BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated 33,602 sequences; 51,074,197 total letters Query= Ahg932010 Length=2881 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value AT3G41768.1 | Symbols: | rRNA | chr3:14197677-14199484 FORWARD... 2612 0.0 AT2G01010.1 | Symbols: | rRNA | chr2:3706-5513 FORWARD LENGTH=... 2601 0.0 AT2G01021.1 | Symbols: | unknown protein; Has 30201 Blast hits... 178 3e-43 > AT3G41768.1 | Symbols: | rRNA | chr3:14197677-14199484 FORWARD LENGTH=1808 Length=1808 Score = 2612 bits (1414), Expect = 0.0 Identities = 1435/1445 (99%), Gaps = 2/1445 (0%) Strand=Plus/Plus Query 184 TACCTGGTTGATCCTGCCAGTAGTCATATGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCATGTGT 243 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 TACCTGGTTGATCCTGCCAGTAGTCATATGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCATGTGT 60 Query 244 AAGTATGAACGAATTCAGACTGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATAGTTTG 303 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 61 AAGTATGAACGAATTCAGACTGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATAGTTTG 120 Query 304 TTTGATGGTAACTACTACTCGGATAACCGTAGTAATTCTAGAGCTAATACGTGCAACAAA 363 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 121 TTTGATGGTAACTACTACTCGGATAACCGTAGTAATTCTAGAGCTAATACGTGCAACAAA 180 Query 364 CCCCGACTTCTGGAAGGGGTGCATTTATTAGATAAAAGGTCGACGCGGGCTCTGCCCGTT 423 ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 181 CCCCGACTTATGGAAGGGACGCATTTATTAGATAAAAGGTCGACGCGGGCTCTGCCCGTT 240 Query 424 GCTCTGATGATTCATGATAACTCGACGGATCGCATGGCCTTTGTGCTGGCGACGCATCAT 483 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 241 GCTCTGATGATTCATGATAACTCGACGGATCGCATGGCCTCTGTGCTGGCGACGCATCAT 300 Query 484 TCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTGGTAACGG 543 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 301 TCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTGGTAACGG 360 Query 544 GTGACGGAGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCA 603 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 361 GTGACGGAGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCA 420 Query 604 AGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCTGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAAT 663 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 421 AGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCTGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAAT 480 Query 664 AACAATACCGGGCTCTTAT-GAGTCTGGTAATTGGAATGAGTACAATCTAAATCCCTTAA 722 ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 481 AACAATACCGGGCTCTT-TCGAGTCTGGTAATTGGAATGAGTACAATCTAAATCCCTTAA 539 Query 723 CGAGGATCCATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAG 782 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 540 CGAGGATCCATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAG 599 Query 783 CGTATATTTAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGATGGGTCGGCCG 842 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 600 CGTATATTTAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGATGGGTCGGCCG 659 Query 843 GTCCGCCTTTGGTGTGCACCGGTCGGCTTGTCCCTTCGGTCGGTGATACGCTCCTGGTCT 902 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 660 GTCCGCCTTTGGTGTGCATTGGTCGGCTTGTCCCTTCGGTCGGCGATACGCTCCTGGTCT 719 Query 903 TAATTGGCCGGGTCGTGCCTCCGGCGCTGTTACTTTGAAGAAATTAGAGTGCTCAAAGCA 962 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 720 TAATTGGCCGGGTCGTGCCTCCGGCGCTGTTACTTTGAAGAAATTAGAGTGCTCAAAGCA 779 Query 963 AGCCTACGCTCTGTATACATTAGCATGGGATAACATCATAGGATTTCGATCCTATTGTGT 1022 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 780 AGCCTACGCTCTGGATACATTAGCATGGGATAACATCATAGGATTTCGATCCTATTGTGT 839 Query 1023 TGGCCTTCGGGATCGGAGTAATGATTAACAGGGACAGTCGGGGGCATTCGTATTTCATAG 1082 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 840 TGGCCTTCGGGATCGGAGTAATGATTAACAGGGACAGTCGGGGGCATTCGTATTTCATAG 899 Query 1083 TCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGAAAGACGAACAACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGA 1142 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 900 TCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGAAAGACGAACAACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGA 959 Query 1143 TGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTGGGGGCTCGAAGACGATCAGATACCGTCCTAGT 1202 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 960 TGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTGGGGGCTCGAAGACGATCAGATACCGTCCTAGT 1019 Query 1203 CTCAACCATAAACGATGCCGACCAGGGATCAGCGGATGTTGCTTATAGGACTCCGCTGGC 1262 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1020 CTCAACCATAAACGATGCCGACCAGGGATCAGCGGATGTTGCTTATAGGACTCCGCTGGC 1079 Query 1263 ACCTTATGAGAAATCAAAGTTTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACT 1322 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1080 ACCTTATGAGAAATCAAAGTTTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACT 1139 Query 1323 TAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAAC 1382 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1140 TAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAAC 1199 Query 1383 ACGGGGAAACTTACCAGGTCCAGACATAGTAAGGATTGACAGACTGAGAGCTCTTTCTTG 1442 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1200 ACGGGGAAACTTACCAGGTCCAGACATAGTAAGGATTGACAGACTGAGAGCTCTTTCTTG 1259 Query 1443 ATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATT 1502 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1260 ATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATT 1319 Query 1503 CCGTTAACGAACGAGACCTCAGCCTGCTAACTAGCTACGTGGAGGCATCCCTTCACGGCC 1562 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1320 CCGTTAACGAACGAGACCTCAGCCTGCTAACTAGCTACGTGGAGGCATCCCTTCACGGCC 1379 Query 1563 GGCTTCTTAGAGGGACTATGGCCGTTTAGGCCAAGGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCTG 1622 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1380 GGCTTCTTAGAGGGACTATGGCCGTTTAGGCCAAGGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCTG 1439 Query 1623 TGATG 1627 ||||| Sbjct 1440 TGATG 1444 > AT2G01010.1 | Symbols: | rRNA | chr2:3706-5513 FORWARD LENGTH=1808 Length=1808 Score = 2601 bits (1408), Expect = 0.0 Identities = 1433/1445 (99%), Gaps = 2/1445 (0%) Strand=Plus/Plus Query 184 TACCTGGTTGATCCTGCCAGTAGTCATATGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCATGTGT 243 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 TACCTGGTTGATCCTGCCAGTAGTCATATGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCATGTGT 60 Query 244 AAGTATGAACGAATTCAGACTGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATAGTTTG 303 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 61 AAGTATGAACGAATTCAGACTGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATAGTTTG 120 Query 304 TTTGATGGTAACTACTACTCGGATAACCGTAGTAATTCTAGAGCTAATACGTGCAACAAA 363 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 121 TTTGATGGTAACTACTACTCGGATAACCGTAGTAATTCTAGAGCTAATACGTGCAACAAA 180 Query 364 CCCCGACTTCTGGAAGGGGTGCATTTATTAGATAAAAGGTCGACGCGGGCTCTGCCCGTT 423 ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 181 CCCCGACTTATGGAAGGGACGCATTTATTAGATAAAAGGTCGACGCGGGCTCTGCCCGTT 240 Query 424 GCTCTGATGATTCATGATAACTCGACGGATCGCATGGCCTTTGTGCTGGCGACGCATCAT 483 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 241 GCTCTGATGATTCATGATAACTCGACGGATCGCATGGCCTCTGTGCTGGCGACGCATCAT 300 Query 484 TCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTGGTAACGG 543 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 301 TCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTGGTAACGG 360 Query 544 GTGACGGAGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCA 603 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 361 GTGACGGAGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCA 420 Query 604 AGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCTGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAAT 663 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 421 AGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCTGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAAT 480 Query 664 AACAATACCGGGCTCTTAT-GAGTCTGGTAATTGGAATGAGTACAATCTAAATCCCTTAA 722 |||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 481 AACAATACTGGGCTCTT-TCGAGTCTGGTAATTGGAATGAGTACAATCTAAATCCCTTAA 539 Query 723 CGAGGATCCATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAG 782 