BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg931998
Length=901
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G41768.1 | Symbols: | rRNA | chr3:14197677-14199484 FORWARD... 1637 0.0
AT2G01010.1 | Symbols: | rRNA | chr2:3706-5513 FORWARD LENGTH=... 1631 0.0
> AT3G41768.1 | Symbols: | rRNA | chr3:14197677-14199484 FORWARD
LENGTH=1808
Length=1808
Score = 1637 bits (886), Expect = 0.0
Identities = 897/902 (99%), Gaps = 1/902 (0%)
Strand=Plus/Minus
Query 1 ACAGACCTGTTATTGCCTCAAACTTCCTTGGCCTAAACGGCCATAGTCCCTCTAAGAAGC 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 ACAGACCTGTTATTGCCTCAAACTTCCTTGGCCTAAACGGCCATAGTCCCTCTAAGAAGC 1381
Query 61 CGGCCGTGAAGGGATGCCTCCACGTAGCTAGTTAGCAGGCTGAGGTCTCGTTCGTTAACG 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 CGGCCGTGAAGGGATGCCTCCACGTAGCTAGTTAGCAGGCTGAGGTCTCGTTCGTTAACG 1321
Query 121 GAATTAACCAGACAAATCGCTCCACCAACTAAGAACGGCCATGCACCACCACCCATAGAA 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 GAATTAACCAGACAAATCGCTCCACCAACTAAGAACGGCCATGCACCACCACCCATAGAA 1261
Query 181 TCAAGAAAGAGCTCTCAGTCTGTCAATCCTTACTATGTCTGGACCTGGTAAGTTTCCCCG 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 TCAAGAAAGAGCTCTCAGTCTGTCAATCCTTACTATGTCTGGACCTGGTAAGTTTCCCCG 1201
Query 241 TGTTGAGTCAAATTAAGCCGCAGGCTCCACTCCTGGTGGTGCCCTTCCGTCAATTCCTTT 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 TGTTGAGTCAAATTAAGCCGCAGGCTCCACTCCTGGTGGTGCCCTTCCGTCAATTCCTTT 1141
Query 301 AAGTTTCAGCCTTGCGACCATACTCCCCCCGGAACCCAAAAACTTTGATTTCTCATAAGG 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 AAGTTTCAGCCTTGCGACCATACTCCCCCCGGAACCCAAAAACTTTGATTTCTCATAAGG 1081
Query 361 TGCCAGCGGAGTCCTATAAGCAACATCCGCTGATCCCTGGTCGGCATCGTTTATGGTTGA 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 TGCCAGCGGAGTCCTATAAGCAACATCCGCTGATCCCTGGTCGGCATCGTTTATGGTTGA 1021
Query 421 GACTAGGACGGTATCTGATCGTCTTCGAGCCCCCAACTTTCGTTCTTGATTAATGAAAAC 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 GACTAGGACGGTATCTGATCGTCTTCGAGCCCCCAACTTTCGTTCTTGATTAATGAAAAC 961
Query 481 ATCCTTGGCAAATGCTTTCGCAGTTGTTCGTCTT-CATAAATCCAAGAATTTCACCTCTG 539
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 ATCCTTGGCAAATGCTTTCGCAGTTGTTCGTCTTTCATAAATCCAAGAATTTCACCTCTG 901
Query 540 ACTATGAAATACGAATGCCCCCGACTGTCCCTGTTAATCATTACTCCGATCCCGAAGGCC 599
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 ACTATGAAATACGAATGCCCCCGACTGTCCCTGTTAATCATTACTCCGATCCCGAAGGCC 841
Query 600 AACACAATAGGATCGAAATCCTATGATGTTATCCCATGCTAATGTATACAGAGCGTAGGC 659
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 840 AACACAATAGGATCGAAATCCTATGATGTTATCCCATGCTAATGTATCCAGAGCGTAGGC 781
Query 660 TTGCTTTGAGCACTCTAATTTCTTCAAAGTAACAGCGCCGGAGGCACGACCCGGCCAATT 719
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 TTGCTTTGAGCACTCTAATTTCTTCAAAGTAACAGCGCCGGAGGCACGACCCGGCCAATT 721
Query 720 AAGACCAGGAGCGTATCACCGACCGAAGGGACAAGCCGACCGGTGCACACCAAAGGCGGA 779
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 720 AAGACCAGGAGCGTATCGCCGACCGAAGGGACAAGCCGACCAATGCACACCAAAGGCGGA 661
Query 780 CCGGCCGACCCATCCCAAGGTTCAACTACGAGCTTTTTAACTGCAACAACTTAAATATAC 839
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 CCGGCCGACCCATCCCAAGGTTCAACTACGAGCTTTTTAACTGCAACAACTTAAATATAC 601
Query 840 GCTATTGGAGCTGGAATTACCGCGGCTGCTGGCACCAGACTTGCCCTCCAATGGATCCTC 899
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 GCTATTGGAGCTGGAATTACCGCGGCTGCTGGCACCAGACTTGCCCTCCAATGGATCCTC 541
