BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg932004
Length=2848
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G41768.1 | Symbols: | rRNA | chr3:14197677-14199484 FORWARD... 2612 0.0
AT2G01010.1 | Symbols: | rRNA | chr2:3706-5513 FORWARD LENGTH=... 2601 0.0
AT2G01021.1 | Symbols: | unknown protein; Has 30201 Blast hits... 183 6e-45
> AT3G41768.1 | Symbols: | rRNA | chr3:14197677-14199484 FORWARD
LENGTH=1808
Length=1808
Score = 2612 bits (1414), Expect = 0.0
Identities = 1435/1445 (99%), Gaps = 2/1445 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 151 TACCTGGTTGATCCTGCCAGTAGTCATATGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCATGTGT 210
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TACCTGGTTGATCCTGCCAGTAGTCATATGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCATGTGT 60
Query 211 AAGTATGAACGAATTCAGACTGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATAGTTTG 270
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 AAGTATGAACGAATTCAGACTGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATAGTTTG 120
Query 271 TTTGATGGTAACTACTACTCGGATAACCGTAGTAATTCTAGAGCTAATACGTGCAACAAA 330
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TTTGATGGTAACTACTACTCGGATAACCGTAGTAATTCTAGAGCTAATACGTGCAACAAA 180
Query 331 CCCCGACTTCTGGAAGGGGTGCATTTATTAGATAAAAGGTCGACGCGGGCTCTGCCCGTT 390
||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 CCCCGACTTATGGAAGGGACGCATTTATTAGATAAAAGGTCGACGCGGGCTCTGCCCGTT 240
Query 391 GCTCTGATGATTCATGATAACTCGACGGATCGCATGGCCTTTGTGCTGGCGACGCATCAT 450
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 241 GCTCTGATGATTCATGATAACTCGACGGATCGCATGGCCTCTGTGCTGGCGACGCATCAT 300
Query 451 TCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTGGTAACGG 510
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 TCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTGGTAACGG 360
Query 511 GTGACGGAGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCA 570
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 GTGACGGAGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCA 420
Query 571 AGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCTGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAAT 630
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 AGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCTGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAAT 480
Query 631 AACAATACCGGGCTCTTAT-GAGTCTGGTAATTGGAATGAGTACAATCTAAATCCCTTAA 689
||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 AACAATACCGGGCTCTT-TCGAGTCTGGTAATTGGAATGAGTACAATCTAAATCCCTTAA 539
Query 690 CGAGGATCCATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAG 749
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 CGAGGATCCATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAG 599
Query 750 CGTATATTTAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGATGGGTCGGCCG 809
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 CGTATATTTAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGATGGGTCGGCCG 659
Query 810 GTCCGCCTTTGGTGTGCACCGGTCGGCTTGTCCCTTCGGTCGGTGATACGCTCCTGGTCT 869
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 660 GTCCGCCTTTGGTGTGCATTGGTCGGCTTGTCCCTTCGGTCGGCGATACGCTCCTGGTCT 719
Query 870 TAATTGGCCGGGTCGTGCCTCCGGCGCTGTTACTTTGAAGAAATTAGAGTGCTCAAAGCA 929
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 TAATTGGCCGGGTCGTGCCTCCGGCGCTGTTACTTTGAAGAAATTAGAGTGCTCAAAGCA 779
Query 930 AGCCTACGCTCTGTATACATTAGCATGGGATAACATCATAGGATTTCGATCCTATTGTGT 989
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 AGCCTACGCTCTGGATACATTAGCATGGGATAACATCATAGGATTTCGATCCTATTGTGT 839
Query 990 TGGCCTTCGGGATCGGAGTAATGATTAACAGGGACAGTCGGGGGCATTCGTATTTCATAG 1049
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 TGGCCTTCGGGATCGGAGTAATGATTAACAGGGACAGTCGGGGGCATTCGTATTTCATAG 899
Query 1050 TCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGAAAGACGAACAACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGA 1109
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 TCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGAAAGACGAACAACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGA 959
