BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg931890
Length=2233
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G20300.1 | Symbols: ALE2 | Protein kinase superfamily protei... 2037 0.0
> AT2G20300.1 | Symbols: ALE2 | Protein kinase superfamily protein
| chr2:8755925-8760222 REVERSE LENGTH=3162
Length=3162
Score = 2037 bits (1103), Expect = 0.0
Identities = 1163/1192 (98%), Gaps = 3/1192 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CTTGTGGTTGTGTATTCCCCATGAAAGTTCAGCTTCTACTAAGTGTCGCACCTTTTTCTA 60
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 718 CTTGTGGTTGTGTCTTCCCCATGAAAGTTCAGCTTCTACTAAGTGTCGCACCTTTTTCTA 777
Query 61 TTTTCCCCGTGACCAACGAGTTAGAAATTGAGGTTGCTGCTGGAACATACTTGGAACAAA 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 778 TTTTCCCCGTGACCAACGAGTTAGAAATTGAGGTTGCTGCTGGAACATACTTGGAACAAA 837
Query 121 GCCAAGTGAAAATAATGGGTGCCAGTGCCGACAATGAAAATCAAGGGAAAACAGTGGTGG 180
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 838 GCCAAGTGAAAATAATGGGTGCCAGTGCCGACAGTGAAAATCAAGGGAAAACAGTGGTGG 897
Query 181 ATATTAACCTTGTTCCACTTGGGGAAAAGTTCGACAACACTACAGCAACACTTATTTATC 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 898 ATATTAACCTTGTTCCACTTGGGGAAAAGTTCGACAACACTACAGCAACACTTATTTATC 957
Query 241 AGAGATTCCGGCACAAGAAAGTACCTCTAAATGAGACTGTTTTTGGTGATTATGAGGTTA 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 958 AGAGATTCCGGCACAAGAAAGTACCTCTAAATGAGACTGTTTTTGGTGATTATGAGGTTA 1017
Query 301 CACACATAAGTTATCCAGGAATTCCTTCTTCTTCGCCAAATGGAGCTGTTACTGCAGATG 360
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 1018 CGCACATAAGTTATCCAGGAATTCCTTCTTCTTCGCCAAATGGAGATGTTACTGGAGATG 1077
Query 361 CTCCAGGAGGCTTTCCAATTCCAATCAATG---CAACTTTTGCCAACAAAAGCGAGGGAA 417
||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1078 CTCCAGGAGGCCTTCCAATTCCGATCAATGCAACAACTTTTGCCAACAAAAGCCAGGGAA 1137
Query 418 TAGGTTTTAGAACGATTGCAATCATTGCGTTGTCAGGTTTTGTCCTCATTCTGGTTTTGG 477
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1138 TAGGTTTTAGAACGATTGCAATTATTGCGTTGTCAGGTTTTGTCCTCATTCTGGTTTTGG 1197
Query 478 TTGGAGCTATATCTATAATCGTGAAATGGAAGAAAATTGGGAAGTCATCTAATGCTGTTG 537
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1198 TTGGAGCTATTTCTATAATCGTGAAATGGAAGAAAATTGGGAAGTCATCTAATGCTGTTG 1257
Query 538 GCCCTGCTTTGGCTCCATCGATTAACAAAAGGCCTGGTGCTGGATCTATGTTTTCCAGTA 597
| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1258 GTCCGGCTTTGGCTCCATCGATTAACAAAAGGCCTGGTGCTGGATCTATGTTTTCCAGTA 1317
Query 598 GCGCCAGAAGCTCAGGATCAGATTCTTTGATGTCTTCCATGGCTACATGTGCTTTATCCG 657
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1318 GCGCCAGAAGCTCAGGCTCAGATTCTTTGATGTCTTCCATGGCTACATGTGCTTTATCAG 1377
Query 658 TTAAGACCTTCACACTCTCCGAGCTTGAGAAGGCAACTGATAGATTCAGTGCCAAGAGGG 717
