BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg931996
Length=1202
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G41768.1 | Symbols: | rRNA | chr3:14197677-14199484 FORWARD... 2172 0.0
AT2G01010.1 | Symbols: | rRNA | chr2:3706-5513 FORWARD LENGTH=... 2161 0.0
> AT3G41768.1 | Symbols: | rRNA | chr3:14197677-14199484 FORWARD
LENGTH=1808
Length=1808
Score = 2172 bits (1176), Expect = 0.0
Identities = 1196/1205 (99%), Gaps = 4/1205 (0%)
Strand=Plus/Minus
Query 1 ACAGACCTGTTATTGCCTCAAACTTCCTTGGCCTAAACGGCCATAGTCCCTCTAAGAAGC 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 ACAGACCTGTTATTGCCTCAAACTTCCTTGGCCTAAACGGCCATAGTCCCTCTAAGAAGC 1381
Query 61 CGGCCGTGAAGGGATGCCTCCACGTAGCTAGTTAGCAGGCTGAGGTCTCGTTCGTTAACG 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 CGGCCGTGAAGGGATGCCTCCACGTAGCTAGTTAGCAGGCTGAGGTCTCGTTCGTTAACG 1321
Query 121 GAATTAACCAGACAAATCGCTCCACCAACTAAGAACGGCCATGCACCACCACCCATAGAA 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 GAATTAACCAGACAAATCGCTCCACCAACTAAGAACGGCCATGCACCACCACCCATAGAA 1261
Query 181 TCAAGAAAGAGCTCTCAGTCTGTCAATCCTTACTATGTCTGGACCTGGTAAGTTTCCCCG 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 TCAAGAAAGAGCTCTCAGTCTGTCAATCCTTACTATGTCTGGACCTGGTAAGTTTCCCCG 1201
Query 241 TGTTGAGTCAAATTAAGCCGCAGGCTCCACTCCTGGTGGTGCCCTTCCGTCAATTCCTTT 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 TGTTGAGTCAAATTAAGCCGCAGGCTCCACTCCTGGTGGTGCCCTTCCGTCAATTCCTTT 1141
Query 301 AAGTTTCAGCCTTGCGACCATACTCCCCCCGGAACCCAAAAACTTTGATTTCTCATAAGG 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 AAGTTTCAGCCTTGCGACCATACTCCCCCCGGAACCCAAAAACTTTGATTTCTCATAAGG 1081
Query 361 TGCCAGCGGAGTCCTATAAGCAACATCCGCTGATCCCTGGTCGGCATCGTTTATGGTTGA 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 TGCCAGCGGAGTCCTATAAGCAACATCCGCTGATCCCTGGTCGGCATCGTTTATGGTTGA 1021
Query 421 GACTAGGACGGTATCTGATCGTCTTCGAGCCCCCAACTTTCGTTCTTGATTA-TGAAAAC 479
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1020 GACTAGGACGGTATCTGATCGTCTTCGAGCCCCCAACTTTCGTTCTTGATTAATGAAAAC 961
Query 480 ATCCTTGGCAAATGCTTTCGCAGTTGTTCGTCTTTCATAAATCCAAGAATT-CACCTCTG 538
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 960 ATCCTTGGCAAATGCTTTCGCAGTTGTTCGTCTTTCATAAATCCAAGAATTTCACCTCTG 901
Query 539 ACTATGAAATACGAATGCCCCCGACTGTCCCTGTTAATCATTACTCCGATCCCGAAGGCC 598
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 ACTATGAAATACGAATGCCCCCGACTGTCCCTGTTAATCATTACTCCGATCCCGAAGGCC 841
Query 599 AACACAATAGGATCGAAATCCTATGATGTTATCCCATGCTAATGTATACAGAGCGTAGGC 658
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 840 AACACAATAGGATCGAAATCCTATGATGTTATCCCATGCTAATGTATCCAGAGCGTAGGC 781
Query 659 TTGCTTTGAGCACTCTAATTTCTTCAAAGTAACAGCGCCGGAGGCACGACCCGGCCAATT 718
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 TTGCTTTGAGCACTCTAATTTCTTCAAAGTAACAGCGCCGGAGGCACGACCCGGCCAATT 721
Query 719 AAGACCAGGAGCGTATCACCGACCGAAGGGACAAGCCGACCGGTGCACACCAAAGGCGGA 778
