BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg931886
Length=1906
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G18750.1 | Symbols: | Calmodulin-binding protein | chr2:812... 3184 0.0
> AT2G18750.1 | Symbols: | Calmodulin-binding protein | chr2:8125518-8128620
FORWARD LENGTH=2228
Length=2228
Score = 3184 bits (1724), Expect = 0.0
Identities = 1849/1910 (97%), Gaps = 5/1910 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AGCTTCTTGTAGCGTAAAAAATGCAGACAAGGTATATGGAGAGGACTAATAGTATGAGAG 60
||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 83 AGCTTCTAGCAGCGTAAAAAATGCAGACGAGGTATATGGAGAGGACTAATAGTATGAGAG 142
Query 61 AGAAGAGAAAATTGGATGAAGATGATAATCAGCAGCAGCAGCAACAGCCTGAGCGTAAAA 120
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 143 AGAAGAGAAAATTGGAGGAAGATGATAATCAGCAGCAGCAGCAACAGCCTGAGCGTAAAA 202
Query 121 GGCCAGCTCTTGCAAGTGTAATTGTGGAAGCCTTGAAGATGGATAGTTTACAGAGGCTTT 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 203 GGCCAGCTCTTGCAAGTGTAATTGTGGAAGCCTTGAAGATGGATAGTTTACAGAGGCTTT 262
Query 181 GTTCGTCTTTGGAACCGATTCTTCGCCGAGTGGTAAGTGAAGAGGTGGAGCGGGCATTGG 240
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 263 GTTCTTCTTTGGAACCGATTCTTCGCCGAGTGGTAAGTGAAGAGGTGGAGCGGGCATTGG 322
Query 241 CGAAA-CTTGGCCCTGCAAGACTTAGTGAAAGGTCGTCTCCGAAACAAATTGAAGGTATC 299
| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||
Sbjct 323 C-AAAGCTTGGCCCTGCAAGACTTAGTGAAAGGTCGTCTCCAAAACGAATTGAAGGTATC 381
Query 300 GGTGGAAGGAATTTGCAGCTGCAATTCAGGTCTAGATTGTCTGTTCCTTTGTTTACTGGA 359
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 382 GGTGGAAGGAATTTGCAGCTACAATTCAGGTCTAGATTGTCTGTTCCTTTGTTTACTGGA 441
Query 360 GGGAAGATAGAAGGGGAGCAAGGTGCTGCGATCCATGTTGTACTGTTGGATATGACAACT 419
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 442 GGGAAGATAGAAGGGGAGCAAGGTGCTGCAATCCATGTTGTACTGTTGGATATGACAACT 501
Query 420 GGACATGTTTTGACAGTAGGACCTGAAGCTTCTGCAAAGCTTGATGTTGTTGTACTTGAC 479
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 502 GGACATGTTTTGACAGTAGGACCTGAAGCTTCTGCAAAGCTTGATGTTGTTGTGCTTGAT 561
Query 480 GGTGATTTCAACACTGAAGATGATGAAGGTTGGAGTGGAGAAGAATTTGAGGGTCATTTG 539
|||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 562 GGTGATTTTAACACTGAAGATGATGATGGTTGGAGTGGAGAAGAGTTTGAGGGTCATTTG 621
Query 540 GTGAAAGAACGTCAAGGAAAGAGGCCTCTCTTGACTGGTGATGTGCAGGTGACGTTGAAA 599
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 622 GTGAAAGAACGTCAAGGGAAGAGGCCTCTCTTGACTGGTGATGTGCAGGTCACGTTGAAA 681
Query 600 GAAGGTGTGGGAACATTAGGGGAACTTATCTTTACAGACAACTCGAGTTGGATAAGATGC 659
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 682 GAAGGTGTGGGAACATTAGGGGAACTTATCTTTACGGACAACTCAAGTTGGATTAGATGC 741
Query 660 AGAAAATTCAGGCTGGGTGTAAAGGTCTCTTCTGGTTACTGTGAGGGGATGCGTGTACGC 719
|||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 742 AGAAAATTCAGGCTGGGTTTAAGGGTCTCTTCGGGTTACTGTGAGGGAATGCGTGTACGC 801
Query 720 GAGGCAAAGACAGAAGCTTTTACCGTGAAGGACCATCGTGGAGAGTTGTACAAGAAACAT 779
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 802 GAGGCAAAAACAGAAGCTTTTACCGTGAAGGACCATCGTGGAGAGTTGTACAAGAAACAT 861
Query 780 TACCCACCTGCTTTGGATGATGAGGTCTGGAGGTTGGAAAAGATTGGAAAGGACGGGGCT 839
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 862 TACCCACCTGCTTTGGATGATGAGGTCTGGAGGTTGGAAAAGATTGGAAAGGACGGGGCT 921
Query 840 TTCCATAAGAAACTCAATAAAGCAGGAATCTACAATGTTAAAGAATTCCTGCGTCTTATG 899
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 922 TTCCATAAGAAACTCAATAAAGCAGGAATCTACAATGTTAAAGAATTCCTGCGTCTTATG 981
Query 900 GTCAAAGACTCTCAGAAACTAAGGACTATTCTTGGAAGTGGCATGTCAAACAGGATGTGG 959