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1378 TTAAGACCTTCACACTCTCCGAGCTTGAGAAGGCTACTGATAGATTCAGTGCCAAGAGGG 1437
Query 718 TTTTGGGCGAGGGTGGATTTGGACGTGTTTATCAGGGGAGCATGGAAGATGGAACCGAGG 777
||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 1438 TTTTGGGCGAGGGCGGATTTGGTCGTGTTTATCAGGGGAGTATGGAAGATGGAACTGAGG 1497
Query 778 TTGCAGTGAAACTGCTAACTAGGGACAATCAGAATCGAGACCGTGAATTTATTGCCGAAG 837
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1498 TTGCAGTGAAACTGCTAACTAGGGACAATCAGAATCGAGACCGTGAATTTATTGCCGAAG 1557
Query 838 TCGAGATGTTAAGCCGTTTGCACCACCGCAATCTTGTGAAACTGATTGGAATATGCATTG 897
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1558 TCGAGATGCTAAGCCGTTTGCACCACCGCAATCTTGTGAAACTGATTGGAATATGCATTG 1617
Query 898 AAGGCCGTACACGTTGCTTGATTTATGAGCTCGTCCACAATGGGAGTGTCGAGTCCCACT 957
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1618 AAGGTCGTACACGTTGCTTGATTTATGAGCTCGTCCACAATGGGAGTGTTGAGTCCCACT 1677
Query 958 TGCACGAAGGAACACTTGATTGGGATGCACGGTTGAAGATTGCACTTGGAGCAGCGAGAG 1017
| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1678 TACACGAAGGAACGCTTGATTGGGATGCGCGGTTGAAGATTGCACTTGGAGCAGCGAGAG 1737
Query 1018 GACTGGCTTATCTCCATGAAGATTCAAATCCCCGAGTAATCCACCGTGATTTCAAGGCTA 1077
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1738 GACTGGCTTATCTCCATGAAGATTCAAATCCCCGAGTAATCCACCGTGATTTCAAGGCTA 1797
Query 1078 GCAATGTTCTCCTAGAAGATGACTTTACCCCAAAAGTCTCAGACTTTGGACTGGCAAGAG 1137
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1798 GCAATGTTCTCCTAGAAGATGACTTTACCCCAAAAGTCTCAGACTTTGGACTGGCAAGAG 1857
Query 1138 AAGCAACAGAAGGAAGTCAACATATTTCAACTCGAGTCATGGGGACCTTTGG 1189
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1858 AAGCAACCGAAGGAAGTCAACATATTTCAACTCGAGTCATGGGGACCTTTGG 1909
Score = 1098 bits (594), Expect = 0.0
Identities = 626/642 (98%), Gaps = 0/642 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1591 AGCTTCTCACCGGTAGAAGACCGGTAGACATGTCTCAACCTTCGGGAGAGGAAAACCTTG 1650
||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1990 AGCTTCTAACCGGTAGAAGACCAGTAGACATGTCTCAACCTTCGGGAGAGGAAAACCTTG 2049
Query 1651 TGACATGGGCGAGACCCTTACTAGCCAACAGAGAGGGCCTGGAGCAACTAGTGGACCCTG 1710
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2050 TGACATGGGCGAGACCCTTACTAGCCAACAGAGAGGGCCTGGAGCAACTGGTGGACCCTG 2109
Query 1711 CATTGGCTGGAACCTACAACTTTGATGACATGGCGAAAGTGGCTGCGATTGCCTCCATGT 1770
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2110 CATTGGCTGGAACCTACAACTTTGATGACATGGCGAAAGTGGCTGCGATTGCCTCCATGT 2169
Query 1771 GCGTCCACCAAGAGGTCTCACACAGACCATTCATGGGAGAAGTTGTGCAGGCACTGAAAC 1830
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2170 GCGTCCACCAAGAGGTCTCACACAGACCATTCATGGGTGAAGTTGTGCAGGCACTAAAAC 2229
Query 1831 TTATATACAACGATGCAGATGAGACCTGTGGTGACTATTGCAGCCAAAAGGACTCATCAG 1890