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 720 AAGACCAGGAGCGTATCGCCGACCGAAGGGACAAGCCGACCAATGCACACCAAAGGCGGA 661
Query 779 CCGGCCGACCCATCCCAAGGTTCAACTACGAGCTTTTTAACTGCAACAACTTAAATATAC 838
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 CCGGCCGACCCATCCCAAGGTTCAACTACGAGCTTTTTAACTGCAACAACTTAAATATAC 601
Query 839 GCTATTGGAGCTGGAATTACCGCGGCTGCTGGCACCAGACTTGCCCTCCAATGGATCCTC 898
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 GCTATTGGAGCTGGAATTACCGCGGCTGCTGGCACCAGACTTGCCCTCCAATGGATCCTC 541
Query 899 GTTAAGGGATTTAGATTGTACTCATTCCAATTACCAGACTC-ATAAGAGCCCGGTATTGT 957
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||
Sbjct 540 GTTAAGGGATTTAGATTGTACTCATTCCAATTACCAGACTCGA-AAGAGCCCGGTATTGT 482
Query 958 TATTTATTGTCACTACCTCCCCGTGTCAGGATTGGGTAATTTGCGCGCCTGCTGCCTTCC 1017
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 TATTTATTGTCACTACCTCCCCGTGTCAGGATTGGGTAATTTGCGCGCCTGCTGCCTTCC 422
Query 1018 TTGGATGTGGTAGCCGTTTCTCAGGCTCCCTCTCCGGAATCGAACCCTAATTCTCCGTCA 1077
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 TTGGATGTGGTAGCCGTTTCTCAGGCTCCCTCTCCGGAATCGAACCCTAATTCTCCGTCA 362
Query 1078 CCCGTTACCACCATGGTAGGCCACTATCCTACCATCGAAAGTTGATAGGGCAGAAATTTG 1137
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 CCCGTTACCACCATGGTAGGCCACTATCCTACCATCGAAAGTTGATAGGGCAGAAATTTG 302
Query 1138 AATGATGCGTCGCCAGCACAAAGGCCATGCGATCCGTCGAGTTATCATGAATCATCAGAG 1197
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 AATGATGCGTCGCCAGCACAGAGGCCATGCGATCCGTCGAGTTATCATGAATCATCAGAG 242
Query 1198 CAACG 1202
|||||
Sbjct 241 CAACG 237
> AT2G01010.1 | Symbols: | rRNA | chr2:3706-5513 FORWARD LENGTH=1808
Length=1808
Score = 2161 bits (1170), Expect = 0.0
Identities = 1194/1205 (99%), Gaps = 4/1205 (0%)
Strand=Plus/Minus
Query 1 ACAGACCTGTTATTGCCTCAAACTTCCTTGGCCTAAACGGCCATAGTCCCTCTAAGAAGC 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 ACAGACCTGTTATTGCCTCAAACTTCCTTGGCCTAAACGGCCATAGTCCCTCTAAGAAGC 1381
Query 61 CGGCCGTGAAGGGATGCCTCCACGTAGCTAGTTAGCAGGCTGAGGTCTCGTTCGTTAACG 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1380 CGGCCGTGAAGGGATGCCTCCACGTAGCTAGTTAGCAGGCTGAGGTCTCGTTCATTAACG 1321
Query 121 GAATTAACCAGACAAATCGCTCCACCAACTAAGAACGGCCATGCACCACCACCCATAGAA 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 GAATTAACCAGACAAATCGCTCCACCAACTAAGAACGGCCATGCACCACCACCCATAGAA 1261
Query 181 TCAAGAAAGAGCTCTCAGTCTGTCAATCCTTACTATGTCTGGACCTGGTAAGTTTCCCCG 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 TCAAGAAAGAGCTCTCAGTCTGTCAATCCTTACTATGTCTGGACCTGGTAAGTTTCCCCG 1201
Query 241 TGTTGAGTCAAATTAAGCCGCAGGCTCCACTCCTGGTGGTGCCCTTCCGTCAATTCCTTT 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 TGTTGAGTCAAATTAAGCCGCAGGCTCCACTCCTGGTGGTGCCCTTCCGTCAATTCCTTT 1141
Query 301 AAGTTTCAGCCTTGCGACCATACTCCCCCCGGAACCCAAAAACTTTGATTTCTCATAAGG 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 AAGTTTCAGCCTTGCGACCATACTCCCCCCGGAACCCAAAAACTTTGATTTCTCATAAGG 1081