Query 1110 TGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTGGGGGCTCGAAGACGATCAGATACCGTCCTAGT 1169
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 TGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTGGGGGCTCGAAGACGATCAGATACCGTCCTAGT 1019
Query 1170 CTCAACCATAAACGATGCCGACCAGGGATCAGCGGATGTTGCTTATAGGACTCCGCTGGC 1229
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 CTCAACCATAAACGATGCCGACCAGGGATCAGCGGATGTTGCTTATAGGACTCCGCTGGC 1079
Query 1230 ACCTTATGAGAAATCAAAGTTTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACT 1289
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 ACCTTATGAGAAATCAAAGTTTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACT 1139
Query 1290 TAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAAC 1349
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 TAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAAC 1199
Query 1350 ACGGGGAAACTTACCAGGTCCAGACATAGTAAGGATTGACAGACTGAGAGCTCTTTCTTG 1409
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 ACGGGGAAACTTACCAGGTCCAGACATAGTAAGGATTGACAGACTGAGAGCTCTTTCTTG 1259
Query 1410 ATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATT 1469
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 ATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATT 1319
Query 1470 CCGTTAACGAACGAGACCTCAGCCTGCTAACTAGCTACGTGGAGGCATCCCTTCACGGCC 1529
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 CCGTTAACGAACGAGACCTCAGCCTGCTAACTAGCTACGTGGAGGCATCCCTTCACGGCC 1379
Query 1530 GGCTTCTTAGAGGGACTATGGCCGTTTAGGCCAAGGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCTG 1589
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 GGCTTCTTAGAGGGACTATGGCCGTTTAGGCCAAGGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCTG 1439
Query 1590 TGATG 1594
|||||
Sbjct 1440 TGATG 1444
> AT2G01010.1 | Symbols: | rRNA | chr2:3706-5513 FORWARD LENGTH=1808
Length=1808
Score = 2601 bits (1408), Expect = 0.0
Identities = 1433/1445 (99%), Gaps = 2/1445 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 151 TACCTGGTTGATCCTGCCAGTAGTCATATGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCATGTGT 210
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TACCTGGTTGATCCTGCCAGTAGTCATATGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCATGTGT 60
Query 211 AAGTATGAACGAATTCAGACTGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATAGTTTG 270
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 AAGTATGAACGAATTCAGACTGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATAGTTTG 120
Query 271 TTTGATGGTAACTACTACTCGGATAACCGTAGTAATTCTAGAGCTAATACGTGCAACAAA 330
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TTTGATGGTAACTACTACTCGGATAACCGTAGTAATTCTAGAGCTAATACGTGCAACAAA 180
Query 331 CCCCGACTTCTGGAAGGGGTGCATTTATTAGATAAAAGGTCGACGCGGGCTCTGCCCGTT 390
||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 CCCCGACTTATGGAAGGGACGCATTTATTAGATAAAAGGTCGACGCGGGCTCTGCCCGTT 240
Query 391 GCTCTGATGATTCATGATAACTCGACGGATCGCATGGCCTTTGTGCTGGCGACGCATCAT 450
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 241 GCTCTGATGATTCATGATAACTCGACGGATCGCATGGCCTCTGTGCTGGCGACGCATCAT 300
Query 451 TCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTGGTAACGG 510
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 TCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTGGTAACGG 360
Query 511 GTGACGGAGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCA 570
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 GTGACGGAGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCA 420
Query 571 AGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCTGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAAT 630
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 AGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCTGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAAT 480
Query 631 AACAATACCGGGCTCTTAT-GAGTCTGGTAATTGGAATGAGTACAATCTAAATCCCTTAA 689
|||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 AACAATACTGGGCTCTT-TCGAGTCTGGTAATTGGAATGAGTACAATCTAAATCCCTTAA 539
Query 690 CGAGGATCCATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAG 749