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 540 CGAGGATCCATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAG 599 Query 783 CGTATATTTAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGATGGGTCGGCCG 842 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 600 CGTATATTTAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGATGGGTCGGCCG 659 Query 843 GTCCGCCTTTGGTGTGCACCGGTCGGCTTGTCCCTTCGGTCGGTGATACGCTCCTGGTCT 902 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 660 GTCCGCCTTTGGTGTGCATTGGTCGGCTTGTCCCTTCGGTCGGCGATACGCTCCTGGTCT 719 Query 903 TAATTGGCCGGGTCGTGCCTCCGGCGCTGTTACTTTGAAGAAATTAGAGTGCTCAAAGCA 962 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 720 TAATTGGCCGGGTCGTGCCTCCGGCGCTGTTACTTTGAAGAAATTAGAGTGCTCAAAGCA 779 Query 963 AGCCTACGCTCTGTATACATTAGCATGGGATAACATCATAGGATTTCGATCCTATTGTGT 1022 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 780 AGCCTACGCTCTGGATACATTAGCATGGGATAACATCATAGGATTTCGATCCTATTGTGT 839 Query 1023 TGGCCTTCGGGATCGGAGTAATGATTAACAGGGACAGTCGGGGGCATTCGTATTTCATAG 1082 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 840 TGGCCTTCGGGATCGGAGTAATGATTAACAGGGACAGTCGGGGGCATTCGTATTTCATAG 899 Query 1083 TCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGAAAGACGAACAACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGA 1142 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 900 TCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGAAAGACGAACAACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGA 959 Query 1143 TGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTGGGGGCTCGAAGACGATCAGATACCGTCCTAGT 1202 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 960 TGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTGGGGGCTCGAAGACGATCAGATACCGTCCTAGT 1019 Query 1203 CTCAACCATAAACGATGCCGACCAGGGATCAGCGGATGTTGCTTATAGGACTCCGCTGGC 1262 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1020 CTCAACCATAAACGATGCCGACCAGGGATCAGCGGATGTTGCTTATAGGACTCCGCTGGC 1079 Query 1263 ACCTTATGAGAAATCAAAGTTTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACT 1322 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1080 ACCTTATGAGAAATCAAAGTTTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACT 1139 Query 1323 TAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAAC 1382 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1140 TAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAAC 1199 Query 1383 ACGGGGAAACTTACCAGGTCCAGACATAGTAAGGATTGACAGACTGAGAGCTCTTTCTTG 1442 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1200 ACGGGGAAACTTACCAGGTCCAGACATAGTAAGGATTGACAGACTGAGAGCTCTTTCTTG 1259 Query 1443 ATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATT 1502 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1260 ATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATT 1319 Query 1503 CCGTTAACGAACGAGACCTCAGCCTGCTAACTAGCTACGTGGAGGCATCCCTTCACGGCC 1562 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1320 CCGTTAATGAACGAGACCTCAGCCTGCTAACTAGCTACGTGGAGGCATCCCTTCACGGCC 1379 Query 1563 GGCTTCTTAGAGGGACTATGGCCGTTTAGGCCAAGGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCTG 1622 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1380 GGCTTCTTAGAGGGACTATGGCCGTTTAGGCCAAGGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCTG 1439 Query 1623 TGATG 1627 ||||| Sbjct 1440 TGATG 1444 > AT2G01021.1 | Symbols: | unknown protein; Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | chr2:6571-6672 FORWARD LENGTH=102 Length=102 Score = 178 bits (96), Expect = 3e-43 Identities = 100/102 (98%), Gaps = 0/102 (0%) Strand=Plus/Plus Query 2162 ATGCGTCCCGGTCGGATGCGGAACGGAGCAATCCGGTCCGCCAATCGATTCGGGGCGTGG 2221 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1 ATGCGTCCTGGTCGGATGCGGAACGGAGCAATCCGGTCCGCCGATCGATTCGGGGCGTGG 60 Query 2222 ACCGACGCGGATTACGGTGGCGGCCTAAGCCCGGGCTTTTGA 2263 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 61 ACCGACGCGGATTACGGTGGCGGCCTAAGCCCGGGCTTTTGA 102 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 143176455322 Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM Number of letters in database: 51,074,197 Number of sequences in database: 33,602 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5