATC 2060
||||||||||||| ||||||| |||||||||| | ||||||||||| | |||| ||||||
Sbjct 1977 GCTTCTTGATATTTTAATAGCCGAGATGAGACCGGAACAAGATCATACTGAAATAGGATC 2036
Query 2061 ACTCTCGTCTGAGGAAATGGATTATTCATCTAGTCTTTTTTGGGACAACGCCATGTAA 2118
||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2037 ACTCTCGTCCGAGGAAATGGATTATTCATCTAATCTTCTTTGGGACAACGCCATGTAA 2094
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 106023551040
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5