BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg931989
Length=1623
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G41768.1 | Symbols: | rRNA | chr3:14197677-14199484 FORWARD... 2604 0.0
AT2G01010.1 | Symbols: | rRNA | chr2:3706-5513 FORWARD LENGTH=... 2593 0.0
> AT3G41768.1 | Symbols: | rRNA | chr3:14197677-14199484 FORWARD
LENGTH=1808
Length=1808
Score = 2604 bits (1410), Expect = 0.0
Identities = 1431/1441 (99%), Gaps = 2/1441 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 184 TACCTGGTTGATCCTGCCAGTAGTCATATGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCATGTGT 243
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TACCTGGTTGATCCTGCCAGTAGTCATATGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCATGTGT 60
Query 244 AAGTATGAACGAATTCAGACTGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATAGTTTG 303
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 AAGTATGAACGAATTCAGACTGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATAGTTTG 120
Query 304 TTTGATGGTAACTACTACTCGGATAACCGTAGTAATTCTAGAGCTAATACGTGCAACAAA 363
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TTTGATGGTAACTACTACTCGGATAACCGTAGTAATTCTAGAGCTAATACGTGCAACAAA 180
Query 364 CCCCGACTTCTGGAAGGGGTGCATTTATTAGATAAAAGGTCGACGCGGGCTCTGCCCGTT 423
||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 CCCCGACTTATGGAAGGGACGCATTTATTAGATAAAAGGTCGACGCGGGCTCTGCCCGTT 240
Query 424 GCTCTGATGATTCATGATAACTCGACGGATCGCATGGCCTTTGTGCTGGCGACGCATCAT 483
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 241 GCTCTGATGATTCATGATAACTCGACGGATCGCATGGCCTCTGTGCTGGCGACGCATCAT 300
Query 484 TCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTGGTAACGG 543
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 TCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTGGTAACGG 360
Query 544 GTGACGGAGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCA 603
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 GTGACGGAGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCA 420
Query 604 AGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCTGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAAT 663
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 AGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCTGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAAT 480
Query 664 AACAATACCGGGCTCTTAT-GAGTCTGGTAATTGGAATGAGTACAATCTAAATCCCTTAA 722
||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 AACAATACCGGGCTCTT-TCGAGTCTGGTAATTGGAATGAGTACAATCTAAATCCCTTAA 539
Query 723 CGAGGATCCATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAG 782
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 CGAGGATCCATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAG 599
Query 783 CGTATATTTAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGATGGGTCGGCCG 842
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 CGTATATTTAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGATGGGTCGGCCG 659
Query 843 GTCCGCCTTTGGTGTGCACCGGTCGGCTTGTCCCTTCGGTCGGTGATACGCTCCTGGTCT 902
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 660 GTCCGCCTTTGGTGTGCATTGGTCGGCTTGTCCCTTCGGTCGGCGATACGCTCCTGGTCT 719
Query 903 TAATTGGCCGGGTCGTGCCTCCGGCGCTGTTACTTTGAAGAAATTAGAGTGCTCAAAGCA 962
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 TAATTGGCCGGGTCGTGCCTCCGGCGCTGTTACTTTGAAGAAATTAGAGTGCTCAAAGCA 779
Query 963 AGCCTACGCTCTGTATACATTAGCATGGGATAACATCATAGGATTTCGATCCTATTGTGT 1022
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 AGCCTACGCTCTGGATACATTAGCATGGGATAACATCATAGGATTTCGATCCTATTGTGT 839
Query 1023 TGGCCTTCGGGATCGGAGTAATGATTAACAGGGACAGTCGGGGGCATTCGTATTTCATAG 1082
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 TGGCCTTCGGGATCGGAGTAATGATTAACAGGGACAGTCGGGGGCATTCGTATTTCATAG 899
Query 1083 TCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGAAAGACGAACAACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGA 1142
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 TCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGAAAGACGAACAACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGA 959
Query 1143 TGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTGGGGGCTCGAAGACGATCAGATACCGTCCTAGT 1202
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 TGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTGGGGGCTCGAAGACGATCAGATACCGTCCTAGT 1019
Query 1203 CTCAACCATAAACGATGCCGACCAGGGATCAGCGGATGTTGCTTATAGGACTCCGCTGGC 1262
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 CTCAACCATAAACGATGCCGACCAGGGATCAGCGGATGTTGCTTATAGGACTCCGCTGGC 1079
Query 1263 ACCTTATGAGAAATCAAAGTTTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACT 1322
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 ACCTTATGAGAAATCAAAGTTTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACT 1139
Query 1323 TAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAAC 1382
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 TAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAAC 1199
Query 1383 ACGGGGAAACTTACCAGGTCCAGACATAGTAAGGATTGACAGACTGAGAGCTCTTTCTTG 1442
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 ACGGGGAAACTTACCAGGTCCAGACATAGTAAGGATTGACAGACTGAGAGCTCTTTCTTG 1259
Query 1443 ATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATT 1502
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 ATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATT 1319
Query 1503 CCGTTAACGAACGAGACCTCAGCCTGCTAACTAGCTACGTGGAGGCATCCCTTCACGGCC 1562
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 CCGTTAACGAACGAGACCTCAGCCTGCTAACTAGCTACGTGGAGGCATCCCTTCACGGCC 1379
Query 1563 GGCTTCTTAGAGGGACTATGGCCGTTTAGGCCAAGGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCTG 1622
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 GGCTTCTTAGAGGGACTATGGCCGTTTAGGCCAAGGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCTG 1439