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2230 TTATATACAACGATGCAGATGAGACCTGTGGTGATTATTGCAGCCAAAAGGACTCATCAG 2289
Query 1891 TACCAGACTCTGCTGATTTCAAAGGCGATCTGGCTCCTTCGGATAGCAGCTGGTGGAATT 1950
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2290 TACCAGACTCTGCTGACTTCAAAGGCGATCTGGCTCCTTCGGATAGCAGCTGGTGGAATT 2349
Query 1951 TGACACCTCGATTAAGGTATGGTCAAGCTTCGTCGTTCATAACAATGGAATATAGCTCAG 2010
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2350 TGACACCTCGGTTAAGGTATGGTCAAGCTTCGTCGTTCATAACAATGGATTATAGCTCAG 2409
Query 2011 GACCACTAGAGGACATGGAGAACCGGCCTCACTCTGCCTCTAGCATTCCAAGAGAAGGAG 2070
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2410 GACCACTAGAGGACATGGAGAACCGGCCTCACTCTGCCTCTAGCATTCCAAGAGTAGGAG 2469
Query 2071 GCCTTATTCTACCAAACAGATCGGGTCCATTAAGACCCATGCGTAGTCGAAGAAACTTCT 2130
| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2470 GTCTTATTCTACCAAACAGATCAGGTCCGTTAAGACCCATGCGTAGTAGAAGAAACTTCT 2529
Query 2131 TTAGACTGAGAGGAAGCATGAGCGAACACGGTGGACCGTCGTCTTCTAGACATCTCTGGT 2190
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2530 TTAGACTGAGAGGAAGCATGAGCGAACACGGTGGACCGTCGTCGTCTAGACATCTCTGGT 2589
Query 2191 CCGGCAATGGCGACTGGCTCTGAGAAACCAGAAAATGTACAG 2232
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2590 CCGGCAATGGTGACTGGCTCTGAGAAACCAGAAAATGTACAG 2631
Score = 621 bits (336), Expect = 8e-177
Identities = 354/363 (98%), Gaps = 0/363 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1228 GGTACGTGGCTCCTGAGTATGCAATGACGGGGCATCTCCTTGTTAAAAGCGATGTTTATA 1287
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1909 GGTACGTGGCTCCTGAGTATGCAATGACGGGGCATCTCCTTGTTAAAAGCGATGTCTATA 1968
Query 1288 GTTACGGTGTGGTTCTACTAGAGCTTCTCACCGGTAGAAGACCGGTAGACATGTCTCAAC 1347
|||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1969 GTTATGGTGTAGTTCTACTAGAGCTTCTAACCGGTAGAAGACCAGTAGACATGTCTCAAC 2028
Query 1348 CTTCGGGAGAGGAAAACCTTGTGACATGGGCGAGACCCTTACTAGCCAACAGAGAGGGCC 1407
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2029 CTTCGGGAGAGGAAAACCTTGTGACATGGGCGAGACCCTTACTAGCCAACAGAGAGGGCC 2088
Query 1408 TGGAGCAACTAGTGGACCCTGCATTGGCTGGAACCTACAACTTTGATGACATGGCGAAAG 1467
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2089 TGGAGCAACTGGTGGACCCTGCATTGGCTGGAACCTACAACTTTGATGACATGGCGAAAG 2148
Query 1468 TGGCTGCGATTGCCTCCATGTGCGTCCACCAAGAGGTCTCACACAGACCATTCATGGGAG 1527
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2149 TGGCTGCGATTGCCTCCATGTGCGTCCACCAAGAGGTCTCACACAGACCATTCATGGGTG 2208
Query 1528 AAGTTGTGCAGGCACTGAAACTTATATACAACGATGCAGATGAGACCTGTGGTGACTATT 1587
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2209 AAGTTGTGCAGGCACTAAAACTTATATACAACGATGCAGATGAGACCTGTGGTGATTATT 2268
Query 1588 GCA 1590
|||
Sbjct 2269 GCA 2271
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 110792602815
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5