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 982 GTCAAAGACTCTCAGAAACTAAGGACTATTCTTGGAAGTGGCATGTCAAACAGGATGTGG 1041
Query 960 GAGACACTTGCAGAGCATTCGAAGACATGTGTCTTGAGTGAAATGCTTTACGTCTACTAT 1019
|||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1042 GAGACACTTGCAGAGCATTCCAAGACATGTGTATTGAGTGAAATGCTTTACGTCTACTAT 1101
Query 1020 CCCGAGGACTCAGTTGGTGTTGTTTTTAACAATATATACGAGTTTAGTGGTCTTATATCG 1079
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1102 CCCGAGGACTCAGTTGGTGTTGTTTTCAACAATATATACGAGTTTAGTGGTCTTATATCA 1161
Query 1080 GGAAAGCAGTATTATCCTGCTGATTCTCTTTCTGACAATCAAAAGGGTTACGTCGATGGA 1139
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1162 GGAAAGCAGTATTATCCTGCTGATTCTCTTTCTGACAATCAAAAGGGTTACGTCGATGGA 1221
Query 1140 CTGGTGAGGAAAGCCTATGAAAACTGGGATCAGGTTATTGAGTATGACAGCAAGTCACTT 1199
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1222 CTGGTGAGGAAAGCCTATGAAAACTGGGAACAGGTTATTGAGTATGACAGCAAGTCACTT 1281
Query 1200 ATGAACTTCAATCAAGTTAGCAAAACAGATGCTATAGATTATTCTATGCCAGTTTCAGTT 1259
||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1282 ATGAACTTCAATCAAGTTAGCAAAACAGATGATATTGATTACTCTATGCCAGTTTCAGTT 1341
Query 1260 CCAAGCCAACCGTCTACATCTTATTCAGACGTAACTGTTGAAGCATACAACCAGAGTCCG 1319
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1342 CCAAGCCAACCATCTACATCTTATTCAGACGTAACTGTTGAAGCATACAACCAGAGTCCG 1401
Query 1320 GCTTCAAGTTTCCCGGGTCAATCTCAGCTAGCTGATACTACATACATGCACTTTGGAAAC 1379
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1402 GCTTCAAGTTTCCCGGGTCAATCTCAGCTAGCTGATACTACATACATGCACTTTGGAAAC 1461
Query 1380 TCGTCATTTGCACCGCAAGACCAGCTAGTTAACAACACTCATGAATCACAAAGCATGATC 1439
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1462 TCTTCATTTGCACCGCAAGACCAGCTAGTTAACAACACTCATGAATCACAAAGCATGATC 1521
Query 1440 AATAGCAACGGTGGTGTGAGATTGGCGCTGGGTCCAGCAACAGGATCCCAAAACCAA--- 1496
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1522 AATAGCAACGGTGGTGTGAGATTGGCACTGGGTCCAGCAACAGGATCTCAAAACCAAGAA 1581
Query 1497 CAACTGGTTCAGCCTCCTCCTGAGATTAACTCTTACAACGATTGGTCAAATACATGCAAC 1556
||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1582 CAACTTGTTCATCCTCCTCCTGAGATTAACTCTTACAATGATTGGTCAAATACATGCAAC 1641
Query 1557 AGAGGAGTTGATGGGTTTTTATCAGAGGAAGAGATTAGGGCTAGAAGTAATGAAATGCTG 1616
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1642 AGAGGAGTTGATGGGTTTTTATCAGAGGAAGAGATTAGGGCTAGAAGTAACGAAATGCTC 1701
Query 1617 GAGAACGATGATATGCAGCAACTATTGAGACTCTTTAGCATGAATGGTGGTGACCAGCAA 1676
|||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1702 GAGAACGACGATATGCAGCAACTGTTGAGACTGTTTAGCATGAATGGTGGTGACCAGCAA 1761
Query 1677 ACTCCAATGAACATGGGAGAAGATGGGTTTGGGTTCCATTCTTTTGGTCAGACGGCAATG 1736
|||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1762 ACTCCATTGAACATGGGAGAAGATAGTTTTGGGTTCCATTCTTTTGGTCAGACGTCAATG 1821
Query 1737 GCTGATTACGAAGAGGACCGTTCAAACTCGGGAAAGGCTGTTGTGGGATGGCTAAAGATC 1796
|||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1822 GCTGATTACGAAGAAGACCGTTCAAACTCGGGCAAGGCTGTTGTAGGATGGCTAAAGATC 1881
Query 1797 AAAGCAGCCATGAGATGGGGATTCTTCATCAGAAGGAAAGCCGCTCAGAGACGGGCACAG 1856
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 1882 AAAGCAGCCATGAGATGGGGCTTCTTCATCAGAAGGAAAGCTGCTCAGAGACGGGCTCAG 1941
Query 1857 ATTGTTCAACTTGATGATGATGACGAATAGGTTTAAGAAGAAGGAAGAAA 1906
||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1942 ATTGTTCAACTTGATGAAGATGACGAATAGGTTGAAGAAGAAGGAAGAAA 1991
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 94377024600
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5