Query 1623 T 1623
|
Sbjct 1440 T 1440
> AT2G01010.1 | Symbols: | rRNA | chr2:3706-5513 FORWARD LENGTH=1808
Length=1808
Score = 2593 bits (1404), Expect = 0.0
Identities = 1429/1441 (99%), Gaps = 2/1441 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 184 TACCTGGTTGATCCTGCCAGTAGTCATATGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCATGTGT 243
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TACCTGGTTGATCCTGCCAGTAGTCATATGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCATGTGT 60
Query 244 AAGTATGAACGAATTCAGACTGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATAGTTTG 303
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 AAGTATGAACGAATTCAGACTGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATAGTTTG 120
Query 304 TTTGATGGTAACTACTACTCGGATAACCGTAGTAATTCTAGAGCTAATACGTGCAACAAA 363
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TTTGATGGTAACTACTACTCGGATAACCGTAGTAATTCTAGAGCTAATACGTGCAACAAA 180
Query 364 CCCCGACTTCTGGAAGGGGTGCATTTATTAGATAAAAGGTCGACGCGGGCTCTGCCCGTT 423
||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 CCCCGACTTATGGAAGGGACGCATTTATTAGATAAAAGGTCGACGCGGGCTCTGCCCGTT 240
Query 424 GCTCTGATGATTCATGATAACTCGACGGATCGCATGGCCTTTGTGCTGGCGACGCATCAT 483
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 241 GCTCTGATGATTCATGATAACTCGACGGATCGCATGGCCTCTGTGCTGGCGACGCATCAT 300
Query 484 TCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTGGTAACGG 543
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 TCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTGGTAACGG 360
Query 544 GTGACGGAGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCA 603
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 GTGACGGAGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCA 420
Query 604 AGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCTGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAAT 663
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 AGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCTGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAAT 480
Query 664 AACAATACCGGGCTCTTAT-GAGTCTGGTAATTGGAATGAGTACAATCTAAATCCCTTAA 722
|||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 AACAATACTGGGCTCTT-TCGAGTCTGGTAATTGGAATGAGTACAATCTAAATCCCTTAA 539
Query 723 CGAGGATCCATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAG 782
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 CGAGGATCCATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAG 599
Query 783 CGTATATTTAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGATGGGTCGGCCG 842
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 CGTATATTTAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGATGGGTCGGCCG 659
Query 843 GTCCGCCTTTGGTGTGCACCGGTCGGCTTGTCCCTTCGGTCGGTGATACGCTCCTGGTCT 902
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 660 GTCCGCCTTTGGTGTGCATTGGTCGGCTTGTCCCTTCGGTCGGCGATACGCTCCTGGTCT 719
Query 903 TAATTGGCCGGGTCGTGCCTCCGGCGCTGTTACTTTGAAGAAATTAGAGTGCTCAAAGCA 962
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 TAATTGGCCGGGTCGTGCCTCCGGCGCTGTTACTTTGAAGAAATTAGAGTGCTCAAAGCA 779
Query 963 AGCCTACGCTCTGTATACATTAGCATGGGATAACATCATAGGATTTCGATCCTATTGTGT 1022
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 AGCCTACGCTCTGGATACATTAGCATGGGATAACATCATAGGATTTCGATCCTATTGTGT 839
Query 1023 TGGCCTTCGGGATCGGAGTAATGATTAACAGGGACAGTCGGGGGCATTCGTATTTCATAG 1082
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 TGGCCTTCGGGATCGGAGTAATGATTAACAGGGACAGTCGGGGGCATTCGTATTTCATAG 899
Query 1083 TCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGAAAGACGAACAACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGA 1142
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 TCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGAAAGACGAACAACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGA 959
Query 1143 TGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTGGGGGCTCGAAGACGATCAGATACCGTCCTAGT 1202
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 TGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTGGGGGCTCGAAGACGATCAGATACCGTCCTAGT 1019
Query 1203 CTCAACCATAAACGATGCCGACCAGGGATCAGCGGATGTTGCTTATAGGACTCCGCTGGC 1262
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 CTCAACCATAAACGATGCCGACCAGGGATCAGCGGATGTTGCTTATAGGACTCCGCTGGC 1079
Query 1263 ACCTTATGAGAAATCAAAGTTTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACT 1322
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 ACCTTATGAGAAATCAAAGTTTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACT 1139
Query 1323 TAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAAC 1382
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 TAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAAC 1199
Query 1383 ACGGGGAAACTTACCAGGTCCAGACATAGTAAGGATTGACAGACTGAGAGCTCTTTCTTG 1442
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 ACGGGGAAACTTACCAGGTCCAGACATAGTAAGGATTGACAGACTGAGAGCTCTTTCTTG 1259
Query 1443 ATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATT 1502
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 ATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATT 1319
Query 1503 CCGTTAACGAACGAGACCTCAGCCTGCTAACTAGCTACGTGGAGGCATCCCTTCACGGCC 1562
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 CCGTTAATGAACGAGACCTCAGCCTGCTAACTAGCTACGTGGAGGCATCCCTTCACGGCC 1379
Query 1563 GGCTTCTTAGAGGGACTATGGCCGTTTAGGCCAAGGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCTG 1622
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 GGCTTCTTAGAGGGACTATGGCCGTTTAGGCCAAGGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCTG 1439
Query 1623 T 1623
|
Sbjct 1440 T 1440
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 80170270365
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5