Query 361 TGCCAGCGGAGTCCTATAAGCAACATCCGCTGATCCCTGGTCGGCATCGTTTATGGTTGA 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 TGCCAGCGGAGTCCTATAAGCAACATCCGCTGATCCCTGGTCGGCATCGTTTATGGTTGA 1021
Query 421 GACTAGGACGGTATCTGATCGTCTTCGAGCCCCCAACTTTCGTTCTTGATTA-TGAAAAC 479
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1020 GACTAGGACGGTATCTGATCGTCTTCGAGCCCCCAACTTTCGTTCTTGATTAATGAAAAC 961
Query 480 ATCCTTGGCAAATGCTTTCGCAGTTGTTCGTCTTTCATAAATCCAAGAATT-CACCTCTG 538
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 960 ATCCTTGGCAAATGCTTTCGCAGTTGTTCGTCTTTCATAAATCCAAGAATTTCACCTCTG 901
Query 539 ACTATGAAATACGAATGCCCCCGACTGTCCCTGTTAATCATTACTCCGATCCCGAAGGCC 598
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 ACTATGAAATACGAATGCCCCCGACTGTCCCTGTTAATCATTACTCCGATCCCGAAGGCC 841
Query 599 AACACAATAGGATCGAAATCCTATGATGTTATCCCATGCTAATGTATACAGAGCGTAGGC 658
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 840 AACACAATAGGATCGAAATCCTATGATGTTATCCCATGCTAATGTATCCAGAGCGTAGGC 781
Query 659 TTGCTTTGAGCACTCTAATTTCTTCAAAGTAACAGCGCCGGAGGCACGACCCGGCCAATT 718
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 TTGCTTTGAGCACTCTAATTTCTTCAAAGTAACAGCGCCGGAGGCACGACCCGGCCAATT 721
Query 719 AAGACCAGGAGCGTATCACCGACCGAAGGGACAAGCCGACCGGTGCACACCAAAGGCGGA 778
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 720 AAGACCAGGAGCGTATCGCCGACCGAAGGGACAAGCCGACCAATGCACACCAAAGGCGGA 661
Query 779 CCGGCCGACCCATCCCAAGGTTCAACTACGAGCTTTTTAACTGCAACAACTTAAATATAC 838
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 CCGGCCGACCCATCCCAAGGTTCAACTACGAGCTTTTTAACTGCAACAACTTAAATATAC 601
Query 839 GCTATTGGAGCTGGAATTACCGCGGCTGCTGGCACCAGACTTGCCCTCCAATGGATCCTC 898
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 GCTATTGGAGCTGGAATTACCGCGGCTGCTGGCACCAGACTTGCCCTCCAATGGATCCTC 541
Query 899 GTTAAGGGATTTAGATTGTACTCATTCCAATTACCAGACTC-ATAAGAGCCCGGTATTGT 957
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||
Sbjct 540 GTTAAGGGATTTAGATTGTACTCATTCCAATTACCAGACTCGA-AAGAGCCCAGTATTGT 482
Query 958 TATTTATTGTCACTACCTCCCCGTGTCAGGATTGGGTAATTTGCGCGCCTGCTGCCTTCC 1017
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 TATTTATTGTCACTACCTCCCCGTGTCAGGATTGGGTAATTTGCGCGCCTGCTGCCTTCC 422
Query 1018 TTGGATGTGGTAGCCGTTTCTCAGGCTCCCTCTCCGGAATCGAACCCTAATTCTCCGTCA 1077
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 TTGGATGTGGTAGCCGTTTCTCAGGCTCCCTCTCCGGAATCGAACCCTAATTCTCCGTCA 362
Query 1078 CCCGTTACCACCATGGTAGGCCACTATCCTACCATCGAAAGTTGATAGGGCAGAAATTTG 1137
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 CCCGTTACCACCATGGTAGGCCACTATCCTACCATCGAAAGTTGATAGGGCAGAAATTTG 302
Query 1138 AATGATGCGTCGCCAGCACAAAGGCCATGCGATCCGTCGAGTTATCATGAATCATCAGAG 1197
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 AATGATGCGTCGCCAGCACAGAGGCCATGCGATCCGTCGAGTTATCATGAATCATCAGAG 242
Query 1198 CAACG 1202
|||||
Sbjct 241 CAACG 237
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 59035840920
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5