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 CGAGGATCCATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAG 599
Query 750 CGTATATTTAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGATGGGTCGGCCG 809
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 CGTATATTTAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGATGGGTCGGCCG 659
Query 810 GTCCGCCTTTGGTGTGCACCGGTCGGCTTGTCCCTTCGGTCGGTGATACGCTCCTGGTCT 869
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 660 GTCCGCCTTTGGTGTGCATTGGTCGGCTTGTCCCTTCGGTCGGCGATACGCTCCTGGTCT 719
Query 870 TAATTGGCCGGGTCGTGCCTCCGGCGCTGTTACTTTGAAGAAATTAGAGTGCTCAAAGCA 929
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 TAATTGGCCGGGTCGTGCCTCCGGCGCTGTTACTTTGAAGAAATTAGAGTGCTCAAAGCA 779
Query 930 AGCCTACGCTCTGTATACATTAGCATGGGATAACATCATAGGATTTCGATCCTATTGTGT 989
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 AGCCTACGCTCTGGATACATTAGCATGGGATAACATCATAGGATTTCGATCCTATTGTGT 839
Query 990 TGGCCTTCGGGATCGGAGTAATGATTAACAGGGACAGTCGGGGGCATTCGTATTTCATAG 1049
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 TGGCCTTCGGGATCGGAGTAATGATTAACAGGGACAGTCGGGGGCATTCGTATTTCATAG 899
Query 1050 TCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGAAAGACGAACAACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGA 1109
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 TCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGAAAGACGAACAACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGA 959
Query 1110 TGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTGGGGGCTCGAAGACGATCAGATACCGTCCTAGT 1169
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 TGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTGGGGGCTCGAAGACGATCAGATACCGTCCTAGT 1019
Query 1170 CTCAACCATAAACGATGCCGACCAGGGATCAGCGGATGTTGCTTATAGGACTCCGCTGGC 1229
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 CTCAACCATAAACGATGCCGACCAGGGATCAGCGGATGTTGCTTATAGGACTCCGCTGGC 1079
Query 1230 ACCTTATGAGAAATCAAAGTTTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACT 1289
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 ACCTTATGAGAAATCAAAGTTTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACT 1139
Query 1290 TAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAAC 1349
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 TAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAAC 1199
Query 1350 ACGGGGAAACTTACCAGGTCCAGACATAGTAAGGATTGACAGACTGAGAGCTCTTTCTTG 1409
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 ACGGGGAAACTTACCAGGTCCAGACATAGTAAGGATTGACAGACTGAGAGCTCTTTCTTG 1259
Query 1410 ATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATT 1469
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 ATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATT 1319
Query 1470 CCGTTAACGAACGAGACCTCAGCCTGCTAACTAGCTACGTGGAGGCATCCCTTCACGGCC 1529
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 CCGTTAATGAACGAGACCTCAGCCTGCTAACTAGCTACGTGGAGGCATCCCTTCACGGCC 1379
Query 1530 GGCTTCTTAGAGGGACTATGGCCGTTTAGGCCAAGGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCTG 1589
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 GGCTTCTTAGAGGGACTATGGCCGTTTAGGCCAAGGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCTG 1439
Query 1590 TGATG 1594
|||||
Sbjct 1440 TGATG 1444
> AT2G01021.1 | Symbols: | unknown protein; Has 30201 Blast hits
to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria -
1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses
- 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | chr2:6571-6672
FORWARD LENGTH=102
Length=102
Score = 183 bits (99), Expect = 6e-45
Identities = 101/102 (99%), Gaps = 0/102 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2129 ATGCGTCCTGGTCGGATGCGGAACGGAGCAATCCGGTCCGCCAATCGATTCGGGGCGTGG 2188
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGCGTCCTGGTCGGATGCGGAACGGAGCAATCCGGTCCGCCGATCGATTCGGGGCGTGG 60
Query 2189 ACCGACGCGGATTACGGTGGCGGCCTAAGCCCGGGCTTTTGA 2230
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 ACCGACGCGGATTACGGTGGCGGCCTAAGCCCGGGCTTTTGA 102
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 141520946203
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5