Query 900 GT 901
||
Sbjct 540 GT 539
> AT2G01010.1 | Symbols: | rRNA | chr2:3706-5513 FORWARD LENGTH=1808
Length=1808
Score = 1631 bits (883), Expect = 0.0
Identities = 896/902 (99%), Gaps = 1/902 (0%)
Strand=Plus/Minus
Query 1 ACAGACCTGTTATTGCCTCAAACTTCCTTGGCCTAAACGGCCATAGTCCCTCTAAGAAGC 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 ACAGACCTGTTATTGCCTCAAACTTCCTTGGCCTAAACGGCCATAGTCCCTCTAAGAAGC 1381
Query 61 CGGCCGTGAAGGGATGCCTCCACGTAGCTAGTTAGCAGGCTGAGGTCTCGTTCGTTAACG 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1380 CGGCCGTGAAGGGATGCCTCCACGTAGCTAGTTAGCAGGCTGAGGTCTCGTTCATTAACG 1321
Query 121 GAATTAACCAGACAAATCGCTCCACCAACTAAGAACGGCCATGCACCACCACCCATAGAA 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 GAATTAACCAGACAAATCGCTCCACCAACTAAGAACGGCCATGCACCACCACCCATAGAA 1261
Query 181 TCAAGAAAGAGCTCTCAGTCTGTCAATCCTTACTATGTCTGGACCTGGTAAGTTTCCCCG 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 TCAAGAAAGAGCTCTCAGTCTGTCAATCCTTACTATGTCTGGACCTGGTAAGTTTCCCCG 1201
Query 241 TGTTGAGTCAAATTAAGCCGCAGGCTCCACTCCTGGTGGTGCCCTTCCGTCAATTCCTTT 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 TGTTGAGTCAAATTAAGCCGCAGGCTCCACTCCTGGTGGTGCCCTTCCGTCAATTCCTTT 1141
Query 301 AAGTTTCAGCCTTGCGACCATACTCCCCCCGGAACCCAAAAACTTTGATTTCTCATAAGG 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 AAGTTTCAGCCTTGCGACCATACTCCCCCCGGAACCCAAAAACTTTGATTTCTCATAAGG 1081
Query 361 TGCCAGCGGAGTCCTATAAGCAACATCCGCTGATCCCTGGTCGGCATCGTTTATGGTTGA 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 TGCCAGCGGAGTCCTATAAGCAACATCCGCTGATCCCTGGTCGGCATCGTTTATGGTTGA 1021
Query 421 GACTAGGACGGTATCTGATCGTCTTCGAGCCCCCAACTTTCGTTCTTGATTAATGAAAAC 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 GACTAGGACGGTATCTGATCGTCTTCGAGCCCCCAACTTTCGTTCTTGATTAATGAAAAC 961
Query 481 ATCCTTGGCAAATGCTTTCGCAGTTGTTCGTCTT-CATAAATCCAAGAATTTCACCTCTG 539
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 ATCCTTGGCAAATGCTTTCGCAGTTGTTCGTCTTTCATAAATCCAAGAATTTCACCTCTG 901
Query 540 ACTATGAAATACGAATGCCCCCGACTGTCCCTGTTAATCATTACTCCGATCCCGAAGGCC 599
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 ACTATGAAATACGAATGCCCCCGACTGTCCCTGTTAATCATTACTCCGATCCCGAAGGCC 841
Query 600 AACACAATAGGATCGAAATCCTATGATGTTATCCCATGCTAATGTATACAGAGCGTAGGC 659
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 840 AACACAATAGGATCGAAATCCTATGATGTTATCCCATGCTAATGTATCCAGAGCGTAGGC 781
Query 660 TTGCTTTGAGCACTCTAATTTCTTCAAAGTAACAGCGCCGGAGGCACGACCCGGCCAATT 719
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 TTGCTTTGAGCACTCTAATTTCTTCAAAGTAACAGCGCCGGAGGCACGACCCGGCCAATT 721
Query 720 AAGACCAGGAGCGTATCACCGACCGAAGGGACAAGCCGACCGGTGCACACCAAAGGCGGA 779
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 720 AAGACCAGGAGCGTATCGCCGACCGAAGGGACAAGCCGACCAATGCACACCAAAGGCGGA 661
Query 780 CCGGCCGACCCATCCCAAGGTTCAACTACGAGCTTTTTAACTGCAACAACTTAAATATAC 839
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 CCGGCCGACCCATCCCAAGGTTCAACTACGAGCTTTTTAACTGCAACAACTTAAATATAC 601
Query 840 GCTATTGGAGCTGGAATTACCGCGGCTGCTGGCACCAGACTTGCCCTCCAATGGATCCTC 899
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 GCTATTGGAGCTGGAATTACCGCGGCTGCTGGCACCAGACTTGCCCTCCAATGGATCCTC 541
Query 900 GT 901
||
Sbjct 540 GT 539
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 44005112772
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5